View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11914_high_1 (Length: 1062)

Name: NF11914_high_1
Description: NF11914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11914_high_1
NF11914_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-813)||(8792050-8792860)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 733; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 813
Target Start/End: Original strand, 8792050 - 8792860
Alignment:
Q  1 aggagagaaaatgtacattcaaaccagaatggctcaatatgcagaagagttgtgggaattactgaagaaagacaacacttttgtttacatgtgtggactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8792050 aggagagaaaatgtacattcaaaccagaatggctcaatatgcagaagagttgtgggaattactgaagaaagacaacacttttgtttacatgtgtggactg 8792149  T
Q  101 aaaggaatggaaaagggaattgatgacataatggtttcactcgctgccaaagacggtaagaaaaacattt-gaatttttattacatgaagcatagagggg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8792150 aaaggaatggaaaagggaattgatgacataatggtttcactcgctgccaaagacggtaagaaaaacattttgaatatttattacatgaagcatagagggg 8792249  T
Q  200 gttttggatagctcaactggtttcagctaatggttagaaggattgaattcaaaccttgaagaaggagaaaatactaacatctgtctatcaaannnnnnna 299  Q
    | |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       |    
T  8792250 ggtttggatagctcaactg--ttgagctaatggttagaaggattgaattcaaaccttgaagaaggaaaaaatactaacatctgtctatcaaatttttt-a 8792346  T
Q  300 ttcaagaatcagagaaactatagtcatcatgttgtgtttgttatgtgttgtaggtattgattggattgagtacaagagatcgctgaagaaggcagagcaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8792347 ttcaagaatcagagaaactatagtcatcatgttgtgtttgttatgtgttgtaggtattgattggattgagtacaagagatcgctgaagaaggcagagcaa 8792446  T
Q  400 tggaatgttgaagtctattgatttattttcacttgcatcgataacaagttccactttgtgcagcagcatattctatatcattgtcctgcattctgtagat 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8792447 tggaatgttgaagtctattgatttattttcacttgcatcgataacaagttccactttgtgcagcagcatattttatatcattgtcctgcattctgtagat 8792546  T
Q  500 agattacaacccttgtaattttggtatgacaaaaaattataccttgcttgtgaacaatattgtttgtagaaccgttgcaagaaataattttgaggatcat 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8792547 agattacaacccttgtaattttggtatgacaaaaaattataccttgcttgtgaacaatattgtttgtagaaccgttgcaagaaataattttgaggatcat 8792646  T
Q  600 gcaatatagatgaaaccaactttatcaatttcctgaatttgattgtgaatattcaataatcagtagcttatgtttcgagtcggattttagatgagatatg 699  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8792647 gcaatatagatgaaaccgagtttatcaatttcctgaatttgattgtgaatattcaataatcagtagcttatgtttcgagtcggattttagatgagatatg 8792746  T
Q  700 gcctgaaaatggggaccaaactcatgcatgagctatcaggttacaagcaggggtgagattaagtatgctattagtactaaggatgaggcagattaggaca 799  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8792747 gcctgaaaatgaggaccaaactcatgcatgagctatcaggttagaagcaggggtgagattaagtatgctattagtactaaggatgaggcagattaggaca 8792846  T
Q  800 aattctcagtgtct 813  Q
    ||||||||||||||    
T  8792847 aattctcagtgtct 8792860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University