View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11961_high_1 (Length: 910)

Name: NF11961_high_1
Description: NF11961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11961_high_1
NF11961_high_1
[»] scaffold0690 (2 HSPs)
scaffold0690 (14-893)||(1265-2140)
scaffold0690 (46-207)||(4946-5107)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-893)||(15909966-15910841)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (41-893)||(9364056-9364907)
chr1 (41-893)||(9337197-9338045)
chr1 (41-876)||(9242137-9242971)
chr1 (41-874)||(9466331-9467163)
chr1 (59-874)||(9299772-9300586)
chr1 (43-874)||(9257104-9257937)
chr1 (43-869)||(8926634-8927462)
chr1 (43-869)||(8939060-8939885)
chr1 (43-872)||(8961984-8962812)
chr1 (155-258)||(9236122-9236225)
chr1 (576-672)||(8861932-8862028)
chr1 (579-703)||(9070045-9070169)
chr1 (157-261)||(9069627-9069731)
chr1 (157-262)||(8861517-8861622)
chr1 (155-258)||(9378008-9378111)
chr1 (157-261)||(9125095-9125199)
chr1 (579-691)||(8979335-8979447)
chr1 (157-261)||(9085923-9086027)
chr1 (156-258)||(9437484-9437586)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (43-874)||(9171175-9172011)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (330-442)||(27696143-27696255)


Alignment Details
Target: scaffold0690 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 2140 - 1265
Alignment:
14 cacagaccgacggttgccaannnnnnnggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctg 113  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2140 cacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctctctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctg 2041  T
114 gatactcaacttgtatgttttcttcaccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcgga 213  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2040 gatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcgga 1941  T
214 cttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
1940 cttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatg----tagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacattactttgatt 1845  T
314 ttgcgaacacatcctagccaaaccaaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctt 413  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
1844 tttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctt 1745  T
414 tgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
1744 tgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcaggt 1645  T
514 gagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgag 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1644 gagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgag 1545  T
614 attgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgac 713  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
1544 atggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgat 1445  T
714 aatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggct 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1444 aatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaattctcttcaagtctgcataagagaacctagttggct 1345  T
814 ttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatcttaacatatctatatatttga 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
1344 ttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcattttaacatatctatatatttga 1265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 5107 - 4946
Alignment:
46 tctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttcaccactt 145  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
5107 tctaaaatccccgtcttcatcaatagggattattatctctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaccg 5008  T
146 gttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatat 207  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||    
5007 tttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccagcaataacatatcgtatatgtatat 4946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 766; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 893
Target Start/End: Original strand, 15909966 - 15910841
Alignment:
14 cacagaccgacggttgccaannnnnnnggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctg 113  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15909966 cacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctg 15910065  T
114 gatactcaacttgtatgttttcttcaccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcgga 213  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15910066 gatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcgga 15910165  T
214 cttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
15910166 cttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatg----tagcctaatgttcccttagctacagtcatggatacattactttgatt 15910261  T
314 ttgcgaacacatcctagccaaaccaaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctt 413  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
15910262 tttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctt 15910361  T
414 tgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15910362 tgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggt 15910461  T
514 gagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgag 613  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
15910462 gagatatgaatttttgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgatgaaaaccatctgagcaaaagccgagcaaacgaacgacattgag 15910561  T
614 attgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgac 713  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
15910562 atggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgat 15910661  T
714 aatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggct 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15910662 aatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaaatctcttcaagtctgcataagagaacctagttggct 15910761  T
814 ttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatcttaacatatctatatatttga 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
15910762 ttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcattttaacatatctatatatttga 15910841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 9364907 - 9364056
Alignment:
41 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttctt 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
