View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11967_low_2 (Length: 733)

Name: NF11967_low_2
Description: NF11967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11967_low_2
NF11967_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-715)||(37837197-37837892)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 37837892 - 37837197
Alignment:
Q  21 gtcccatgttgatgtttgagtgaaaattaggtttgtaatttaaagtttcaacagctgtaaggaaagtatcacgctactatagcagttgcacttatttaaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837892 gtcccatgttgatgtttgagtgaaaattaggtttgtaatttaaagtttcaacagctgtaaggaaagtatcacgctactatagcagttgcacttatttaaa 37837793  T
Q  121 atttattaatggtaatttaatttactccacaatttattatggctattctcctttaatgaatatttattgctttgcctattaagaacctaggataaacatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837792 atttattaatggtaatttaattcactccacaatttattatggctattctcctttaatgaatatttattgctttgcctattaagaacctaggataaacatg 37837693  T
Q  221 atctcttttaattcttacccattttataagtttcacacacgtttgtggttcaaacgcacgcatgccccgaaatatttgaaaccttatcttgctctattgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837692 atctcttttaattcttacccattttataagtttcacacacgtttgtggttcaaacgcacgcatgccccgaaatatttgaaaccttatcttgctctattgt 37837593  T
Q  321 gacacattgaatgatgaaatgacataatcgaaattgcaaattctattatatgtacatgtacatattggttagtgcagtttggagaaggtggatatgaaat 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837592 gacacattgaatgatgaaatgacataatcgaaattgcaaattctattatatgtacatgtacatattggttagtgcagtttggagaaggtggatatgaaat 37837493  T
Q  421 gctactgctaaattccgatttttgagcttgattattctgttgaaagtttacatttcttctgttaagagcatctatcttcaatgaaggtgtcaaagaggat 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837492 gctactgctaaattccgatttttgagcttgatttttctgttgaaagtttacatttcttctgttaagagcatctatcttcaatgaaggtgtcaaagaggat 37837393  T
Q  521 ttatatgttgatcaacggcgctgctatacatagctagaaaaatcatcccgaaattcacgaaggctacgtgtcaatattcaaagttgtggggaaaatgcat 620  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837392 ttatatgttgatgaacggtgctgctatacatagcgagaaaaatcatcccgaaattcacgaaggctacgtgtcaatattcaaagttgtggggaaaatgcat 37837293  T
Q  621 gaggcagcttacaataggaaa-tgggcggaaaacattggtgcttgaccaatagaaatgatttctggacaatttcggaattaactattcgcttgatg 715  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37837292 gaggcagcttacaataggaaattgggcggaaaacattggtgcttgaccaatagaaatgatttcgggacaatttcggaattaactattcgcttgatg 37837197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University