View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11953_low_1 (Length: 800)

Name: NF11953_low_1
Description: NF11953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11953_low_1
NF11953_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-786)||(45751292-45752077)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 786
Target Start/End: Original strand, 45751292 - 45752077
Alignment:
Q  1 ttctgtaaaccaacttcctgaggnnnnnnnagtctaaatccttaaaggaaaggaagtttatagtccaacccataccaagtatgtcaaggtgataggcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45751292 ttctgtaaaccaacttcctgaggtttttttagtccaaatccttaaaggaaaggaagtttatagtccaacccataccaagtatgtcaaggtgatatgcaac 45751391  T
Q  101 attgaccaccaaggacaagaagacaagtccgaatctaaatgaagcacttatagataggaggctgcataattgggttgctgccgtggccaaatagggatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45751392 attgaccaccaaggacaagaagacaagtccgaatctaaatgaagcacttatagataggaggctgcataattgggttgctgccgtggccaaatagggatta 45751491  T
Q  201 gtctcgtcgtcaattcaaattgacctaacctataaggacacctaatggtttcactctaaataaaataagaaagtatgcaaattcaaagaaagtattgtaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45751492 gtctcgtcgtcaattcaaattgacctaacctataaggacacctaatggtttcactctaaataaaataagaaagtatgcaaattcaaagaaagtattgtaa 45751591  T
Q  301 gcaaaagacaaagcatgtaagaggttataatgcacaggcaaacattataatgtgaaaacaggacagtcaacaatgcagcaatgtctttcacaagatataa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45751592 gcaaaagacaaagcatgtaagaggttataatgcacatgcaaacattataatgagaaaacaggacagtcaacaatgcagcaatgtctttcacaagatataa 45751691  T
Q  401 tgcgccaccctagtactaaaacattgccattccaaaagcaaggatgaagaaacaacacaaaatttaaaaaatgtcatgtcactcacaaaacacatgtcat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45751692 tgcgccaccctagtactaaaacattgccattccaaaagcaaggatgaagaaacaacacaaaatttaaaaaatgtcatgtcactcacaaaacacatgtcat 45751791  T
Q  501 ttacatgaataactattacttagcaacttatccacacagcgattcccaaagataactgtcaccgcctattaatatatgattctagatgaatatgtaagcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  45751792 ttacatgaataactattacttagcaacttatccacacagcgtttcccaaagataactgtcaccgcctaataatatatgattctagaataatatgtaagcc 45751891  T
Q  601 ggatttatggagcaatagaaagtgtttaatatggtatgacagaaatatgcataatgcagtgattttacaggatccatgcttaaaaaaggaaatgaattag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45751892 ggatttatggagcaatagaaagtgtttaatatggtatgacagaaatatgcataatgcagtgattttacaggatccatgcttaaaaaaggaaatgaattag 45751991  T
Q  701 ttctgcaatttttcatctttcacctttattctgtcttccattgacgaaaataggaaaagaatagcacaaacgagcgtacaaatatt 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  45751992 ttctgcaatttttcatctttcacctttattctgtcttccattgacgcaaataggaaaagaatagcagaaacaagcgtacaaatatt 45752077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University