View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11952_low_14 (Length: 419)

Name: NF11952_low_14
Description: NF11952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11952_low_14
NF11952_low_14
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-404)||(16697952-16698355)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-223)||(39298438-39298660)
chr3 (1-238)||(54980183-54980414)
chr3 (1-219)||(54967551-54967762)
chr3 (1-227)||(44782863-44783082)
chr3 (70-202)||(17645461-17645593)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (1-238)||(2365-2596)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (12-235)||(27341281-27341504)
chr7 (1-221)||(38994380-38994600)
chr7 (1-227)||(4842990-4843209)
chr7 (1-238)||(25857469-25857705)
chr7 (29-223)||(13465994-13466188)
chr7 (1-209)||(4603333-4603536)
chr7 (8-223)||(17845514-17845725)
chr7 (1-226)||(24379611-24379823)
chr7 (1-127)||(4835915-4836041)
chr7 (169-238)||(38994594-38994664)
chr7 (190-238)||(4836067-4836116)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-238)||(36167245-36167475)
chr8 (1-238)||(41481246-41481476)
chr8 (1-227)||(18951461-18951682)
chr8 (36-238)||(18965880-18966078)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (1-238)||(342556-342792)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (13-238)||(42683184-42683409)
chr4 (10-156)||(37287233-37287379)
chr4 (8-164)||(9757551-9757706)
chr4 (153-239)||(3346375-3346460)
chr4 (42-157)||(3346428-3346541)
chr4 (153-223)||(37287346-37287416)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (58-238)||(26799-26980)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-156)||(37037635-37037783)
chr2 (146-238)||(37037582-37037675)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (121-238)||(27641373-27641491)
chr1 (1-62)||(27641915-27641976)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 16698355 - 16697952
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16698355 ttgttcttctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttacaggagaagcaagcaaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 16698256  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16698255 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 16698156  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgctattgtcatcacaaatgtttattggccatgtggcaatggccggaccccacagtacatttataaaaaatattctcc 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  16698155 accatatgtacatcatgcaccttgctactgtcatcacaaatgtttattggccatgtggcaatggccggaccccacaatacattaataaaaaatagtctcc 16698056  T
Q  301 atcacaaataannnnnnnaaaaataaaatattagtagtttaattttgcagcacaaaactcaattcaatgtcatcacttcgaaagaaactgcttgatgaag 400  Q
    || ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16698055 attacaaataatttttttaaaaataaaatattagtagtttaattttgcagcacaaaactcaattcaatgtcatcacttcgaaagaaactgcttgatgaag 16697956  T
Q  401 aaag 404  Q
    ||||    
T  16697955 aaag 16697952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 39298660 - 39298438
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||||||||  ||||| | |||||||  |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  39298660 ttgttcttatcttgtggtgtgttgtgaatgcttactcatggttctatttataggagaagcaagccaaagttcatttacatgcatgaagacacttgtcatt 39298561  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||   || ||||||||    
T  39298560 tgcttttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaaaacatgcatcacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcatcacaacatatgttactcgtacactac 39298461  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcacctt 223  Q
    || ||||||||| ||||||||||    
T  39298460 actatgtgtacaccatgcacctt 39298438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 54980183 - 54980414
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54980183 ttgttcttctcttatggtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 54980282  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||    
T  54980283 tgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactac 54980375  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||    
T  54980376 accatgtgtacaccatgcatcctgctacttgtcatcaca 54980414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 54967551 - 54967762
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54967551 ttgttcttctcttatggtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 54967650  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||    
T  54967651 tgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactac 54967743  T
Q  201 accatgtgtacatcatgca 219  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  54967744 accatgtgtacaccatgca 54967762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 44782863 - 44783082
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  44782863 ttgttcttctcttgtggtgtgttttgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatt 44782962  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||    
T  44782963 tgccttttatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaaatgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactac 44783055  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta 227  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||    
T  44783056 accatgtgtacaccatgcatcttgcta 44783082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17645593 - 17645461
Alignment:
Q  70 ttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgca 169  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17645593 ttgccttacatgcatgaacacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttccaatgaatgcaccgcaccatgtgtctcttgcaatgca 17645494  T
Q  170 tgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacac 202  Q
