View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11952_low_1 (Length: 817)

Name: NF11952_low_1
Description: NF11952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11952_low_1
NF11952_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-799)||(39212347-39213166)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 799
Target Start/End: Original strand, 39212347 - 39213166
Alignment:
Q  11 cagagagcgagttgttacggaggctcatgactcggagttggtcgagccgggttaacgtgtttggtgagaaaaaaccggtgaggtttaacgattgaacaac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39212347 cagagagcgagttgttacggaggctcatgactcggagttggtcgagccgggttaacgtgtttggtgagaaaaaaccggtgaggtttaacgattgaacaac 39212446  T
Q  111 gtagcgtactactctgccttgtgcacatttgactccttgccattcgcagtaatcataaggttcgtttattgtatagagtagtttgttgttttggtctgcg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39212447 gtagcgtactactctgccttgtgcacatttgactccttgccattcgcagtaatcataaggttcgtttattgtatagagtagtttgttgttttggtctgcg 39212546  T
Q  211 ttttgtttaaacgatagtaaagatactgcgtcttgtgatagtgtagagttggtagaggaagctaatgtgaagaaaaagaagagagggaagaagggtgtta 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39212547 ttttgtttaaacgatagtaaagatactgcgtcttgtgatagtgtagagttggtagaggaagctaatgtgaagaaaaagaagagagggaagaagggtgtta 39212646  T
Q  311 ttaaacgaggcatgtttagtgtatgtgtatgcaaatgtaaggtactagt-------gta-----tgtgattcggaatgtgtttggttttgagtgtcttga 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||       |||     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39212647 ttaaacgaggcatgtttagtgtatgtgtatgcaaaagtaaggtactggtagtggtggtactctttgtgattcggaatgtgtttggttttgagtgttttga 39212746  T
Q  399 ggggggtgtgaaaacagaaacatgattt------gtagtagtagtnnnnnnntgaggaaagtgtagatagaatcgaatcgaatcgaatcgagtgagctat 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||       ||||||||||||||||||||          |||| |    ||| ||||    
T  39212747 ggggggtgtgaaaacagaaacatgatttgtagtagtagtagtagtaaaaaaatgaggaaagtgtagatagaa----------tcgagtgacctgacctat 39212836  T
Q  493 gtgtgaatgaagagtgtaaagaggagtaa------------------tgctaatgggtggtagtaggaagtgaagtagtgcggagcagctggaattctag 574  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||                  ||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  39212837 gtgtgaatgaagagtgtaaagaagagtaaggttgaaagtgctactaatgctaatgggtggtagtaggaagt-----agtgcggagcagctggaattctag 39212931  T
Q  575 tagcactcacgtgagtgaa-------agtgaggaacggtggaaattattttgggtttttactttgtttc----tttctatacatgtgaactcaactgtgt 663  Q
    |||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39212932 tagcactcacgtgagtgaactgtgaaagtgaggaacggtggaaattattttgggtttttactttgtttctttctttctatacatgtgaactcaactgtgt 39213031  T
Q  664 acacagtgtgtcacttcaattttatttatttatattgcataatttgaagattgagtgctggacttccaagtcccactctgctctgcacgcccgtgagccg 763  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39213032 acacagtgtgtcacttcaattttatttatttatattgcataatttgaagattgagtgctggacttccaagtcccactctgctctgcacgcccgtgagccg 39213131  T
Q  764 catgtacacagagcacaagtgcgaaaaccatggtct 799  Q
    |||||||||||  || || |||||||||||| ||||    
T  39213132 catgtacacagcaca-aaatgcgaaaaccatagtct 39213166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University