View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11897_low_1 (Length: 1087)

Name: NF11897_low_1
Description: NF11897
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11897_low_1
NF11897_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-1070)||(45067921-45068977)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 944; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 944; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1070
Target Start/End: Complemental strand, 45068977 - 45067921
Alignment:
Q  14 agagagaagaaaggggccacttaaatgattatgtaagaaaaagagaagtcacattgagaagcagaaaatcaatattccttccttgaactaaggtattgcc 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068977 agagaaaagaaaggggccacttaaatgattatgtaagaaaaagagaagtcacattgagaagcagaaaatcaatattccttccttgaactaaggtattgcc 45068878  T
Q  114 gataagggcacttcacacacacagtaacccctttcccttccagtgcattgatttgaacaatcaatgcaattggttttggcctcattcatggtgatgattc 213  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068877 gataagggcacttcacactcacagtaacccctttcccttccagtgcattgatttgaacaatcaatgcaattggttttggcctcattcatggtgatgattc 45068778  T
Q  214 tccacttagaacaagagacaaaacattggcctacaagtagcacgaactcatcactcatcaaaacagaacttgtcattgagtattgaccaaatacaatttc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068777 tccacttagaacaagagacaaaacattggcctacaagtagcacgaactcatcactcatcaaaacagaacttgtcattgagtattgaccaaatacaatttc 45068678  T
Q  314 ttttaacattaattgttgatattcnnnnnnnataggcaaatgttagtgattaattagttaagaggagggagaaatgtatgtctcacagatcgaactctga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||    
T  45068677 ttttaacattaattgttgatattctttttttataggcaaatgttagtgattaattagttaaggggagggagaaatgtttgtcgcagggatcgaactctga 45068578  T
Q  414 acttgctacatagaactccttcggtttcctaacccttatcattgggctacaccgtcgaagacattgtcgatatttgtttgacgtatactaacctcaacct 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068577 acttgctacatagaactccttcggtttcctaacccttatcattgggctacaccgtcaaagacattgtcgatatttgtttgacgtatactaacctcaacct 45068478  T
Q  514 caacctctaagcaaagagattgagacttgatccaataactttcatgcctatgctatataccctacaatgttatccatttgataggcatggtgatagtact 613  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068477 caacctcaaagcgaagagattgagacttgatccaataactttcatgcctatgctatataccctacaatgttatccatttgataggcatggtgatagtact 45068378  T
Q  614 tgcagacaaatacattgaccctatatcatatcctattattacctatgtgctggcattcgttgacttcctatatatgtggttacatatgacctattcaagg 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45068377 tgcagacaaatacattgaccctatatcatatcctattattacctatgtgctggcattcgttgacttcctatatatgtggttacctatgacctattcaagg 45068278  T
Q  714 tcaaatgtattatacatattaagaattaagaatatgccatcacaaagatctacatctgcttcttgaccccatgtgaagtgttcatgcttctttgtgaaga 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068277 tcaaatgtattatacatattaagaattaagaatatgccatcacaaagatctgcatctgcttcttgaccccatgtgaagtgttcatgcttctttgtgaaga 45068178  T
Q  814 aatgtgtttactttaaaatgacataaaggatcattactgcctaagattctattgaaatataatgaagcagatccagttggaattgatcactgacatgacc 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068177 aatgtgtttactttaaaatgacataaaggatcattactgcctaagattctattgaaatataatgaagcagatccagttggaattgatcactgacatgacc 45068078  T
Q  914 atatggaggaagctgcaaaatataagcctcataaaagttaggtactttattattttattgctgtaatcaataaaatactagcttctagataaactagnnn 1013  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  45068077 atatggaggaagctgcaaaatataagcctcataaaagttaggtattttattattttattgctgtaatcaataaaatactagcttctagataaactagttt 45067978  T
Q  1014 nnnnnnnnncaaattacaaagaagatatctaaattaaattccacagaagaatgaatc 1070  Q
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067977 tttatttttcaaattacaaagaatatatctaaattaaattccacagaagaatgaatc 45067921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University