View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11952_low_3 (Length: 649)

Name: NF11952_low_3
Description: NF11952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11952_low_3
NF11952_low_3
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (18-632)||(32310183-32310797)
chr2 (18-632)||(32786475-32787092)
chr2 (18-632)||(32564023-32564637)
chr2 (18-632)||(32813686-32814305)
chr2 (18-632)||(32306050-32306667)
chr2 (25-632)||(28214039-28214644)
chr2 (25-632)||(28221640-28222245)
chr2 (478-632)||(32792858-32793012)
chr2 (520-632)||(32799526-32799638)
chr2 (463-632)||(28158816-28158985)
chr2 (372-632)||(28177383-28177654)
chr2 (244-436)||(32317376-32317567)
chr2 (138-254)||(32316568-32316684)
chr2 (158-291)||(28174569-28174703)
chr2 (567-632)||(28161723-28161788)
chr2 (567-632)||(28171760-28171825)
chr2 (214-410)||(28183014-28183206)
chr2 (372-436)||(28158724-28158788)
chr2 (372-436)||(28169293-28169357)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Original strand, 32310183 - 32310797
Alignment:
Q  18 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| || |  |||||||| ||||||||||    
T  32310183 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatgaaaaaccttgatgtcgtagctgagattgtgatatcacacattttttaaaaccttgaat 32310282  T
Q  118 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310283 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctaaaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttca 32310382  T
Q  218 agggacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggc 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  32310383 aggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaatttcagcagcaacggc 32310482  T
Q  318 acgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctg 417  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310483 acgttttcgtcgtttacagcttcaaagccaatgaacgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctg 32310582  T
Q  418 gagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagatt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310583 gagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagatt 32310682  T
Q  518 ggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32310683 ggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaacctcgatgttttgactggaaatcaa 32310782  T
Q  618 ggtcaggttcgtctg 632  Q
    |||||||||||||||    
T  32310783 ggtcaggttcgtctg 32310797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 32787092 - 32786475
Alignment:
Q  18 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaat 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | | ||||||||| ||||||||||    
T  32787092 tgttgagcctgatccagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctgagattgtgatcccacatattttttaaaaccttgaat 32786993  T
Q  118 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32786992 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataaactacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttctttcagcaaaggctgtacgactttca 32786893  T
Q  218 agggacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggc 317  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786892 aggaacagggcaaccagacccaagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggc 32786793  T
Q  318 acgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactc---taatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccat 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786792 acgttttcgacgtttacaatttcaaagaaaatgaatgttcatcactctagtagtgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccat 32786693  T
Q  415 ctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccag 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786692 ctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccag 32786593  T
Q  515 attggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaat 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786592 attggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaat 32786493  T
Q  615 caaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32786492 caaggtcaggttcgtctg 32786475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 32564637 - 32564023
Alignment:
Q  18 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| || |  |||||||| ||||||||||    
T  32564637 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatgaaaaaccttgatgtcgtagctgagattgtgatatcacacattttttaaaaccttgaat 32564538  T
Q  118 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32564537 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctaaaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggttgtacgactttca 32564438  T
Q  218 agggacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggc 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  32564437 aggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaatttcagcagcaacggc 32564338  T
Q  318 acgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctg 417  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32564337 acgttttcgtcgtttacagcttcaaagccaatgaacgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagttccatctg 32564238  T
Q  418 gagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagatt 517  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32564237 gagcattttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagatt 32564138  T
Q  518 ggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32564137 ggtttctgcttatgcttcagatgacggatctacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgacttgaaatcaa 32564038  T
Q  618 ggtcaggttcgtctg 632  Q
    |||||||||||||||    
T  32564037 ggtcaggttcgtctg 32564023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 32814305 - 32813686
Alignment:
Q  18 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagc-taat----attgtgatctcgcttattttttacaacct 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    ||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  32814305 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtatcgtaattgagattgtgatctcacacattttttaaaacct 32814206  T
Q  113 tgaataaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgac 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32814205 tgtataaggctaatgagatctgttggtttcttgataatttaaaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggttgtacgac 32814106  T
Q  213 tttcaagggacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagca 312  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  32814105 tttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaatttcagcagca 32814006  T
