View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11932_low_63 (Length: 278)

Name: NF11932_low_63
Description: NF11932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11932_low_63
NF11932_low_63
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (12-229)||(41041528-41041745)
chr8 (18-229)||(5037406-5037617)
chr8 (12-229)||(15307256-15307473)
chr8 (12-229)||(15487625-15487842)
chr8 (12-229)||(27405086-27405303)
chr8 (12-229)||(29238158-29238375)
chr8 (12-229)||(40338616-40338840)
chr8 (12-187)||(27692130-27692305)
chr8 (12-187)||(33707795-33707970)
chr8 (12-195)||(13485114-13485297)
chr8 (48-220)||(3152483-3152655)
chr8 (23-209)||(11720339-11720525)
chr8 (12-109)||(42942758-42942855)
chr8 (12-109)||(22273223-22273328)
chr8 (23-110)||(26239504-26239591)
chr8 (23-110)||(7744193-7744280)
chr8 (72-191)||(12515887-12516006)
chr8 (23-110)||(41824733-41824820)
chr8 (126-191)||(28432939-28433004)
chr8 (126-194)||(25371236-25371304)
chr8 (152-194)||(10770940-10770982)
chr8 (72-155)||(24285797-24285880)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (12-229)||(7371926-7372143)
chr6 (18-229)||(32517841-32518052)
chr6 (12-229)||(32438025-32438240)
chr6 (18-187)||(20524357-20524526)
chr6 (12-229)||(18644237-18644462)
chr6 (23-229)||(33267821-33268027)
chr6 (65-229)||(9399135-9399299)
chr6 (18-229)||(11356170-11356376)
chr6 (23-110)||(10569375-10569462)
chr6 (23-110)||(7050734-7050821)
chr6 (23-110)||(6902125-6902212)
chr6 (126-194)||(17935548-17935616)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (12-229)||(41760670-41760887)
chr4 (18-229)||(11254873-11255084)
chr4 (18-229)||(49524102-49524313)
chr4 (12-229)||(51012891-51013108)
chr4 (18-229)||(35402611-35402822)
chr4 (23-229)||(2692229-2692435)
chr4 (12-187)||(43520402-43520577)
chr4 (12-171)||(42981584-42981743)
chr4 (53-229)||(11641094-11641270)
chr4 (12-131)||(834096-834215)
chr4 (12-131)||(5438744-5438863)
chr4 (133-229)||(41760543-41760638)
chr4 (23-110)||(48645809-48645896)
chr4 (23-110)||(54387116-54387203)
chr4 (126-191)||(32652936-32653001)
chr4 (126-194)||(4614587-4614655)
chr4 (72-194)||(28101484-28101606)
chr4 (81-194)||(7150446-7150559)
chr4 (139-194)||(27385571-27385626)
chr4 (137-191)||(13449570-13449624)
chr4 (195-225)||(42981742-42981772)
chr4 (126-178)||(10544180-10544232)
[»] chr7 (32 HSPs)
chr7 (18-229)||(38473067-38473278)
chr7 (12-229)||(22154864-22155081)
chr7 (12-229)||(22210779-22210996)
chr7 (12-224)||(6604489-6604701)
chr7 (18-229)||(24227364-24227575)
chr7 (18-228)||(34775906-34776115)
chr7 (18-229)||(45360307-45360517)
chr7 (18-229)||(46438452-46438664)
chr7 (12-229)||(35692294-35692510)
chr7 (18-192)||(23905232-23905406)
chr7 (12-187)||(27665031-27665206)
chr7 (12-187)||(29995501-29995676)
chr7 (56-229)||(69132-69305)
chr7 (48-229)||(47385150-47385331)
chr7 (48-229)||(48310948-48311129)
chr7 (18-144)||(39858271-39858396)
chr7 (19-109)||(37114591-37114681)
chr7 (72-194)||(11683621-11683743)
chr7 (12-88)||(13169047-13169122)
chr7 (126-191)||(4321800-4321865)
chr7 (36-179)||(7402878-7403021)
chr7 (136-195)||(32840551-32840610)
chr7 (126-191)||(34691873-34691938)
chr7 (116-188)||(34784575-34784647)
chr7 (78-177)||(23168652-23168751)
chr7 (117-194)||(40360951-40361028)
chr7 (126-182)||(13035937-13035993)
chr7 (127-191)||(48302873-48302936)
chr7 (105-144)||(13169123-13169162)
chr7 (193-229)||(23905133-23905169)
chr7 (23-56)||(37792150-37792183)
chr7 (49-110)||(38550316-38550377)
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (14-229)||(46198705-46198920)
chr3 (12-229)||(17516293-17516509)
chr3 (12-229)||(30599151-30599368)
chr3 (12-228)||(44275162-44275378)
chr3 (18-229)||(27898058-27898268)
chr3 (12-229)||(43766105-43766322)
chr3 (12-229)||(21349678-21349895)
chr3 (12-229)||(53188643-53188860)
chr3 (13-230)||(54899418-54899643)
chr3 (35-229)||(2377998-2378190)
chr3 (12-187)||(2661198-2661373)
chr3 (23-220)||(610589-610786)
chr3 (18-187)||(44795189-44795358)
chr3 (22-196)||(46113461-46113635)
chr3 (71-229)||(35904692-35904850)
chr3 (12-171)||(2225165-2225332)
chr3 (23-193)||(13466154-13466324)
chr3 (12-109)||(23292232-23292329)
chr3 (23-110)||(48829886-48829973)
chr3 (23-110)||(51685586-51685673)
chr3 (126-194)||(32843436-32843504)
chr3 (127-194)||(23876220-23876287)
chr3 (126-191)||(41945414-41945479)
chr3 (126-194)||(35862440-35862508)
chr3 (126-177)||(2976359-2976410)
chr3 (23-61)||(42280483-42280521)
chr3 (116-188)||(49495067-49495139)
chr3 (12-46)||(35904851-35904885)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (18-228)||(9239-9449)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (18-228)||(34401127-34401337)
chr2 (12-229)||(6798489-6798706)
chr2 (18-229)||(2767903-2768114)
chr2 (18-229)||(16763935-16764146)
chr2 (18-229)||(39456148-39456359)
chr2 (18-229)||(44708765-44708976)
chr2 (12-229)||(17697190-17697407)
chr2 (12-225)||(6784235-6784448)
chr2 (18-229)||(14388037-14388256)
chr2 (12-229)||(24206474-24206699)
chr2 (78-229)||(42518371-42518522)
chr2 (18-144)||(19907308-19907433)
chr2 (18-109)||(40561214-40561305)
chr2 (72-194)||(4047377-4047499)
chr2 (23-194)||(20941686-20941856)
chr2 (126-194)||(26581545-26581613)
chr2 (31-110)||(19581960-19582039)
chr2 (81-194)||(161441-161554)
chr2 (126-191)||(38149341-38149406)
chr2 (116-187)||(7744707-7744778)
chr2 (166-194)||(11022252-11022280)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (12-229)||(27088250-27088467)
chr1 (18-229)||(45045446-45045657)
chr1 (12-224)||(6817664-6817876)
chr1 (18-229)||(37345306-37345517)
chr1 (19-229)||(50555046-50555255)
chr1 (48-229)||(25277310-25277491)
chr1 (18-229)||(26224488-26224707)
chr1 (22-229)||(15105420-15105627)
chr1 (20-229)||(33600087-33600304)
chr1 (12-187)||(46582573-46582748)
chr1 (135-229)||(37087316-37087410)
chr1 (18-109)||(51895228-51895319)
chr1 (18-130)||(31237556-31237660)
chr1 (12-109)||(3012516-3012613)
chr1 (23-110)||(52642698-52642785)
chr1 (126-194)||(42558848-42558916)
chr1 (126-194)||(3369967-3370035)
chr1 (12-66)||(2870563-2870617)
chr1 (116-188)||(51122987-51123059)
chr1 (166-194)||(5784211-5784239)
chr1 (130-194)||(32086009-32086073)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (14-229)||(28821360-28821575)
chr5 (12-229)||(42472426-42472643)
chr5 (12-229)||(21841965-21842182)
chr5 (18-229)||(2180744-2180952)
chr5 (18-187)||(2853253-2853422)
chr5 (93-229)||(17575700-17575837)
chr5 (93-229)||(17577011-17577148)
chr5 (18-144)||(12738075-12738200)
chr5 (18-144)||(12800898-12801023)
chr5 (89-229)||(18624258-18624398)
chr5 (93-229)||(17574980-17575117)
chr5 (18-130)||(30464679-30464791)
chr5 (12-109)||(8540635-8540732)
chr5 (12-109)||(32134897-32134994)
chr5 (126-191)||(1344283-1344348)
chr5 (128-194)||(28036377-28036443)
chr5 (126-187)||(18341214-18341275)
chr5 (81-191)||(1343744-1343854)
chr5 (23-90)||(41494524-41494591)
chr5 (116-188)||(27349967-27350039)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (20-229)||(107529-107738)
[»] scaffold0920 (1 HSPs)
scaffold0920 (27-229)||(1463-1664)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (48-229)||(569-737)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41041745 - 41041528
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41041745 agaaatgtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcaaaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 41041646  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41041645 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgcccttcaaacctcttctctccccctatcctttg 41041546  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
     |||||||||||||||||    
T  41041545 ccttctccatcaaccttg 41041528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 5037406 - 5037617
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5037406 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 5037505  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  5037506 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatcgatcaaccttgccttccaaacctcttctcttcccctatcatttggcttat 5037605  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  5037606 ccatcaaccttg 5037617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 15307256 - 15307473
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15307256 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaat 15307355  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  15307356 actcctatcaataacttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 15307455  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  15307456 gcttctcgatcaaccttg 15307473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 15487625 - 15487842
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15487625 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaat 15487724  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  15487725 actcctatcaataacttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 15487824  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  15487825 gcttctcgatcaaccttg 15487842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27405303 - 27405086
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27405303 agaaaggtttgattcattcattgacaaccttttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 27405204  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  27405203 actcctatcaataacttaatcaacctaagttcacttcctagacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 27405104  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||  ||||||||||    
T  27405103 gcttcttgatcaaccttg 27405086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 29238158 - 29238375
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29238158 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaataactcaaccaaacaaaat 29238257  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29238258 actcctatcaataacttaatcaacctaagcttacttcctacacaatcaactttatccaccaaccttgcccttcaaacctcttctctgcccctatcatttg 29238357  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  29238358 gcttctcgatcaaccttg 29238375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 40338840 - 40338616
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40338840 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattaca-ggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 40338742  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt--------cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccct 203  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40338741 actcctatcaatatcttaatcagcctaagctcacttcctaacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccgt 40338642  T
