View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11918_low_1 (Length: 844)

Name: NF11918_low_1
Description: NF11918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11918_low_1
NF11918_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-835)||(48679706-48680540)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 794; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 48680540 - 48679706
Alignment:
Q  1 ttctagagagaaacataaattattcaatgcaattgaaaatcttccttgtgttgcaaggaaggctgaatgggcattgagttggattaacaggtgacagtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48680540 ttctagagagaaacataaattattcaatgcaattgaaaatcttccttgtgttgcaaggaaggctgaatgggcattgagttggattaacaggtgacagtta 48680441  T
Q  101 atcttaaccgcactgtgaataaactgccaagtaggcccgttagaatttgtattagtaaaagtatggccctatcttgtaccaaaaattgattggtttgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48680440 atcttaaccgcactgtgaataaactgccaagtaggcccgttagaatttgtattagtaaaagtatggccctatcttgtaccaaaaattgattggtttgatg 48680341  T
Q  201 ggccagcctgccgggccaaaatacactggcaacaccagaaaagcagaaatgataaattctggtttagcgcagttatcttttaaagggaacttagaaattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48680340 ggccagcctgccgggccaaaatacactggcaacaccagaaaagcagaaatgataaattctggtttagcgcagttatcttttaaagggaacttagaaattg 48680241  T
Q  301 ctttctaatagcttctcataatgcatgggctacagttccacttcatttgcggagaggcttgttggctttgcatgtgtcgaagggatatttttctcaggaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48680240 ctttctaatagcttctcataatgcatgggctacagttccacttcatttgcggagaggcttgttggctttgcatgtgtcgaggggatatttttctcaggaa 48680141  T
Q  401 ggtagttatctcaagnnnnnnncaacttatagaacttcccttgtttctttttcaaaagttgtaacgagatttgtcctatttacttaacttgcttcccttc 500  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48680140 ggtagttatctcaagaaaaaaacaacttatagaacttcccttgtttctttttcaaaagttgtaacgagttttgtcctatttacttaacttgtttcccttc 48680041  T
Q  501 ttttcaattggggtttgctttcagcttctgtgccatattttggcttaaaaagagaggattaatgccaggtctgacattctcaaatgagctaatctctaga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48680040 ttttcaattggggtttgctttcagcttctgtgccatattttggcttaaaaagagaggattaatgccaggtctgacattctcaaatgagctaatctctaga 48679941  T
Q  601 gacgagggtcttcactgtgattttgcttgcatgctatacaggtagtattggttaaatttttcattcatttagtataaataaatgaagttgtataaggatg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48679940 gacgagggtcttcactgtgattttgcttgcatgctatacaggtagtattggttaaatttttcattcatttagtataaataaatgaagctgtataaggatg 48679841  T
Q  701 taatgttttgatattagtattggatgattcattggattgcaattgcctgcagcttgttactgagacagctagattccgagcgggttcaaaatattgtaca 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48679840 taatgttttgatattagtattggatgattcaatggattgcaattgcctgcagcttgttactgagacagctagattccgagcgggttcaaaatattgtaca 48679741  T
Q  801 cgaagctgttgaaattgaaactgagtttgtctgtg 835  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48679740 cgaagctgttgaaattgaaactgagtttgtctgtg 48679706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University