    ||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  17645493 tgcaccacaacatatgttactcatacactacac 17645461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2596 - 2365
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2596 ttgttcttctcttgtggtgtgttttgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 2497  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||    
T  2496 tgcctttcatgcaagacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactac 2404  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  2403 accatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 2365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 235
Target Start/End: Original strand, 27341281 - 27341504
Alignment:
Q  12 ttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtg 111  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||| ||| |||||  |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||||  |    
T  27341281 ttgtggtgtgttgtgaatgcttgcccatggtcccatttataggagaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgccattttcctttcaag 27341380  T
Q  112 caaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtac 211  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||||    
T  27341381 caaaacaccaagtgccccttgtaatgcatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatg-gtaactcatatactacaccatgtgtac 27341479  T
Q  212 atcatgcaccttgcta-ttgtcatc 235  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||    
T  27341480 accatgccccttgctacttgtcatc 27341504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 38994380 - 38994600
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| | |||| ||||| || ||||||  |||||||||||| |||||||  |||| |||||||||| ||||||||||    
T  38994380 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgattacttgctcatggtcatatttataggagaagcaagccaaagttgtcttacgtgcatgaagaaacttgtcatt 38994479  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  38994480 tgcatttcatgcaaaacatcaagtgtcccatgcaatgcatgcaccacaccatgtgtcttttgtaatatatgcaccacaacatgtgttactcatacactac 38994579  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcacc 221  Q
    | ||||||||||  |||||||    
T  38994580 atcatgtgtacactatgcacc 38994600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 4842990 - 4843209
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| | ||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4842990 ttgttcttttcttgtggtgtgttttgaatgcttgttcatggtcctatttataggagaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 4843089  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||    
T  4843090 tgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgctatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactac 4843182  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta 227  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||    
T  4843183 accatgtgtacacaatgcaccttgcta 4843209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 25857469 - 25857705
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25857469 ttgttcttctattgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatt 25857568  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacat----gcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcataca 196  Q
    ||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||    |||||||||||  |||| ||     ||||||||||||||||  ||||  |||||||    
T  25857569 tgcctttcatgc-aaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacaccaaatgtccct-----tgcatgcaccacaacacatgtcactcataca 25857662  T
Q  197 ctacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  25857663 ctacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 25857705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Original strand, 13465994 - 13466188
Alignment:
Q  29 tgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcc 128  Q
    |||||| ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||   |||||||    
T  13465994 tgcttgctcatggtcctatttataggagaaacaagccaaagttatcttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatgcaaaacacttagtgtcc 13466093  T
Q  129 cttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcacctt 223  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||    
T  13466094 cttgcaatgcatgcaccacaccatgtgtcacttgcaatgcgtacaccacaacatgtgttactcatacattacaccatatgtacaccatacacctt 13466188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 4603536 - 4603333
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| | |||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  4603536 ttgttcttatcttgtggtgtgttgtgaatgcttgttcatgatcctatttataggagaagcaaaccaaagtttccttacatgcacgaagacatttgtcatt 4603437  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    ||  |||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||     |||||||||||  |||||||||  |||||||||||    
T  4603436 tgcctttcatgcacaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcacaacaccaagtgtccct-----tgcatgcaccaacacatgtgtcactcatacactac 4603342  T
Q  201 accatgtgt 209  Q
    |||||||||    
T  4603341 accatgtgt 4603333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 17845725 - 17845514
Alignment:
Q  8 tctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggtttt 107  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  |||| |||||||||  ||| |||||||  |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  17845725 tctcttgtggtgtgttatgaatgcttgtccatggtcctatttataggacaagcaagttaaagatgccttacatacatgaagacacttgtcatttgccttt 17845626  T
Q  108 cgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgt 207  Q
    | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    | |||| |||||||||||   |||||||| | |||||||    
T  17845625 catgcaaaacaccaaatgtcccttgcaatgcatgcaccacaccacatgtctcttgca----aagcactacaacatgtgttactcatacaccataccatgt 17845530  T
