View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11892_low_1 (Length: 1052)

Name: NF11892_low_1
Description: NF11892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11892_low_1
NF11892_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-1034)||(35481047-35482055)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1034
Target Start/End: Complemental strand, 35482055 - 35481047
Alignment:
Q  16 aaaagcactgggaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatccaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35482055 aaaagcactgggaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatccaag 35481956  T
Q  116 aactgcttttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagctaaatggaaaggctgaagaggaggaagtt 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||    
T  35481955 aactgcatttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagttgaatggaaaggctgaagaggagaaggtt 35481856  T
Q  216 gaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaagctg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481855 gaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaagctg 35481756  T
Q  316 aggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcagagaaagggtgggagaaatgggtggt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35481755 aggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcggagaaagggtgggagaaatgggtggt 35481656  T
Q  416 gttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtggtgt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481655 gttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtggtgt 35481556  T
Q  516 aaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgttggtt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481555 aaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgttggtt 35481456  T
Q  616 taaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttaggccacctactgaaaatgatggtga 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35481455 taaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttagaccacctactgaaaatgatggtga 35481356  T
Q  716 tatgttgagtgaagaagattgggattgaaatgaagattgggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtttcaatctcttttccctttcttc 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481355 tatgttgagtgaagaagattgggattgaaatgaag---gggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtttcaatctcttttccctttcttc 35481259  T
Q  816 cttacctttgnnnnnnngggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttgcctacttaatagaaggacttga 915  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481258 cttacctttgtttttttgggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttgcctacttaatagaaggacttga 35481159  T
Q  916 tcatttttgttttctctatagcttgtatgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgcattgaaagttgaaacatctatctgttc 1015  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  35481158 tcatttttgttttctctatagcttgtacgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgca-------ttgaaacatctatctgttc 35481066  T
Q  1016 agtttagtcatctttgttt 1034  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35481065 agtttagtcatctttgttt 35481047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University