9364907 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatatgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttctt 9364808  T
138 caccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatt 237  Q
    | |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
9364807 cgccactaattgtttttgtattctttcttcctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtt 9364708  T
238 tctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaacc 337  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||  ||||| ||| | ||||||||    
9364707 tcttgaaaaaacttcaggtgccatg----tagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaacc 9364612  T
338 aaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatac 437  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
9364611 aaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatac 9364512  T
438 tcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacgaac 537  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||| |||||||    
9364511 tcaataccatttgctatgcctagagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaac 9364412  T
538 catttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcc 637  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
9364411 catttgaaaaaaagtcatagactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcc 9364312  T
638 cacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctcca 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
9364311 cacttcatttatgaattccttcccatcttcctttgtattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataacttacctttataaacagctcca 9364212  T
738 tgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaa 837  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9364211 tgagccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaa 9364112  T
838 agttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatcttaacatatctatatatttga 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||    
9364111 agttttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatcttaaaatagcgatatatttga 9364056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 9338045 - 9337197
Alignment:
41 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttcac 140  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
9338045 ggaattctaaaatctccgtcttcatcaatagggatttgtatctctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgc 9337946  T
141 cacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttct 240  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
9337945 cactaattgtttttgtattctttcttcctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttct 9337846  T
241 agaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaaccaaa 340  Q
     |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    ||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||    
9337845 tgaaaaaacttcaggtgccatg----tagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaa 9337750  T
341 atttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactca 440  Q
    || ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9337749 atctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactca 9337650  T
441 atgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacgaaccat 540  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||    
9337649 ataccatttgctatgcctagagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccat 9337550  T
541 ttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcccac 640  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
9337549 ttgaaaaaaagtcatagactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcccac 9337450  T
641 ttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctccatga 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
9337449 ttcatttatgaattccttcccatcttcctatgtattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataacttacctttataaacagctccatga 9337350  T
741 gccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagt 840  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
9337349 gccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagcactgtaatccttcaaaaagt 9337250  T
841 tttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatcttaacatatctatatatttga 893  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||    
9337249 tttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatcttaaaatagcgatatatttga 9337197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 876
Target Start/End: Original strand, 9242137 - 9242971
Alignment:
41 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttctt 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
9242137 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaatttgtatattttctt 9242236  T
138 caccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatt 237  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
9242237 caccacctgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatacatcggacttataagagacatttccaaaatt 9242336  T
238 tctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaacc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| | ||||||||    
9242337 tctagaaaaaacttcaggtgccatg----tagcctactgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacacatcttggccaaacc 9242432  T
338 aaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatac 437  Q
    ||||| ||| |||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
9242433 aaaatctgtaatttggggaatgaaattgtcatctaacaagacattattaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatac 9242532  T
438 tcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacgaac 537  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||    
9242533 tcaatgccattggctatacctagagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgtttggggaagaaatgaatttctgcaacgaac 9242632  T
538 catttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcc 637  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||  || || ||||||||||||||    
9242633 catttgggaaaaagtcatagactaaagcacggcgaaatccatccgcgcagtagccaagcaaacgaacgacatttagatgatgaatcttgcccatggttcc 9242732  T
638 cacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctcca 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
9242733 cacttcatttatgaattccttcccatcttcctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataatttacctttataaacagctcca 9242832  T
738 tgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaa 837  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9242833 tgagtcccttcgcctatcttatcttcaaatttatttgtaattctctttatgtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaa 9242932  T
838 agttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatcttaa 876  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
9242933 agttttcaattcttgtatgatcttcacttttcatcttaa 9242971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 874
Target Start/End: Original strand, 9466331 - 9467163
Alignment:
41 ggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcc---ttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttctt 137  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||| ||||||||| ||||||||   ||||||||  |||||||    
9466331 ggaatcctgaaatctccctcttcgtcaatagggatttgtatgtctcccccttcaagcaaatcgtggatccaatctggatatagaacttgtaaattttctt 9466430  T
138 caccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatt 237  Q
    ||||  | ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || ||    
9466431 cacctgtggttgtgtttgtattctttcttcctgcaaccatctccaacaacaacataccataactatatatatcagacttatatgagacattcccgaagtt 9466530  T
238 tctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaacc 337  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    |||||||| ||||| || ||||  ||||| || ||  | ||| |||||| ||| |||||| ||||||||||    
9466531 tctagaaaaaacttcgggtgccatg----tagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaacc 9466626  T
338 aaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatac 437  Q
     || | ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
9466627 gaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatac 9466726  T
438 tcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacgaac 537  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||| |  |||||||| || ||||    
9466727 tcaattccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctgcaaagaac 9466826  T
538 catttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcc 637  Q
    || |||||||||  || || |||||| | ||   ||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||| ||||| |||||    
9466827 cacttggaaaaagatcgtagactaaaccgcggtaaaatccatcagcgcagaagccaagcaaacggacaacattaagatgatggatttttcccatagttcc 9466926  T
638 cacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctcca 737  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||| || ||||| ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
9466927 cacttcatttatgaactccttaccatctccctcagtgttattgagcatcttaacggcaacgagaatttggcttgacaatttacctttgtaaacagctcca 9467026  T
738 tgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaa 837  Q
    ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||    
9467027 tgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaaaa 9467126  T
838 agttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatctt 874  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
9467127 agttttcgattcttacatgatcttcgcctttcatctt 9467163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 59 - 874
Target Start/End: Complemental strand, 9300586 - 9299772
Alignment:
59 tcttcatcaatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttcaccacttgttgttttcg 155  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||   ||||  ||| |||||||||| ||||||||   |||||||    || ||||||   | ||||| ||||    
9300586 tcttcatctatagggatttgtatgtctcctccttcaactaaactgtggatccaatctggatataaaacttgtggacttccttcacttgtggttgtgttcg 9300487  T
156 tattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcagg 255  Q
     |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
9300486 aattcttccttcccccaaccatctccagcaacaacatgccataactatatatatcggacttataagagacattcccaaagtttctagaaaaaacttcggg 9300387  T
256 tgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaaccaaaatttgtgattttgga 355  Q
    ||||||| ||    ||||||||||| || || |  ||||| |||| | | |||||||||| ||| |||||| |||||||||| || | ||| ||||| |     
9300386 tgccatgtat----cctaatgttcctttggccgcggtcatagatatagtactttgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaatttttgg 9300291  T
356 agtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatg 455  Q
     || ||||||||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||    
9300290 ggttaaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactctattccattggctatg 9300191  T
456 cctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcat 555  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| | ||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||    
9300190 cctagagcaatttgttgcaacttatcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacgaaccacttgggaagaagtcat 9300091  T
556 aaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattc 655  Q
    | |||| ||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
9300090 agactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaaacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactc 9299991  T
656 cttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatc 755  Q
    |||||||||||| || |  ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||    
9299990 cttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatc 9299891  T
756 ttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtat 855  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||  ||    
9299890 ttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaaaaagttttcgattctttcat 9299791  T
856 gatcttcgcctttcatctt 874  Q
    |||||||||||||||||||    
9299790 gatcttcgcctttcatctt 9299772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 43 - 874
Target Start/End: Original strand, 9257104 - 9257937
Alignment:
43 aattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatct---ccttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttca 139  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||   |||| || ||||  ||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||    
9257104 aattctaaaatctccctcttcatctatagcgatatgtatttcttctcctttaagcaaaccgtggatccaatctggatatagaacttgaaagttttcttca 9257203  T
140 ccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataa----gagacatttccaaaa 235  Q