Q  204 atcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  40338641 atcctctggcttctccatcaaccttg 40338616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Original strand, 27692130 - 27692305
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27692130 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatatcatttttaacaactcaatcaaacaaaat 27692229  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27692230 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 27692305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 33707970 - 33707795
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33707970 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatagacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 33707871  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33707870 acttctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 33707795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 13485297 - 13485114
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13485297 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggtacaatacaatagcattttaaacaactcaatcgaataaaat 13485198  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttct 195  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13485197 actcatatcaatatcttaatcaacataagttcgcttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaaccttttct 13485114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 3152655 - 3152483
Alignment:
Q  48 attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 147  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3152655 attacaacattacacacacttgacacaataaaataacattttaaacgacttaatcaaacaaattactcctatcaatattttaatcaacctaagctcactt 3152556  T
Q  148 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctcca 220  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  3152555 cctatacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaagcctcttctctaacactatcctttggcttctcca 3152483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 11720525 - 11720339
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaa 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||  || ||  |||||| || |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||| ||    
T  11720525 attcattcattttcaacctcttttcattacaatattacacagaattagcacaatacagtagcatgttaaacaacttaaacaaacaaattactcctattaa 11720426  T
Q  123 tatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctt 209  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| || || ||||||||    
T  11720425 atacttaatcaacctaagctcacttcctacacagtcaactttgtccatcaaccttgtccttcaaacctcttcactgccactatcctt 11720339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Original strand, 42942758 - 42942855
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42942758 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaa 42942855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Original strand, 22273223 - 22273328
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttatta--------caacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatca 103  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22273223 agaaaggtttgattcatttattgacaacctcttttcattacaacattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatca 22273322  T
Q  104 aacaaa 109  Q
    ||||||    
T  22273323 aacaaa 22273328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 26239591 - 26239504
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26239591 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacagacttgatacaatacaataacattttaaacaactcaatcacacaaaa 26239504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 7744280 - 7744193
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  7744280 attcattcattgacagcctcttttcattacaacattatacagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcacacaaaa 7744193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 12516006 - 12515887
Alignment:
Q  72 acaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| ||   |||| || | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  12516006 acaatacaatagcatgttaaaaaactcaaacaagcaaattatgactattaaaaacttaatcaacctaagctcacttcccatacaatcaactttgtccatc 12515907  T
Q  172 aaccttgccctccaaacctc 191  Q
    ||| || |||||||||||||    
T  12515906 aacatttccctccaaacctc 12515887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 41824820 - 41824733
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  41824820 attcattcattggcaacctcttttcattacaacattacacaggcttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcacacaaaa 41824733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28433004 - 28432939
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  28433004 cttaatcaccctcagctcacttcttatacaatcaactttgcccatcaaccttgccctccaaacctc 28432939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 25371304 - 25371236
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  25371304 cttattcaacctaagttcacttcctacacactcaactttgtccatcaatcttgctctccaaacatcttc 25371236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 10770982 - 10770940
Alignment:
Q  152 cacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10770982 cacagtcaactttgtccatcaaccttgccttccaaacctcttc 10770940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 155
Target Start/End: Original strand, 24285797 - 24285880
Alignment:
Q  72 acaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatc-aatatcttaatcaacctaagctcacttcctacaca 155  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||   ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  24285797 acaatacaatagcatgttaaacaactcaaacaagcaaattatgactatcaaatat-ttaatcaacttaatctcacttcctacaca 24285880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 7372143 - 7371926
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7372143 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataccattttaaacaactcaatcaaacaaaat 7372044  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7372043 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccttatcctttg 7371944  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7371943 gcttctccatcaaccttg 7371926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 32517841 - 32518052
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32517841 gtttggttcagtcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcat 32517940  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  32517941 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctttgcccatatcctttggcttct 32518040  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  32518041 ccatcaaccttg 32518052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 32438240 - 32438025
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32438240 agaaaggtttgattcattcattgacaatctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatgcaatagcattttaaacaactcagtcaaacaaaat 32438141  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| | |||     
T  32438140 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacc-cttctttgcccctagcattt- 32438043  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32438042 gcttctccatcaaccttg 32438025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 20524357 - 20524526
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  20524357 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgaacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaataaaacaaaatactcat 20524456  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20524457 atcaatatcataatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 20524526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 18644237 - 18644462
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttatta--------caacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatca 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||        ||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  18644237 agaaaggtttgattcattcattgacaatctcttttcattacaacattacaacattacacagacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcagtca 18644336  T
Q  104 aacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccct 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18644337 aacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagttcacttcctactcaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccct 18644436  T
Q  204 atcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    | | |||| |||||||||||||||||    
T  18644437 agcatttgacttctccatcaaccttg 18644462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 33268027 - 33267821
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatg-gacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  33268027 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacaacagacttggcacaatacaataacattttaaacagctcattcaaacaaattactcctatca 33267928  T
Q  122 atatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||| || |||||||||| ||||| |||    
T  33267927 atatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgacc-ccaaacctatactctgccactatcctttgccttcttcat 33267829  T
Q  222 caaccttg 229  Q
    ||||||||    
T  33267828 caaccttg 33267821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 65 - 229
Target Start/End: Original strand, 9399135 - 9399299
Alignment:
Q  65 acttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaacttt 164  Q
    ||||| ||||||  |||| |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9399135 acttggcacaataaaataacattctaaacaactcaaacaaacaaatcactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcatttcctacacaatcaacttt 9399234  T
Q  165 atccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9399235 atccatcaactttgccttccaaacctcttctctgccactatcctttggcttctccatcaaccttg 9399299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 11356170 - 11356376
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttatta--------caacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||        |||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11356170 gtttgattcattcattgaccacctcttttcattacaacattacaacattacatgaacttggcacaatagaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 11356269  T
Q  110 atactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctt 209  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  11356270 atacttctatcaatatcgtaatcaacctaagctgacttcctacaca-------------atcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatt 11356356  T
Q  210 tggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  11356357 tggcttctccatcaaccttg 11356376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 10569375 - 10569462
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10569375 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaa 10569462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 7050734 - 7050821
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7050734 attcatccattgacaacctcttttcattacaacattacacagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaa 7050821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 6902125 - 6902212
