View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11963_high_1 (Length: 1201)

Name: NF11963_high_1
Description: NF11963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11963_high_1
NF11963_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-1186)||(32725113-32726298)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (773-961)||(24256355-24256537)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1166; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1166; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1186
Target Start/End: Complemental strand, 32726298 - 32725113
Alignment:
Q  1 taaccaccatcaccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccgcgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726298 taaccaccatcaccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccacgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagac 32726199  T
Q  101 atgtcaccttacgtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726198 atgtcaccttacgtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatca 32726099  T
Q  201 tggaaggggtccaatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726098 tggaaggggtccaatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccg 32725999  T
Q  301 gaggtcaatcgccaccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattttcttttcatcactgcagattagactcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725998 gaggtcaatcgccaccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattttcttttcatcactgcagattagactcc 32725899  T
Q  401 gatgaagctttccgtccttctgcattaaagcttgtacgtggagaggctttggttttcaactgcatgctgaatttacctcaccttagttaccgtgcaccgg 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725898 gatgaaactttccgtccttctgcattaaagcttgtacgtggagaggctttggttttcaactgcatgctgaatttacctcaccttagttaccgtgcaccgg 32725799  T
Q  501 aatcagttgcttcgtttttaaacggagcaaaaacgttgaatccaaagcttgtgacgttggttgaagaagaagttggttctgttgttggtgggtttgtgga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32725798 aatcagttgcttcgtttttaaacggagcaaaaacgttgaatccaaagcttgtgacgttggttgaagaagaagttggttctgttattggtgggtttgtgga 32725699  T
Q  601 aaggttcatggactcacttcatcattattcagcggtttttgattcattggaggctggttttccgatgcagaaccgggcccggactttggtggagagggta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725698 aaggttcatggactcacttcatcattattcagcggtttttgattcattggaggctggttttccgatgcagaaccgggcccggactttggtggagagggta 32725599  T
Q  701 ttttttgggcctagaattgcaggctcgttgggccggatatatagaacgggtggtgaagaggagagaaggtcatggggggagtggttaggtgaggtagggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725598 ttttttgggcctagaattgcaggctcgttgggccggatatatagaacgggtggtgaagaggagagaaggtcatggggggagtggttaggtgaggtagggt 32725499  T
Q  801 ttaggggagttccggtgagctttgcaaatcattgtcaagcgaagctgttgttagggctttttaatgatgggtatagggttgaagaggtgggtgtgggtag 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725498 ttaggggagttccggtgagctttgcaaatcattgtcaagcaaagctgttgttagggctttttaatgatgggtatagggttgaagaggtgggtgtgggtag 32725399  T
Q  901 taataagttggtgttggattggaaatcaagacgtttgctttctgcttccctttggacttgttcttcttcagattctgatttataggatgctgattaatta 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725398 taataagttggtgttggattggaaatcaagacgtttgctttctgcttccctttggacttgttcttcttcagattctgatttataggatgctgattaatta 32725299  T
Q  1001 agtgctaatctatactagctaaacaatcaattattcatgccatgtgcctttctaattgttttttatttactgaccctctaaaaatggaaacaattattgg 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725298 agtgctaatctatactagctaaacaatcaattattcatgccatgtgcctttctaattgttttttatttactgaccctctaaaaatggaaacaattattgg 32725199  T
Q  1101 tttaatgtctcatgttaagttccacttatggtagttttttgatcgttgaaggatctcaaattttgttgacaaatgtgactgatgtc 1186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725198 tttaatgtctcatgttaagttccacttatggtagttttttgatcgttgaaggatcttaaattttgttgacaaatgtgactgatgtc 32725113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 773 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 24256537 - 24256355
Alignment:
Q  773 tggggggagtggttaggtgaggtagggtttaggggagttccggtgagctttgcaaatcattgtcaagcgaagctgttgttagggctttttaatgatgggt 872  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||    | |||| ||  || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||| |||||||    
T  24256537 tggggggagtggttgggtgtggaagggttcagaggagttaacataagctatggtaaccattgtcaagcaaagttgttattgggtttatttaacgatgggt 24256438  T
Q  873 atagggttgaagaggtgggtgtgggtagtaataagttggtgttggattggaaatcaagacgtttgctttctgcttccctttggacttgt 961  Q
    ||||||| |||||| |||||      |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  24256437 atagggtggaagagttgggt------aacaataagttggtgttaggttggaaatcaagacgtttgctttctgcttctgtttggacttgt 24256355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University