View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11927_high_4 (Length: 626)

Name: NF11927_high_4
Description: NF11927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11927_high_4
NF11927_high_4
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-537)||(18301322-18301844)
chr5 (222-520)||(32000045-32000343)
chr5 (426-537)||(34207599-34207710)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (218-521)||(31831704-31832007)
chr4 (28-119)||(31832160-31832251)
chr4 (225-340)||(23858776-23858891)
chr4 (472-512)||(51423738-51423778)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (218-535)||(11591396-11591713)
chr3 (218-523)||(27477356-27477661)
chr3 (218-523)||(27488581-27488886)
chr3 (252-535)||(42965963-42966246)
chr3 (222-535)||(42974364-42974677)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (218-400)||(3814819-3815001)
chr6 (65-119)||(3815710-3815764)
chr6 (459-536)||(3814707-3814784)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (73-118)||(45507223-45507268)
chr7 (73-118)||(45512683-45512728)
chr7 (218-268)||(2867193-2867243)
chr7 (222-316)||(22314166-22314260)
chr7 (65-118)||(2867625-2867678)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (225-328)||(41491164-41491267)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (73-118)||(38164893-38164938)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 18301844 - 18301322
Alignment:
Q  18 gtttctaacaatgttttcatctgcttatggttatggtggaggatgggttaatgcacatgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18301844 gtttctaacaatgttttcatctgcttatggttatggtggaggatgggttaatgcacatgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggt 18301745  T
Q  118 attcaagtgcagcaattataataaagttaacatttttatactatttaagcaatttggaccaaccccttttgactaatatgtttaatattgaannnnnnnn 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||            
T  18301744 attcaagtgcagcaattatattaaagtttacatttttatactatttaagcaatttggaccaaccccttttaaccaatttgtttaatattgaatatttttt 18301645  T
Q  218 ---aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgt 314  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18301644 tttaggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgt 18301545  T
Q  315 ggttcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgcct 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18301544 ggttcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgcct 18301445  T
Q  415 tgcctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgt 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18301444 tgcctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttagaattgctcaatacaaagctggaattgt 18301345  T
Q  515 tcctgtttcttacagaaggtaac 537  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  18301344 tcctgtttcttacagaaggtaac 18301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 222 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 32000343 - 32000045
Alignment:
Q  222 ggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggttctt 321  Q
    ||||||||||| ||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||    
T  32000343 ggtgcatgtggttatggaaatttgtacaatcaaggatatggaacaaacactgcagcactaagcacagctttgttcaacaatggtttgagctgtggggctt 32000244  T
Q  322 gttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgcctaa 421  Q
    ||| ||| || ||||||| |||||| |  | ||||||    | | || | ||| | || ||||| || || || ||||| |||||  |||| ||||| ||    
T  32000243 gttatgaaatgaggtgtgttggtgatccaagatggtgcaaacatagcaccattgttgttactgccacaaacttttgtccaccaaattctgctttgccaaa 32000144  T
Q  422 taacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcctgt 520  Q
     |||||||| || |||||||| |||||  |||||||||||||| | ||  |||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  32000143 caacaatggtggttggtgtaatcctcccctacaacactttgatatggcagaacctgctttccttcaaattgctcaatataaagctggaattgtgcctgt 32000045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 426 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 34207710 - 34207599
Alignment:
Q  426 aatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcctgtttctt 525  Q
    |||||||| ||||||||||||||   || ||||||||||||||||   ||| | || || ||||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||    
T  34207710 aatggaggttggtgtaaccctccacgaccacactttgatcttgctatgcctatgttcctcaaaattgctcaatatcgtgctggtattgttcctgtttctt 34207611  T
Q  526 acagaaggtaac 537  Q
    || | |||||||    
T  34207610 accgcaggtaac 34207599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 218 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 31832007 - 31831704
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggt 317  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  | ||||||| ||| |||||||||||     
T  31832007 aggtggggcttgtggatatggtaacctttacagtcaagggtatggaacaaacactgctgctttgagtacagcacttttcaacaatggcttaagctgtggc 31831908  T
Q  318 tcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgc 417  Q
    ||||| | ||| || ||||||||   ||||| || |||||| |||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  31831907 tcttgctatgaaatcaggtgtgccaatgaccatagatggtgccttcctggttccattgtggtcactgccaccaatttctgtccaccaaacaatgccttac 31831808  T
Q  418 ctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcc 517  Q
    | || ||  |||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31831807 caaacaatgatggtggttggtgtaaccctcctctccaacattttgatcttgctcaacctgtgtttcttcgaattgctcaatacaaagctggaattgttcc 31831708  T
Q  518 tgtt 521  Q
    ||||    
T  31831707 tgtt 31831704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 31832251 - 31832160
