View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11921_low_2 (Length: 957)

Name: NF11921_low_2
Description: NF11921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11921_low_2
NF11921_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (4-827)||(41159172-41159995)
chr5 (883-939)||(41159060-41159116)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 41159995 - 41159172
Alignment:
Q  4 acaaaatgatggaaatcgtgcaaagaaacgactataaattattgatcaacaaggtgagaatacatattcaagatcaagacaaaatgtacctcttcttgta 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159995 acaaaatgatggaaatcgtgcaaagaaacgactataaattattgatcaacaaggtgagaatacatattcaagatcaagacaaaatgtacctcttcttgta 41159896  T
Q  104 gcattgttgcctatgtgagcaaagcaatctgcaaaatgagaagacaaactcaacaccttcttaaatagagactaaagaatagtacacacaagcatacata 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159895 gcattgttgcctatgtgagcaaagcaatctgcaaaatgagaagacaaactcaacaccttcttaaatagagactaaagaatagtacacacaagcatacata 41159796  T
Q  204 tatattatgaggttacaatttttaagtatgtaaaataacaagaaattaatatcaattgcacacctttgtcgtatgtttagaggaagtaaaaggactttaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41159795 tatattatgaggttacaatttttaagtatgtaaaataacaagaaattaatatcaattgcacacctttgtcgtatgtttagaggatgtaaaaggactttaa 41159696  T
Q  304 aattgatgaagaaaatgacagtatgggtagttaataggcatgaaaaaccaagaggacagaaatctttattttcttcgatatagtaaggaaattgaaaatt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159695 aattgatgaagaaaatgacagtatgggtagttaataggcatgaaaaaccaagaggacggaaatctttattttcttcgatatagtaaggaaattgaaaatt 41159596  T
Q  404 gaaatgacatttttatgataatttcttatatgaaagggtatataactaga-tccctaactgtctagagaaggagcctaatctaagatggaagcaagaatg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159595 gaaatgacatttttatgataatttcttatatgaaagggtatataactagattccctacctgtctagagaaggagcctaatctaagatggaagcaagaatg 41159496  T
Q  503 cagaaggtcgtgggtgtttggaaaagatattctatttttagtaaattttgtgcgtgcaccatcagcattaggacaagaaatcagataaggtcaacatgat 602  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41159495 cagaaggtcgtggatgtttggaaaagatattctatttttagtaaattttgtgcgtgcaccatcagcattaggaccagaaatcagataaggtcaacatgat 41159396  T
Q  603 tccatcagtgtcctattattgaacaatgattgtatagtttgtaggagcacccgcatggcaagaacaagtacctccttaccaagattgtaaagtagttata 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41159395 tccatcagtgtcctattattgaacaatgattgtatagtttgtaggagcacccgcatggcaagaacaagtacct-cttaccaagattgtaaagtagttata 41159297  T
Q  703 ccaacttgaagcacaggattatgtatcatttagcaggccaattcaattgataaattcttactatgaagagattattcaatgaatatttattgtatggaga 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159296 ccaacttgaagcacaggattatgtatcatttagcagaccaattcaattgataaattcttactatgaagagattattcaatgaatatttattgtatggaga 41159197  T
Q  803 aatttgtaggggatgggatcatggg 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  41159196 aatttgtaggggatgggatcatggg 41159172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 883 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 41159116 - 41159060
Alignment:
Q  883 gcaatgattggaactagaagtctatatgtgataatatcttatcttattatactcctt 939  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159116 gcaatgattggaactagaagtctatatgtgataatatcttatcttattatactcctt 41159060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University