        | ||||  || |||||||||||||||||||| || ||||| |  || ||||| || || |||||||| |||||||||    |||||||| |||||     
9257204 tttgtggttggatttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaatataccatagctatatatatcagacttataattaagagacattaccaaag 9257303  T
236 tttctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaa 335  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||    |||||||||||  | |||| |||||| |||| | | ||||||||||  || |||||| ||||||||    
9257304 tttctagaaaaaacttcgggtgccatgtat----cctaatgttcctctcgctgcagtcatagatatagtactttgattttttgagcacatcttagccaaa 9257399  T
336 ccaaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagat 435  Q
    ||||||||||| ||||| |  || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||    
9257400 ccaaaatttgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaactttggtgaagat 9257499  T
436 actcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttctgtaacga 535  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||| |||| | ||  |||| ||||||||||| |||||    
9257500 actcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatcttcgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacga 9257599  T
536 accatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggtt 635  Q
    ||||||||| || |||||||| |||| ||||||| |||| ||||| || |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||||||||| ||||| |||    
9257600 accatttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccatagtt 9257699  T
636 cccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctc 735  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| |  ||||| || || |||||||||||  | || || || ||||| ||||||||||    
9257700 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttctgcgttattgatcatcttaacagcaactagaatttgacttgataa-ttgcctttgtaaacagctc 9257798  T
736 catgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 835  Q
    | ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||    
9257799 cttgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctcttgatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaa 9257898  T
836 aaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatctt 874  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
9257899 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatctt 9257937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 43 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 8927462 - 8926634
Alignment:
43 aattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcc---ttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttca 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||   |||||  |||   |||||||| |||||||||  |||||| |  ||||||||     
8927462 aattctacaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaagtaaaccatggatccaatctggatacagaacttggaaattttcttcg 8927363  T
140 ccac---ttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaat 236  Q
    ||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
8927362 ccaccagtagttgttttagtattctttcttcctccaaccatctctagcaacaacataccgtagctgtatatatcagacttataagagacattcccaaagt 8927263  T
237 ttctagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaac 336  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    || |||||||||||| | |||| |||||| |||||| | || |||||||  || |||| | | || ||||    
8927262 ttcgagaaaaaacttcaggtgccatg----taacctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgctatgatttttagagcacagcttcgctaaac 8927167  T
337 caaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagata 436  Q
    | || |  |  ||||| | | ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||    
8927166 cgaagtccgatatttttggaatgaaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaattctatgatcacaaccttggtgaagata 8927067  T
437 ctcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtga-gatatgaatttctgtaacga 535  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||| || ||||| || || |||||    
8927066 ctcaatcccattggcaatgcctagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgt-cgggtgaagaaatgaagttttgcaacga 8926968  T
536 accatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggtt 635  Q
    |||||| || |||||||||||||| | |||||||  ||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| | ||  |||||||| ||||| |||    
8926967 accattcgggaaaaagtcataaaccagagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccgaacaacattaacatgatggatttttcccatagtt 8926868  T
636 cccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctc 735  Q
    ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| |||||||| || || | |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
8926867 cccacctcatttatgaactcactcccatctccctctgtattactaagcatcttcacagcaaccataatttgattcgataatttacctttatagacagctc 8926768  T
736 catgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 835  Q
    ||||||| ||||| |||| ||| ||||| || | ||  |||| |||||| |  ||||||||||| || |||||||||||| | ||    |||||||||||    
8926767 catgagctccttcgcctagcttttctttgaactgatccgtaattctcttgatatctgcataagaaaatctagttggctttgacgcttcataatccttcaa 8926668  T
836 aaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttc 869  Q
    ||||||||||| |||  | |||||||| ||||||    
8926667 aaagttttcaagtctcatttgatcttcccctttc 8926634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 43 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 8939885 - 8939060
Alignment:
43 aattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcc---ttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttca 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||   |||||| |||   |||||||| |||||||||   ||||| |  |||||||||    
8939885 aattctaaaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaaataaaccatggatccaatctggatacaatacttgaaaattttcttca 8939786  T
140 ccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttc 239  Q
    ||  |   ||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
8939785 cctgtgactgtcttagtattctttcttcctccaaccatctccagcagcaacataccgtagctgtatatatcagacttataagagacattcccaaagtttc 8939686  T
240 tagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaaccaa 339  Q
     ||||||||||||||||||||||    || ||||| |||||| | ||||  ||||| |||||  | ||||||||||  || |||| | |||| ||||| |    
8939685 gagaaaaaacttcaggtgccatg----taccctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtactttgatttttggagcacagcttagctaaaccga 8939590  T
