View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11921_high_1 (Length: 1031)

Name: NF11921_high_1
Description: NF11921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11921_high_1
NF11921_high_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-1015)||(38299663-38300677)
chr8 (1-948)||(38320475-38321422)
chr8 (1-919)||(38325251-38326172)
chr8 (47-934)||(38305663-38306540)
chr8 (1-946)||(38316379-38317327)
chr8 (1-945)||(38308385-38309324)
chr8 (6-893)||(38313023-38313911)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-946)||(38850018-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 979; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 979; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1015
Target Start/End: Complemental strand, 38300677 - 38299663
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300677 caattagccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 38300578  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300577 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 38300478  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300477 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 38300378  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38300377 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttaggcg 38300278  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300277 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 38300178  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300177 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 38300078  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300077 ccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 38299978  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299977 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaa 38299878  T
Q  801 cttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaata 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299877 cttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaata 38299778  T
Q  901 gtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgacata 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38299777 gtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgactta 38299678  T
Q  1001 accactccatgatgt 1015  Q
    |||| ||||||||||    
T  38299677 accattccatgatgt 38299663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 38321422 - 38320475
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  38321422 caatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatca 38321323  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  38321322 tcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagt 38321223  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38321222 aggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacat 38321123  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||  |  ||| |     
T  38321122 aactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcatagaca 38321023  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||    
T  38321022 tgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttgccttcgactctttgaatccctaaaaaacaagat 38320923  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
    ||| | |||||||||  |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38320922 gctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactcc 38320823  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38320822 ccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatct 38320723  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaa 800  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||  ||||||  | ||||||||||| |||||    
T  38320722 ttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaa 38320623  T
Q  801 cttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaata 900  Q
     ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  38320622 tttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatatcctattaggaatg 38320523  T
Q  901 gtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcc 948  Q
    |||||||  |  |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  38320522 gtagccaaatcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatcc 38320475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 38326172 - 38325251
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||| ||| ||    
T  38326172 caataagccaatgttgaaaatttaatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatca 38326073  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38326072 tcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaattggaagt 38325973  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38325972 aggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaaggacat 38325873  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
    ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  ||  ||| ||    
T  38325872 aactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactcatagacg 38325773  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| || || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38325772 agtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatgat 38325673  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
    ||| |||||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  38325672 gctctctctaatttttgacacggcatcactaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactct 38325573  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||  ||  |||| |||||| | ||  |||||||  | |||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38325572 ccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatct 38325473  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtg---ggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatt 797  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||    |||||   ||  | |||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  38325472 ttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaaattgagaaccttactatt 38325373  T
Q  798 taacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattagga 897  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |  || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38325372 taccttccaattcgcgtcaacaaaatgagcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtgcaagattcccacaaatcaaaagttaaagataccctattagga 38325273  T
Q  898 atagtagccagctgttgtttaa 919  Q
    || |||||||  ||||||||||    
T  38325272 atggtagccaattgttgtttaa 38325251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 38306540 - 38305663
Alignment:
Q  47 ccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaaca 146  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||     
T  38306540 ccattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaact 38306441  T
Q  147 atcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggc 246  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38306440 atcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggc 38306341  T
Q  247 aacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgcc 346  Q
    |||| |||  ||||||||||||  |||||||| ||          ||||||||  | ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||| |      
T  38306340 aacatgaatgcacaaatcttttccactcttttgca----------gaaggacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgtt 38306251  T
Q  347 gatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgc 446  Q
    |||||||||||||||| || |||||  ||||||||| ||||||  |  ||| | |||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| |    
T  38306250 gatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttc 38306151  T
Q  447 aatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccc 546  Q
    ||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||| ||||||    
T  38306150 aacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccc 38306051  T
Q  547 tcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatt 646  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||| |||  ||  || |    
T  38306050 tcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaact 38305951  T
Q  647 tttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcaca 746  Q
     |||||||||||| || | ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  38305950 gttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcaca 38305851  T
Q  747 catctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtc 846  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  38305850 catctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtc 38305751  T
Q  847 tcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctctt 934  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||  || ||||||||||    
T  38305750 tcagcagtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttcagtttctctt 38305663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 38317327 - 38316379
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||| |||||| || |||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||    
T  38317327 caataagccaacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaactgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaaactcgctcatca 38317228  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38317227 tcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaagt 38317128  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| | | |  ||||||||    
