View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11894_low_1 (Length: 1294)

Name: NF11894_low_1
Description: NF11894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11894_low_1
NF11894_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (28-1280)||(23332595-23333847)
chr6 (255-349)||(10955074-10955166)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (255-322)||(2027692-2027759)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1173; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1173; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 1280
Target Start/End: Original strand, 23332595 - 23333847
Alignment:
Q  28 atatgtggacgaatgagcgatagaagcgcatgaccgatccaccctcacgttggacaatcattttcgacatgggaggaagaaatttgttaggatagttgat 127  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332595 atatatggacgaatgagcgatagaagcgcatgaccgatccaccctcacgtgggacaatcattttcgacatgggaggaagaaatttgttaggatagttgat 23332694  T
Q  128 ttcgactcctgatctctctgcgatagtcatatctagaagattcggctgtacataagtcagggtgacccacgcaccacgatctaccttatagaaacccttc 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332695 ttcgactcctgatctctctgcgatagtcatatctagaagattcggctgtacatacgtcagggtgacccacgcaccacgatctaccttatagaaacccttc 23332794  T
Q  228 agctcagcccaaccatcccgcagatagaccttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcat 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332795 agctcagcccaaccatcccgcagataaaccttgccatttttcacgtggaccttgaccttgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcat 23332894  T
Q  328 caacatgcacaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaacatac 427  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332895 caacatgcaaaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaacatac 23332994  T
Q  428 caaaacagtgcaatgcccactaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagcgta 527  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332995 caaaacagtgcaatgcccacaaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagcgta 23333094  T
Q  528 agtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcgtagcattacattccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatattcaa 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333095 agtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcatagcattactttccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatattcaa 23333194  T
Q  628 aacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaattaa 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333195 aacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaattaa 23333294  T
Q  728 aatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagatagaaagactccataagaaaaaatacggcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaatttg 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333295 aatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagacagaaagactccataagaaaaaatacagcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaatttg 23333394  T
Q  828 ttatactttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccctgtcgtgcgcatcttcgtaatgacgacat 927  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  23333395 ttataccttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccccatcgtgcgcatcttcgtaatgacgacat 23333494  T
Q  928 taagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaattcagcatattataatgattgtttcatcagaaagcagttgacatataaaaaa 1027  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333495 taagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaagtcagcatattataatgattgttccatcagaaagcagttgacatataaaaaa 23333594  T
Q  1028 tcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctgagg 1127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333595 tcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctgagg 23333694  T
Q  1128 taacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctctttgggggagta 1227  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23333695 caacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctcttggggggagta 23333794  T
Q  1228 ctgcttcagctgcattctggcacacaattttatcggtcaacttcgtgatgtcc 1280  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23333795 ctgcttcagctgcattccggcacacaattttatcggtcaacttcgttatgtcc 23333847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10955166 - 10955074
Alignment:
Q  255 accttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcatcaacatgcacaccatattcctt 349  Q
    |||||||| || |||  ||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  10955166 accttgcccttcttcttgtggaccttaacctcgaacatgttcttgttaggatcacgca--atgacatagtcatcaacgtgcaaaccatattcctt 10955074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 322
Target Start/End: Original strand, 2027692 - 2027759
Alignment:
Q  255 accttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacata 322  Q
    |||||||||||||||  ||| || || ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  2027692 accttgccatttttcttgtgaactttaacctcaaacatgttcttgtttggatcacgcaaaatgacata 2027759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University