View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11930_high_4 (Length: 869)

Name: NF11930_high_4
Description: NF11930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11930_high_4
NF11930_high_4
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (16-794)||(28922773-28923538)
chr3 (16-796)||(28913349-28914134)
chr3 (18-853)||(28898931-28899773)
chr3 (185-852)||(28888966-28889654)
chr3 (234-796)||(28931652-28932227)
chr3 (782-853)||(28922678-28922749)
chr3 (18-76)||(28932338-28932396)
chr3 (793-852)||(28913278-28913337)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (434-491)||(24383755-24383812)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 28923538 - 28922773
Alignment:
Q  16 cctttttctattgtaaatatagagctcaatataattcaaagtgaagtttcttgcaatctagcatgtgaacatgggttatgaatcatgaaatttaaaaacg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28923538 cctttttctattgtaaatatagagctcaatataattcaaagtgaagtttcttgcaatctagcatgtgaacatgggctatgaatcatgaaatttaaaaacg 28923439  T
Q  116 gcacaaactctttctatttcccaacttacnnnnnnntgattatacatgcatagaatttacattcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccagga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||    
T  28923438 gcacaaactctttctatttcccaacgtacaaaaagatgattatacatgcatagaatttacattcacataattg-------------agaatgtgccagga 28923352  T
Q  216 ggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaatgcttattaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923351 ggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccaccctttatccccataagttcatttgtctaatgcttattaa 28923252  T
Q  316 cattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttctgctttatatggcagtgga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923251 cattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttctgctttatatggcagtgga 28923152  T
Q  416 tctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28923151 tctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttagtaatgttatg 28923052  T
Q  516 acatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctc 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28923051 acatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgctgacaatttgtgccttaaccattttttcatacacttgctc 28922952  T
Q  616 agtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatct 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922951 agtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatct 28922852  T
Q  716 gtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgac 794  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922851 gtcgccagaagattcttcaagaaaagatatgctagagaaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgac 28922773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 28914134 - 28913349
Alignment:
Q  16 cctttttctattgtaaatatagagctcaatataattcaaagtgaagtttcttgcaatctagcatgtgaacatgggttatgaatcatgaaatttaaaaacg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28914134 cctttttctattgtaaagatagagctcaatataattcaaggtgaagtttcttgcaatctagcatgtgaacatgggctatgaatcatgaaatttaaaaacg 28914035  T
Q  116 gcacaaactct--ttctatttcccaacttacnnnnnnntgattatacatgcatagaatttacattcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccag 213  Q
    ||| |||||||  ||||| |||||||| ||        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28914034 gcaaaaactctctttctagttcccaacgtagaaaaaaattattatacatgcatagaatttacattcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccag 28913935  T
Q  214 gaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaatgcttatt 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28913934 gaggcagtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcctttaagttatccctcccatcctttatccccaatagttcatttgtctaatgcttatt 28913835  T
Q  314 aacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctc--ttctgctttatatggcag 411  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  28913834 aacattattgaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttttctgcgttatatggcag 28913735  T
Q  412 tggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||||    
T  28913734 tggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatccttttgtgatgattttattaatgt 28913635  T
Q  512 tatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt-gtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacact 610  Q
     |   | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28913634 cacctcctattaaaagctaaatggaaaaatgttgtgaattggtaatttgttccctaatttaatgccaacaatttgtgccttaaccatttttccatacact 28913535  T
Q  611 tgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtacc 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  28913534 tgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcatccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccgaaagtaattcctgaactggttggtacc 28913435  T
Q  711 aatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgactc 796  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||| ||||||| ||   ||| |||||||||||||||| ||||    
T  28913434 aatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagataagtttgaacaaaatgatttgcaagttgtagccattggagagacttgtaactc 28913349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 28899773 - 28898931
Alignment:
Q  18 tttttctattgtaaatatagagctcaatataattcaaagtgaagtttcttgcaatctagcatgtgaacatgggttatgaatcatgaaatttaaaaacggc 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| || ||  |     
T  28899773 tttttctattgtaaagatagagctcaatataattcaaagggaaatatcgtggaatctagcatgtgaagatgggctattaatcatgaaattcaacaagaga 28899674  T
Q  118 acaaactcttt--ctatttcccaacttacnnnnnnntgattatacatgcatagaatttacattcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccagga 215  Q
    | |  |||| |  |||||| | |||||||       | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  28899673 aaaggctctcttactattttc-aacttacaaaaaacttactatacatgcatagaatttacattcacataattgtgaaatttatttgagcatgtgccagga 28899575  T
Q  216 ggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaatgcttattaa 315  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||||| |||| | ||||||          |||    | ||| ||||||||||||    ||||||||    
T  28899574 ggctgtaaatctataaatcaaactgaaaatttaaaatctgccctcatgttatca---------att----cgata-gttcatttgtctgtgacttattaa 28899489  T
Q  316 cattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtct----cttctgctttatatggcag 411  Q
    |||||| ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||   |||||||||||||    
T  28899488 cattattgaacatttctgcttccttaagagtataaaagaacctctgatctataatattttgttactgatatttgtctttccctttctctttatatggcag 28899389  T
Q  412 tggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgt 511  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28899388 tggatctcaagggagatggcattgttacaacatcgtattgatctggccaatgaaaagggacggagaagagaatatcctttcatgatatgtttgttaatgt 28899289  T
