View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11915_high_1 (Length: 1099)

Name: NF11915_high_1
Description: NF11915
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11915_high_1
NF11915_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-1096)||(21446375-21447452)
[»] scaffold0372 (1 HSPs)
scaffold0372 (812-1096)||(4084-4368)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (57-711)||(40685543-40686197)
chr2 (808-1097)||(40685164-40685453)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1022; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1022; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1096
Target Start/End: Original strand, 21446375 - 21447452
Alignment:
Q  19 atctactgccggtatcagtcccatcagctctgttctcgtcaacacttcccgcataactagtgccaccatcactaggccaggcactgattccataaaaacc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446375 atctactgccggtatcagtcccatcagctctgttctcatcaacacttcccgcataactagtgccaccatcactaggccaggcactgattccataaaaacc 21446474  T
Q  119 aaactgaagatttacaggctctgctttaccaatccgtaagggaccatacattggatgtccgattccattttccggtcccacaccacatatggacttccca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21446475 aaactgaagatttacaggctctgctttaccaatccgtaagggaccatacattggatgtccgattccattttccggtcctacaccacatatggacttccca 21446574  T
Q  219 ttactatcaaccaaatttacaggccaagcctttgccacggacccatctgtattaactaaggccatcaaatttcttgaagaaccttttctctgaatcaact 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446575 ttactatcaaccaaatttacaggccaagcctttgccacggacccatctgtattaactaaggccatcaaatttcttgaagaaccttttctctgaatcaact 21446674  T
Q  319 gaaacattcctttcgagctcaaagaattggcagcacattgatttctgtattcctcataaacaactgttacagtatttctaacaggatcgtatagttggtc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446675 gaaacattcctttcgagctcaaagaattggcagcacattgatttctgtattcctcataaacaactgttacagtatttctaacaggatcgtatagttggtc 21446774  T
Q  419 cccagcttcacgccttcgaagacagctgaaaacagttgcatggatggctgcgacgctcttgtcaacatttgtattgtttactttgggaaccaaatgcttt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446775 cccagcttcacgccttcgaagacagctgaaaacagttgcatggatggctgcgacgctcttgtcaacatttgtattgtttactttgggaaccaaatgcttt 21446874  T
Q  519 tcagcacgcgtacagagataatcctggattgttctgatgtttcggatatacttcacatacttgtttttagcaggatccagtgtcatatattttgcacgca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446875 tcagcacgcgtacagagataatcctggattgttctgatgtttcggatatacttcacatacttgtttttagcaggatccagtgtcatatattttgcacgca 21446974  T
Q  619 ctgcaaatctttccaagtgcttctcctcatttgtaatgtatatcatgaatggtatgatcgacggatgtttcttcatgagccccatctgcatgattatccc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21446975 ctgcaaatctttccaagtgcttctcctcatttgtaatgtatatcatgaatggtatgatcgacggatgtttcttcatgagccccatctgcatgattatccc 21447074  T
Q  719 ggttattattgttagtggattggaaaaaacagcaatatatatattgacatcaatacggnnnnnnnntaatggacatgtaatcaagttttgacatacaaca 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21447075 ggttattattgttagtggattggaaaaaacagcaatatatatattgacatcaatgcggaaaaaaaataatggacatgtaatcaagttttgacatacaaca 21447174  T
Q  819 aagttgagactcaagtgaactccctcgacaacaacagactgttttcgttcttcccaggcagtgattagcctatcaagactgtcaatcaccatctcactct 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21447175 aagttgagactcaagtgaactccctcgacaacaacagactgttttcgttcttcccaggcagtgattagcctatcaagactgtcaatcaccatctcactct 21447274  T
Q  919 gcgccttatatccttcaatagccatttgttttggacttggatgctcagtagcacaagagctggtctctgatgtccgtgtatcaggtttgctagaattctg 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21447275 gcgccttatatccttcaatagccatttgttttggacttggatgctcagtagcacaagagccagtctctgatgtccgtgtatcaggtttgctagaattctg 21447374  T
Q  1019 accatcagttgcttcatccttgggaagtgattgtgacacaccagccatcttttttgctttccttttggcctttgcttc 1096  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21447375 accatcagttgattcatccttgggaagtgattgtgacacaccagccatcttttttgctttctttttggccttcgcttc 21447452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0372 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0372
Description:

Target: scaffold0372; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 812 - 1096
Target Start/End: Complemental strand, 4368 - 4084
Alignment:
