View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11901_low_4 (Length: 775)

Name: NF11901_low_4
Description: NF11901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11901_low_4
NF11901_low_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (89-760)||(521018-521693)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 89 - 760
Target Start/End: Original strand, 521018 - 521693
Alignment:
Q  89 gattggaaagtgagaaagaaaaccaccgaaaaagttaccagtgtctaagattggtgtgtgagagttcctgcaatagcaataaagcttgatctaacttaga 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521018 gattggaaagtgagaaagaaaaccactgaaaaaattaccagtgtctaagattggtgtgtgagagttcctgcaatagcaataaagcttgatctaacttaga 521117  T
Q  189 tatagatatcatctttgtatcagtagcagagaannnnnnnnnnnccagtgtcaacattcaataataatatgcttaccttaattcagttttctatcagaat 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  521118 tatagatatcatctttgtatcagtagcagagaattttattttttccagtgtgaacattcaataataatatgcttaccttatttcagttttctatcagaat 521217  T
Q  289 ctttggcaacttcattgnnnnnnnnn--attatttatatttaattaacttgaactgatccttgttgatagagctgatgctgcttgggcttatctctttgt 386  Q
    |||||||||||||||||           ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521218 ctttggcaacttcattgtttttttttttattatatatatttaattaacttgaactgatccttgttgatagagctgatgctgcttgggcttatctctttgt 521317  T
Q  387 tgttggcacaaagcgcgagatggatctctgaaatttgtgtaaattcatcacttttcagcagtcgattctatacctgctctgaacaagaccttcccatgat 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521318 tgttggcacaaagcgcgagatggatctctgaaatttgtgtaaattcatcacttttcagcagtcgattctatacctgctctgaacaagaccttcccatgat 521417  T
Q  487 tgagcatgtcatgattgtaaactcttcatctttctctgatgaaactactattcctaaggggctatatagtggtgcactccatcaatgtggagaggtaata 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521418 tgagcatgtcatgattgtaaactcttcatctttctctgatgaaactactattcctaaggggctatatagtggtgcactccatcaatgtggagaggtaata 521517  T
Q  587 tagcattcttcaattgtaaaatgaaggatgt--tatcttgtgttgaaaaaactgagattaaatgctgtttctttgcaacactacaaatagttcttctaaa 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521518 tagcattcttcaattgtaaaatgaaggatgttatatcttgtgttgaaaaaactgagattaaatgctgtttctttgcaacactacaaatagttcttctaaa 521617  T
Q  685 atattaattggtgaatgcagggtcatgaaccatttgtttcatatgaaggtcttgaacagctgcaccggtttttatt 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  521618 atattaattggtgaatgcagggtcatgaaccatttgtttcatatgaaggtcttgaacagctgcaccggtttttatt 521693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University