T  38317127 aggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggacat 38317028  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
    |||   ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||  ||  ||| |     
T  38317027 aactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagaca 38316928  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
    |||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||||| | | ||||||| |||||||||||||||    
T  38316927 tgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatgat 38316828  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
    ||| |||| ||||  | ||| | || | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||     
T  38316827 gctgtctcgaattccatacacggcaccactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactct 38316728  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||  |||| |||| ||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38316727 ccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatct 38316628  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagataca----gtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactat 796  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||  | ||||| | | ||    | |||| |||||||||  || || |||||||||||||    
T  38316627 ttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggt-aaacaagacgaaagttgagaaccttactat 38316529  T
Q  797 ttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattagg 896  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38316528 tcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattagg 38316429  T
Q  897 aatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 946  Q
    |||  ||||||  | ||||||||  || ||||||||||  ||||||||||    
T  38316428 aatgctagccaattcttgtttaagctttagtttctctttcgtgtacaaat 38316379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 945
Target Start/End: Complemental strand, 38309324 - 38308385
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38309324 caataagccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaacttggtcaaca 38309225  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38309224 tcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 38309125  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    | |||||||||   |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  38309124 acgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggacat 38309025  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
     |  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||  ||| |     
T  38309024 gaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagaca 38308925  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
    |||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||  ||||||||||||||||    
T  38308924 tgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttttccctgtgactctttgatcgcctcacaaacatgat 38308825  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
    ||| | |||||| ||| ||| | || | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  | |||||||||||     
T  38308824 gctctttctaatcttatacacggcaccactaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactct 38308725  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||||||| | |  |||| || ||||| ||  ||||||| ||||||||| |||||||| |  || |||||||    
T  38308724 ccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatct 38308625  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt---gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatt 797  Q
    ||| ||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||| |  | | ||||    || ||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  38308624 ttttctctactccccaatcat--------tcaaccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaaaagcttactatt 38308533  T
Q  798 taacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattagga 897  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||  ||| |||   |||||||||||  ||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  38308532 taacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagtgccagtagtacaagattcccacaactcaaaggttaaagatatcttataagga 38308433  T
Q  898 atagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaa 945  Q
    || |||||||| |||||||| |  ||  |||||||||| |||||||||    
T  38308432 atggtagccagttgttgtttgagcttatgtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 38313911 - 38313023
Alignment:
Q  6 agccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctt 105  Q
    ||||||| ||||||  || |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||    
T  38313911 agccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatactt 38313814  T
Q  106 tcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggat 205  Q
    | ||||||||||  || |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38313813 ttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagtaggat 38313714  T
Q  206 gtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacac 305  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||| |  |    
T  38313713 gtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcaggacatgaatc 38313614  T
Q  306 ataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcgtgtcc 405  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||  ||| | | ||     
T  38313613 ataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatatct 38313514  T
Q  406 agatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctat 505  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||   || || || |||||| |||||||| |||||||  ||||| |    
T  38313513 agatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgccttacaaacaaaatgctct 38313414  T
Q  506 ctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatc 605  Q
    |||| || ||||| |  |||  |  ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  38313413 ctctgatcttacagacaacactctcaactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatc 38313314  T
Q  606 acataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcc 705  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  38313313 acataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttc 38313214  T
Q  706 tctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaac 801  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  38313213 tctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacagaagttgagaactttactatttaac 38313115  T
Q  802 ttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctatt 893  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38313114 ttccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctatt 38313023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 946
Target Start/End: Original strand, 38850018 - 38850966
Alignment:
Q  1 caattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagca 100  Q
    |||| |||||| |||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  38850018 caataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatca 38850117  T
Q  101 tcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38850118 tcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagttggaagt 38850217  T
Q  201 aggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacat 300  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  38850218 aggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccgaaggacat 38850317  T
Q  301 aacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcg 400  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||    ||||||||   |||  ||  |||       
T  38850318 aaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactcatagata 38850417  T
Q  401 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcattaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 500  Q
    | |||| ||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  38850418 tatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatgat 38850517  T
Q  501 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 600  Q
     || ||||| || |||  ||   ||   ||||||||||| ||| | |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||     
T  38850518 actctctctgatcttatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactct 38850617  T
Q  601 ccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 700  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||    
T  38850618 ccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatct 38850717  T
Q  701 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatct---cagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatt 797  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||     ||  ||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  38850718 ttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatt 38850817  T
Q  798 taacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattagga 897  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  38850818 taacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattagga 38850917  T
Q  898 atagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 946  Q
    || ||||  |  ||||||||||  ||  |||||||||  ||||||||||    
T  38850918 atggtagttaattgttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaat 38850966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University