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  6902125 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacgcagacttgacacaatacaataactttttaaacaactcaatcacacaaaa 6902212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Original strand, 17935548 - 17935616
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  17935548 cttaatcaacctaagctcacatcctactcagtcaactttgtccctcaaccttaccctccaaaactcttc 17935616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41760887 - 41760670
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41760887 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttcaacaactcaatcaaacaaaat 41760788  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41760787 actcatatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 41760688  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  41760687 gcttctccatcaaccttg 41760670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11255084 - 11254873
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11255084 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatataatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 11254985  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11254984 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaattaactttatccaacaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 11254885  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  11254884 ccatcaaccttg 11254873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 49524102 - 49524313
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49524102 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgaacttggcacaatacaataatattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 49524201  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49524202 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttggcttct 49524301  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  49524302 ccatcaaccttg 49524313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 51012891 - 51013108
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  51012891 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaacccagtcaaacaaaat 51012990  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  51012991 actcctatcaatatcttaatcaacctaagcttacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 51013090  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  51013091 gcttctccatcaaccttg 51013108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35402822 - 35402611
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35402822 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacggacttggcacagtacaatagcattttaaacaactcaatcaaaaaaaatactcct 35402723  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  35402722 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttgccttct 35402623  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  35402622 ccatcaaccttg 35402611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 23 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2692435 - 2692229
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaa 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  2692435 attcattcgttgacaacctcttttaattacaacattacagagacttggcacaatacaataacattttaaacaacttaatcaaacaaattactcctatcaa 2692336  T
Q  123 tatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatc 222  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  2692335 tatcttaatcaacctaagctgacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgccactatcctttagcttctccatc 2692236  T
Q  223 aaccttg 229  Q
    |||||||    
T  2692235 aaccttg 2692229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Original strand, 43520402 - 43520577
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520402 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 43520501  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  43520502 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttattcatcaaccttgtcctccaaa 43520577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 171
Target Start/End: Original strand, 42981584 - 42981743
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  42981584 agaaaggtttgattcattcatcgacaacctcttttcattacaacaatacatgaacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatgaaacaaaat 42981683  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42981684 actcctatcaatatcttaatcaatctaagctcatttcctacacaatcaactttatccatc 42981743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 53 - 229
Target Start/End: Original strand, 11641094 - 11641270
Alignment:
Q  53 aacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctac 152  Q
    |||||||||  |||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11641094 aacattacacagacttttcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctatcaacatcttaatcaacctaagttcacttcctac 11641193  T
Q  153 acaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  11641194 acaatcaactttatccatcaaccttgccctccaatcctcttctttgctagtatcctttgacttctccatcaaccttg 11641270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 834215 - 834096
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  834215 agaaaggtttgattcattcattgacaaccttttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 834116  T
Q  112 actcctatcaatatcttaat 131  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  834115 actcctatcaataacttaat 834096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Original strand, 5438744 - 5438863
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5438744 agaaaggtttgattcattcattgacaaccttttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 5438843  T
Q  112 actcctatcaatatcttaat 131  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  5438844 actcctatcaataacttaat 5438863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 133 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41760638 - 41760543
Alignment:
Q  133 aacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41760638 aacctaagctcacttcctacccaatcaactttatgcatcaaccttgccctccaaacctcttctct-cccctatcctttggcttctccatcaaccttg 41760543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 48645896 - 48645809
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48645896 attcatttattgacaacctcttttcattacaacattacatagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaa 48645809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 54387116 - 54387203
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  54387116 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcacacaaaa 54387203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Original strand, 32652936 - 32653001
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32652936 cttaatcaccctaagctcacttcctatacaatcaactttttccatcaaccttgccctccaaacctc 32653001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Original strand, 4614587 - 4614655
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4614587 cttaatcaacttaagctcacttcctacatagtcaactttgtccatcaaccatgccctccaaacctcttc 4614655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28101606 - 28101484
Alignment:
Q  72 acaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| || | | | ||   |||||||   ||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||| ||||||    
T  28101606 acaatacaatagcatgttaaacaactcaaacagatatattatgactatcaaatacttaatcaacctaagttcattttctacacagtcaactttgtccatc 28101507  T
Q  172 aaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  28101506 gaccttgccctccaaacctcttc 28101484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 194
Target Start/End: Original strand, 7150446 - 7150559
Alignment:
Q  81 tagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgcc 180  Q
    |||||| |||||||||||||  || |||| ||   |||||||   |||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  7150446 tagcatgttaaacaactcaaaaaaccaaattatgactatcaaatacttaatcaacctaacctcacttcttacatagtcaactttgtccatcaaccttgcc 7150545  T
Q  181 ctccaaacctcttc 194  Q
    ||| ||||||||||    
T  7150546 ctctaaacctcttc 7150559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 194
Target Start/End: Original strand, 27385571 - 27385626
Alignment:
Q  139 agctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27385571 agctcagttcctatacaatcaactttgtccatcaaccttgtcttccaaacctcttc 27385626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 13449624 - 13449570
Alignment:
Q  137 taagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  13449624 taagctcacttcatatgcaatcaactttgtccatcaactttgccctccaaacctc 13449570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 225
Target Start/End: Original strand, 42981742 - 42981772
Alignment:
Q  195 tctccccctatcctttggcttctccatcaac 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42981742 tctccccctatcctttggcttctccatcaac 42981772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 178
Target Start/End: Original strand, 10544180 - 10544232
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttg 178  Q
    |||||| || |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10544180 cttaatgaatctaagctcactatctacacaatcaactttctccatcaatcttg 10544232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 32)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 38473278 - 38473067
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38473278 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcaaaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 38473179  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38473178 atcaatatcttaatcaacctaagttcacttcctacacaatcaactttatccatcaactttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 38473079  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  38473078 ccatcaaccttg 38473067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 22154864 - 22155081
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  22154864 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaattcaatcaaacaaaat 22154963  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22154964 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacgatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacctcttctctgcccctatcctttg 22155063  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22155064 gcttctccatcaaccttg 22155081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 22210779 - 22210996
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  22210779 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaattcaatcaaacaaaat 22210878  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22210879 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacgatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacctcttctctgcccctatcctttg 22210978  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22210979 gcttctccatcaaccttg 22210996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 224
