View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11956_high_2 (Length: 605)

Name: NF11956_high_2
Description: NF11956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11956_high_2
NF11956_high_2
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (17-592)||(31355251-31355826)
chr3 (299-592)||(31344565-31344855)
chr3 (38-538)||(31353811-31354311)
chr3 (53-566)||(31343455-31343969)
chr3 (34-259)||(31344337-31344562)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (434-553)||(34965600-34965719)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 592
Target Start/End: Original strand, 31355251 - 31355826
Alignment:
Q  17 acatgctaagttattactattagttcctactccctataaaaagacttacctcatttatcatccaaataccttcctttgttatataactttacaatcacag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355251 acatgctaagttattactattagttcctactccctataaaaagacttacctcatttaccatccaaataccttcctttgttatataactttacaatcacag 31355350  T
Q  117 catgcggaccaaaagtcatatgccttatcataaaaaatacaccttgaagttttccttgtcttcgcattctaggataactttaacgcctgcatcaacattc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  31355351 catgcggaccaaaagtcatatgccttatcataaaaaatacaccttgaagttttcattgtcttcgcattctaggataattttaacgcctgcgtcaacattc 31355450  T
Q  217 atatgttgtagttgatttggcactgaaattggtaatcaagtttatgtagttgggttactaataaacacatttgaacttcagagttatttgttgtatcatg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355451 atatgttgtagttgatttggcactgaaattggtaatcaagtttctgtagttgggttactaataaacacatttgaacttcagagttatttgttgtatcatg 31355550  T
Q  317 acaaaaaatcaatatgttggctgaaaataaaatcttagtatatttaatcaaatattcaaaaacttctttggaaccactcaaagaattgtcttatcaagtt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355551 acaaaaaatcaatatgttggctgaaaataaaatcttagtatatttaatcaaatattcaaaaacttctttggaaccactcaaagaattgtcttatcaagtt 31355650  T
Q  417 aaatgttgtaacgtaagaatgttgtcattgaatctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaacaatgcatcttgagtttgtc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355651 aaatgttgtaacgtaagaatgttgtcattgaatctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaacaatgcatcttgagtttgtc 31355750  T
Q  517 tcgatgtaatatatacgtccttcaaaaagttttaaaagatgttgttactaaccaaaatttgtgaatgacctttgct 592  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355751 tcgatataatatatacgtccttcaaaaagttttaaaagatgttgttactaaccaaaatttgtgaatgacctttgct 31355826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 299 - 592
Target Start/End: Original strand, 31344565 - 31344855
Alignment:
Q  299 gttatttgttgtatcatgacaaaaaatcaatatgttggctgaaaataaaatcttagtatatttaatcaaatattcaaaaacttctttggaaccactcaaa 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31344565 gttatttgttgtatcatgacaaaaaatcaatatgttggctgaagataaaaccttcgtatatttaatcaaatattcataaacttctttggaaccactcaaa 31344664  T
Q  399 gaattgtcttatcaagttaaatgttgtaacgtaagaatgttgtcattgaatctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaaca 498  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| || |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||   || ||||| ||||||||     
T  31344665 gaattgtcttatcaagttaaatggtgtaacttaacaattttatcattgaatctttgagaaaaatcatgttgaatgaaaa---aagactcaccttttaacg 31344761  T
Q  499 atgcatcttgagtttgtctcgatgtaatatatacgtccttcaaaaagttttaaaagatgttgttactaaccaaaatttgtgaatgacctttgct 592  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31344762 atgcatcttgagtttgtctcaatgcaatatatacgtccttcgaaaagttttaaaagatattgttactaaccaaaatttgtgaatgacttttgct 31344855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 38 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 31354311 - 31353811
Alignment:
Q  38 agttcctactccctataaaaagacttacctcatttatcatccaaataccttcctttgttatataacttt-acaatcacagcatgcggaccaaaagtcata 136  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||| |||| ||||     
T  31354311 agttcctactgccggtaaaaagactttcctcctttaccttccaaataccttcctttgttatataaattttacaatcacaatatgaggacaaaaactcatc 31354212  T
Q  137 tgccttatcataaaaaat-acaccttgaagttttccttgtcttcgcattctaggataactttaacgcctgcatcaacattcatatgttgtagttgatttg 235  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| | |||||| |||||| || ||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |  |    
T  31354211 tgccttatcataaaaaattacaccttgcagttttacttgtcattgcattcaaggatagctgtaaggtctgcatcaacattcatatgttgcagttgctccg 31354112  T
Q  236 gcactgaaattggtaatcaagtttatgtagttgggttactaataaacacatttgaacttcagagttatttgttgtatcatgacaaaaaatcaatatgttg 335  Q
