View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11950_high_6 (Length: 485)

Name: NF11950_high_6
Description: NF11950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11950_high_6
NF11950_high_6
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-472)||(3809235-3809706)
chr4 (1-472)||(3920175-3920646)
chr4 (1-468)||(4024454-4024921)
chr4 (3-472)||(3986219-3986688)
chr4 (1-460)||(3816821-3817277)
chr4 (1-472)||(3800810-3801279)
chr4 (1-475)||(3933396-3933867)
chr4 (1-468)||(3955923-3956390)
chr4 (1-463)||(4009218-4009680)
chr4 (1-458)||(4001528-4001983)
chr4 (1-468)||(4217862-4218332)
chr4 (79-472)||(4018017-4018410)
chr4 (1-460)||(3963710-3964166)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-472)||(13397169-13397640)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-173)||(7074733-7074905)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-70)||(23454238-23454306)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 472
Target Start/End: Original strand, 3809235 - 3809706
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809235 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 3809334  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809335 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 3809434  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809435 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 3809534  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3809535 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttat 3809634  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3809635 tttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccctct 3809706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 3920646 - 3920175
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920646 tttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 3920547  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  3920546 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgta 3920447  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3920446 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 3920347  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3920346 aaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgt 3920247  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  3920246 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctct 3920175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4024921
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4024454 tttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctccc 4024553  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  4024554 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactga 4024653  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    |||||| || | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4024654 attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 4024753  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4024754 aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttat 4024853  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4024854 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcacc 4024921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 3 - 472
Target Start/End: Original strand, 3986219 - 3986688
Alignment:
Q  3 taccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccga 102  Q
    ||||||||||||||| || |||||  ||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  3986219 taccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccga 3986318  T
Q  103 cccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaat 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  3986319 cccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaat 3986418  T
Q  203 tatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaa 302  Q
    ||||||  | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3986419 tatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaa 3986518  T
Q  303 aggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttt 402  Q
    | ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3986519 acgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcatgaacttttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttt 3986618  T
Q  403 tttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  3986619 tttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataattgaccaccctct 3986688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Original strand, 3816821 - 3817277
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||||| | |||||    
T  3816821 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggt---cactagattcttgccgaacaatctccc 3816917  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |    
T  3816918 aacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgta 3817017  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3817018 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 3817117  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817118 aaacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 3817217  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataat 460  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  3817218 tttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataat 3817277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 472
Target Start/End: Original strand, 3800810 - 3801279
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  3800810 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaacctccc 3800909  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  3800910 gacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatcg--agaaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactga 3801007  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | ||||||||| ||||| | | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3801008 attatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 3801107  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  3801108 aaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatacttctttac 3801207  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  3801208 attttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctct 3801279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 3933867 - 3933396
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || |||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||||| ||||| |||||||    
T  3933867 tttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggt---cactagattcttgccgaacaacctccc 3933771  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |    
T  3933770 aacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgta 3933671  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3933670 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 3933571  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| | || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  3933570 aaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctttac 3933471  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctctg 475  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3933470 attttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctctg 3933396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 3956390 - 3955923
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||  |||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||||||||| |||||||    
T  3956390 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttggcgaacaacctccc 3956291  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||     
T  3956290 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagccactgc 3956191  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3956190 attatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 3956091  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |    
T  3956090 aaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttccttgt 3955991  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 468  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3955990 cttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcacc 3955923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Original strand, 4009218 - 4009680
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||| | |||||| ||||  ||| | ||| ||||||||||  ||||| |||||||    
T  4009218 tttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctccc 4009317  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||  ||||||||     
T  4009318 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgc 4009417  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || ||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4009418 attatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 4009517  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |    
T  4009518 aaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttccttgt 4009617  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcga 463  Q
     |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4009618 cttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcga 4009680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 4001528 - 4001983
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||   ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4001528 tttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaacctccc 4001627  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || |||||||    
T  4001628 gacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaaccactga 4001727  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||| ||||| | ||  ||||  |||| | || | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4001728 attgtcactttcagtctctt--aatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 4001825  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |  ||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||      
T  4001826 aaacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagtttatcaagctgactttcccatacttccttaa 4001925  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcata 458  Q
     |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||    
T  4001926 cttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcata 4001983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 4217862 - 4218332
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||| |||| |||||| |||||  ||||   ||||| ||   |||||||| ||||||| |||||||    
T  4217862 tttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaacctccc 4217961  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    ||||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  4217962 gacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactga 4218061  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4218062 attatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 4218161  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  ||||| ||||| |||    ||||   ||  || |    
T  4218162 aagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattggcactttttccagtttttctagttgataaacccacgttttcttat 4218261  T
Q  401 t---ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 468  Q
    |   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4218262 tatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccacc 4218332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 79 - 472
Target Start/End: Original strand, 4018017 - 4018410
Alignment:
Q  79 gattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagc 178  Q
    |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| |    
T  4018017 gattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacc 4018116  T
Q  179 tttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaat 278  Q
    |||||||||||   || |||||||||||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| |||||||||  | |||||||| ||||||||||     
T  4018117 tttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaag 4018216  T
Q  279 atctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagc 378  Q
    |||| |||||  ||| ||||||    |||| |||||||||||||| | |||| |||| |  | ||||| || |  ||||| | ||||||| ||||||||     
T  4018217 atctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagt 4018316  T
Q  379 tgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
    |||||||||||||||   || | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||    
T  4018317 tgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccctct 4018410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963710
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   || |||||||||||| ||  || |||||| | | || |||||||||||||| | |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcataaatgtcatc---atcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
     |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||| |||| |||||||| ||||||||||||   || |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | |||||||||| | || ||| ||| |||  ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| | ||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
        |||| |||||||||||||| | ||||||||| |  | ||||| || |  ||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||   || |    
T  3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttat 3963770  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataat 460  Q
     |||||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  3963769 cttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataat 3963710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 472
Target Start/End: Original strand, 13397169 - 13397640
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||   ||| |||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  13397169 tttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgc 13397268  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| || ||    
T  13397269 gacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacaga 13397368  T
Q  201 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 300  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||  ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13397369 attatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaactcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctct 13397468  T
Q  301 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 400  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13397469 aaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttat 13397568  T
Q  401 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctct 472  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13397569 tctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttggcataatcgaccaccctct 13397640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 7074733 - 7074905
Alignment:
Q  1 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||| ||| || || ||| |||| | |||   ||||||||||||||| | |||||    
T  7074733 tttaccttgtcatctttcaatacatgataaatgtcatcaggatccaatagtcggcttcggtttccaggttcttcaacagattcttggcgaacaatctccc 7074832  T
Q  101 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtcttt 173  Q
     | |  ||||||||| |||||||||||| |||| ||   | | || ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7074833 tagctgtttcttgtataatgtcatgcattgatacaatgctttgttgagaaatagttacaagagctttatcttt 7074905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 23454238 - 23454306
Alignment:
Q  2 ttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggt 70  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | ||||| || | |||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  23454238 ttaccttgttttttttcaatacatcagatatttcttcagcattccacaatcgacttcgttttccagggt 23454306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University