Q  812 tacaacaaagttgagactcaagtgaactccctcgacaacaacagactgttttcgttcttcccaggcagtgattagcctatcaagactgtcaatcaccatc 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4368 tacaacaaagttgagactcaagtgaactccctcgacaacaacagactgttttcgttcttcccaggcagtgattagcctatcaagactgtcaatcaccatc 4269  T
Q  912 tcactctgcgccttatatccttcaatagccatttgttttggacttggatgctcagtagcacaagagctggtctctgatgtccgtgtatcaggtttgctag 1011  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4268 tcactctgcgccttatatccttcaatagccatttgttttggacttggatgctcagtagcacaagagccagtctctgatgtccgtgtatcaggtttgctag 4169  T
Q  1012 aattctgaccatcagttgcttcatccttgggaagtgattgtgacacaccagccatcttttttgctttccttttggcctttgcttc 1096  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4168 aattctgaccatcagttgattcatccttgggaagtgattgtgacacaccagccatcttttttgctttctttttggccttcgcttc 4084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 57 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 40686197 - 40685543
Alignment:
Q  57 tcaacacttcccgcataactagtgccaccatcactaggccaggcactgattccataaaaaccaaactgaagatttacaggctctgctttaccaatccgta 156  Q
    ||||||||||| |||   || || ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |    
T  40686197 tcaacacttccagcacggcttgtaccaccatcacagggccaagcactgatcccataaaaaccaaactgaagatttacaggttctgcctttccaattcgca 40686098  T
Q  157 agggaccatacattggatgtccgattccattttccggtcccacaccacatatggacttcccattactatcaaccaaatttacaggccaagcctttgccac 256  Q
    |||| ||||||||||||  ||| ||| |||| ||  ||||    || || |  | |||||| ||||  || |   |||| ||||||||||||||||||||    
T  40686097 agggtccatacattggacttccaatttcattctcttgtccgttgccccaaacaggcttcccgttacagtccaatgaattaacaggccaagcctttgccac 40685998  T
Q  257 ggacccatctgtattaactaaggccatcaaatttcttgaagaaccttttctctgaatcaactgaaacattcctttcgagctcaaagaattggcagcacat 356  Q
     |||||||| ||||| || |  ||||| | ||  ||||||||||||| ||  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  40685997 agacccatcagtatttacaagagccataagatgccttgaagaaccttgtcgttggatcaattgaaacattccttttgagctcaaagaatcggcggcacat 40685898  T
Q  357 tgatttctgtattcctcataaacaactgttacagtatttctaacaggatcgtatagttggtccccagcttcacgccttcgaagacagctgaaaacagttg 456  Q
    |||||||| |||||||||| || ||| |||||| ||||||||  |||||| ||||  |  |||||| |||| ||||| || ||||||||||| || || |    
T  40685897 tgatttctatattcctcatcaataacagttacaatatttctactaggatcatataacttttccccaacttcccgcctacgtagacagctgaacacggtag 40685798  T
Q  457 catggatggctgcgacgctcttgtcaacatttgtattgtttactttgggaaccaaatgcttttcagcacgcgtacagagataatcctggattgttctgat 556  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40685797 catggatggctgctacactcttgtcaacatttgtattgtttattttgggaactaaatgtttgtcagcccgcttacagagataatcctggattgttcttat 40685698  T
Q  557 gtttcggatatacttcacatacttgtttttagcaggatccagtgtcatatattttgcacgcactgcaaatctttccaagtgcttctcctcatttgtaatg 656  Q
     |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||  ||||| ||||| |||||||||    
T  40685697 atttcggatatactttacatatttgtttttagcagggtccagggtcatatactttgcacgtacggcaaatcgttccatatgcttgtcctcgtttgtaatg 40685598  T
Q  657 tatatcatgaatggtatgatcgacggatgtttcttcatgagccccatctgcatga 711  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  40685597 tatatcatgaagggtatgattgaaggatgtttcttcataagtcccatctgcatga 40685543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 808 - 1097
Target Start/End: Complemental strand, 40685453 - 40685164
Alignment:
Q  808 gacatacaacaaagttgagactcaagtgaactccctcgacaacaacagactgttttcgttcttcccaggcagtgattagcctatcaagactgtcaatcac 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  40685453 gacatacaacaaagttgagactcaagtgaacaccctcaacaacaacggactctttccgttcttcccatgaagtgattagcctatctaggctgtcaatcac 40685354  T
Q  908 catctcactctgcgccttatatccttcaatagccatttgttttggacttggatgctcagtagcacaagagctggtctctgatgtccgtgtatcaggtttg 1007  Q
    ||| |||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||| | |     | ||||| |||| | |||  | |||  ||||  || |||||  ||||    
T  40685353 catttcactctgggccttgaatccttcaacagccatttgttttgaattcaaccgttcagtcgcaccacagcccgcctccaatgtatgtatatcaaatttg 40685254  T
Q  1008 ctagaattctgaccatcagttgcttcatccttgggaagtgattgtgacacaccagccatcttttttgctttccttttggcctttgcttct 1097  Q
    |||||  | ||||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  40685253 ctagaggtgtgaccttcagttacttcatccttaggtagtgactgtgatacaccagccatctttttcgctctcctttttgcctttgcttct 40685164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University