View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11969_low_1 (Length: 703)
Name: NF11969_low_1
Description: NF11969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11969_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 11592898 - 11592281
Alignment:
| Q |
11 |
aagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592898 |
aagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
11592799 |
T |
|
| Q |
111 |
agttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatg |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
11592798 |
agttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatg |
11592699 |
T |
|
| Q |
211 |
ggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattga |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592698 |
ggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattga |
11592599 |
T |
|
| Q |
311 |
tgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagaca |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592598 |
tgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagaca |
11592499 |
T |
|
| Q |
411 |
acaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatgga |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592498 |
acaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatgga |
11592399 |
T |
|
| Q |
511 |
atgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaaacttggaaccttttggcttctcttttgactgtttttgttaactctgtttacttggagcctagggcca |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592398 |
atgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaatcttggaaccttttggcttctcttttgactgtttttgttaactctgtttacttggagcctagggcca |
11592299 |
T |
|
| Q |
611 |
ctaaggtatgttctagct |
628 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592298 |
ctaaggtatgttctagct |
11592281 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 628
Target Start/End: Original strand, 11645221 - 11645838
Alignment:
| Q |
11 |
aagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645221 |
aagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
11645320 |
T |
|
| Q |
111 |
agttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatg |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
11645321 |
agttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatg |
11645420 |
T |
|
| Q |
211 |
ggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattga |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645421 |
ggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattga |
11645520 |
T |
|
| Q |
311 |
tgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagaca |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645521 |
tgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagaca |
11645620 |
T |
|
| Q |
411 |
acaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatgga |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645621 |
acaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatgga |
11645720 |
T |
|
| Q |
511 |
atgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaaacttggaaccttttggcttctcttttgactgtttttgttaactctgtttacttggagcctagggcca |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645721 |
atgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaatcttggaaccttttggcttctcttttgactgtttttgttaactctgtttacttggagcctagggcca |
11645820 |
T |
|
| Q |
611 |
ctaaggtatgttctagct |
628 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11645821 |
ctaaggtatgttctagct |
11645838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 37180715 - 37181056
Alignment:
| Q |
11 |
aagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37180715 |
aagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgtttatgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgc |
37180814 |
T |
|
| Q |
111 |
agttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagat |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||| | || |
|
|
| T |
37180815 |
agttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatgataatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaat |
37180914 |
T |
|
| Q |
210 |
gggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattg |
309 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37180915 |
gggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataagacggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattg |
37181011 |
T |
|
| Q |
310 |
atgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
353 |
Q |
| |
|
| || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37181012 |
acgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University