Q  512 tatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgt-attttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacact 610  Q
    ||   |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| | | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28899288 tacctcatattagaagctaaaggccaaaatattatgaattgttaatctgtttcctaatttaacgctgacaatttgtgccttaaccatatttccatacgct 28899189  T
Q  611 tgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtacc 710  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||    
T  28899188 tggccagtacatggaccgaaaacagaagcttgggtctccatctgaacaattgcgtttattaagtgaaattccaaaagtaattcctgaaatggttgatacc 28899089  T
Q  711 aatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgt---------------gact 795  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||                |||    
T  28899088 aatctgtcaccggaagattcctcaagaaaagataagctagagcaaaaagatttgccagaatcagccattggagagacttgtaactcttttgcacaatact 28898989  T
Q  796 ccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 853  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898988 ccacacatgatggtttttcccaatgtctggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 28898931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 185 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 28889654 - 28888966
Alignment:
Q  185 attgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatc 284  Q
    ||||||| |||||||| ||   ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||   |||||||| ||||| | | || |||||    
T  28889654 attgtgaaatttacttaagtgcgtgtcaggaggcagtaaatctataaaacaaactgaaaatttaaaatctgtacttaagttgtcccttcaatcctttatc 28889555  T
Q  285 cccataagttcatttgtctaatg-cttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactga 383  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |    
T  28889554 cccaatagttcatttgtctaatggcttattaacatcattgaccatttctgattcctttagagtataaaagaacatatgatctatcatattttgtaactaa 28889455  T
Q  384 tatttgtctct--tctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagag 481  Q
    |||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28889454 tatttgtctctcttctactttacatggcagtggatctcaagggagagagaattgttacgaaatcgtattgatcgggctaatgaaaagggatggaggagag 28889355  T
Q  482 aatatcctttcatgatatatttatt-aatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt-gtattttg-ttacctaatttaatgcaga 578  Q
    ||||||||||   ||| | |||||| |||| ||   ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||  |    
T  28889354 aatatccttttgcgatgtttttattaaatgatacctcatattaaaagctaaagggaaaaatgttgtgaattggtaatttgtttccctaatttaatgccaa 28889255  T
Q  579 caatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaa 678  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||| |||||||| |||||    
T  28889254 caatttgtgccttaaccatatttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctccgtcagaacaatcacatttattaaatgaaa 28889155  T
Q  679 ttccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacat 778  Q
    |||||||||||||||| ||| || | | ||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||| |||    
T  28889154 ttccaaaagtaattcctgaaatgattgataccagtctgtcaccagaaaattcctcaaaaagagataagcttgagcacaatgatttaccagaattagccat 28889055  T
Q  779 tggagagacttgt---------------gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgt 852  Q
    ||| |||||||||                |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28889054 tggtgagacttgtaactctgttggacagtactccacacatgatggttttgctcaatgtctggataagagaacagatgttttaggtctgt 28888966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 234 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 28932227 - 28931652
Alignment:
Q  234 caaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaat-gcttattaacattatagaacatttct 332  Q
    ||||||| ||||| | ||||| | ||| ||||||| || | | || |||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||    
T  28932227 caaactgaaaatttaaaatctgctctttagttatcgcttcaatcctttatccccaatagctcatttgtctaatagcttattaacatcattgagcatttct 28932128  T
Q  333 gtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtct----cttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 428  Q
    | || ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28932127 gctttctttatggtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatattggtctttctcttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 28932028  T
Q  429 agaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatg-acatattagaag 527  Q
     |  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||    
T  28932027 tgcgttgttaagaaatcgtattgatctggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatttttattaatgttgtgttcatattagaag 28931928  T
Q  528 ctaaatgccaaaatgttgtgaatt--------gtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagta 619  Q
    ||||| ||||||||||||||||||         || |||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28931927 ctaaaggccaaaatgttgtgaattagcatttattaatttgtt-ccaaatttaatgctaacaatttgcgccttaaccatatttccatacacttgctcagta 28931829  T
Q  620 catggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtca 719  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||||||||| ||     
T  28931828 catggaccgaaaacagaagctcgagtctccatcagaacaatcacgtttattaggtgaaatcccagaagtaattcctgaaatggttgataccaatctttcc 28931729  T
Q  720 ccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgactc 796  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  28931728 ccagaaaaatcctcaagaaaagataaggttgagcaaattgatttgccagatttagttattggagagacttgtaactc 28931652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 782 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 28922749 - 28922678
Alignment:
Q  782 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 853  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922749 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 28922678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 28932396 - 28932338
Alignment:
Q  18 tttttctattgtaaatatagagctcaatataattcaaagtgaagtttcttgcaatctag 76  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  28932396 tttttctattttaaatatagagctcaatataattcaaagtgaaatttcttcgaatctag 28932338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 793 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 28913337 - 28913278
Alignment:
Q  793 actccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgt 852  Q
    ||||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28913337 actccacacataatggttttgctctatgtctggataagagaacagatgttgtaggtctgt 28913278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 434 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 24383812 - 24383755
Alignment:
Q  434 tgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatccttt 491  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  24383812 tgttacaaaatcttattgaccgggcaaatgaaaagggttggcgaagagaatatccttt 24383755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University