Q  313 acggcacgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgcc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32814005 acggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaatgaatgttcaactctctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtacc 32813906  T
Q  413 atctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgcc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813905 atctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgcc 32813806  T
Q  513 agattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaa 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813805 agattggtttttgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaa 32813706  T
Q  613 atcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32813705 atcaaggtcaggttcgtctg 32813686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Original strand, 32306050 - 32306667
Alignment:
Q  18 tgttgagcctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || |||||  ||||||||||    
T  32306050 tgttgagcctgatgcagcctcaattgtggtcgcaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctgagattgtgatctcacgtaatttttcaaaccttgaat 32306149  T
Q  118 aaggctaatgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttca 217  Q
    | || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32306150 agggttaatgagatctgttggtttctggataatatacaggaggacacaaccttggaaaaatcggttgtgatttcattcagcaaaggttgtacgactttca 32306249  T
Q  218 agggacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggc 317  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32306250 aggaacagggcaaccagacccgagtatacctctcgattttttcagtctgatgagactaaactgtcctgactacagtaagaacaatatcaacagcaacggc 32306349  T
Q  318 acgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaat---gacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306350 acgttttcgacgtttacagtttcaaagccagtaaatgctcatcactctagtagtgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccat 32306449  T
Q  415 ctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccag 514  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306450 ctggagcatattttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgttttctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccag 32306549  T
Q  515 attggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaat 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306550 attggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaat 32306649  T
Q  615 caaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32306650 caaggtcaggttcgtctg 32306667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 28214644 - 28214039
Alignment:
Q  25 cctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaataaggcta 124  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| | |||  |||| | |||  ||| || ||||||||||| | |||    
T  28214644 cctgatgcgacctcaactgtggtcacaaagacttcaaaaaccatgatgtcgcagctgaaattacgatcacactt--tttataaaaccttgaatatgacta 28214547  T
Q  125 atgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttcaagggaca 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28214546 atgagatctgttggtttcttgataatctaaaggagaacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttcaaggaaca 28214447  T
Q  225 gggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggcacgtttt 324  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  28214446 gggcaaccagacccgagtatacctctcgatttccttagtcagatgaggcaaaactgtcctgacaacaataagaataatgtcagcagcaacggaatgtttt 28214347  T
Q  325 cgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28214346 cgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacaagcaagcattgtcatctgcagtgtcatctggagcatc 28214247  T
Q  425 ttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttct 524  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  28214246 ttttgacactcactactatcagagattgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctgaagagaagacagccaaattggtttct 28214147  T
Q  525 gcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcagg 624  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214146 gcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgatgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcagg 28214047  T
Q  625 ttcgtctg 632  Q
    ||||||||    
T  28214046 ttcgtctg 28214039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 632
Target Start/End: Original strand, 28221640 - 28222245
Alignment:
Q  25 cctgatgcagcctcaactgtggtcacaaagacatcaaaaaccctgatgtcgtagctaatattgtgatctcgcttattttttacaaccttgaataaggcta 124  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| |||| | |||| |||| | |||  ||| || ||||||||||| | |||    
T  28221640 cctgatgcgacctcaactgtggccacagagacttcaaaaaccatgatgtcgcagctgaaattgcgatcacactt--tttataaaaccttgaatatgacta 28221737  T
Q  125 atgagatctgttggtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttcaagggaca 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  28221738 atgagatctgttggtttcttgataatctgaaggtgcacacaacattggaaaaatctgttgcgatttcattcagcaaaggctctacgactttcaaggaaca 28221837  T
Q  225 gggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggcacgtttt 324  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | |||||    
T  28221838 gggcaaccagacccgagtatacctctcgatttcctcagtcagatgaggcaaaactgtcctgacaacaataagaataatgtcatcagcaacggaatgtttt 28221937  T
Q  325 cgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28221938 cgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacaagcaagcattgtcatctgcagtgtcatctggagcatc 28222037  T
Q  425 ttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttct 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  28222038 ttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggcttaagagaagactgccatattggttttt 28222137  T
Q  525 gcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcagg 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222138 gcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcagg 28222237  T
Q  625 ttcgtctg 632  Q
    ||||||||    
T  28222238 ttcgtctg 28222245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 478 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 32793012 - 32792858
Alignment:
Q  478 ctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttat 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32793012 ctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttat 32792913  T