    | | || |||||| |||||||||| ||| | |||||| ||||| ||||  ||||||||| ||||||| | |||||||   |||||| ||||||| |||||    
T  31354111 gtattgtaattggcaatcaagtttgtgttgatgggttgctaattaaca--tttgaactttagagttactagttgtattccgacaaagaatcaatctgttg 31354014  T
Q  336 gctgaaaataaaatcttagtatatttaatcaaatattcaaaaacttctttggaaccactcaaagaattgtcttatcaagttaaatgttgtaacgtaagaa 435  Q
    |||||| |||||| ||||   ||||||  ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| | || |  || |||||| |||| | ||  ||    
T  31354013 gctgaagataaaaccttaccttatttagccaagtattcaagaacatctttggaaacacccaaagaattatattcttcaggtaaatgatgtaccttagcaa 31353914  T
Q  436 tgttgtcattgaatctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaacaatgcatcttgagtttgtctcgatgtaatatatacgtc 535  Q
    | ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | || | | | |||||||||||||||  ||||||||| |  |||||| |||||||||    
T  31353913 tcttgccatagaatctttgggaaaaattaggttgaatgaaaatataagatttaccttttaacaatgcattctgagtttgtttgaatgtaaaatatacgtc 31353814  T
Q  536 ctt 538  Q
    |||    
T  31353813 ctt 31353811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 31343969 - 31343455
Alignment:
Q  53 taaaaagacttacctcatttatcatccaaataccttcctttgttatataacttt-acaatcacagcatgcggaccaaaagtcatatgccttatcataaaa 151  Q
    ||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  31343969 taaaaagactttcctcctttaccttccaaataccttcctttgttatataaattttacaatcacaatatgaggacaaaaactcatctgccttatcataaaa 31343870  T
Q  152 aa--tacaccttgaagttttccttgtcttcgcattctaggataactttaacgcctgcatcaacattcatatgttgtagttgatttggcactgaaattggt 249  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||  || | || ||||||     
T  31343869 aaattacaccttgcagttttacttgtcattgcattcaaggataactttaaggtctgcatcaacattcatatgttgcggttgatccggtattgtaattggc 31343770  T
Q  250 aatcaagtttatgtagttgggttactaataaacacatttgaacttcagagttatttgttgtatcatgacaaaaaatcaatatgttggctgaaaataaaat 349  Q
    |||||||||| ||| | |||||| ||||| |  |||||||||||| ||||||| | ||| |||   |||||| |||||||  |||||| ||| |||||||    
T  31343769 aatcaagtttgtgttgatgggttgctaatta--acatttgaactttagagttactagttttattccgacaaagaatcaatccgttggccgaagataaaat 31343672  T
Q  350 cttagtatatttaatcaaatattcaaaaacttctttggaaccactcaaagaattgtcttatcaagttaaatgttgtaacgtaagaatgttgtcattgaat 449  Q
    ||||   ||||||   || ||||||| ||| | ||||||| ||| ||||||||| |||| |  || |||||  |||| | |   |||||||||||  |||    
T  31343671 cttaccttatttagctaagtattcaagaacatatttggaaacacccaaagaattatcttcttcaggtaaattatgtaccttggcaatgttgtcatataat 31343572  T
Q  450 ctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaacaatgcatcttgagtttgtctcgatgtaatatatacgtccttcaaaaagtttt 549  Q
     |||| |||| || |||| ||||||||| | || | | | ||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||| ||  ||||||||     
T  31343571 atttgggaaagatcaggtcgaatgaaaatataagatttaccttttaacaatgcattttgagtttgtttcaatgtaaaatatacgtcatttgaaaagtttg 31343472  T
Q  550 aaaagatgttgttacta 566  Q
    |||| || | |||||||    
T  31343471 aaaatatctagttacta 31343455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 34 - 259
Target Start/End: Original strand, 31344337 - 31344562
Alignment:
Q  34 tattagttcctactccctataaaaagacttacctcatttatcatccaaataccttcctttgttatataa-ctttacaatcacagcatgcggaccaaaagt 132  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||  |||| || ||||| |    
T  31344337 tattagttcctactccctgttaaaaggcttacctcctttaccttccaaatacattcctttgttataaaaactttacaatcacaatatgcagaacaaaact 31344436  T
Q  133 catatgccttatcataaaaaatacaccttgaagttttccttgtcttcgcattctaggataactttaacgcctgcatcaacattcatatgttgtagttgat 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||     
T  31344437 catatgccttaccataaaaaata-accttggagttttcgttgtcatcacattcaaggataactttaaggtatacatcaacattcatatgttgtagttgag 31344535  T
Q  233 ttggcactgaaattggtaatcaagttt 259  Q
    ||| || |||||||||  |||||||||    
T  31344536 ttgacattgaaattggctatcaagttt 31344562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 434 - 553
Target Start/End: Original strand, 34965600 - 34965719
Alignment:
Q  434 aatgttgtcattgaatctttgcgaaaaattaggttgaatgaaaaaacaaaactcaacttttaacaatgcatcttgagtttgtctcgatgtaatatatacg 533  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||   || ||||||||| ||| || ||||  |    
T  34965600 aatgttgtcattgaatctttgagaaagattaggttgaatgaaaaaagaaggctcatcttttaacaatgcaatctgtgtttgtctcaatgcaaaatatggg 34965699  T
Q  534 tccttcaaaaagttttaaaa 553  Q
    |||||  |||||||| ||||    
T  34965700 tcctttgaaaagtttgaaaa 34965719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University