Target Start/End: Original strand, 6604489 - 6604701
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6604489 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgaacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 6604588  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  6604589 actcctatcaatatctcaatcaacctaagctcacttcctatacaatcaactttatccatcaaccttgcccttcaaacctcttctttgcccctatcctttg 6604688  T
Q  212 gcttctccatcaa 224  Q
    |||||||||||||    
T  6604689 gcttctccatcaa 6604701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24227575 - 24227364
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24227575 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattgcaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatgaaacaaaatactcct 24227476  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||    
T  24227475 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacttcttctctccccttatcgtttgacttct 24227376  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| ||||    
T  24227375 ccatcaaacttg 24227364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34776115 - 34775906
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34776115 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgggacaat-caatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatacacct 34776017  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  34776016 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttattcatcaaccttgccctccaaacctcttctttgcccctatcatttggcttct 34775917  T
Q  218 ccatcaacctt 228  Q
    |||||||||||    
T  34775916 ccatcaacctt 34775906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 45360307 - 45360517
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45360307 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-cattagcattttaaacaactcaatccaacaaaatactcct 45360405  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  45360406 atcaatatcttaatcaacctaaactcacttcctatacaatcaactttttccatcaaccttgccctccaaacctcttctccgcccctatcctttgacttct 45360505  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  45360506 ccatcaaccttg 45360517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 46438664 - 46438452
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  46438664 gtttgattcattcgttgacaacctcttttcagtacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaaccaaacaaaatactcat 46438565  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctc-cccctatcctttggcttc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46438564 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacagtcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacttcttctctcccccctatcctttggcttc 46438465  T
Q  217 tccatcaaccttg 229  Q
    || ||||||||||    
T  46438464 tctatcaaccttg 46438452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35692510 - 35692294
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  35692510 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattt-aaacaacacaatcaaacaaaat 35692412  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||    
T  35692411 acttttatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccaccaaccttgccctccaaacctcttctctgtccccatcatttg 35692312  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
     |||||||||||||||||    
T  35692311 acttctccatcaaccttg 35692294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 23905406 - 23905232
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23905406 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactgaatcaaacaaaatactcct 23905307  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctct 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23905306 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacctct 23905232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27665206 - 27665031
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27665206 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 27665107  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27665106 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacagttaattttatccatcaaccttgtcctccaaa 27665031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 29995676 - 29995501
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29995676 agaaatgtttggttcattcattgaaaacctctgttcattacaacattacatagacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 29995577  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29995576 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacagtcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 29995501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 56 - 229
Target Start/End: Original strand, 69132 - 69305
Alignment:
Q  56 attacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacaca 155  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  69132 attacatggacttggcacagtacaatagtatttaaaacaactcaatcaaacaaaatactcatattaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacaca 69231  T
Q  156 atcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  69232 atgaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttggcttctccatcaaccttg 69305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 48 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 47385331 - 47385150
Alignment:
Q  48 attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 147  Q
    |||||| |||||||  |||||| ||||||  ||||  ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47385331 attacagcattacacagacttggcacaataaaataaaattctaaacaactcaatcaaacaaatcactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 47385232  T
Q  148 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47385231 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccttccaaacctcttctctgccactatcctttggcttctccatcaaccttg 47385150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 48 - 229
Target Start/End: Original strand, 48310948 - 48311129
Alignment:
Q  48 attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48310948 attacaacattacacagacttgacataatataatagcattttaaacaattcaatcaaacaaattactcatgtcaatatcttaatcaacctaagttcactt 48311047  T
Q  148 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  48311048 cctacacaatcgactttatccatcaacattgccctccaaacctcttctccgccactattcttaggcttctccattaaccttg 48311129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 39858396 - 39858271
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858396 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 39858298  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctca 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39858297 atcaatatcttaatcaacctaagctca 39858271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 37114681 - 37114591
Alignment:
Q  19 tttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37114681 tttgattcattcattgacaacctcttttcaatacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 37114591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Original strand, 11683621 - 11683743
Alignment:
Q  72 acaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||  ||| ||   ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  11683621 acaatacaatagcatgttaaaaaactcaaacaagtaaattatgactatcaaaaacttaatcaacctaagctcacttcctatacactcaactttgtccatc 11683720  T
Q  172 aaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  11683721 aaccttgccctccaaacctcttc 11683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 88
Target Start/End: Original strand, 13169047 - 13169122
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattt 88  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  13169047 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caatagcattt 13169122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 4321865 - 4321800
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4321865 cttaatcaccctaagcttacttcctatacaatcaactttgtccatcaaccttgccctccaaacctc 4321800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 179
Target Start/End: Original strand, 7402878 - 7403021
Alignment:
Q  36 caacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaac 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||   || |   ||||| || |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||   |||||||   ||||||||||    
T  7402878 caacctcttttcattacaacattacacacacatagtacaatacagtagcatgttaaacaacccaaacaaacaaattatgactatcaaatacttaatcaac 7402977  T
Q  136 ctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgc 179  Q
    |||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7402978 ctaatcttacatcctacacaatcaactttgtccatcaaccttgc 7403021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 136 - 195
Target Start/End: Original strand, 32840551 - 32840610
Alignment:
Q  136 ctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttct 195  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32840551 ctaagttcacttcctacacaatcaactttgtccatcaaccttgccctccaaacctattct 32840610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Original strand, 34691873 - 34691938
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  34691873 cttaatcaacctaagttcacttcatatacaatcaactttgtccatcaacgttgccctccaaacctc 34691938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 34784647 - 34784575
Alignment:
Q  116 ctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaac 188  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  34784647 ctatcaaaaacttaatcaacctaagctcacttcttatacaatcaactttgtccatcaacattgcccttcaaac 34784575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 78 - 177
Target Start/End: Original strand, 23168652 - 23168751
Alignment:
Q  78 caatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaacctt 177  Q
    ||||| ||| ||||||||  ||||||||| || |||| |||||||   ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23168652 caataacatgttaaacaatccaatcaaacgaattacttctatcaaatacttaatcaatctaaactcacttcgtacacaatcaactttatccgtcaacctt 23168751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Original strand, 40360951 - 40361028
Alignment:
Q  117 tatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||  ||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  40360951 tatcaattactttatcaatctaagctcactttctaaacaatcaactttgtccatcaaccttgctctccaaacttcttc 40361028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 182
Target Start/End: Original strand, 13035937 - 13035993
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccct 182  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||    
T  13035937 cttaatcaacctaatctcacttcctacatagtcaactttctccatcaaccttcccct 13035993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 48302936 - 48302873
Alignment:
Q  127 ttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  48302936 ttaatcaccctaagctcacttcctgtacaatcaactttgtccatcaacgttg-cctccaaacctc 48302873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 144
Target Start/End: Original strand, 13169123 - 13169162
Alignment:
Q  105 acaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctca 144  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13169123 acaaaatattcctatcaatatcttaatcaacctaagctca 13169162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23905169 - 23905133
Alignment:
Q  193 tctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23905169 tctctgcccctatcctttggcttctccatcaaccttg 23905133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 23 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 37792183 - 37792150
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaaca 56  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37792183 attcattcattgacaacctcttttcattacaaca 37792150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 38550377 - 38550316
Alignment:
Q  49 ttacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  38550377 ttacaacattacacagactttgcacaatacaataacattttaaacaactcaataacacaaaa 38550316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Original strand, 46198705 - 46198920
Alignment:
Q  14 aaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46198705 aaatgtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatataataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatac 46198804  T
Q  114 tcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46198805 tcctatcaatatcttaatcaacctaagtccacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttgac 46198904  T
Q  214 ttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||    
T  46198905 ttctccatcaaccttg 46198920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 17516293 - 17516509
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17516293 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggaattggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 17516392  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17516393 acttctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccc-atcctttg 17516491  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17516492 gcttctccatcaaccttg 17516509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 30599368 - 30599151
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  30599368 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatgaaacaaaat 30599269  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30599268 actcatatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 30599169  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
     |||||||||||| ||||    
T  30599168 acttctccatcaatcttg 30599151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 44275378 - 44275162
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44275378 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgaacttggcacaatacaataccattttaaacaactcaatcaaacaaaat 44275279  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44275278 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcccttccttcacaatcaaatttatccatcaaccttgccctccaaacgtcttctctccccctatcctttg 44275179  T
Q  212 gcttctccatcaacctt 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  44275178 gcttctccatcaacctt 44275162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27898268 - 27898058
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27898268 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caatagcattttaaacaacttaatcaaacaaaatactcct 27898170  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  27898169 atcaatatattaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttgccttct 27898070  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  27898069 ccatcaaccttg 27898058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 43766105 - 43766322
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43766105 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaatgttacatgaacttgacacaataaaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 43766204  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43766205 actcctatcaatatattaatcaatctaagctcacttcctacacaatcagctttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 43766304  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  43766305 gcttctccatcaatcttg 43766322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 21349678 - 21349895
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21349678 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcgcaatagaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 21349777  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21349778 actcatatcaatgtcttaatcaacataagctcacttcctacacaatcaactttattcatcaaccttgccctcaaaacttcttctctccccctatcctttg 21349877  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21349878 gcttctccatcaaccttg 21349895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 53188860 - 53188643
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  53188860 agaaaggtttcattcattcattgacaacctattttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcagtcaaacaaaat 53188761  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  53188760 actcctatcaatatcttaatcaatctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaactttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 53188661  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  53188660 gcttctccatcaaccttg 53188643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Original strand, 54899418 - 54899643
Alignment:
Q  13 gaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttatta--------caacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaa 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||        |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  54899418 gaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcagtcaa 54899517  T
Q  105 acaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctcccccta 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  54899518 acaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttacccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgccctta 54899617  T
Q  205 tcctttggcttctccatcaaccttgt 230  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  54899618 tcatttggcttctccatcaaccttgt 54899643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 35 - 229
Target Start/End: Original strand, 2377998 - 2378190
Alignment:
Q  35 acaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaa 134  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2377998 acaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caataacattttaaacaactcaatcaaa-aaaatactcctatcaatatcttaatcaa 2378095  T
Q  135 cctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  2378096 cctaagctcatttcctacgcaatcaactttatccatcaaccttgctctccaaacctcttctctgcccctatcctttgacttatccatcaaccttg 2378190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Original strand, 2661198 - 2661373
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2661198 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacatggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 2661297  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2661298 acccctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 2661373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 220
Target Start/End: Original strand, 610589 - 610786
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  610589 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacatacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctatcaa 610688  T
Q  123 tatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctcca 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||| |||||||||||||    
T  610689 tatcttaataaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaagccttttctctaacactatcttttggcttctcca 610786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 44795189 - 44795358
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44795189 gtttggttcattcatcgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcataatacaatattattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 44795288  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44795289 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 44795358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 196
Target Start/End: Original strand, 46113461 - 46113635
Alignment:
Q  22 gattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatca 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46113461 gattcattccttgacaacctcttttcattacaacattacacagacttgacacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctatca 46113560  T
Q  122 atatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctc 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  46113561 atatcttaatcaacctaagctcacttcccgcacaatcaactttatccatcagccttgccctccaagcctcttctc 46113635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35904850 - 35904692
Alignment:
Q  71 cacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccat 170  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35904850 cacaatacaataacattttaaacaactcagtcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaaactcacttcctacacaatcaactttatccat 35904751  T
Q  171 caaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  35904750 caaccttgccctccaaacctgttctctgcccctatcgtttgccttctccatcaaccttg 35904692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2225332 - 2225165
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattaca--------tggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatca 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  2225332 agaaatgtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcagtca 2225233  T
Q  104 aacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2225232 agcaaaatactcctatcaatatattaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 2225165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 193
Target Start/End: Original strand, 13466154 - 13466324
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaa 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||   ||||  || ||| || |||||| ||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||    
T  13466154 attcattcattttcaacctcttttcattacaacattacacaaacttagcataatacagtagcatgttaaacaatccaatcaaacaaattacacctatcaa 13466253  T
Q  123 -tatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctctt 193  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  13466254 atat-ttaatcaacctaaactcacttcctacacaatcaactttgtccatcaacctttccctccaatcctctt 13466324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 23292329 - 23292232
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23292329 agaaaagtttgattcattcattgacaacctattttcattacaacattatatggacttgtcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 23292232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 48829973 - 48829886