Q  208 gtacatcatgcacctt 223  Q
    ||||| ||||||||||    
T  17845529 gtacaccatgcacctt 17845514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 24379611 - 24379823
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |  |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||    
T  24379611 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagccgaaggaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgccttt 24379710  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
             ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||     ||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  24379711 a--------tgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacacaaagtgtctcttgca-----tgcaccacaacatatgtcactcatacactac 24379797  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgct 226  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||    
T  24379798 accatgtgtacaccatgcatcttgct 24379823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Original strand, 4835915 - 4836041
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4835915 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatt 4836014  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtc 127  Q
    ||  |||| ||||||||| ||||||||    
T  4836015 tgcctttcatgcaaaacaccaagtgtc 4836041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 238
Target Start/End: Original strand, 38994594 - 38994664
Alignment:
Q  169 atgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38994594 atgcaccacaacatgtgttactcatacactacttcatgtgtacttcatgcaccttgctacttgtcatcaca 38994664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 238
Target Start/End: Original strand, 4836067 - 4836116
Alignment:
Q  190 tcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  4836067 tcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttgctacttgtcatcaca 4836116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36167475 - 36167245
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||    
T  36167475 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgttatt 36167376  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    |   |||| ||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||       ||||||  |||||||||||   |||||||||||    
T  36167375 ttcctttcatgc-aaacaccaagtgtcccttgcattgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaacatgtgttactcatacactac 36167284  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  36167283 accatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 36167245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 41481476 - 41481246
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||    
T  41481476 ttgttcttctcttgtggtgtgttatgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtaatt 41481377  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    |   |||| ||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||       ||||||  |||||||||||   |||||||||||    
T  41481376 tacctttcatgc-aaacaccaagtgtccattgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaacatgtgttactcatacactac 41481285  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  41481284 accatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 41481246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 18951461 - 18951682
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||| | | ||||||||||| | ||| || ||||||  |||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  18951461 ttgttcttctcttgtggtttgtcgtgaatgcttgcttatggtcttatttataggagaaacaagccaaagctgccttacatgcatgagaacacttgtcatt 18951560  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactac 200  Q
    |   |||| |||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||     | ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  18951561 ttcctttcatgcaaatcaccaattgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtccct-----tacatgcaccacaacatgtgtcactcatacactac 18951655  T
Q  201 accatgtgtacatcatgcaccttgcta 227  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||    
T  18951656 accatgtgtacaccatgcatcttgcta 18951682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 36 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18966078 - 18965880
Alignment:
Q  36 tcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaa 135  Q
    ||||| || ||||||  ||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||   |||| |||||| || ||| ||||||||||||    
T  18966078 tcatggtcttatttataggagaaggaagccaaagctgccttacatgcatgaagacatttgtcattttcctttcatgcaaatcaccaactgtcccttgcaa 18965979  T
Q  136 tacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcat 234  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  18965978 tgcatgcaccacaccaagtgtccct-----tgcatgcaccaaaacatgtgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcat 18965884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 342556 - 342792
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  342556 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgacttacatgcatgaagacatttgtcatt 342655  T
Q  101 tggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacat----gcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcataca 196  Q
    ||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||    |||||||||||  |||| ||     ||||||||||||||||  ||||  |||||||    
T  342656 tgcctttcatgc-aaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacaccaaatgtccct-----tgcatgcaccacaacaaatgtcactcataca 342749  T
Q  197 ctacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  342750 ctacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 342792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 42683184 - 42683409
Alignment:
Q  13 tgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgc 112  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |    
T  42683184 tgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagtcaaagttgtcttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatac 42683283  T
Q  113 aaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtaca 212  Q
    ||||||  |||||| ||||||||| |||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||||  ||||||||   ||||| |||||| ||||||||||    
T  42683284 aaaacacgaagtgt-ccttgcaatgcatgcaacacaccacgcgtctcttgtaatgtatgcaccatgacatgtgttactcatatactacatcatgtgtaca 42683382  T
Q  213 tcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
     ||||||||||| || |||||||||||    
T  42683383 ccatgcaccttgttacttgtcatcaca 42683409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 156
Target Start/End: Original strand, 37287233 - 37287379
Alignment:
Q  10 tcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcg 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  37287233 tcttgtggtgtgttgtgaatgcttactcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgtcttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttca 37287332  T
Q  110 tgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgt 156  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  37287333 tgcaaaacactaagtgtcccttgaaatgcatgcaccacaacatgtgt 37287379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 164
Target Start/End: Original strand, 9757551 - 9757706
Alignment:
Q  8 tctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggtttt 107  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||   ||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  9757551 tctcttgtggtgtttt-tgaatgcttgctcatggtcctatttataagagaagccagccaaagttgcctcacatgcatgaagacatttgtcatttgccttt 9757649  T
Q  108 cgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgca 164  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||    
T  9757650 catgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagggtcccttgca 9757706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 3346460 - 3346375
Alignment:
Q  153 gtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcacaa 239  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3346460 gtgtcccttgcaat--atgcaccacaacatgtgtcactcatacactacaccatatgtacatcatgcaccttgctatttgtcatcacaa 3346375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 42 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 3346541 - 3346428
Alignment:
Q  42 tcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatg 141  Q
    |||||||||  ||||||| |||  |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3346541 tcctatttataggagaagtaagttaaagttgtcttacatgcataaagacacttgtcatttgactttcatgtaaaacatcaagtgtcccttgcaat--atg 3346444  T
Q  142 caccacaccatgtgtc 157  Q
    ||||||| ||||||||    
T  3346443 caccacaacatgtgtc 3346428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 223
Target Start/End: Original strand, 37287346 - 37287416
Alignment:
Q  153 gtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcacctt 223  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37287346 gtgtcccttgaaatgcatgcaccacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgtacactatgcacctt 37287416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 58 - 238
Target Start/End: Original strand, 26799 - 26980
Alignment:
Q  58 agcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtc 157  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26799 agcaagccaaagttgcctcacatgcatgaagacacttgttattttcctttcatgcaaaacaccaagtgtcagttgcaacacatgcaccacaccatgtatc 26898  T
Q  158 tcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    ||||||||| |||||| || |||| ||||   ||||||||||||| || |||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  26899 tcttgcaatacatgcatcataacacgtgttactcatacactacactatttgtacaccatacaccttgctacttgtcatcaca 26980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 37037783 - 37037635
Alignment:
Q  8 tctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaagcaaaagttgctttacatgcatgaagacacttgtcatttggtttt 107  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  37037783 tctcttgcggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagacaaagttgtcttacatgcatgaaaacacttgtcatttgtcttt 37037684  T
Q  108 cgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgt 156  Q
    | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  37037683 catgcaaaacaccaagtgtcccttccaatgcatgcaccacaacatgtgt 37037635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 37037675 - 37037582
Alignment:
Q  146 acaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcaccttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  37037675 acaccaagtgtcccttccaatgcatgcaccacaacatgtgttgctcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttactacttgtcatcaca 37037582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27641491 - 27641373
Alignment:
Q  121 aagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatgtgtacatcatgcac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||   |||||||| |||| || || | | |||||||    
T  27641491 aagtgtcccttgcaatacatgcaccacaccacgtgtttcttggattgcatgcaccataacatgtgttactcatacacaacactatctgcataccatgcac 27641392  T
Q  221 cttgcta-ttgtcatcaca 238  Q
     |||||| |||||||||||    
T  27641391 attgctacttgtcatcaca 27641373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 27641976 - 27641915
Alignment:
Q  1 ttgttcgtctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttaccggagaagcaa 62  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||  ||||||||||    
T  27641976 ttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgattatggtcttatttataggagaagcaa 27641915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University