View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11938_low_2 (Length: 729)

Name: NF11938_low_2
Description: NF11938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11938_low_2
NF11938_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-719)||(39288839-39289539)
chr2 (49-719)||(39295752-39296419)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 719
Target Start/End: Original strand, 39288839 - 39289539
Alignment:
Q  19 cctcagagtcaaggtattagtccaactcggagtcgagcaagtagtcatttttgtgacatcaacattgatgctgatgatgttgagtatgaatttctagctg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39288839 cctcagagtcaaggtattagtccaactcggagtcgagcaagtagtcatttttgtgacatcaacattgatgctgatgatgttgagtatgaatttctagctg 39288938  T
Q  119 aagttcaagacatagaaaataaccaagaaaaagttaaggtactaccaaaaacagaaccaccaaaaaggaagacaaggttgtctattattctgctggatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  39288939 aagttcaagacatagaaaataaccaagaaaaagttaaggtactaccaaaaacagaaccaccaaaaaggaagtcaaggttgtctattattctgctagatca 39289038  T
Q  219 aggtttcacagtttacaaaggactattcttggtttgcataaccttgaatatgttagcacttgctctttcagctttagggcattttccatatggtaaatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289039 aggtttcacagtttacaaaggactattcttggtttgcataaccttgaatatgttagcacttgctctttcagctttagggcattttccatatggtaaatca 39289138  T
Q  319 agagctacacttttctccattggtaacattctagctttaacactatgtcgaagtgaggcggttttaagacttctttactggtttgttgtcaaaactatag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289139 agagctacacttttctccattggtaacattctagctttaacactatgtcgaagtgaggcggttttaagacttctttactggtttgttgtcaaaactatag 39289238  T
Q  419 ggaatccttgtgtttctcttagaatcaaaacagcaataacttcattccttcaatgtattggaggaattcatagtggctgcggcgtttcttcgatagcatg 518  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289239 ggaagccttgtgtttctcttagaatcaaaacagcaataacttcatttcttcaatgtattggaggaattcatagtggctgcggcgtttcttcgatagcatg 39289338  T
Q  519 gctagtttattctctcgtactcacgatcaaaagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattaca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289339 gctagtttattctctcgtactcacgatcaaaagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattaca 39289438  T
Q  619 ctctcttcgctcgcagcttttccagttattcgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctat 718  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289439 ctctcttcgcttgcagcttttccagttattcgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctat 39289538  T
Q  719 g 719  Q
    |    
T  39289539 g 39289539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 719
Target Start/End: Original strand, 39295752 - 39296419
Alignment:
Q  49 agtcgagcaagtagtcatttttgtgacatcaacattgatgctgatgatgttgagtatgaatttctagctgaagttcaagacatagaaaataaccaagaaa 148  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  39295752 agtcgagctagtagtcacttctgtgacatcaacattgatgctgacgatgatgagtatgaatttctagctcaagttcaggacatggaaaataaccaagaga 39295851  T
Q  149 aagttaaggtactaccaaaaacagaaccaccaaaaaggaagacaaggttgtctattattctgctggatcaaggtttcacagtttacaaaggactattctt 248  Q
    ||||| |||||||||||||  | ||   ||||| ||  ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  39295852 aagttgaggtactaccaaagtctgacataccaacaaaaaattcgaggttgtcgattattctgctggatcaaggttgcacagtgtacaaaggactgttctt 39295951  T
Q  249 ggtttgcataaccttgaatatgttagcacttgctctttcagctttagggcattttccatatggtaaatcaagagctacacttttctccattggtaacatt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39295952 ggtttgcataaccttgaatatgttagcacttgctctttcagttttagggcattttccatatggtaaatcaagagctacacttttctccattggtaacatc 39296051  T
Q  349 ctagctttaacactatgtcgaagtgaggcggttttaagacttctttactggtttgttgtcaaaactatagggaatccttgtgtttctcttagaatcaaaa 448  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39296052 ctagctttaacactatgtcgaagcgaggtggttttaagacttctttactggtttgttgtcaaaactatagggaaaccttgtgtttctcttagaatcaaaa 39296151  T
Q  449 cagcaataacttcattccttcaatgtattggaggaattcatagtggctgcggcgtttcttcgatagcatggctagtttattctctcgtactcacgatcaa 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  39296152 cagcaataacttcattccttcaatgtattggaggaattcatagtggctgcggtgtttcttcaatagcatggctagtatattctctcgttctcacgatcac 39296251  T
Q  549 aagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattacactctcttcgctcgcagcttttccagttatt 648  Q
    || ||||||  ||| ||   ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||    
T  39296252 aaacaacgatgaaaaca---cttctccagagattctcggcgttgcattcgccattctctcgctccttacactcacttcgctctcagcttttccttttatt 39296348  T
Q  649 cgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctatg 719  Q
    || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39296349 cgtcatcttcaccacaacgtttttgagcgaatccaccgttttgccggttggttagctcttatccttctatg 39296419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University