View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11894_low_2 (Length: 1056)

Name: NF11894_low_2
Description: NF11894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11894_low_2
NF11894_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-1037)||(31045534-31046553)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 963; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 963; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 31046553 - 31045534
Alignment:
Q  12 agcagagacgatgaggatgacaagagtgtcccgaaaataatgaagggctggctgacaatttacacctcagacgacccaaaatcacctttcacaaaaacaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046553 agcagtgacgatgaggatgacaagagtgtcccgaaaataatgaagggctggctgacaatttacacctcagacgacccaaaatcacctttcacaaaaacaa 31046454  T
Q  112 gcgtgagaacacaggttctaaacatagtaaaaagtttgttgaacaaatacaagaatgaaaatccaagtgtggtgctagtaggacatagtctaggtgcaag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046453 gcgtgagaacacaggttctaaacatagtaaaaagtttgttgaacaaatacaagaatgaaaatccaagtgtggtgctagtaggacatagtctaggtgcaag 31046354  T
Q  212 tttgtcaattgtgagtgcttttgatttggtggagaacggtgtaacagacattcccgttactgcatttgtgtttgggtccccacaagttgggaacaaagct 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046353 tttgtcaattgtgagtgcttttgatttggtggagaacggtgtaacagacattcccgttactgcatttgtgtttgggtccccacaagttgggaacaaagct 31046254  T
Q  312 ttcaatgataggttcaaaaagtttcaaaatttgaaggttttgcatgtgaggaatgtgattgatcttataccacattatccagggaagttattggggtatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046253 ttcaatgataggttcaaaaagtttcaaaatttgaaggttttgcatgtgaggaatgtgattgatcttataccacattatccagggaagttattggggtatg 31046154  T
Q  412 agtatacagggacagagttggtgattgatacaagaaagtcgacgagtttgaaagactcgaagaatccgagtgattggcataatttgcaagctatgttgca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046153 agtatacagggacagagttggtgattgatacaagaaagtcgacgagtttgaaagactcgaagaatccgagtgattggcataatttgcaagctatgttgca 31046054  T
Q  512 tattgtggctggttggaatgggagtgatggagagtttaagttgaaggtgaagaggagtttggctttagtgaataagtcgtgtgattacttgaaggaagag 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31046053 tattgtggctggttggaatgggagtgatggagagtttgaggtgaaggtgaagaggagtttggctttagtgaataagtcgtgtgattacttgaaggaagag 31045954  T
Q  612 tgtcacgtgccggcgtcatggtgggttgcaacgaataaaggtatggtgcgtagggaggatggggaatgggttgatgcaccagagaaggaggacctgcctg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31045953 tgtcacgtgccggcgtcatggtgggttgcaacgaataaaggtatggtgcgtagggaggacgaggaatgggttgatgcaccagagaaggaggacctgcctg 31045854  T
Q  712 tgcctgaagagtattaactctgtctatgcctataaggaataatccatgttaccatgctgtataacattgtattgtcctttgtatttgtttgttactctat 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31045853 tgcctgaagagtattaactctgtctatgcctataaggaataatccatgttaccatgctgtataacattgtattgtcctttgtttttgtttgttactctat 31045754  T
Q  812 ttcaattcaacagttaacgaatgatattttactcccttttctctgaataatttaatattgtattgtcttttatgtttcattttatgagtattccataagt 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||    
T  31045753 ttcaattcaacagttaacgaatgatattttacttccttttctctgaataatttaatattgtattgtcttttatg------tttatgagtattccataagt 31045660  T
Q  912 tcttattttcacattgcctggttttatagttttgagagcttgtaaacaaactactgaaaccactaaaggcacataacctctaaagggcaaatagtggaaa 1011  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  31045659 tcttattttcacattgcctggttttatagttttgagagcttgtaaacaaactactgaagccactaaaggcacataacctctcaagggcaagtagtggaaa 31045560  T
Q  1012 taatctgaaatgctctatgtgcttac 1037  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  31045559 taatctgaaatgctctatgtgcttac 31045534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University