View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11926_low_1 (Length: 1009)

Name: NF11926_low_1
Description: NF11926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11926_low_1
NF11926_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-992)||(3934672-3935673)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 805; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 805; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 992
Target Start/End: Original strand, 3934672 - 3935673
Alignment:
Q  1 gtatcaccacggtggggatgggggatggagacgcacgccagcagggggcatgttgtaggagtagatgcaaatggtaaactaagaataagatttcgatgga 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934672 gtatcaccaaggtggggatgggggatggagacgcacgccagcagggggcatgttgtaggagtagatgcaaatggtaaactaagaataagatttcgatgga 3934771  T
Q  101 gggaagggaggagaccttggataggagaccctgctgatattgctcttgatgagaactgaa-taaaactttataggaacatggaagcttgtatcatcataa 199  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934772 gggaagggag---accttggataggagaccctgctgatattgctcttgatgagaactgatgtaaaactttttaggaacatggaagcttgtatcatcataa 3934868  T
Q  200 cttgattttctcattcaga--tctttggcctattgcttttctgggtctgttcttgtgcaagaaatcgaaatctttatgtgacctgctaccgcatgtgctc 297  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934869 cttgattttctcattcagagatctttggcctattgcttttctgggtccgttcttgtgcaagaaatcgaaatctttatgtgacctgctaccgcatgtgctc 3934968  T
Q  298 tgaactatgtaactcctatcatcgttggaatgtagtttggccaaatttattgatgttaatgaaacatagtgaatggattaaagttatggatagaggaaga 397  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934969 tgaactatgtaactcctatcattgttggaatgtggtttggccaaatttattgatgttaatgaaacatagtgaatggattaaagttatggatagaggaaga 3935068  T
Q  398 ttggcttactgactgaggtatagagatttaaggcgaactattggcgattggcccatttatattcattattatatactcacatatataagtttggagttcc 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935069 ttggcttactgactgaggtatagagatttaaggcgaactattggcgattggcccatttatattcattattatatactcacatatataagtttggagttcc 3935168  T
Q  498 agattttgagttgtatatttatatatgtttgttatttaatgttgttgtacaaatcgtactcgtactcggtcgccaacttaaatgca-nnnnnnnnnnnaa 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||    
T  3935169 agattttgagttgtatatttatatatgtttattatttaatgttgttgtacaaatcgtactcgtactcggtcgccaacttaaatgcattttttttttttaa 3935268  T
Q  597 ctttatcattgtgcagttatgcatagtacatgaattgaattgattcaattatacaacagtagcatttcactaat-cctattgtctccattgagttgctct 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3935269 ctttatcattgtgcagttatgcatagtacatgaattgaattgattcaattatacaacattagcatttcactaatccctattgtctccattgagttgctct 3935368  T
Q  696 gaaatcagagatcaatccattgaaaaacgataaat-tgagttgc-----tctggatccctttcaagtaagggtccattttg--gagagaaggaaagcata 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |     | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3935369 gaaatcagagatcaatccattgaaaaacgataaatatgtaattctggagtttggatccctttcaagtaagggtccattttggagagagaaggaaagcata 3935468  T
Q  788 tctaatgcatttaatattttaacattaaattgtttttgtctttctttttgaaacggtccctcgagtatttgaggtgattcaaactccggattctcttaat 887  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935469 tctaatgtatttaatattttaacattaaattgtttttgtctttctttttgaaacggtccctcgagtatttgaggtgattcaaactccggattctcttaat 3935568  T
Q  888 ctataatttgatttgttta-ttcagtgaaagatgttatgtataaatggatagttagcaaatttgtcttgatcttcccttcttctttgcggttaccgacct 986  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3935569 ctataatttgatttgtttatttcagtg-aagatgttatgtataaatggatagttagcaaatttgtcttgatcttccgttcttctttgcagttaccgacct 3935667  T
Q  987 aacttc 992  Q
    ||||||    
T  3935668 aacttc 3935673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University