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48829973 attcattcattgacaaccacttttcattacaacattacacagacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaa 48829886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 51685586 - 51685673
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  51685586 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacagacttgacacaatacaataacatttcaaacaactcaatcacacaaaa 51685673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 32843504 - 32843436
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  32843504 cttaatcaacctaagctcacatcctacacagtcaactttgtcgatcaaccttgccctccaaaactcttc 32843436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23876287 - 23876220
Alignment:
Q  127 ttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23876287 ttaatcaacctaaactcacttcatacagagtcaactttgtccatcaaccttgccctccaaacctcttc 23876220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Original strand, 41945414 - 41945479
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  41945414 cttaatcaccctaagctcacttcctatacaatcaactttgtccatcaaccttgtcctctaaacctc 41945479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 35862508 - 35862440
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||    
T  35862508 cttaatcaacttaagctcgcttcctacacaatcaactttgttcatcaaccttgccatgcaaacctcttc 35862440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 2976410 - 2976359
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaacctt 177  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2976410 cttaatcaacctaagctcaattcctacacactcaactttgtccatcaacctt 2976359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 61
Target Start/End: Original strand, 42280483 - 42280521
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattaca 61  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42280483 attcattcattgacaacctcttttcattacaacattaca 42280521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 49495139 - 49495067
Alignment:
Q  116 ctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaac 188  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||| ||||  ||||||||||    
T  49495139 ctatcaaaaacttaatcaacctaagctcagttcctaaaatatcaactttgtccatctacctcaccctccaaac 49495067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 35904885 - 35904851
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttt 46  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35904885 agaaaggtttgattcattcattgacaacctctttt 35904851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 9239 - 9449
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9239 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 9338  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  9339 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatcgatcaaccttgccctccaaacctcttctctgctcctatcatttggcttct 9438  T
Q  218 ccatcaacctt 228  Q
    |||||||||||    
T  9439 ccatcaacctt 9449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34401337 - 34401127
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34401337 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgaacttggcacaatgcaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaataatcct 34401238  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34401237 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctactcaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 34401138  T
Q  218 ccatcaacctt 228  Q
    |||||||||||    
T  34401137 ccatcaacctt 34401127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 6798489 - 6798706
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6798489 agaaaggtttgactcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 6798588  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  6798589 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttattcatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatctcttg 6798688  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||| |||||||||    
T  6798689 gcttctccgtcaaccttg 6798706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 2767903 - 2768114
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2767903 gttttattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatgggtttggcacaatacaatagcattttaaacaacttaatcaaacaaaatactcct 2768002  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768003 atcaatatcttaatcaacctaagcttacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 2768102  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  2768103 ccatcaaccttg 2768114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 16763935 - 16764146
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16763935 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcagtcaaacaaaatactcct 16764034  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16764035 atcaatatcttaatcaacctaagttcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctctaaacctcttctctgcccctatcatttggcttct 16764134  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  16764135 ccatcaaccttg 16764146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 39456148 - 39456359
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39456148 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactctt 39456247  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  39456248 atcaatatcttaattaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttggctttt 39456347  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  39456348 ccatcaaccttg 39456359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 44708976 - 44708765
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44708976 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcgcaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 44708877  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44708876 atcaatatcttaatcaacctaagcccacttcctacacaattaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttggcttct 44708777  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  44708776 ccatcaaccttg 44708765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 17697190 - 17697407
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17697190 agaaaggtttgattcattcgttgacaacctcttttcataacaacattacatggacttggcataatacaatagcattttaaacaattcaatcaaacaaaat 17697289  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17697290 actcatatcaatatcttaatcaacttaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcatttg 17697389  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17697390 gcttctccatcaaccttg 17697407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6784448 - 6784235
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6784448 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 6784349  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  6784348 actcctatcaataacttaatcaacctaagttcacttcctaaacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctttgcccctatcatttg 6784249  T
Q  212 gcttctccatcaac 225  Q
    ||||||| ||||||    
T  6784248 gcttctcgatcaac 6784235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14388256 - 14388037
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattaca--------tggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14388256 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 14388157  T
Q  110 atactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  14388156 atactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatt 14388057  T
Q  210 tggcttctccatcaaccttg 229  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  14388056 tagcttctccatcaaccttg 14388037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24206699 - 24206474
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattaca--------tggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatca 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24206699 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacaacattacatggacttagaacaatacaatagcattttaaacaactcaatca 24206600  T
Q  104 aacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccct 203  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24206599 aacaaaatactcctatcaataacttaatcaacctaagctcacttcctacataatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccct 24206500  T
Q  204 atcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24206499 atcatttggcttctcgatcaaccttg 24206474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 42518522 - 42518371
Alignment:
Q  78 caatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaacctt 177  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42518522 caataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaataaacctaagatcacttcttacacaatcaactttatccatcaacctt 42518423  T
Q  178 gccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42518422 gccctccaaacttcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 42518371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 19907433 - 19907308
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19907433 gtttgattcattcattgataacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 19907335  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctca 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19907334 atcaatatcttaatcaacctaagctca 19907308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 109
Target Start/End: Original strand, 40561214 - 40561305
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40561214 gtttgattcattcattgacaacatcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 40561305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Original strand, 4047377 - 4047499
Alignment:
Q  72 acaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatc 171  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||   |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  4047377 acaatacaatagcatgttaaacaactcaaacaagcaaattatgactatcaaatacttaatcaacctaagctcacttcctacacagtcaactttgtccatt 4047476  T
Q  172 aaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  4047477 aactttgccctccaaacctcttc 4047499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 194
Target Start/End: Original strand, 20941686 - 20941856
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaa 122  Q
    ||||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||   || |  |||||| || || ||| ||||||||||||| ||| |||| ||   |||||||    
T  20941686 attcattcatcttcaacctcttttcattacaacgttacacacacctagcacaatacagtaacatgttaaacaactcaaacaagcaaattatgactatcaa 20941785  T
Q  123 tatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  20941786 atacttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttgtccatcaaccttg-catccaaacctcttc 20941856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 26581613 - 26581545
