View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11938_low_18 (Length: 390)

Name: NF11938_low_18
Description: NF11938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11938_low_18
NF11938_low_18
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (1-379)||(6546-6924)
scaffold0536 (1-379)||(10528-10906)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-384)||(48912380-48912763)
chr4 (1-379)||(48957910-48958288)
chr4 (1-313)||(48965161-48965473)
chr4 (54-178)||(48974085-48974209)
chr4 (93-136)||(48951252-48951295)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-157)||(12483516-12483658)
chr6 (1-169)||(12590207-12590375)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-307)||(13448201-13448507)
chr2 (1-289)||(13440056-13440344)
chr2 (221-305)||(13454674-13454758)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-307)||(12540523-12540829)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (15-212)||(12641530-12641727)
chr8 (236-305)||(12641751-12641820)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (59-289)||(3417620-3417850)


Alignment Details
Target: scaffold0536 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 6546 - 6924
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6546 tgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 6645  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6646 tagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 6745  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6746 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 6845  T
Q  301 aagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6846 aagctgagaaaatcaaaaagtatgctcgagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 6924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 10528 - 10906
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  10528 tgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcggt 10627  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| || |||||  | ||||||| ||  |||||     
T  10628 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattgggggggaagtgggt 10727  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||||  |||||| | | |  |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||   | || | |    
T  10728 gcagtagagtggtgcttagttggtattggggagaaagagaagttggtcgggagggatggtattgagaaggttgtgaagagattgatggacaatagttatg 10827  T
Q  301 aagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 379  Q
     |||||||| ||| | |    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  10828 tagctgagataatcagacgacatgctcgagagtttggggataaggctaaatgtgcggctcaggaaggtggttcatctca 10906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 48912380 - 48912763
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48912380 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 48912479  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||   | |||||||||| ||| ||     
T  48912480 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 48912579  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||| | || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||| |    
T  48912580 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 48912679  T
Q  301 aagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctcactcga 384  Q
    ||||||||||||| | | |  ||||| ||||||||||||| || |||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||    
T  48912680 aagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcattcga 48912763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 48958288 - 48957910
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  48958288 tgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgt 48958189  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||  | |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||| |||||||||||| ||| ||     
T  48958188 tagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttggt 48958089  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||| | |||||| ||  ||  ||| ||| ||||| | ||||| | ||| | |  |||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |    
T  48958088 gcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatg 48957989  T
Q  301 aagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 379  Q
    |||||||| |||| ||| ||  ||||  |||||| || || ||||||| ||  || | |||||||||||| ||||||||    
T  48957988 aagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacgagctgttcaagaaggtggatcatctca 48957910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 48965473 - 48965161
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  48965473 tgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgt 48965374  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    | || | |||||||||||||| || |||||    || ||| ||||||| ||||| |||||  || ||||| | |||||| | ||||| ||||  || ||     
T  48965373 tggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggt 48965274  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||| | || ||| |||  |||||| |||  || ||||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  48965273 gcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatg 48965174  T
Q  301 aagctgagaaaat 313  Q
    |||||||||||||    
T  48965173 aagctgagaaaat 48965161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 48974209 - 48974085
Alignment:
Q  54 ggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttaca 153  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| || || || |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |   ||||||| ||||    
T  48974209 ggtgcattcttgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctaca 48974110  T
Q  154 atgaaaagttgttaacacaggtgcg 178  Q
    | || |||||| |||| ||||||||    
T  48974109 acgagaagttgataactcaggtgcg 48974085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 93 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 48951295 - 48951252
Alignment:
Q  93 gaggctgttagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgca 136  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48951295 gaggctattagtgtaggggttccgatgatcacgtggccggtgca 48951252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 157
Target Start/End: Original strand, 12483516 - 12483658
Alignment:
Q  15 tgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtacaggggttc 114  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||   ||| || || |||||| ||||| |||    
T  12483516 tgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaagcggttagtgcagggattc 12483615  T
Q  115 cgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatga 157  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  12483616 caatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatga 12483658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 12590207 - 12590375
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||   || ||||| ||    
T  12590207 tgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcggt 12590306  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaac 169  Q
    |||| | ||  ||||||||||||| |||||  || | ||  |||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  12590307 tagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataac 12590375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 13448507 - 13448201
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||||||||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  13448507 tgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgt 13448408  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||| | || ||||| ||||| ||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||  || |||||||  | ||| ||||||| || |  || ||     
T  13448407 tagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcggt 13448308  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||| | || ||| || | | |||| | | ||||||| ||||| | ||| | || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  13448307 gcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtgatg 13448208  T
Q  301 aagctga 307  Q
    |||||||    
T  13448207 aagctga 13448201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13440344 - 13440056
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| |||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || | ||| ||| ||||    
T  13440344 tgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgt 13440245  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    |||| | || ||||| ||||| ||||||||||| || ||| | ||||| ||||| || ||  || |||||||  | ||| ||||||| ||||  || ||     
T  13440244 tagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagtcggt 13440145  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatgga 289  Q
    ||| | || ||| ||   | |||| ||| ||||||||||||| ||||| | |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13440144 gcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatgga 13440056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 221 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13454758 - 13454674
Alignment:
Q  221 tggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagct 305  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||| | |  ||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  13454758 tggtgttgcggagagagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaagct 13454674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12540829 - 12540523
Alignment:
Q  1 tgattattaagggctgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgt 100  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||||||||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||||| | || || | ||| ||||||||    
T  12540829 tgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggctgt 12540730  T
Q  101 tagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggg 200  Q
    | || | || ||||| ||||| |||||||||   || ||| | || || | ||| || ||  |  |||||||||| ||| ||||||| || |  || ||     
T  12540729 tggtgcgggagttccaatgataacgtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagtaggt 12540630  T
Q  201 gcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacg 300  Q
    ||| | || ||| || ||| ||||| |||||||||| ||||| |||| || || ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |    
T  12540629 gcaacagaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatg 12540530  T
Q  301 aagctga 307  Q
    |||||||    
T  12540529 aagctga 12540523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 212
Target Start/End: Original strand, 12641530 - 12641727
Alignment:
Q  15 tgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtacaggggttc 114  Q
    ||||| ||||| || |||||| | |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||   || |||||||||||| ||||| |||    
T  12641530 tgggccccacaagtaatgattttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattc 12641629  T
Q  115 cgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaaaagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtgg 212  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||| |||| || || ||||| ||| || ||||    |||||| | |||||||||| |||||| ||| | ||||||    
T  12641630 caatgatcacgtggccagtgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtggaggtgggtgcaacagagtgg 12641727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 305
Target Start/End: Original strand, 12641751 - 12641820
Alignment:
Q  236 agagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagct 305  Q
    |||||| |||||| | ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  12641751 agagaaagtggtgagtagacatagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagct 12641820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 289
Target Start/End: Original strand, 3417620 - 3417850
Alignment:
Q  59 atttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtacaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggaaaacaattttacaatgaa 158  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| || |||| ||||| ||||| ||||||||||  || ||| | ||||| | ||||||     
T  3417620 atttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgcaggagttccaatgataacgtggccgggtcatggagatcaattgttcaatgag 3417719  T
Q  159 aagttgttaacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggata 258  Q
    ||  |  ||||||| || ||| ||||||| ||||  || || ||| | || ||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||     
T  3417720 aaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaacagaatggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagcagagatg 3417819  T
Q  259 gtattgagaaggctgtgaggagattgatgga 289  Q
      || ||||||||  ||||||||||||||||    
T  3417820 acatagagaaggcaatgaggagattgatgga 3417850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University