View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11968_low_2 (Length: 631)

Name: NF11968_low_2
Description: NF11968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11968_low_2
NF11968_low_2
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (11-614)||(44924207-44924802)
chr4 (115-614)||(6908338-6908829)
chr4 (368-608)||(6901452-6901692)
chr4 (442-608)||(44927080-44927246)
chr4 (147-295)||(6901713-6901855)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (115-614)||(202156-202649)
chr3 (147-611)||(206482-206940)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (252-611)||(24652676-24653035)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (222-611)||(29514352-29514747)
chr1 (256-608)||(43626062-43626417)
chr1 (318-458)||(43997926-43998065)
chr1 (82-252)||(43632255-43632417)
chr1 (82-190)||(43997781-43997894)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 512; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 512; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 614
Target Start/End: Original strand, 44924207 - 44924802
Alignment:
Q  11 cacagactatatcatccaactaactagtataaagatcaagcagatcattaatgcaagtttcacaattataagttctcaaaaggcacaggaaagacctaca 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44924207 cacagactatatcatccaactaactagtataaagatcaagcagatcattaatgcaagtttcacagttataagttctcaaaaggcacaggaaagtcctaca 44924306  T
Q  111 ccgtatgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacgggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctctta 210  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||    
T  44924307 ccatatgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacaggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctctta 44924399  T
Q  211 cacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||    
T  44924400 cacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaggataaaaaa-caacatgt 44924498  T
Q  311 ctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatggaaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924499 ctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatggaaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggct 44924598  T
Q  411 agagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttcttt 510  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924599 agagcaaggatctaagcaaaatgaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttcttt 44924698  T
Q  511 cgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttca 610  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924699 cacttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttca 44924798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 614
Target Start/End: Original strand, 6908338 - 6908829
Alignment:
Q  115 atgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacgggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||     
T  6908338 atgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacgggtataccataaaaacaagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctcttacaca 6908430  T
Q  215 cagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||| |    
T  6908431 cagcatcaagtaaaaagttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaact-aatacttagaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgtcttg 6908528  T
Q  315 agcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctaga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6908529 agcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctaga 6908628  T
Q  414 gcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6908629 gcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgt 6908728  T
Q  514 ttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 613  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908729 ttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 6908828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 368 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 6901692 - 6901452
Alignment:
Q  368 gcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6901692 gcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggcgagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 6901593  T
Q  468 gtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatg 567  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6901592 atcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttgtgagtgaaaagtcaatg 6901493  T
Q  568 tgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 608  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6901492 tgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgtt 6901452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 442 - 608
Target Start/End: Original strand, 44927080 - 44927246
Alignment:
Q  442 atttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccga 541  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |    
T  44927080 atttaatcttcatcctcctcatctccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcacttcacgcgaccaggaagaccaccaccaa 44927179  T
Q  542 aaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 608  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44927180 agggacttgtgagggaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 44927246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 147 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6901855 - 6901713
Alignment:
Q  147 atacacgggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||       |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6901855 atacacggatataccatcaaaacatgcaatatcaaactgctaaa-------taatattctcttacacacaccatcaggtaaaaggttcaattataacaaa 6901763  T
Q  247 gatcat-caaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagat 295  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6901762 gataattcaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagat 6901713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 202649 - 202156
Alignment:
Q  115 atgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacgggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||     
T  202649 atgaagcatagttggatcaaagtttcggttggatacacgggtataccatcaaaacaagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctcttacaca 202557  T
Q  215 cagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcg 314  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  202556 gagcatcaagtaaaaggttcaatcatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgtctcg 202458  T
Q  315 agcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctaga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  202457 agcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctaga 202358  T
Q  414 gcaaggatctaagcaaaagaaaatcataa-tttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcg 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202357 gcaaggatctaagcaaaagaaaatcataaatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcg 202258  T
