View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11916_low_10 (Length: 443)

Name: NF11916_low_10
Description: NF11916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11916_low_10
NF11916_low_10
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-425)||(9076582-9077000)
chr8 (7-413)||(9085364-9085776)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-413)||(6416568-6416980)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9077000 - 9076582
Alignment:
Q  7 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggacagcttcaatcttggcaatttgtttgagaaggaaaaggtgtgtgaaaaaattagtatgtgctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9077000 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggacagcttcaatcttggcaatttgtttgagaaggaaaaggtgtgtgaaaaaattagtatgtgctatt 9076901  T
Q  107 caacattttaaagtagtatgcgttggaaaatatactcgattcctttttagtagtaattagataacaaaatattgatggctatgattattctttctagcta 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9076900 caacattttaaagtagtatgcgttggaaaatatactcgattcctttttagtagtaattagataacaaaatatcgatggctatgattattctttctagcta 9076801  T
Q  207 attatgcttgtttctccatttaatttgatctcattgacacctagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcacagcgtcctgcaaatgaaattat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9076800 attatgcttgtttctccatttaatttgatctcattgacacctagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcacagcgtcctgcaaatgaaattat 9076701  T
Q  307 ttctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcataagcgcaattacaaggtaacaaatttacaacaagcagcagtcttgatttttcta 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9076700 ttctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcacaagcgcaattacaaggtaacaaatttacaacaagcaacagtcttgatttttcta 9076601  T
Q  407 tttgttaagacatctgatt 425  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  9076600 tttgttaagacatcagatt 9076582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 9085776 - 9085364
Alignment:
Q  7 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggacagcttcaatcttggcaatttgtttgagaaggaaaaggtgtgtgaaaaaattagtatgtgctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9085776 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggaaagcttcaatcttgacaatttgtttgagagggaaaaggtgtgtgaaaaaattattatgtgctatt 9085677  T
Q  107 caacattttaaagtagtatgcgttggaaaatata-ctcgat---tcctttttagtagtaattagataacaaaatattgatggctatgattattctttcta 202  Q
    |||||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9085676 caacattttaaagtggcatgctttgcaaaatataccttgattcctccttattagtagtaattagctaacaaaatattgatgattatgattattctttcta 9085577  T
Q  203 gctaattatgc-ttgtttctccatttaatttgatctcattgac-acctagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcacagcgtcctgcaaatga 300  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| |||||  || ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9085576 gctaactatgctttttttctccattttatttgtacttatttacaacatagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcgcagcgtcctgcaaatga 9085477  T
Q  301 aattatttctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcataagcgcaattacaaggtaacaaatttacaacaagcagcagtcttgatt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||| |||    
T  9085476 aattatgtctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcacaagcgcaattacaaggtaactaattaacaacaagcactagtcttcatt 9085377  T
Q  401 tttctatttgtta 413  Q
    | || ||||||||    
T  9085376 tctcaatttgtta 9085364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 6416980 - 6416568
Alignment:
Q  7 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggacagcttcaatcttggcaatttgtttgagaaggaaaaggtgtgtgaaaaaattagtatgtgctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6416980 tcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggaaagcttcaatcttgacaatttgtttgagagggaaaaggtgtgtgaaaaaattattatgtgctatt 6416881  T
Q  107 caacattttaaagtagtatgcgttggaaaatata-ctcgat---tcctttttagtagtaattagataacaaaatattgatggctatgattattctttcta 202  Q
    |||||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  6416880 caacattttaaagtggcatgctttgcaaaatataccttgattcctccttattagtagtaattagctaacaaaatattgatgattatgattattctttcta 6416781  T
Q  203 gctaattatgc-ttgtttctccatttaatttgatctcattgac-acctagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcacagcgtcctgcaaatga 300  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| |||||  || ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6416780 gctaactatgctttttttctccattttatttgtacttatttacaacatagggggttgtaaagcgcgaaacacatttcacttcgcagcgtcctgcaaatga 6416681  T
Q  301 aattatttctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcataagcgcaattacaaggtaacaaatttacaacaagcagcagtcttgatt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||| |||    
T  6416680 aattatgtctaagattgaggaggctgccaaacctctcggatttaatgttcacaagcgcaattacaaggtaactaattaacaacaagcactagtcttcatt 6416581  T
Q  401 tttctatttgtta 413  Q
    | || ||||||||    
T  6416580 tctcaatttgtta 6416568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University