View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11927_high_3 (Length: 823)

Name: NF11927_high_3
Description: NF11927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11927_high_3
NF11927_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-813)||(53460067-53460882)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 53460882 - 53460067
Alignment:
Q  1 aaaattgaacattagaaattgcaaaagagaccaggatggaaaaatattttcagaccacgtcgaaaatcacaatctcgctgaatagtggcgatgttgttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460882 aaaattgaacattagaaattgcaaaagagaccacgatggaaaaatattttcagaccatgtcaaaaatcacaatctcgctgaatagtggcgatgttgttca 53460783  T
Q  101 aaagggatcaaaacgggcactatatactatcttaaccacattaatactaaaaattccattagagcccagttaattatt---ttcattttgaaggaccaaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  53460782 aaagggatcaaaacgggcactatatactatcttaaccacattaatactaaaaattccattagagcctagttaattattcatttcattttgaaggaccaaa 53460683  T
Q  198 attatgcttttttaggaacnnnnnnnccttccaaccatctaaaacatgttgagtctttattcgccaatcatcattcattttcttttttggatttcaaagg 297  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460682 attatgcttttttaggaactttttttccttccaaccatctaaaacatgttgagtctttattcgccaatcatcattcattttcttttttggatttcaaagg 53460583  T
Q  298 ccctatcaaccctagattttttgagataactcacgatgcttttaggtctatgcttgataatgtcaatccctcaaagcaaacttaacttcttcaaggtata 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460582 ccctatcaaccctagattttttgagataactcacgatgcttttaggtctatgcttgataatgtcaatccctcaaagcaaacttaacttcttcaaggtata 53460483  T
Q  398 ttcaattcatccaaaacaatcaatcaaagcaaaaagatggttcagataacgagtacattgcattcctttccttagcctgatttcttcgtgagggaaagga 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460482 ttcaattcatccaaaacaatcaatcaaagcaaaaagatggttcagataacgagtacattgcattcctttccttagcctgatttcttcgtgagggaaagga 53460383  T
Q  498 tgttatattaagtaaacattttgacttggctttatgaattttgcactgacttatatgacactctttcaaagagtcaagattacctttcaaatgcaggttg 597  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460382 tattatattaagtaaacattttgacttggctttatgaattttgcactgacttatatgacactctttcaaagagtcaagattacctttcaaatgcaggttg 53460283  T
Q  598 ccttctttgacttctacaattatggttgaatgctatttatgtttcaagttttcaagatatcaatatctctctaccttttggaactccttatcatggtaaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53460282 ccttctttgacttctacaattatggttgaatgctatttatgtttcaagttttcaagatatcaatatctctctacctattggaactccttatcatggtaaa 53460183  T
Q  698 cttgcacacttgacaaagttagtgaccctttctgattcgatgtcttcctttatgcaacattttgaatggttttgtactcttaaacagcaccattcttatt 797  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53460182 cttgcacgcttgacaaagttcgtgaccctttctgattcgatgtcttcctttatgcaacatttcgaatggttttgtactcttaaacaacaccattcttatt 53460083  T
Q  798 tcttgtttatcctatg 813  Q
    ||||||||||||||||    
T  53460082 tcttgtttatcctatg 53460067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University