View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11958_low_3 (Length: 590)
Name: NF11958_low_3
Description: NF11958
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11958_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 13115240 - 13114670
Alignment:
| Q |
1 |
ctagctatgaattttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctca |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
13115240 |
ctagctatgaattttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctca |
13115141 |
T |
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| Q |
101 |
tgagggtttggtttttgatatgcaagtgagtagttttattttcctaaaaatattcaagtttatgttgaggaagcttttagtcaaggcttctaatatctgc |
200 |
Q |
| |
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|
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| T |
13115140 |
tgagggtttggtttttgatatgcaagtgagtagttttattttcctaaaaatattcaagtttatgttgaggaagcttttagtcaaggcttctaatatctgc |
13115041 |
T |
|
| Q |
201 |
aagagattattaggtttttacattgagccgtacacatttttacaaaaccggcttgacaaggaatatcactttttataaactcattttataccttatcttt |
300 |
Q |
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| T |
13115040 |
aagagattattaggtttttacattgagccgtacacattcttacaaaaccggcttgacaaggaatatcactttttataaactcattttataccttatcttt |
13114941 |
T |
|
| Q |
301 |
attcaacgtaggacttacgttttttattcaataacgatgtcccaaaacatataatattacaatacaaagcatgatgtatatacaattttctattattctt |
400 |
Q |
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| T |
13114940 |
attcaacgtaggacttatgttttttattcaataacgatgtccaaaaacatataatcttacactacaaagcatgatgtatatacaattttctattattctt |
13114841 |
T |
|
| Q |
401 |
aggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggatttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaatt |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
13114840 |
aggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggatttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaatt |
13114741 |
T |
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| Q |
501 |
catgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgttgatccaatttggaagcttaaga |
571 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
13114740 |
catgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgttgatccaatttggagtcttaaga |
13114670 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 571
Target Start/End: Original strand, 18670198 - 18670767
Alignment:
| Q |
1 |
ctagctatgaattttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctca |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18670198 |
ctagctatgaattttctacaagagttcttcgagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctca |
18670297 |
T |
|
| Q |
101 |
tgagggtttggtttttgatatgcaagtgagtagttttattttcctaaaaatattcaagtttatgttgaggaagcttttagtcaaggcttctaatatctgc |
200 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18670298 |
tgagggtctggtttttgatatgcaagtgagtagttttattttcctaaaaatattcaagtttatgttgaggaagcttttagtcaaggcttctaatatctgc |
18670397 |
T |
|
| Q |
201 |
aagagattattaggtttttacattgagccgtacacatttttacaaaaccggcttgacaaggaatatcactttttataaactcattttataccttatcttt |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18670398 |
aagagattattaggtttttacattgagccgtacacatttttacaaaaccggc-tgacaaggaatatcactttttataaactcattttataccttatcttt |
18670496 |
T |
|
| Q |
301 |
attcaacgtaggacttacgttttttattcaataacg--atgtcccaaaacatataatattacaatacaaagcatgatgtatatacaattttctattattc |
398 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18670497 |
attcaacgtaggacttacgttttttattcaataacgatatgtcccaaaacatataatattacaatacaaagcatgatgtatatacaattttctattattc |
18670596 |
T |
|
| Q |
399 |
ttaggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggatttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaa |
498 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18670597 |
ttaggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggatttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaa--agggaactgaa |
18670694 |
T |
|
| Q |
499 |
ttcatgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgttgatccaatttggaagcttaaga |
571 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
18670695 |
ttcatgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgttgatccaatttggaatcttaaga |
18670767 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 349 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 13098687 - 13098465
Alignment:
| Q |
349 |
atataatattacaatacaaagcatgatgtatatacaattttctattattcttaggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggat |
448 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
13098687 |
atataatcttacaatacaaagcatgatgtatatacaattttcttctattcttaggacttacaaatgagatgtgcattggattccatattcaaagttggat |
13098588 |
T |
|
| Q |
449 |
ttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaattcatgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgt |
548 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
13098587 |
ttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaattcatgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgt |
13098488 |
T |
|
| Q |
549 |
tgatccaatttggaagcttaaga |
571 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
13098487 |
tgatccaatttggaatcttaaga |
13098465 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 13104856 - 13104637
Alignment:
| Q |
349 |
atataatattacaatacaaagcatgatgtatatacaattttctattattcttaggacttacaaatgagatgtgcattggactctatattcaaagttggat |
448 |
Q |
| |
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||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
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|
| T |
13104856 |
atataatcttacaattcaaagcatgatgtataaacaatcttcttttgtt---aggacttacaaatgagatgtgcattggactccatatttaaagttggat |
13104760 |
T |
|
| Q |
449 |
ttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaattcatgaaagcatttgatgaatcaaatgctttaatttattggcgctatgt |
548 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
13104759 |
ttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaagagggaactgaattcatgaaagcctttgatgaatcaaatgctttaatttatttgcgttatgt |
13104660 |
T |
|
| Q |
549 |
tgatccaatttggaagcttaaga |
571 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13104659 |
tgatccaatttggagtcttaaga |
13104637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 13105766 - 13105632
Alignment:
| Q |
1 |
ctagctatgaattttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctca |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
13105766 |
ctagctatgaattctccacaagagttcttagagattttagttgctctgtgtttagaaagaatgctgccaagttggtcagagttatatcagaattttatca |
13105667 |
T |
|
| Q |
101 |
tgagggtttggtttttgatatgcaagtgagtagtt |
135 |
Q |
| |
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||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
13105666 |
tgagggtcttgtttttgatatgcaagtgagtagtt |
13105632 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 13099969 - 13099837
Alignment:
| Q |
3 |
agctatgaattttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagttatatcagaattttctcatg |
102 |
Q |
| |
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||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| | |
|
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| T |
13099969 |
agctatgaattctccacaagagttcttagagattttagttgttctgtgtttagaaagaatgctgccaagttggtcagagttatatcagtattttatcacg |
13099870 |
T |
|
| Q |
103 |
agggtttggtttttgatatgcaagtgagtagtt |
135 |
Q |
| |
|
||||| | || |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13099869 |
agggtcttgtctttgatatgcaagtaagtagtt |
13099837 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 424 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 13078935 - 13078871
Alignment:
| Q |
424 |
ttggactctatattcaaagttggatttggaacagaattgaattgcttagaaggatcaagcaaaga |
488 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
13078935 |
ttggactccatattcaaagttgggtttggagtggaattgaattgcttagagaaatcaagcaaaga |
13078871 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 13080430 - 13080359
Alignment:
| Q |
12 |
ttttctacaagagttcttagagattttagttgttctgtgttcagaaagaatgcttccaagttggttagagtt |
83 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |
|
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| T |
13080430 |
ttttctacaagagttcttagagattttagctgcaatgttttcagaaggaatgctgttaagttagttagagtt |
13080359 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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