View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11932_low_6 (Length: 746)

Name: NF11932_low_6
Description: NF11932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11932_low_6
NF11932_low_6
[»] chr6 (30 HSPs)
chr6 (17-346)||(13890329-13890658)
chr6 (422-736)||(13860714-13861028)
chr6 (420-732)||(14027134-14027446)
chr6 (421-736)||(13943033-13943348)
chr6 (412-736)||(13890694-13891015)
chr6 (412-736)||(13470610-13470934)
chr6 (453-736)||(14017142-14017425)
chr6 (429-732)||(14086658-14086964)
chr6 (417-736)||(14112538-14112857)
chr6 (83-346)||(13872542-13872802)
chr6 (83-346)||(14112886-14113149)
chr6 (83-346)||(13470314-13470574)
chr6 (83-346)||(14087035-14087298)
chr6 (83-346)||(14017452-14017715)
chr6 (96-232)||(14000443-14000576)
chr6 (83-346)||(14027493-14027756)
chr6 (83-346)||(14049280-14049543)
chr6 (123-346)||(13860442-13860671)
chr6 (83-346)||(13943387-13943653)
chr6 (417-734)||(13872831-13873148)
chr6 (662-736)||(14027058-14027132)
chr6 (662-736)||(13471004-13471078)
chr6 (417-559)||(14049097-14049239)
chr6 (662-736)||(14112466-14112540)
chr6 (664-733)||(13873150-13873219)
chr6 (662-700)||(13891013-13891051)
chr6 (662-700)||(14017106-14017144)
chr6 (662-700)||(14027022-14027060)
chr6 (663-700)||(13873293-13873330)
chr6 (663-733)||(13873221-13873291)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 30)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Original strand, 13890329 - 13890658
Alignment:
Q  17 acaatatgttataaatttgcctattggcactgtaattaagtaaacacaacagttaatcaacttacacacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaa 116  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  13890329 acaatatgttataaattcggctattggcactgtaattaagtaaacacaacaatcaatcaacttacacacaatgacaataatgaacccattttgtttgaaa 13890428  T
Q  117 ttgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagaccttgtttattcaaaagaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcac 216  Q
    || || ||||||||||||||| | |    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  13890429 ttaattattcaaaccatatttttaacgcttttggtgttgcaagcagaccttgtttgttcaaaagaggttgttaaatgcattcaaagtgagaggcatgcac 13890528  T
Q  217 ttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcagattgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacct 316  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13890529 ttcttcaattcaaggctggtcttaccgatgaatatggcatgttgtcatcttggacgacggcagattgctgcgaatggtatggaattggttgcagcaacct 13890628  T
Q  317 cactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  13890629 cactggtcatgtacttaagctcgaccttca 13890658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 422 - 736
Target Start/End: Original strand, 13860714 - 13861028
Alignment:
Q  422 tatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttc 521  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  | | |||  ||||    
T  13860714 tatcaggggtgatatccacaagtcattggtggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaagagtattctaccaggtttc 13860813  T
Q  522 tttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaaatact 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| |  || |||||||||||||    
T  13860814 tttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgtcattttggaggacaaattcatattcaatttgagtctctttcgcatttgaaatact 13860913  T
Q  622 tgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaagg 721  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| |||||    
T  13860914 tgaatctttcgtggaatcatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaattttttggaagg 13861013  T
Q  722 aagcattccatctca 736  Q
    |||||||||||||||    
T  13861014 aagcattccatctca 13861028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 420 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 14027446 - 14027134
Alignment:
Q  420 tatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatt 519  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |   |||| ||| | |  ||    
T  14027446 tatatcagtggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagtagaaataattttgaaggcaattctatactaggtt 14027347  T
Q  520 tctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaaata 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  14027346 tctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgtcattttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaata 14027247  T
Q  620 cttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaa 719  Q
    ||||||||||||    |||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| |||    
T  14027246 cttgaatctttccaacaatcttctagatggtttgattcctcatcaacttggaggtctctccaacttgcaatttcttgatctcagccacaattatttggaa 14027147  T
Q  720 ggaagcattccat 732  Q
    |||||||||||||    
T  14027146 ggaagcattccat 14027134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 421 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 13943348 - 13943033
Alignment:
Q  421 atatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatattt 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |   |||| ||| |||  |||    