Q  578 gttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792912 gttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 32792858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 520 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 32799638 - 32799526
Alignment:
Q  520 tttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaagg 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799638 tttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaagg 32799539  T
Q  620 tcaggttcgtctg 632  Q
    |||||||||||||    
T  32799538 tcaggttcgtctg 32799526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 463 - 632
Target Start/End: Original strand, 28158816 - 28158985
Alignment:
Q  463 gagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatgga 562  Q
    ||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28158816 gagggctactgttcgctaatcaacagctcatggctggagagaacactgctagattgatttctgctaatgcttccgatgacggatcaacctttcggatgga 28158915  T
Q  563 tttcgcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28158916 tttggcaagggtggtgttgaaattgtctaatattgatgttttgactggaaataaaggtcaggttcgtctg 28158985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 372 - 632
Target Start/End: Original strand, 28177383 - 28177654
Alignment:
Q  372 aaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggt--- 468  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||   |  |||| |||||| || ||||||||||||        
T  28177383 aaagtgatgtcaggcatgcaagcgttgtcatctgcagtgtcatcttaagcatcatttgacacttgatgatatccgagtttattaagaggaagaggggagg 28177482  T
Q  469 --tattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttc 566  Q
      || |||| ||| |||||||||||||||||  |||||  | ||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  28177483 gctactgttcgctaatcaacagctgatggctggagagagcagtgctaggttgatttctgctaatgcttccgatgacggatcaacctttcggatggatttt 28177582  T
Q  567 gcaagggttatgttg------aaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||||||||  |||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28177583 gcaagggtggtgttggagttcaaattgtctaatcttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 28177654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 244 - 436
Target Start/End: Original strand, 32317376 - 32317567
Alignment:
Q  244 tacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagcaacggcacgttttcgacgtttacagtttcaaa 343  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| | || ||||||||| ||| |||||||||    
T  32317376 tacctctcgattttctaagtcatatgaggcaaaattgtcctgacaacaattagaataatatcagcaacaacagtacattttcgacggttatagtttcaaa 32317475  T
Q  344 gccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatcttttgacactca 436  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  32317476 gccaattaatgtccatcactctaataataaagggatatcatacgcgcaagctttgtcatatgcagtgccatct-taacatcttttgacactca 32317567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 138 - 254
Target Start/End: Original strand, 32316568 - 32316684
Alignment:
Q  138 gtttcttgataatctacaggaggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttcaagggacagggcaaccagatc 237  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| | |||| |||      
T  32316568 gtttcttgataatataaaggaggacacaacattgaaaaaatcggttgcgatttcatttagcaaaggttgtacgactttaaaggaacatgacaactagact 32316667  T
Q  238 cgagtatacctctcgat 254  Q
    ||| |||||||||||||    
T  32316668 cgaatatacctctcgat 32316684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 158 - 291
Target Start/End: Original strand, 28174569 - 28174703
Alignment:
Q  158 aggacacaacattggaaaaatcggttgcgatttcattcagcaaaggctgtacgactttcaagggacagggcaaccagatccga-gtatacctctcgattt 256  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||   ||||| |||||| ||||| |||| |||| ||||||||| | |  ||||| |||| |||||    
T  28174569 aggacacaacattggcaaaatcagttgtgatttgatttgacaaagtctgtacaactttaaaggaacagcgcaaccagacctgtcgtatagctcttgattt 28174668  T
Q  257 tctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaaca 291  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28174669 tcttagtcagatgaggctaaactgtccagacaaca 28174703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 567 - 632
Target Start/End: Original strand, 28161723 - 28161788
Alignment:
Q  567 gcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    |||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28161723 gcaaggattgtgttgaaattgtctaatattgatgttttgactggaaatcaaggtcaggtttgtctg 28161788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 567 - 632
Target Start/End: Original strand, 28171760 - 28171825
Alignment:
Q  567 gcaagggttatgttgaaattgtctaaccttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcgtctg 632  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28171760 gcaagggtggtgttgaaattgtctaatgttgatgttttgactggaaatcaaggtcaggttcatctg 28171825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 214 - 410
Target Start/End: Original strand, 28183014 - 28183206
Alignment:
Q  214 ttcaagggacagggcaaccagatccgagtata--cctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataatatcagcagc 311  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| |||||||  | ||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||   ||||||  | ||||||     
T  28183014 ttcaaggaacaaggcaaccggatctgagtatatacttcttgatttccttagtcagatgaggcaaaactgtccagacaaca---agaatatcagcagcaga 28183110  T
Q  312 aacggcacgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtg 410  Q
    | |  || ||||| |||||||    |||  ||||||||||||| |||   ||||||  | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  28183111 atcaacaagtttttgacgtttgtgatttttaagccaatgaatgctca---ctctaacaaaaaagggatgtcatacatggaagcgttgtcatctgcagtg 28183206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 372 - 436
Target Start/End: Original strand, 28158724 - 28158788
Alignment:
Q  372 aaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatcttttgacactca 436  Q
    |||| |||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  28158724 aaagtgatgtcatgcatgcaagagttgtcgtctgcagtgtcatctgaagcatcatttgacactca 28158788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 372 - 436
Target Start/End: Original strand, 28169293 - 28169357
Alignment:
Q  372 aaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatcttttgacactca 436  Q
    |||| |||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  28169293 aaagtgatgtcatgcatgcaagagttgtcgtctgcagtgtcatctgaagcatcatttgacactca 28169357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University