Alignment:
Q  28 atgttttcatctgcttatggttatggtggaggatgggttaatgcacatgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggtat 119  Q
    ||||| || |||| |||||  |||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31832251 atgttctcctctgtttatgcctatggtggaggatggactaatgcacatgctaccttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggtat 31832160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 225 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23858891 - 23858776
Alignment:
Q  225 gcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggttcttgtt 324  Q
    |||||||| || |||||  | |||||||||||||| |||   ||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  23858891 gcatgtgggtacggaaatttgtacagtcaaggttacggagtgaacacagcagcattaagcactgctttgttcaacaatggtttaagctgtggtgcttgtt 23858792  T
Q  325 ttgagattaggtgtgc 340  Q
    ||||||| | ||||||    
T  23858791 ttgagataaagtgtgc 23858776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 472 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 51423778 - 51423738
Alignment:
Q  472 aacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaatt 512  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51423778 aacctgcttatcttaaaattgctgaatacaaagctggaatt 51423738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 218 - 535
Target Start/End: Original strand, 11591396 - 11591713
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggt 317  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| | || || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||     
T  11591396 aggtggagcatgtggatatgggaacttgtatagccaagggtatgggactaacacagctgctttaagcactgctctattcaacagtggattaagctgtgga 11591495  T
Q  318 tcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgc 417  Q
     | ||||||||||| |  |||| |  |||||  || |||||||||||    || ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||  | |    
T  11591496 gcatgttttgagataaaatgtgttaatgaccaaaagtggtgtcttccaaaatcaattgtggtcactgcaacaaatttttgtcctccaaacaatgcacttc 11591595  T
Q  418 ctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcc 517  Q
    | |||||    || || ||||||||||||||| | || || ||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11591596 caaataatgcaggtggttggtgtaaccctcctcttcatcattttgatctctctcaacctgtttttcaacaaattgctcaatacaaagctggaattgtacc 11591695  T
Q  518 tgtttcttacagaaggta 535  Q
    |||| |||| | ||||||    
T  11591696 tgttgcttataaaaggta 11591713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 218 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 27477661 - 27477356
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggt 317  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | || || ||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  27477661 aggtggagcatgtggatatggaaatttgtatagccaaggatatggaaccaacacagcagcactaagcactgctttgttcaacaatggtttaagctgtgga 27477562  T
Q  318 tcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgc 417  Q
    ||||| | ||| || || ||   || ||| |  | ||||||    ||||| |||||| | || |||||||| ||||| ||||| |||||  |  | ||||    
T  27477561 tcttgctatgaaatgagatgcaatgatgatccaagatggtgcaaacctggttctattattgttactgctacaaatttttgtccaccaaatccatctttgc 27477462  T
Q  418 ctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcc 517  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||| ||||||  |  ||| |||||||| |||| | |||||||||||| ||    
T  27477461 ctaacaacaatggtggttggtgtaaccctcctttgcaacattttgatatggctgaacctgcctaccttcaaattgctgaatatagagctggaattgtgcc 27477362  T
Q  518 tgtttc 523  Q
    ||||||    
T  27477361 tgtttc 27477356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 218 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 27488886 - 27488581
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggt 317  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  27488886 aggtggagcatgtggatatggaaatttatatagccaaggatatggaaccaacacagcagcactaagcactgctttgttcaacaatggtttaagctgtgga 27488787  T
Q  318 tcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgc 417  Q
    ||||| | ||| || || ||   || ||| |  | ||||||    ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |  | ||||    
T  27488786 tcttgctatgaaatgagatgcaatgatgatccaagatggtgcaaacctggttctattattgtcactgctacaaatttttgtccaccaaatccatctttgc 27488687  T
Q  418 ctaataacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcc 517  Q
    |||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||| | ||||  |  ||| |||||||| |||| | |||||||||||| ||    
T  27488686 ctaacaacaatggtggttggtgtaatcctcctttgcaacattttgatatggctgagcctgcctaccttcaaattgctgaatatagagctggaattgtgcc 27488587  T
Q  518 tgtttc 523  Q
    ||||||    
T  27488586 tgtttc 27488581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 252 - 535
Target Start/End: Original strand, 42965963 - 42966246
Alignment:
Q  252 caaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggttcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgta 351  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| ||| | ||||||| ||| || || ||||| ||||| |  ||||| |  |||    |||||| ||    
T  42965963 caaggctatggaaccaacactgctgcactaagcactgctcttttcaacaatggattgagttgtgggtcttgctacgagatgaaatgtaacagtgacccta 42966062  T
Q  352 aatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgcctaataacaatggaggatggtgtaaccctccttt 451  Q
    ||||||| ||||||||    || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||  |||   | |||||| |||||| |||||||| ||||||||  |    
T  42966063 aatggtgccttcctggtagcatattggttactgctacaaacttctgccccccaaactttgcagagtctaataccaatggtggatggtgcaaccctcccct 42966162  T