340 aatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactc 439  Q
    | | ||  ||||| | |  ||||||||||||||  || | |||||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
8939589 agtctgatatttttggaacgaaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaattctatgatcacagccttggtgaagatactc 8939490  T
440 aatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtga-gatatgaatttctgtaacgaacc 538  Q
    ||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||||| || ||||| || || || |||||    
8939489 aatcccattggcaatgccaagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgt-caggtgaagaaatgaaattttgcaatgaacc 8939391  T
539 atttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttccc 638  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||| | ||  || ||||| ||||| ||||||    
8939390 atttgggaaaaagtcataaaccaaagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccggacaacattaacatgatgaatttttcccatagttccc 8939291  T
639 acttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctccat 738  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||    
8939290 acttcatttatgaactctctcccatctccctcggtattactaagcatcttcacggcaacaagaatttgactcgataatttacctttatagacagctccat 8939191  T
739 gagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaa 838  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||| |||| || ||||| |||||| |  ||||||||||| || || ||||||||| | ||   |||||||||||||||    
8939190 gagctccttcccctagcttttctttgaattgatctgtaattctcttgatatctgcataagaaaatcttgttggctttgacgcttcgtaatccttcaaaaa 8939091  T
839 gttttcaattcttgtatgatcttcgcctttc 869  Q
    |||||||| ||| || |||| ||| ||||||    
8939090 gttttcaagtctcgtttgattttcccctttc 8939060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 43 - 872
Target Start/End: Complemental strand, 8962812 - 8961984
Alignment:
43 aattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcc---ttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttca 139  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||  ||||||||| |||||||||  |||||| |  |||||||||    
8962812 aattctataatctccatcttcatcaatagggatatgtatatctcccccttcaaacaaaccgtggatccaatctggatacaaaacttgaaaattttcttca 8962713  T
140 ccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttc 239  Q
     |  |   ||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
8962712 tctgtgactgtcttagtattctttcttcctccgaccatctccagcagcaacattccatagctgtatatatcagatttataagagacattcccaaagtttc 8962613  T
240 tagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaaccaa 339  Q
     |||||| ||||||||||||||| ||    |||||||||||| |||| | |||||| |||||| |  |||||||||  || |||| | | || |||||||    
8962612 gagaaaatacttcaggtgccatgtat----cctaatgttcccctagccgcagtcatcgatacaatagtttgatttttggagcacaacttggctaaaccaa 8962517  T
340 aatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactc 439  Q
    | | ||  ||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
8962516 agtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatcaaaatgaagaattctttgatcacagccctggtgaagatactc 8962417  T
440 aatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtga-gatatgaatttctgtaacgaacc 538  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||||| || ||||| || || ||||||||    
8962416 aattccattggcaatgcctagagcaatctgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgt-caggtgaagaaatgaaattttgcaacgaacc 8962318  T
539 atttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttccc 638  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||  |||||||| ||||| |||||     
8962317 attagggaaaaagtcataaaccaaagcacgataaaatccatcagcgcaaaagccaagtaaccggacaacattaacatgatggatttttcccatagttcct 8962218  T
639 acttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacagctccat 738  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||    
8962217 acttcatttatgaactctctcccatctccttctgtattattaagcatcttcacagcaacaagaatttgactcgataatttacctttgtagacagctccat 8962118  T
739 gagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaa 838  Q
    |||| ||||| || | ||| || || |||| ||  |||| |||||| |  || |||||||| || |||||||||||| | ||    ||||||||||||||    
8962117 gagctccttcgcccagcttttccttgaattgatcagtaattctcttgatatcggcataagaaaatctagttggctttgacgcttcataatccttcaaaaa 8962018  T
839 gttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatc 872  Q
    |||||||| ||| || |||||||| |||||||||    
8962017 gttttcaagtctagtttgatcttctcctttcatc 8961984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 155 - 258
Target Start/End: Original strand, 9236122 - 9236225
Alignment:
155 gtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcag 254  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||    
9236122 gtattctttcttccaccaaccatctcaagcaacaacataccgtagctataaatatcagacttataagaaacatttccgaagtttctcgagaaaacttcag 9236221  T
255 gtgc 258  Q
    ||||    
9236222 gtgc 9236225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 576 - 672
Target Start/End: Original strand, 8861932 - 8862028
Alignment:
576 ccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctg 672  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||    
8861932 ccatctgcgcagaagccaagcaaacgaaccacgttgatgtggtggattttgcccataattcccacttcattgatgaactctttcccttctccctctg 8862028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 579 - 703
Target Start/End: Original strand, 9070045 - 9070169
Alignment:
579 tctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattat 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||  || |||||||| | ||||| || ||||| ||||| | || ||| |    
9070045 tctgcgcaaaagccaagcaaacgaaccacattgatatggtgaattttgcccataatttccacttcagtgatgaactctttcccttctccttgtgtattgt 9070144  T
679 taagaatcttcacggctactagaat 703  Q
    | ||||||||||| || ||||||||    
9070145 tgagaatcttcacagccactagaat 9070169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 261
Target Start/End: Original strand, 9069627 - 9069731
Alignment:
157 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 256  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||| |  ||||| |||    
9069627 attctttcttcctccaaccatttctagcaacaacattccataactgtatatatcagacttaagagaaacatttccaaaatttcgagacactacttcgggt 9069726  T
257 gccat 261  Q
    |||||    
9069727 gccat 9069731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 262
Target Start/End: Original strand, 8861517 - 8861622