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26581613 cttaatcaacctaagctcacttcatacacaatcaactttgtccatcaaccttcccctctaaacctcttc 26581545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 19582039 - 19581960
Alignment:
Q  31 attgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  19582039 attgaaaacctcttttcattacaacattacagagacttgacacaatacaataacattttaaacaattcaatcaaacaaaa 19581960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 194
Target Start/End: Original strand, 161441 - 161554
Alignment:
Q  81 tagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgcc 180  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||   |||||||   ||||||||||| || ||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  161441 tagcatgttaaacaactcaaacaagcaaattatgactatcaaatacttaatcaaccaaacctcactttctacatagtcaactttgtccatcaaccttgcc 161540  T
Q  181 ctccaaacctcttc 194  Q
    ||| ||||||||||    
T  161541 ctctaaacctcttc 161554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Original strand, 38149341 - 38149406
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| || || |||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38149341 cttaatcaccccaatctcactttttatacaatcaactttgtccatcaaccttgccctccaaacctc 38149406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 187
Target Start/End: Original strand, 7744707 - 7744778
Alignment:
Q  116 ctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  7744707 ctatcaaaaacttaataaacctaagctcaattcctaaagtatcaactttgtccatcaacctcaccctccaaa 7744778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 11022280 - 11022252
Alignment:
Q  166 tccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11022280 tccatcaaccttgccctccaaacctcttc 11022252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 27088250 - 27088467
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27088250 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcagtcaaacaaaat 27088349  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  27088350 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacctcttctctgcccctaacatttg 27088449  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27088450 gcttctccatcaaccttg 27088467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 45045657 - 45045446
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45045657 gtttggttcattcattgacaacttcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 45045558  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  45045557 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaagcttgccctccaaacctcttctttgcccctatcctttggcttct 45045458  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  45045457 ccatcaaccttg 45045446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6817876 - 6817664
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6817876 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattatatgtacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 6817777  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6817776 actcatatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcttacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttg 6817677  T
Q  212 gcttctccatcaa 224  Q
    |||||||||||||    
T  6817676 gcttctccatcaa 6817664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 37345306 - 37345517
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37345306 gtttggttcagtcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgacacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcat 37345405  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  37345406 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctttgcccatatcctttggcttct 37345505  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  37345506 ccatcaaccttg 37345517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 50555255 - 50555046
Alignment:
Q  19 tttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactccta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50555255 tttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caataacattttaaacaactccatcaaacaaaatactccta 50555157  T
Q  119 tcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50555156 tcaatatcttaatcaacctaaactcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcctttggcttctc 50555057  T
Q  219 catcaaccttg 229  Q
    |||||| ||||    
T  50555056 catcaatcttg 50555046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 48 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25277491 - 25277310
Alignment:
Q  48 attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277491 attacaacattacatggacttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcatatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 25277392  T
Q  148 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277391 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctttgcccctatcctttggcttctccatcaaccttg 25277310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 26224707 - 26224488
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctcttttta--------ttacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  26224707 gtttgattcattcattgacaacctcttttcagtacaacattacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaacaactcagtcaaacaaa 26224608  T
Q  110 atactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  26224607 atactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgcccttcaaacctcttctcttcccctatcttt 26224508  T
Q  210 tggcttctccatcaaccttg 229  Q
    || |||||||||||||||||    
T  26224507 tgtcttctccatcaaccttg 26224488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 22 - 229
Target Start/End: Original strand, 15105420 - 15105627
Alignment:
Q  22 gattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatca 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15105420 gattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacacagacttgacacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctatca 15105519  T
Q  122 atatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||    
T  15105520 atatcttaatcaacctaagctcatttcctacacaatcaacttcatccatcaaccttgtcatccaaacctcttctctgacactatcatttggcttctccat 15105619  T
Q  222 caaccttg 229  Q
    ||||||||    
T  15105620 caaccttg 15105627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 33600304 - 33600087
Alignment:
Q  20 ttgattcattcattgacaacctctttttattacaac--------attacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33600304 ttgattcattcattgacaacctcttttcattacaactttacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 33600205  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  33600204 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctgccttcctagacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttccctgcccctatcatttg 33600105  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
     |||||| ||||||||||    
T  33600104 ccttctctatcaaccttg 33600087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 46582748 - 46582573
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46582748 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcattacaacaatacatggacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 46582649  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  46582648 actcatatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacaaaatcaagtttatccatcaaccttgtcctccaaa 46582573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 135 - 229
Target Start/End: Original strand, 37087316 - 37087410
Alignment:
Q  135 cctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37087316 cctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcatttggcttctccatcaaccttg 37087410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 51895319 - 51895228
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51895319 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacatgacataatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaa 51895228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 31237660 - 31237556
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31237660 gtttgattcattcattgacaacctctttt--------cattacatggacttggtacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 31237569  T
Q  118 atcaatatcttaa 130  Q
    |||||||||||||    
T  31237568 atcaatatcttaa 31237556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 3012613 - 3012516
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3012613 agaaaggtttgattcattcattgacaacctattttcatcacaacattacatggacttggcacaatacaataacattttaaataactcaatcaaacaaa 3012516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 52642785 - 52642698
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaa 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  52642785 attcattcattggcaacctcttttcattacaacattacacagacttggcacaatgcaataacattttaaacaactcaatcacacaaaa 52642698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 42558916 - 42558848
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42558916 cttaatcaacctaagctcacttcctacacagtcaactttgtccatcaaccatgccctccaaacctcttc 42558848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 3370035 - 3369967
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3370035 cttaatcaaccaaagctcactccctacgtagtcaactttgtccatcaaccttgtcctccaaacctcttc 3369967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 66
Target Start/End: Original strand, 2870563 - 2870617
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggac 66  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  2870563 agaaaggtttggttcattcattgacaacctcttttcgttacaacattacatggac 2870617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Original strand, 51122987 - 51123059
Alignment:
Q  116 ctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaac 188  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||| ||||  ||||||||||    
T  51122987 ctatcaaaaacttaatcaacctaagctcagttcctaaagtatcaactttgtccatctacctcaccctccaaac 51123059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 194
Target Start/End: Original strand, 5784211 - 5784239
Alignment:
Q  166 tccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5784211 tccatcaaccttgccctccaaacctcttc 5784239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 194
Target Start/End: Original strand, 32086009 - 32086073
Alignment:
Q  130 atcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| || || |||||| ||||||    
T  32086009 atcaatctaaactcacttactaaacaatcaactttgtccatcaacatttccttccaaaactcttc 32086073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 14 - 229
Target Start/End: Original strand, 28821360 - 28821575
Alignment:
Q  14 aaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28821360 aaatgtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattagatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatac 28821459  T
Q  114 tcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||     
