View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11930_low_81 (Length: 337)

Name: NF11930_low_81
Description: NF11930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11930_low_81
NF11930_low_81
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-328)||(9401035-9401362)
chr5 (1-297)||(20075414-20075710)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-295)||(8930063-8930357)
chr4 (1-325)||(8975764-8976088)
chr4 (1-297)||(8916218-8916517)
chr4 (1-328)||(9027516-9027843)
chr4 (1-297)||(8905374-8905673)
chr4 (1-328)||(8952675-8953002)
chr4 (1-327)||(8971959-8972285)
chr4 (1-328)||(9002023-9002347)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9401362 - 9401035
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9401362 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 9401263  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9401262 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatattccatttatgggttggattgataaac 9401163  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9401162 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaagagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatgaacaacaatt 9401063  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgatgtc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9401062 tacaagtgaaaaggttattgttgatgtc 9401035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 20075710 - 20075414
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaagga-ct 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| || |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||| ||    
T  20075710 ttcttcaattgttacaaatttgagtgagatattaacttctctttccagtacaataatttgtaggattgctttcggtaggaggtacgaggatgaaggaact 20075611  T
Q  100 agagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaa 199  Q
    | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  20075610 a-agaggagtaaattccagggaatgttgcatgagtttgaggccatgataacagctttctttatttctgattatattccattcacgggttggattgataaa 20075512  T
Q  200 ctaagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaaca 297  Q
    |||   ||  | | ||  ||||| ||  ||||||| |||||| | ||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20075511 ctatctggacttcgtgcgcgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccaagaggttattgatgaacatttggatccaaatagacaaca 20075414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 8930357 - 8930063
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||  |||| | |||||| |  |||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||| || ||  ||||  |     
T  8930357 ttcttcaaatgttacaaatttgagtgagatattgacttctctatatagtacaatgatttgtaggattgcttttgggaagaggtacgaggaacaagggatt 8930258  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||    
T  8930257 gagaggagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccttgatgacagctttctttgtttctgattatattacattcatgagttggattgataaac 8930158  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaa 295  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8930157 ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagatggatgcattttaccaagaggttattgatgaacatttggatccaaatagacaa 8930063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Original strand, 8975764 - 8976088
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||       
T  8975764 ttcttcaagtgttacaaatttgagtgagttattgatttcgctatcaagtactataatttgtaggattgcttttgggagaagctatgaggatgaaggaact 8975863  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    || || ||||  || ||||||||||||||||||||| | ||  |  |  |||   | ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  8975864 gaaagaagtaggtttcatggaatgttgcatgagtttcaagctttacttgcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaac 8975963  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  8975964 ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgaacatttggatccaaatagagaacaaat 8976063  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgat 325  Q
    ||||  |||| | ||||||||||||    
T  8976064 tacagatgaagaagttattgttgat 8976088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 8916517 - 8916218
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaagga-ct 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||    
T  8916517 ttcttcaattgttacaaatttgagtgagatattgacttctctctctagtacaataatttgtaggattgctttcggtaggagttatgaagatgaaggaact 8916418  T
Q  100 ag--agagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgata 197  Q
    |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  8916417 aataagaggagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctctctttatttctgattatattccatttacgggttggattgata 8916318  T
Q  198 aactaagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaaca 297  Q
    |||||   ||  | | ||  ||||| ||  ||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8916317 aactatctggccttcgtgcacgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccaggaggttattgatgaacatttggatccaaatagacaaca 8916218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 9027516 - 9027843
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||       
T  9027516 ttcttcaagtgttacaaatttgagtgagttattgatttcgctatcaagtactataatttgtaggattgcttttgggagaagctatgaggatgaaggaact 9027615  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    || || ||||  || ||||||||||||||||||||| | ||  |  |  |||   | ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||    
T  9027616 gaaagaagtaggtttcatggaatgttgcatgagtttcaagctttacttgcagaaatatttgtttctgattatattcccttcatgagttggattgataaac 9027715  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| |    
T  9027716 ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgtacatttggatccaaatagagaacaaat 9027815  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgatgtc 328  Q
    ||||  |||| | | |||||||||||||    
T  9027816 tacagatgaagaagatattgttgatgtc 9027843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 8905673 - 8905374
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaagga-ct 99  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||    
T  8905673 ttcttcaaatgttacaaatttgagtgagatattgacttctctctctagtacaataatttgtaggattgctttcggtaggagttatgaagatgaaggaact 8905574  T
Q  100 ag--agagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgata 197  Q
    |   |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  8905573 aataagaggagtaaattccatggaatgttgcgtgagtttgaggccatgttgacagctctctttatttctgattatattccatttacgggttggattgata 8905474  T
Q  198 aactaagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaaca 297  Q
    |||||   ||  | | ||  ||||| ||  ||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8905473 aactatctggccttcgtgcacgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccaggaggttattgatgaacatttggatccaaatagacaaca 8905374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 8952675 - 8953002
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||||| | | |     
T  8952675 ttcttcaagtgttacaaatttgagtgagttattgatttcactctcaagtactataatttgtagaattgcttttgggaaaagctatgaagatgatgaaatt 8952774  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    ||||  ||||  || |||||| |||||||||||||| | ||  || |  || |   |||| ||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |    
T  8952775 gagaagagtaggtttcatggattgttgcatgagtttcaagctttgcttgcaacaagctttttttctgattatattccattcacgggatggattgataagc 8952874  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |    
T  8952875 tcagaggattgcatggtcgtgttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgaacatttggatccaaatagagaacatat 8952974  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgatgtc 328  Q
    ||||  |||| ||| |||||||||||||    
T  8952975 tacagatgaagaggatattgttgatgtc 8953002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 8972285 - 8971959
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||  | || |||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || |||||  |||| |||       
T  8972285 ttcttcaagtgttacaaatttgagtgaggtgttgatttctctatcaagtactataatttgtaggattgcttttgggagaagctatgagaatgatggaact 8972186  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    ||||  |||| ||| |||| |||||||||||||||| | ||  || |  |||  || ||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |    
T  8972185 gagaaaagtagatttcatgaaatgttgcatgagtttcaagctttgcttgcagaattttttgtttgtgattatattccatatatgggttggcttgataagc 8972086  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    | ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |    
T  8972085 ttagaggattgcatggtcgtgttgataaaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgagcatttggatccaaatagagaacaaat 8971986  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgatgt 327  Q
    || |  |||| | | ||||||||||||    
T  8971985 taaagatgaagaagatattgttgatgt 8971959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9002347 - 9002023
Alignment:
Q  1 ttcttcagttgttacaaatttgagtgaattattaatttctctctcaagtaaaataatttgtagggttgcttttgggaggaggtatgaagatgaaggacta 100  Q
    |||||||  |||| ||||| |||||||  |||| || ||||| |||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||       
T  9002347 ttcttcaagtgtttcaaatatgagtgagatattgatatctctttcaagtacgataatttgcaggattgtttttgggagaagctatgaagatgaaggaact 9002248  T
Q  101 gagagtagtaaattccatggaatgttgcatgagtttgaggccatgttgacagctttctttgtttctgattatatcccatttatgggttggattgataaac 200  Q
    ||||| ||||  || || |||||||| ||||||| | | ||  || || |||   | ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  9002247 gagagaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaac 9002148  T
Q  201 taagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattctaccaagaaattattgatgaacatttggatccaaatggacaacaatt 300  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||       
T  9002147 ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgatttttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca--- 9002051  T
Q  301 tacaagtgaaaaggttattgttgatgtc 328  Q
    ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  9002050 tacagatgaagaggttattgttgatgtc 9002023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University