View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11900_high_1 (Length: 885)

Name: NF11900_high_1
Description: NF11900
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11900_high_1
NF11900_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-868)||(14731177-14732032)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-843)||(13951782-13952601)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (421-595)||(19982906-19983079)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 14732032 - 14731177
Alignment:
Q  13 cacagattacctgacaaatacaaataaaacaagaattaggacaaaacaaaataaatgtcttattttcttatgataaacaaaaaattatgtaagagtggtc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14732032 cacagattacctgacaaatacaaataaaacaagaattaggacaaaacaaaataaatgtcttattttcttatgataaacaaaaaattatgtaagagtggtc 14731933  T
Q  113 taaccttttatacagggcttttacatcttcccctaacaatggactttctagaaacatatcaccacattccttcacatcaactgtctcaacttcaaaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731932 taaccttttatacagggcttttacatcttcccctaacaatggactttctagaaacatatcaccacattccttcacatcaactgtctcaacttcaaaagct 14731833  T
Q  213 ttgtcaccacaatattcattccattcaaaccacattttcgaaattaattccttcttgacacaagtactgtgatcttcctcttctggagaatcagcagcta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731832 ttgtcaccacaatattcattccattcaaaccacattttcgaaattaattccttcttgacacaagtactgtgatcttcctcttctggagaatcagcagcta 14731733  T
Q  313 tcaatctatacacaaacactttccttttctggcctggtcggaaagcacggccaatagcttgacgagtaacagacgggttgaggtgcacatctaagatgat 412  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731732 tcaatcgatacacaaacactttccttttctggcctggtcggaaagcacggccaatagcttgacgagtaacagacgggttgaggtgcacatctaagatgat 14731633  T
Q  413 gacacgggatgctccaaccaatgatataccctcaccacatgctttgattgacccaaaaaagattttggcctcgggtgaattgttgaatttttccatggag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731632 gacacgggatgctccaaccaatgatataccctcaccacatgctttgattgacccaaaaaagattttggcctcgggtgaattgttgaatttttccatggag 14731533  T
Q  513 cactccctttgttcagtggacgattctcctgaaattacaaaaatttcttttccaagactccagcccttccatttcatagctaacctttccaaatatttta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731532 cactccctttgttcagtggacgattctcctgaaattacaaaaatttcttttccaagactccagcccttccatttcatagctaacctttccaaatatttta 14731433  T
Q  613 gaggcaagagatattgactgaacaccaaaagcttctccccagctgattggcatagattcagcatattgcgaaagaattttaatttcaccccgtctctcgc 712  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14731432 gaggcaagagatattgactgaataccaaaagcttctccccagctgattggcatagattcagcatattgcgaaagaattttaatttcaccccgtctctcac 14731333  T
Q  713 atcttggttcgctattaaatcatccattgtatgctcagatatagaattttcactacatttctctgcaattggtttcaagtctgggtgcaggtatacagca 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731332 atcttggttcgctattaaatcatccattgtatgctcagatatagaattttcactacacttctctgcaattggtttcaagtctgggtgcaggtatacagca 14731233  T
Q  813 ctacctacagaagaagccttgaactttctaaataccctctttattgtcttaacttc 868  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14731232 ctacctacagaagaagccttgaactttctaaataccctctttattgtcttaacttc 14731177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 843
Target Start/End: Original strand, 13951782 - 13952601
Alignment:
Q  19 ttacctgacaaatacaaataaaacaagaattaggacaaaacaaaataaatgtcttattttcttatgataaacaaaaaattatgtaagagtggtctaacct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |     |||||||| ||||||| |||||||  ||||||  || |||| |||||||||||||    
T  13951782 ttacctgacaaatacaaataaaacaagaattaggaaaata-----taaatgtcatattttcgtatgatatgcaaaaaggtaagtaaaagtggtctaacct 13951876  T
Q  119 tttatacagggcttttacatcttcccctaacaatggactttctagaaacatatcaccacattccttcacatcaactgtctcaacttcaaaagctttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||   ||||    
T  13951877 tttatacagagcttttacgtcttcccctaacaacgggctctctagaaatagatcaccacattctttcacatcaagtgtttcaacttcaaatgcacggtca 13951976  T
Q  219 ccacaatattcattccattcaaaccacattttcgaaattaattccttcttgacacaagtactgtgatcttcctcttctggagaatcagcagctatcaatc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13951977 ccacaatattcattccattcaaaccacatttttgagattaactccttcttgaaacaagtatggtgatcttcctcttctggagaatcagcagctatcaaac 13952076  T
Q  319 tatacacaaacactttccttttctggcctggtcggaaagcacggccaatagcttgacgagtaacagacgggttgaggtgcacatctaagatgatgacacg 418  Q
     ||||||||| |||||| ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  13952077 gatacacaaagactttctttttctgtcctggccgaaaagcacgaccaatagcttgacgagtaacagatgggttgagatgaacatccaagatgatgacacg 13952176  T
Q  419 ggatgctccaaccaatgatataccctcaccacatgctttgattgacccaaaaaagattttggcctcgggtgaattgttgaatttttccatggagcactcc 518  Q
    |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||  ||||     
T  13952177 ggatgccccaaccaatgaaatcccttcaccacatgctttgattgagccaaaaaatatttttgcctcgggtgaattgttaaacttctccattgaaaactct 13952276  T
Q  519 ctttgttcagtggacgattctcctgaaattacaaaaatttcttttccaagactccagcccttccatttcatagctaacctttccaaatattttagaggca 618  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||    
T  13952277 ctttgttcagcggaagattctcctgaaatcacgaagatttcttttccgagactccaacccttccacttcatggctaacctttccaaatatttcaaaggca 13952376  T
Q  619 agagatattgactgaacaccaaaagcttctccccagctgattggcatagattcagcatattgcgaaagaattttaatttcaccccgtctctcgcatcttg 718  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| || || ||||||  |||  |    
T  13952377 atagatattgactgaacaccagaagtttttccccggctgattcacataggttcagcatattgcgaaagaactttgatttgactccatctctcatatcaag 13952476  T
Q  719 gttcgctattaaatcatccattgtatgctcagatatagaattttcactacatttctctgcaattggtttcaagtctgggtgcaggtatacagcactacct 818  Q
    ||  ||||| |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||| |||    
T  13952477 gtctgctataaaatcatccatgatatgatcagatatggaattttcatcacatttctctgcaattggcttcaactttgggtgcagatacactgcactgcct 13952576  T
Q  819 acagaagaagccttgaactttctaa 843  Q
    |||||||||   |||||||||||||    
T  13952577 acagaagaaaatttgaactttctaa 13952601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 421 - 595
Target Start/End: Original strand, 19982906 - 19983079
Alignment:
Q  421 atgctccaaccaatgatataccctcaccacatgctttgattgacccaaaaaagattttggcctcgggtgaattgttgaatttttccatggagcactccct 520  Q
    |||| |||||||||||| ||  |||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||| || |||||||| |||| |||| ||| |||||| ||||||||    
T  19982906 atgccccaaccaatgatttagtctcatcacatattttgattgactcaaaaaatatttttgcttcgggtgagttgt-gaatattttcatggaacactccct 19983004  T
Q  521 ttgttcagtggacgattctcctgaaattacaaaaatttcttttccaagactccagcccttccatttcatagctaa 595  Q
    |||||||  ||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | |||||| |||| ||||||    
T  19983005 ttgttcataggaagattttcctgaaatcacaaagatttcttttccaagacttcatctcttccacttcaaagctaa 19983079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University