T  28821460 tcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaacctttccctccaaacctcttatatccctctatcctttggt 28821559  T
Q  214 ttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||||||||||    
T  28821560 ttctccatcaaccttg 28821575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 42472643 - 42472426
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42472643 agaaaggtttgattcattcattgacaaccttttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 42472544  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42472543 actcctatcaataacttaatcaacctaagctcacttcctagacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctgcccctatcatttg 42472444  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  42472443 gcttctcgatcaaccttg 42472426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Original strand, 21841965 - 21842182
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  21841965 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttgccacaatacaataacattttaaacaactcagtcaaacaaaat 21842064  T
Q  112 actcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttg 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  21842065 actcctatcaatatcttagtcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaacctcttctctgcccctagcatttg 21842164  T
Q  212 gcttctccatcaaccttg 229  Q
     |||||||||||||||||    
T  21842165 acttctccatcaaccttg 21842182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 2180744 - 2180952
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  2180744 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caataacattttaaa--actcaatcaaacaaaatactcct 2180840  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  2180841 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatcgatcaaccttgtcctccaaacctcttctttgcccctgtcctttgacttct 2180940  T
Q  218 ccatcaaccttg 229  Q
    |||| |||||||    
T  2180941 ccattaaccttg 2180952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 2853422 - 2853253
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  2853422 gtttggttcattcattgacaatctattttcattacaacattacatggacttggcacattacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaatattcat 2853323  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2853322 atcaatatcttaatcaacctaagctcacttcttacacaatcaactttatccatcaaccttgtcctccaaa 2853253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 93 - 229
Target Start/End: Original strand, 17575700 - 17575837
Alignment:
Q  93 caactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt-cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17575700 caactcagtcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 17575799  T
Q  192 ttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17575800 ttctctgcccctatcatttggcttctccatcaaccttg 17575837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 93 - 229
Target Start/End: Original strand, 17577011 - 17577148
Alignment:
Q  93 caactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt-cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17577011 caactcagtcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 17577110  T
Q  192 ttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17577111 ttctctgcccctatcatttggcttctccatcaaccttg 17577148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Original strand, 12738075 - 12738200
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12738075 gtttgattcattcatcgacaacctctttttattacaacattacatggacttggcacaat-caatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 12738173  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctca 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12738174 atcaatatcttaatcaacctaagctca 12738200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Original strand, 12800898 - 12801023
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12800898 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaat-caatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 12800996  T
Q  118 atcaatatcttaatcaacctaagctca 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12800997 atcaatatcttaatcaacctaagctca 12801023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18624398 - 18624258
Alignment:
Q  89 taaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaac 188  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  18624398 taaacaactcaatcaaacaaattactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaacttcatccatcaaccttgtcatccaaac 18624299  T
Q  189 ctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    |||||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  18624298 ctcttctctgacactatcctttggattctctatcaaccttg 18624258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 93 - 229
Target Start/End: Original strand, 17574980 - 17575117
Alignment:
Q  93 caactcaatcaaacaaaatactcctatcaatat-cttaatcaacctaagctcactt-cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacct 190  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17574980 caactcagtcaaacaaa-tactcctatcaatatacttaatcaacctaagctcactttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacct 17575078  T
Q  191 cttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17575079 cttctctgcccctatcatttggcttctccatcaaccttg 17575117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 30464791 - 30464679
Alignment:
Q  18 gtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30464791 gtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatggacttggcacaatacaatatcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcct 30464692  T
Q  118 atcaatatcttaa 130  Q
    || ||||||||||    
T  30464691 atgaatatcttaa 30464679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Original strand, 8540635 - 8540732
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8540635 agaaaggtttgattcattcattgacaacctattttcattacaacattacatggatttgacacaatacaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 8540732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 32134994 - 32134897
Alignment:
Q  12 agaaatgtttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaa 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32134994 agaaaggtttgattcattcattgacaacctcttttcattacaacattacatcgacttgacacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaa 32134897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 126 - 191
Target Start/End: Original strand, 1344283 - 1344348
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctc 191  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1344283 cttaatcagcctaagctcacttcctatacaatcaactttgtccatcaaccttgccctccaaacctc 1344348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 128 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28036443 - 28036377
Alignment:
Q  128 taatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttc 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28036443 taatcaatctaagctcacttcctacacaatcaattttgtccatcaaccttgccctccaaacttcttc 28036377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 187
Target Start/End: Original strand, 18341214 - 18341275
Alignment:
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaa 187  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  18341214 cttaatcaatttaagctcacttcctacacaatcaactttgtccatcaacattgccctccaaa 18341275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 1343854 - 1343744
Alignment:
Q  81 tagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgcc 180  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| |||| ||   ||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |    
T  1343854 tagcatgttaaaaaactcaaacaagcaaattatgactatcaaaaacttaatcagcataagctcactttctatacaatcaactttgtccatcaaccttgtc 1343755  T
Q  181 ctccaaacctc 191  Q
    || ||||||||    
T  1343754 cttcaaacctc 1343744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 41494591 - 41494524
Alignment:
Q  23 attcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcatttta 90  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||    
T  41494591 attcattcattgacaacctcttttcattactacattacacagacttggcacaatacaataacatttta 41494524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Original strand, 27349967 - 27350039
Alignment:
Q  116 ctatcaatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaac 188  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  27349967 ctatcaaaaacttaatcaacctaagctcaattcctaaagtatcaactttgtccatcaacctcaccctccaaac 27350039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 107738 - 107529
Alignment:
Q  20 ttgattcattcattgacaacctctttttattacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctat 119  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||   ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  107738 ttgattcattcattgacaaccttttttcattactacattacacaaacttggcacaatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctat 107639  T
Q  120 caatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctcc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||| |    
T  107638 caatatcttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctcaaaacctcttcgctgacactatcctttggcttcttc 107539  T
Q  220 atcaaccttg 229  Q
    ||||||||||    
T  107538 atcaaccttg 107529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0920 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0920
Description:

Target: scaffold0920; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1664 - 1463
Alignment:
Q  27 attcattgacaacctcttttt-attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatat 125  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  1664 attcattgacaacatctttttcattacaacattacatagacttggcataatacaataacattttaaacaactcaatcaaacaaattactcctatcaacat 1565  T
Q  126 cttaatcaacctaagctcacttcctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaac 225  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |   ||||||||| ||||| |||||||    
T  1564 cttaatcagcctaaattcacttcctacacaatcaactttatccat--accttgccctccaaacctcttctttgcaagtatcctttgacttctgcatcaac 1467  T
Q  226 cttg 229  Q
    ||||    
T  1466 cttg 1463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 229
Target Start/End: Original strand, 569 - 737
Alignment:
Q  48 attacaacattacatggacttgacacaatgcaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatactcctatcaatatcttaatcaacctaagctcactt 147  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  569 attacaacattacatgaacttggcacaatagaatagcattttaaacaactcaatcaaacaaaatacttctatcaatatcgtaatcaacctaagctgactt 668  T
Q  148 cctacacaatcaactttatccatcaaccttgccctccaaacctcttctctccccctatcctttggcttctccatcaaccttg 229  Q
    ||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  669 cctacaca-------------atcaaccttgccctccaaacctcttctctacccctatcatttggcttctccatcaaccttg 737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University