T  13943348 atatcagcggtgatatccacaagtcactgatggagttgcaacagttacaatatttgaacttcagtagaaataattttgaaggcaattctataccaggttt 13943249  T
Q  521 ctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaaatac 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||    
T  13943248 ctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgttattttcgaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaatac 13943149  T
Q  621 ttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaag 720  Q
    ||||||||||| |  |||  ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||    
T  13943148 ttgaatctttcctacaatcttctagatggtttgattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaattatttggaag 13943049  T
Q  721 gaagcattccatctca 736  Q
    ||||||||||||||||    
T  13943048 gaagcattccatctca 13943033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 412 - 736
Target Start/End: Original strand, 13890694 - 13891015
Alignment:
Q  412 ataacttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatat 511  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   | | || |    
T  13890694 ataaattttatatcatgggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacagttacaatatttgaacctcaacagaaataattttagagggagtcatgt 13890793  T
Q  512 tccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacat 611  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  |  |||    
T  13890794 cccaggtttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcttattgcggttttggaggacaaattcctattcaatttgagtcactttaccat 13890893  T
Q  612 ttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatc 711  Q
    ||||||||||||||  ||||  | ||| |||| |||||| |||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  13890894 ttgaaatacttgaaaatttccggcaatgatctggatggtttgattcc---tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatcttagccgcaatc 13890990  T
Q  712 attttgaaggaagcattccatctca 736  Q
     ||| ||||||||||||||||||||    
T  13890991 ttttggaaggaagcattccatctca 13891015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 412 - 736
Target Start/End: Original strand, 13470610 - 13470934
Alignment:
Q  412 ataacttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatat 511  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||  | ||||||||||||  |   ||||||||    
T  13470610 ataaattttatatgagtggtgatatccacaagtcattgatggagttgcagcaattaaagtatttgaaccttggtggaaataattttgaaggcaattatat 13470709  T
Q  512 tccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacat 611  Q
     | |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||| |  || |||    
T  13470710 cctaagtatctttggatctctaagaaacctaagataccttgatctttcaggttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattcgagtctctttctcat 13470809  T
Q  612 ttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatc 711  Q
    |||||||||||||||||||||   ||   ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  13470810 ttgaaatacttgaatctttcaaacaaccgtctagatggtgttattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaggaacaatc 13470909  T
Q  712 attttgaaggaagcattccatctca 736  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||    
T  13470910 gtttggaaggaagcattccaactca 13470934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 453 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 14017425 - 14017142
Alignment:
Q  453 gagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttg 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||  |   |||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017425 gagttgcaacaattacaatatttgaacttcagtagaattaattttgaaggcaattctataccaggtttctttggatctttaagaaacctaagataccttg 14017326  T
Q  553 atctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtgt 652  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||    ||| |||| ||||||||    
T  14017325 atctttcaatttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaatacttggatctttccaacaatcatctagatggtgt 14017226  T
Q  653 gattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatctca 736  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||| |||| || |||||||||||||||||    
T  14017225 gattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaccaatgatttggatggaagcattccatctca 14017142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 429 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 14086964 - 14086658
Alignment:
Q  429 ggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttctttggat 528  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | || |||||||| ||  ||||| |||||  |   ||| |||| |||  |||||||||||    
T  14086964 ggtgatatccacaactcactgatggagttgcaaaaattaaagtacttgaacctaagtagaaatgattttcaaggcaatcatatcccaagtttctttggat 14086865  T
Q  529 ctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaa---aattcctattccattggagtcaccctcacatttgaaatacttgaa 625  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |   ||||||||||| ||||||||| |  |  |||||||||||||||||    
T  14086864 ctctgagaaacctaagataccttgatctttcatattgcaattttgaaggagatcaaattcctattcaattggagtctcttttgcatttgaaatacttgaa 14086765  T
Q  626 tctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagc 725  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | || ||||||||     
