View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11891_low_6 (Length: 477)

Name: NF11891_low_6
Description: NF11891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11891_low_6
NF11891_low_6
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-453)||(1815879-1816331)
chr1 (1-453)||(1856713-1857165)
chr1 (1-453)||(1868308-1868763)
chr1 (1-453)||(1842699-1843154)
chr1 (55-437)||(9170543-9170928)
chr1 (55-437)||(9200110-9200495)
chr1 (53-437)||(9218626-9219013)
chr1 (97-437)||(9155805-9156148)
chr1 (53-437)||(9161717-9162104)
chr1 (53-217)||(9118348-9118512)
chr1 (43-217)||(9229734-9229908)
chr1 (290-434)||(9229514-9229658)
chr1 (291-437)||(9118589-9118735)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-155)||(37567655-37567809)
chr7 (150-274)||(37572119-37572243)
chr7 (130-174)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (133-212)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 1816331 - 1815879
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816331 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataatagaattgtggctatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 1816232  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816231 acgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 1816132  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816131 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatcttacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagct 1816032  T
Q  301 ctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1816031 ctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgctaaagtgtcag 1815932  T
Q  401 attttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815931 attttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 1815879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 1856713 - 1857165
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1856713 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 1856812  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856813 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 1856912  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||  |||    
T  1856913 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggct 1857012  T
Q  301 ctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcag 400  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1857013 ctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcgg 1857112  T
Q  401 attttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 453  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1857113 attttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatg 1857165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 1868308 - 1868763
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||    || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| ||||||   ||||||||| || ||||||||||    
T  1868308 ggttttggtaccgttttcaaaggacttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcgatcaattcatta 1868407  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1868408 atgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1868507  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacg---aacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctgga 297  Q
    || |||||| || |||||||  ||| | | ||||||| |||| | |   ||  ||  ||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |    
T  1868508 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1868607  T
Q  298 gctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 397  Q
    ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  1868608 gctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagtat 1868707  T
Q  398 cagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 453  Q
    | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1868708 cggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatg 1868763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 1842699 - 1843154
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| ||||||   |||||||||  | ||||||||||    
T  1842699 ggttttggtactgtttacaaaggatttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcaatcaattcatta 1842798  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    |||||||   | || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1842799 atgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1842898  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacg---aacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctgga 297  Q
    || |||||| || |||||||  ||| | | ||||||| |||| | |   ||  ||  ||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |    
T  1842899 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1842998  T
Q  298 gctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 397  Q
     || |||||||||| ||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |    
T  1842999 actttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtat 1843098  T
Q  398 cagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 453  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  1843099 cagattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatg 1843154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 55 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9170928 - 9170543
Alignment:
Q  55 aaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttag 154  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  9170928 aaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctag 9170829  T
Q  155 ggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttc---gcacacaaggtaagacgaacga 251  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||||| || || ||||||||||| ||||| ||||  || ||  | |   ||||  ||| ||| || ||  |    
T  9170828 ggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataa 9170729  T
Q  252 tctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtc 351  Q
    || ||| |||||||| ||  | |||||||| |  |||  |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||     
T  9170728 tccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgtt 9170629  T
Q  352 aagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| |||||||| || || || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9170628 aagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaac 9170543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 55 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9200495 - 9200110
Alignment:
Q  55 aaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttag 154  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  9200495 aaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctag 9200396  T
Q  155 ggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttc---gcacacaaggtaagacgaacga 251  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||  || || || || ||||||||||| ||||| ||||  || ||  | |   ||||  ||| ||| || ||  |    
T  9200395 gctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataa 9200296  T
Q  252 tctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtc 351  Q
    || ||| |||||||| ||| | |||||||| |  |||  |||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||     
T  9200295 tccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgtt 9200196  T
Q  352 aagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||  |   ||||||| ||||| || || |||||||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  9200195 aagagtaccaacattctcttggatgacaattacaccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaac 9200110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 53 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9219013 - 9218626
Alignment:
Q  53 tcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactctt 152  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||  || || || ||||||||||||||||| | |||| | || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  9219013 tcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgagcaattcattaatgaggtagttgttctgtcccaaataaatcataggaacgttgtcaaactttt 9218914  T
