View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11895_low_1 (Length: 1241)

Name: NF11895_low_1
Description: NF11895
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11895_low_1
NF11895_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (166-1237)||(32164486-32165556)
chr4 (16-170)||(32164254-32164408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 996; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 996; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 166 - 1237
Target Start/End: Complemental strand, 32165556 - 32164486
Alignment:
Q  166 tggaaaatgtgtgcatggatttggagaagatgaggaagagaaagatggccctggagagaggttttggaagttggtaggatttgtgatagaggatgaaaag 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165556 tggaaaatgtgtgcatggatttggagaagatgaggaagagaaagatggccctggagagaggttttggaagttggtaggatttgtgatagaggatgaaaag 32165457  T
Q  266 tgggagtgaagaagcgcaaaaacggagtgatgtataaatgtgattgcaactaaataaatgaatagatatattcactatttcaaataaaatatcatgaatg 365  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165456 tgggagtgaagaagcgcaaaaacagagtgatgtataaatgtgattgcaactaaataaatgaatagatatattcactatttcaaataaaatatcatgaatg 32165357  T
Q  366 taactatacaatgtatgtatcatctgaaaagttcaagtgttacagtcaaaagtatttgtttccaacaattttattttactgtaacgcctatgcctgcttg 465  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32165356 taactatataatgtatgtattatctgaaaagttcaagtgttacagtcaaaagtatttgtttccaacaattttattttactgtaacgcctatgcctgct-g 32165258  T
Q  466 tttgggatgtttgtgagtggttatgcaaaaaggagtgacttgaactagctaaatctactgtttttgtagaaagtagtgtatgctgagaatgaccattctg 565  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165257 tttgggatgtttgtgagtagttatgcaaaaaggagtgacttgaactagctaaatctactgtttttgtagaaagtagtgtatgctgagaatgaccattctg 32165158  T
Q  566 caaccaacatttccccgttttaaagacaggcccaaatcaaagataccattagcactagcattcaaatatcaatctactttcagctttgcatctggataaa 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165157 caaccaacatttccccgttttaaagacaggcccaaatcaaagataccattagcactagcattcacatatcaatctactttcagctttgcatctggataaa 32165058  T
Q  666 gttatacacagatcacacacaaatttgctaagatctgtggcgcagaaaaactaacccacatgaaaattggattataacattatctttctcttcgccttag 765  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165057 gttatacacagatcacacacaaatttgctaagatctgtggagcagaaaaattaacccacatgaaaattggattataacattatctttctcttcgccttag 32164958  T
Q  766 aatcgttctatccctcatctcttccataatcaccctaacacagaatatgtccatgttgccactgttctcttacgagtccatcattaatacgtttctttat 865  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164957 aatcgttctatccctcatctcttccataatcaccctaacacagattatgtccatgttgccactgttctcttacgagtccatcattaatacgtttctttat 32164858  T
Q  866 attaagtaaactcttagagtcaagtcttcaagtcgagtatatgaaagctcaatgagttattattgactctcgagctagacaatcttgcttctaccacaag 965  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32164857 attaagtaaactcttagagtcaagtcttcaagtcgagtatatgaaagctcaatgagttattattgactctcgagctagacaatcttgcttctactacaag 32164758  T
Q  966 gccatttactaactctgctgatcttttggtcactttacctcctcggacccatcagctcctgccaagctcttcgattcttatgcctgaacggttatctcca 1065  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32164757 gccatttactaactctgctgatcttttggtcactttacctcctcgaacccatcagcttctgccaagctcttcgaatcttatgcctgaacggttatctcca 32164658  T
Q  1066 gctttacaagactcaatttcagaacatgcacatctgcggtagggtgattataaaaccagtccagctgcttgttaagaaggtaatttttctttatgatcac 1165  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164657 gctttacaagactcattttcagaacatgcacatctccggtagggtgattataaaaccagtccagctgcttgttaagaaggtaatttttctttatgatcac 32164558  T
Q  1166 acacgatcatgaaaaaagtagatatgatcaaactgccacattgacatgtgtagtattgttgatgtccatctc 1237  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32164557 acacgatcatgagcaaagtagatatgatcaaactgccacattgacatgtgtagtattgttgacgtccatctc 32164486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 170
Target Start/End: Original strand, 32164254 - 32164408
Alignment:
Q  16 acctggtgttggtgtgtttggagcttttctccatggttgtggacttcattccaattttgattttggagaagtagcaattagaagaatgttggaattgcac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164254 acctggtgttggtgtgtttggagcttttctccatggttgtggacttcattccaattttgattttggagaagtagcaattagaagaatgttggaattgcac 32164353  T
Q  116 cctgatcaagcttgttactacgtgctcatctcaagcctgtatgcttcggatggaa 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32164354 cctgatcaagcttgttactacgtgctcatctcaaacctgtatgcttcggatggaa 32164408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University