T  14086764 tctttcatggaattatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaatgacttggaaggaagt 14086665  T
Q  726 attccat 732  Q
    |||||||    
T  14086664 attccat 14086658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 417 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 14112857 - 14112538
Alignment:
Q  417 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 516  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||  |   ||  |||| |||     
T  14112857 ttttatatcagtggtgatatccacaagtcactgatagagttgcagcaattaaagtatttgaacctcagtggaaataattttgaaggcaaagatatcccaa 14112758  T
Q  517 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaa 616  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  14112757 gtttctttggatctctaagaaacctaagaaaccttgatctttcaaattgttattttggcggacgaattcctattccattggggtctctttcacatttgaa 14112658  T
Q  617 atacttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttt 716  Q
    |||| | ||||||||    |||  ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | |||  |||     
T  14112657 atacataaatctttccaacaatcgtctagatggtgtgattcctaatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaataatggtttg 14112558  T
Q  717 gaaggaagcattccatctca 736  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14112557 gaaggaagcattccatctca 14112538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Original strand, 13872542 - 13872802
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagaccttgtttattcaaaagag 182  Q
    ||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13872542 cacaatgccaatgatgaatccatcttgtttgaaattgata---caaacaatatttctcatgtgtttggcgttgcaagcagaccttgtttgttcaaaagag 13872638  T
Q  183 gttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcagatt 282  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    |||| ||||    ||| |||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  13872639 gttgttaggtgcatacaaagtgagagacaggcactccttaaattcaaggctggccttattgatgtgaatggcatgttgtcatcttggacaacggcagatt 13872738  T
Q  283 gctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  13872739 gctgccaatggtatggaattcgttgcagcaacctcactggccatgtacttatgctcgatcttca 13872802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14113149 - 14112886
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagaccttgtttattcaaaagag 182  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14113149 cacaatgtcaatgatggatccattttgtttgaaattgat---tcaaatcctatttctcatgtctttggtgttgcaagcagaccttgtttgttcaaaagag 14113053  T
Q  183 gttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatg---acatgctgtcatcttggacgatggcag 279  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||||   ||||   |||||||||||||||||| ||  | ||    
T  14113052 gctgttaggtgcatacaaagtgagaggcaggcacttctacaattcaaggctggccttactgatgtgtatgacaacatgctgtcatcttggaggacagaag 14112953  T
Q  280 attgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  14112952 attgctgccaatggaagggaattggttgcagcaacgtcacttgtcatgtaattatgctcgaccttca 14112886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Original strand, 13470314 - 13470574
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagaccttgtttattcaaaagag 182  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||| |     
T  13470314 cacaatgtcaatgatgaatccattttgtttgaaattgag---tcaaacaatatttctcatctgtttggtgttgcaagcatattttgtttgttcaaaaaaa 13470410  T
Q  183 gttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcagatt 282  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||| ||||   |||| |||| |||||||||||||||  | |||||    
T  13470411 gttgtcaggtgcatacaaagtgagaggcaggcacttcttcaattcaaggctgcccttattgatgactatggcatgttgtcatcttggacgacagaagatt 13470510  T
Q  283 gctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||    
T  13470511 gctgccaatggaagggaattggttgcagcaacctcactgatcatgtaattatgctcaaccttca 13470574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14087298 - 14087035
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagacc---ttgtttattcaaaa 179  Q
    |||| |||| || ||||| | |||||||||||||||| |    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||   |||||| |||||||    
T  14087298 cacattgtcaatcatgaatctattttgtttgaaattggtc---caaacaatatttctcatatatttggtgttgcaagtagaccagcttgtttgttcaaaa 14087202  T
Q  180 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcag 279  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||    
T  14087201 gaggttgttaggtgcatacaaagtgagaggacagcacttcttcaatttaaggctgcccttactgatccatatggcatgctgtcatcttggacgacagaag 14087102  T
Q  280 attgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  14087101 attgctgccaatggaagggaattggttgcaacaacctcactggccatgtacttatgctcaaccttca 14087035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14017715 - 14017452
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagacc---ttgtttattcaaaa 179  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   || ||| |||||||    
T  14017715 cacaatgtcaattatgaatccattttgttttaaattgat---tcaaatcatatttctcatgtgtttggtgtttcaagcagaccaacttatttgttcaaaa 14017619  T