Q  452 acaacactttgatcttgctcaacctgtttttctta-aaattgctcaatacaaagctggaattgttcctgtttcttacagaaggta 535  Q
     || ||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  42966163 tcagcactttgatcttgctgagcctgcttt-cttacaaattgctcaatacaaagctggaattgttcctatttccttcagaaggta 42966246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 535
Target Start/End: Original strand, 42974364 - 42974677
Alignment:
Q  222 ggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggttctt 321  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | || || ||||| |||||||| |||||||||||  |||| || ||| | ||||||| ||| || || ||||| ||||    
T  42974364 ggtgcttgtggttatggaaatttgtatagccaaggctatggaaccaacactgctgcactaagtactgctcttttcaacaatggattgagttgtgggtctt 42974463  T
Q  322 gttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcctccaaacactgccttgcctaa 421  Q
    | |  ||||| |  |||    |||||| ||||||||| ||||||||    || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||  |||   | ||||    
T  42974464 gctacgagatgaaatgtaacagtgaccctaaatggtgccttcctggtagcatattggttactgctacaaacttctgccccccaaactttgcagagtctaa 42974563  T
Q  422 taacaatggaggatggtgtaaccctcctttacaacactttgatcttgctcaacctgtttttctta-aaattgctcaatacaaagctggaattgttcctgt 520  Q
    || |||||| |||||||| ||||||||  | || ||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42974564 taccaatggtggatggtgcaaccctccccttcagcactttgatcttgctgagcctgcttt-cttacaaattgctcaatacaaagctggaattgttcctat 42974662  T
Q  521 ttcttacagaaggta 535  Q
    ||| | |||||||||    
T  42974663 ttccttcagaaggta 42974677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 218 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3815001 - 3814819
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| || || || || ||  | ||||| || || ||||||| |||||| || ||||||    
T  3815001 aggtggtgcatgtggatatggaaacttgtatagtcaaggttatgggactaatacagcagcacttagcactgcattattcaacaatggtttgagttgtggt 3814902  T
Q  318 tcttgttttgagattaggtgtgctggtgaccgtaaatggtgtcttcctggctctattttggtcactgctactaatttctgtcc 400  Q
     | || | ||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||||| | |||||| ||| | || ||||| ||||||||||||||    
T  3814901 gcatgctatgaaattaaatgtgctagtgacccaaaatggtgtctccatggctccattgttgttactgccactaatttctgtcc 3814819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 3815764 - 3815710
Alignment:
Q  65 ttaatgcacatgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggtat 119  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || || |||||||||||    
T  3815764 ttaatgcacatgcaaccttctatggtggcagtgatgcttctggcacaatgggtat 3815710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 3814784 - 3814707
Alignment:
Q  459 tttgatcttgctcaacctgtttttcttaaaattgctcaatacaaagctggaattgttcctgtttcttacagaaggtaa 536  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |   | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  3814784 tttgatctctctcaacctgttttccaacacattgctcaatataaagctggtattgttcctgttgtttatagaaggtaa 3814707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 45507268 - 45507223
Alignment:
Q  73 catgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggta 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45507268 catgcaactttctatggtggaagtgatgcctcaggaacaatgggta 45507223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 45512728 - 45512683
Alignment:
Q  73 catgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggta 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45512728 catgcaactttctatggtggaagtgatgcctcaggaacaatgggta 45512683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 218 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 2867243 - 2867193
Alignment:
Q  218 aggtggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaa 268  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  2867243 aggtggggcttgtggatatggaaacctttatagccaaggttatggaacaaa 2867193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 22314260 - 22314166
Alignment:
Q  222 ggtgcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtgg 316  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||  |||||| || ||  ||||||||||  | ||||||| ||| ||||| |||||    
T  22314260 ggtgcttgtggatatgggaacctatacagccaaggctatggagtaaacacagcagcactaagcacagcactattcaacaatggcttaagttgtgg 22314166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 2867678 - 2867625
Alignment:
Q  65 ttaatgcacatgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggta 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  2867678 ttaatgctcatgctactttctatggtggaagtgatgcttctgggacaatgggta 2867625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 225 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 41491267 - 41491164
Alignment:
Q  225 gcatgtggatatggaaacctatacagtcaaggttatggaacaaacactgctgctttaagcacagctttgttcaacagtggtttaagctgtggttcttgtt 324  Q
    |||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||   ||||| || || |||||||||||  | ||||||| |||  |||| |||||||||||||    
T  41491267 gcatgtggttatggaaacttgtatagtcaaggttatggagttaacacagcagcattaagcacagcactattcaacaatggactaagttgtggttcttgtt 41491168  T
Q  325 ttga 328  Q
    ||||    
T  41491167 ttga 41491164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 73 - 118
Target Start/End: Original strand, 38164893 - 38164938
Alignment:
Q  73 catgcaactttctatggaggaagtgatgcatcaggaacaatgggta 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38164893 catgcaactttctatggtggaagtgatgcctcaggaactatgggta 38164938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University