Q  513 cttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacc 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202257 cttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacc 202158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 147 - 611
Target Start/End: Original strand, 206482 - 206940
Alignment:
Q  147 atacacgggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||       |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  206482 atacacggatataccatcaaaacatgcaatatcaaactgctaaa-------taatattctcttacacacaccatcaagtaaaaggttcaattataacaaa 206574  T
Q  247 gatcatc-aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacaggga 345  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  206575 gatcatttaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgtctcaagcaaagatttcctcacacaataaacaggga 206673  T
Q  346 tgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatt 444  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  206674 tgggaaaacggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatt 206773  T
Q  445 taatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaag 544  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  206774 taatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatg 206873  T
Q  545 gacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  206874 gacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttcac 206940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 252 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 24653035 - 24652676
Alignment:
Q  252 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aa 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24653035 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgttttgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaa 24652937  T
Q  351 aatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatct 450  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24652936 aacggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatct 24652837  T
Q  451 tcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttg 550  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24652836 tcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttg 24652737  T
Q  551 tgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24652736 tgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttcac 24652676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 222 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 29514747 - 29514352
Alignment:
Q  222 aagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaag 321  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |        ||||| ||||||||||||    
T  29514747 aagtaaaaggttcaattatcataaagatcatcaaatgtattggagcaaaactctatacttggaaaagaaaagctcaaaaag-aacatctctcgagcaaag 29514649  T
Q  322 atttcctcacacaataaacagggat-ggaaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaagga 420  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  29514648 atttactcgcacaataaacaaggataggaaaatggtaaaagtcatatgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatatcaagaggctagagcaagga 29514549  T
Q  421 tctaagcaaaagaaaatcataatttaa------tcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgct 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  29514548 tctaagcaaaagaaaatcataatttaaatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccagaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcgct 29514449  T
Q  515 tcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 611  Q
    |||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29514448 tcacgcgaccgggaagaccaccaccaaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaatgatgggatgttcac 29514352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 256 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 43626417 - 43626062
Alignment:
Q  256 atgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctc-gagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg--aaaa 352  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||       ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||    
T  43626417 atgtattggagcaaaacttaatatttggaaaagaagagataaaaaa-caacacgtctctgagaaaagatttccttacacaataaacaaggatgagaaaaa 43626319  T
Q  353 tggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttc 452  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  43626318 tggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacagata--aaaaggctagagcaaggatctaagtaaaagaaaatcataatttaaccttc 43626221  T
Q  453 atcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgc-agcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 551  Q
    ||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||    
T  43626220 atcctcctcgtcaacatgaccaccggaagccttcttggctgccagtcttaaggttctttcgcttcacacgaccaggaagacaaccaccaaaaggacttgt 43626121  T
Q  552 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctca--ccatgaaggatgggatgtt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  43626120 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccccatgaaggatgggatgtt 43626062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 318 - 458
Target Start/End: Original strand, 43997926 - 43998065
Alignment:
Q  318 aaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagca 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  43997926 aaagatttcctcacacaataaacaaggatgggaaaatggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacagcta--aaaaggctagagca 43998023  T
Q  417 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctc 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43998024 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaaccttcatcctc 43998065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 82 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 43632417 - 43632255
Alignment:
Q  82 gttctcaaaaggcacaggaaagacctacaccgtatgaagcatagttggatcaaagtttcggttgg----atacacgggtataccatcaaaataagcaata 177  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  43632417 gttcgcaaaaggcacgggaaagacctacaccatatgaagcacagttgattcaaagttttggttggttggatacacgggtataccatcaaaatatgcaaaa 43632318  T
Q  178 tcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcat 252  Q
    |||||| |||||   |||          |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43632317 tcaaactgctaa---cta---------ttcttacatacaacatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcat 43632255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 82 - 190
Target Start/End: Original strand, 43997781 - 43997894
Alignment:
Q  82 gttctcaaaaggcacaggaaagacctacaccgtatgaagcatagttggatcaaagtt----tcggttggatacac-gggtataccatcaaaataagcaat 176  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  43997781 gttcccaaaaggcacgggaaagacctacaccatatgaagcatagttgattcaaagttttggttggttggatacacggggtataccatcaaaatatgcaaa 43997880  T
Q  177 atcaaacagctaaa 190  Q
    ||||||| ||||||    
T  43997881 atcaaactgctaaa 43997894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University