Q  180 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcag 279  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||      |||  ||||   | || |||| ||||||||||||| |  | ||    
T  14017618 gaggttgttagatgtattcaaagtgagaggaaggcacttctacagttcaagtatggccttgttgatgagtttggcatgttgtcatcttggacaacagaag 14017519  T
Q  280 attgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  14017518 attgctgcgaatggtatggaattggttgcagcaacctcactggtcatgtacttatgctcaaccttca 14017452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 96 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14000576 - 14000443
Alignment:
Q  96 atgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagaccttgtttattcaaaagaggttgttagatgca 195  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14000576 atgaatccattttgtttgaaattgat---tcaaacaatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagactttgtttattcaaaggaggttgttagatgca 14000480  T
Q  196 ttcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggc 232  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14000479 tacaaagtgagaggaaagcacttcttcaattcaaggc 14000443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14027756 - 14027493
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagacc---ttgtttattcaaaa 179  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||| | ||||||||||   |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||    
T  14027756 cacaatgtcaattatgaatccattttctatgaaattgat---tcaagccatatttctcatatgtttggtgttgcaagcagaccagtttgtttgttcaaaa 14027660  T
Q  180 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcag 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||      |||  |||   || || |||| ||||||||||||| |  | ||    
T  14027659 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggcaggcactcctgcaattcaagtttggccttgttgacaaatttggcatgttgtcatcttggacaacagaag 14027560  T
Q  280 attgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  14027559 attgctgcgaatggtatggaattggttgcagcaatatcactggccatgtacttatgctcgaccttca 14027493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14049543 - 14049280
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagac---cttgtttattcaaaa 179  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||  ||||||    
T  14049543 cacaatgtcaatcatgaatccattttgttttaaattgat---tcaaatcatatttctcatgtgtttggtgttgcaagcagaccagcttgtttgctcaaaa 14049447  T
Q  180 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgacatgctgtcatcttggacgatggcag 279  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||| |    |||| ||||  || ||||||| |||||| |||||| |  | ||    
T  14049446 gaggttgtcaggtgcatacaaagtgagagacaggcacttctgcaattcaagtctggccttattgatgaatttgacatgttgtcattttggacaactgaag 14049347  T
Q  280 attgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  14049346 attgctgccaatggtatggaattggttgcagcaatatcactggccatgtacttatgctcgatcttca 14049280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 346
Target Start/End: Original strand, 13860442 - 13860671
Alignment:
Q  123 attcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagacc---ttgtttattcaaaagaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttc 219  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  13860442 attcaagccatatttctcatatgtttggtgttgcaagctgaccagcttgtttgttcaaaagagtttgttaggtgcatacaaagtgagaggcaggcgcttc 13860541  T
Q  220 ttcaattcaaggcacttcttactgatccatatg---acatgctgtcatcttggacgatggcagattgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacct 316  Q
    | |||||||||||    |||||||||   ||||   |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |    
T  13860542 tacaattcaaggctggccttactgatgtgtatgacaacatgctgtcatcttggacgacagaagattgctgccaatggaagggaattggttgcagcaacgt 13860641  T
Q  317 cactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13860642 aactggtcatgtaattatgctcgaccttca 13860671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 83 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13943653 - 13943387
Alignment:
Q  83 cacaatgtcgatgatgaacccattttgtttgaaattgataattcaaaccatatttctcatctgtttggtgttgcaagcagacc---ttgtttattcaaaa 179  Q
    ||||||||| || ||||| | | ||||||| ||||||||   ||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| |||   |||||| |||||||    
T  13943653 cacaatgtcaattatgaatcaactttgttttaaattgat---tcaaatcatatttctcatgtgtttgttgtttcaagcataccaacttgtttgttcaaaa 13943557  T
Q  180 gaggttgttagatgcattcaaagtgagaggaaggcacttcttcaattcaaggcacttcttactgatccatatgaca---tgctgtcatcttggacgatgg 276  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||    |||| ||||  ||||||||   ||||||||||||||||||  |    
T  13943556 gaggttgttaggtgcatacaaagtgagaggcaagcacttctacaattcaaagctggccttattgatgaatatgacaacatgctgtcatcttggacgacag 13943457  T
Q  277 cagattgctgccaatggtatggaattggctgcagcaacctcactggtcatgtacttatgcttgaccttca 346  Q
     |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13943456 aagattgctgccaatggaagggaattggttgcagcaacgtcactggtcatgtaattatgctcgaccttca 13943387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 417 - 734
Target Start/End: Original strand, 13872831 - 13873148
Alignment:
Q  417 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 516  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||| || ||| |||||| |   | | ||| |  |     
T  13872831 ttttatatcggaggtgatgtcgacaagtcagtgatggagttgaagcaattaaagtatttgaacttcagtgggaattattttaaaggcagtaatagtttag 13872930  T
Q  517 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcaccctcacatttgaa 616  Q
     ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||   |||    ||||| ||||||||| | |||| ||| ||||| |   | ||||||||    
T  13872931 gtttttttggttctctaagaaacataagataccttgacctttcacgttgtcgctttggtggaaaaatttcaattcaatttgagtctcttccgcatttgaa 13873030  T
Q  617 atacttgaatctttcatggaattatctcgatggtgtgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttt 716  Q
    ||| |||| |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | | |||| ||||||| ||  ||||||||||     
T  13873031 atatttgagtctttcctcgaatgatctcgatggtttgattcctcatcaacttggaaatctctccaatgttcgatttattgatctaagcaacaatcattta 13873130  T
Q  717 gaaggaagcattccatct 734  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13873131 gaaggaagcattccatct 13873148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 662 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 14027132 - 14027058
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatctca 736  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  14027132 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaattatttggaaggaagcattccatctca 14027058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 662 - 736
Target Start/End: Original strand, 13471004 - 13471078
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatctca 736  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||| |||||||  |||||||||||    
T  13471004 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctataataatttggaaggaaatattccatctca 13471078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 417 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 14049239 - 14049097
Alignment:
Q  417 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 516  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||| | || ||| |||| | | ||| || ||| |||     
T  14049239 ttttatatccgtggtgatatccacaactcattgatggagttgcagcaactaaagtatttgaacctccgtgggaattatttcacagatatttctatcccag 14049140  T
Q  517 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttc 559  Q
     |||| |||||||| |||||||| |||| || | |||||||||    
T  14049139 gtttcattggatctctaagaaacttaaggtatcatgatctttc 14049097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 662 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 14112540 - 14112466
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatctca 736  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  14112540 tcaacttggaaatctttccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaatggttttgaaggaagcattccatctca 14112466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 664 - 733
Target Start/End: Original strand, 13873150 - 13873219
Alignment:
Q  664 aacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatc 733  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  13873150 aactcggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaatcgtttggaaggaagcataccatc 13873219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 662 - 700
Target Start/End: Original strand, 13891013 - 13891051
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatct 700  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13891013 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatct 13891051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 662 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 14017144 - 14017106
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatct 700  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017144 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatct 14017106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 662 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 14027060 - 14027022
Alignment:
Q  662 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatct 700  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14027060 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatct 14027022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 663 - 700
Target Start/End: Original strand, 13873293 - 13873330
Alignment:
Q  663 caacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatct 700  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13873293 caacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatct 13873330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 663 - 733
Target Start/End: Original strand, 13873221 - 13873291
Alignment:
Q  663 caacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcattttgaaggaagcattccatc 733  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||| | | ||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  13873221 caacttgaaaatctctccaacttgaaatttcttcatctcaaaaacaatgatttggaaggaaggattccatc 13873291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University