Alignment:
157 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 256  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||| || | |||||||||     
8861517 attctttctccctccaaccatttctagcaacaacattccgtaactgtaaatatctgacttaagagacacattcccaaaatttcttgatagaacttcaggc 8861616  T
257 gccatg 262  Q
    ||||||    
8861617 gccatg 8861622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9378111 - 9378008
Alignment:
155 gtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcag 254  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || ||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||    
9378111 gtattctttctacctccaaccatctctagcaacaatattccgtagctataaatatcagacttgtaagaaacatttccgaagtttcttgagaaaacttcag 9378012  T
255 gtgc 258  Q
    ||||    
9378011 gtgc 9378008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 261
Target Start/End: Original strand, 9125095 - 9125199
Alignment:
157 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 256  Q
    |||||| | |||||||||||  |||| ||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||    
9125095 attcttgcgtcctccaaccaattccagcaacaacatcccataactataaatatcagacttacgagaaacatttccaaaatttcgtgacaaaacttcaggt 9125194  T
257 gccat 261  Q
    |||||    
9125195 gccat 9125199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 579 - 691
Target Start/End: Original strand, 8979335 - 8979447
Alignment:
579 tctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattat 678  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||  | ||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| || ||||| ||||| |||| ||| |    
8979335 tctgcacagaagccaagcaatcgaacaacattgatgtggtggatttttcccataattcccacttcgctaatgaactctttcccgtctccttctgtattgt 8979434  T
679 taagaatcttcac 691  Q
    | |||||||||||    
8979435 tgagaatcttcac 8979447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 261
Target Start/End: Original strand, 9085923 - 9086027
Alignment:
157 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 256  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||  || |||||||||||     
9085923 attcttccttccaccaaccatctctagcaacaacatcccataactataaatatcagacttaagagaaacattcccaaaatttcgtgacaaaacttcaggc 9086022  T
257 gccat 261  Q
    |||||    
9086023 gccat 9086027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 156 - 258
Target Start/End: Original strand, 9437484 - 9437586
Alignment:
156 tattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcagg 255  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | || |||||| || ||||| ||||| || |  ||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||||||    
9437484 tattttttcttcctccaaccatttcaagcagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcagg 9437583  T
256 tgc 258  Q
    |||    
9437584 tgc 9437586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 43 - 874
Target Start/End: Complemental strand, 9172011 - 9171175
Alignment:
43 aattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcttca 139  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||   |||| |||| |||||||||| |||||||||  |||||| |  |||||||||    
9172011 aattctaaaatctccctcatcatctattgggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttca 9171912  T
140 ccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttc 239  Q
        | ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
9171911 tttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagagacattcccaaaatttc 9171812  T
240 tagaaaaaacttcaggtgccatgcatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacatttctttgattttgcgaacacatcctagccaaaccaa 339  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||    |||||||||||  | |||| |||||| |||| | | ||||||||||  || |||| | |||||||||| |    
9171811 tagaaaaaacttcgggtgccatgtat----cctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccga 9171716  T
340 aatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactc 439  Q
    | | ||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
9171715 agtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactc 9171616  T
440 aatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgt-----tgttcgggtga--gatatgaatttctgtaa 532  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||||     | ||| | | |  || ||||||||||| ||    
9171615 aattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctg-tcattgaaatgaatttctgcaa 9171517  T
533 cgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagattgtggattttgcccatg 632  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||     
9171516 agaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccata 9171417  T
633 gttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctggattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgacaatttacctttataaacag 732  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || ||||| ||  | |||||||||||| | || ||||||||||| |||||||    
9171416 gttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctctgtgttatttagcatcttaacaccaactagaatttggcttgataatttacctttgtaaacag 9171317  T
733 ctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaactctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatcctt 832  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| | |||||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
9171316 ctccatgagctccttcgcctaacttatccttaaatttatttgtgattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttgtaatcctt 9171217  T
833 caaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcatctt 874  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
9171216 caaaaagttttcgattcttttatgatcttcgcctttcatctt 9171175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 330 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 27696255 - 27696143
Alignment:
330 gccaaaccaaaatttgtgattttggaagtgaaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatatcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggt 429  Q
    |||||||||||||  |  |||||||  ||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| || | ||||| || |||||||||||| |    
27696255 gccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaaatggagaattcgtttatcacaaccttgat 27696156  T
430 ggagatactcaat 442  Q
    | |||||||||||    
27696155 gaagatactcaat 27696143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University