View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11967_low_4 (Length: 653)

Name: NF11967_low_4
Description: NF11967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11967_low_4
NF11967_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-635)||(1781640-1782264)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 1782264 - 1781640
Alignment:
Q  11 cacagatccacccttttcttgtgtttttctcactttcagatgcgaggaggatgaagtgggggaaaaactacttgatgttaattgtgaaatttgattaaac 110  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1782264 cacagatcaaccctcttcttgtgtttttctcaccttcagatgcgaggaggatgaagtgggggaaaaactacttgatgttaattgtgaaatttaattaaac 1782165  T
Q  111 ttatgacctggtggattggacttttttggactatatgctgggaaggtttggttttggattaaatggatgaagacttgtatttgtacaaataatttgttag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1782164 ttatgacctggtggattggacttttttggactatatgctgggaaggtttggttttggattaaatggatgaagacttgtatttgtacaaataatttgttag 1782065  T
Q  211 ttttggtaattggttgtcctataggggaaatctcgacaaagaggcctaaacaaggagacccccttgctactttattatttctcttggtagtgaaaagttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1782064 ttttggtaattggttgtcctataggggaaatctcgacaaagaggcctaaacaaggagacccccttgctactttattatttctcttggtagtgaaaagttt 1781965  T
Q  311 tgagggtctcacgaagtcagcatgtaggatgtacatgttcaaaggttatgtgatgggagatgggtgtatgaaggtatctcactgtcaatatcgggatgat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1781964 tgagggtctcacgaagtcagcatgtaggatgtacatgttcaaaggttatgtgatgggagatgggtgtatgaaggtatctcactgtcaatatcgggatgat 1781865  T
Q  411 accttgtgaattgaggaagcaactattgagaatttgtgggtaatgaaggctattttgagagcctttgaaataacatctggattaaaagtaaattttgcga 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1781864 accttgtgaattgaggaagcaactattgagaatttgtgggtaatgaaggctattttgagagcctttgaaataacatctggattaaaagtaaattttgcga 1781765  T
Q  511 aaagatgtcttatgcgtataaatggcaaataatcattattaaagatggggtcagacttcctaaattttagtcataaaatgaccaacgggagctaagccta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  1781764 aaagatgtcttatgcgtataaatggcaaataatcattattaaagatggggtcagacttcctaaatttcagtcataaaatgaccaatgggagctaagcata 1781665  T
Q  611 aaaggctttcaacgagcgaaccaat 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1781664 aaaggctttcaacgagcgaaccaat 1781640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University