Q  153 agggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcaca----caaggtaagacgaa 248  Q
    |||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || |||| || ||||| |   | |     ||| |||  | ||    
T  9218913 agggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgtatgaatttgttagcaacggaacactttttg-atttcatacaaaattgtaaagataaagcaaa 9218815  T
Q  249 cgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagat 348  Q
    | ||| | | |||||||| ||| | |||||||| |  |||  |||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  9218814 caatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagat 9218715  T
Q  349 gtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    || |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || || || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9218714 gttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaac 9218626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9156148 - 9155805
Alignment:
Q  97 attaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagt 196  Q
    ||||||||||| | |||  | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9156148 attaatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaat 9156049  T
Q  197 ttgttagcaatggtactctttctgaat---ttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagc 293  Q
    | |||||||||||||| |||| ||| |   | | | | ||  ||| ||| || ||| ||| ||| |||||||| ||| | | |||||| |  |||  |||    
T  9156048 tcgttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaacaatccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagc 9155949  T
Q  294 tggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaa 393  Q
     |||||| | || ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||  |   |||| || |||    
T  9155948 cggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaa 9155849  T
Q  394 gtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    || || ||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||    
T  9155848 gtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaac 9155805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 53 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9162104 - 9161717
Alignment:
Q  53 tcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactctt 152  Q
    ||||||| ||||||| |||||| | ||  |||||||| || |||||||| ||||| | |||| | || ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9162104 tcaaaaaatccaaaataatagatgcaaatcaaattgagcagttcattaacgaggtagttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactctt 9162005  T
Q  153 agggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaat---ttcttcgcacacaaggtaagacgaac 249  Q
     || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||  || |   | | |   ||  ||| |||  | |||    
T  9162004 gggatgttgtttagagacagaagttccttcgttggtgtatgaattcgttagcaatggtacacttttcgatttcatacataatactaaagataaagcaaac 9161905  T
Q  250 gatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatg 349  Q
     ||| ||| |||||||| ||| | | |||||| |  |||  ||| |||||| | || ||| | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  9161904 aatccaacatggaaaacacgtttaaagatagcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatg 9161805  T
Q  350 tcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    | |||||| | ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  9161804 ttaagagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaac 9161717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 217
Target Start/End: Original strand, 9118348 - 9118512
Alignment:
Q  53 tcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactctt 152  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||| | | || | || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  9118348 tcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcattaatgaggtagttattctgtcccaaataaatcataggaatgttgtcaaactttt 9118447  T
Q  153 agggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 217  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||    
T  9118448 agggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattcgttagccacggtacacttt 9118512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 43 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9229908 - 9229734
Alignment:
Q  43 attgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtgg 142  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||| || |  | |||| | || |||||||| |||||||||| |||| | || ||||||||||| || ||||| |    
T  9229908 attgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaataaatcatagaaatgttg 9229809  T
Q  143 tcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 217  Q
    |||||||||| || |||||| | || ||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  9229808 tcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttt 9229734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 290 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 9229658 - 9229514
Alignment:
Q  290 tagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgc 389  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |   |||| ||    
T  9229658 tagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgc 9229559  T
Q  390 caaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatca 434  Q
     |||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  9229558 aaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatca 9229514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 437
Target Start/End: Original strand, 9118589 - 9118735
Alignment:
Q  291 agctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgcc 390  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| ||     
T  9118589 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 9118688  T
Q  391 aaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaac 437  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||||||    
T  9118689 aaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaac 9118735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Original strand, 37567655 - 37567809
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  37567655 ggttttggtacagttttcaaagggaaactagatgataatagaactgttgctatcaaaaaatccaaaacaatagatgaaagccaaaatgaacaattcatta 37567754  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagg 155  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37567755 atgaggtggacattgtctctcaaataaatcataggaatgtggtcaaactcttagg 37567809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 150 - 274
Target Start/End: Original strand, 37572119 - 37572243
Alignment:
Q  150 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaac 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||     
T  37572119 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctcggttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttatacacacacaaggtaagatgaat 37572218  T
Q  250 gatctaacttggaaaactcgtctta 274  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||    
T  37572219 gatccaacttagaaaactcgtctta 37572243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 174
Target Start/End: Original strand, 30105892 - 30105936
Alignment:
Q  130 cacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaa 174  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30105892 cacaggaatattgtcaaactcttaggctgttgtcttgaaacagaa 30105936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 212
Target Start/End: Original strand, 40597787 - 40597866
Alignment:
Q  133 aggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtac 212  Q
    ||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||  |||||||||    
T  40597787 aggaatgtggtaaaacttgtaggttgttgtttagaaacagaagttccattgcttgtttatgaatttattcccaatggtac 40597866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University