View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11975_low_3 (Length: 757)

Name: NF11975_low_3
Description: NF11975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11975_low_3
NF11975_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-744)||(62350-63078)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 63078 - 62350
Alignment:
Q  9 aatgacatgttcataaattattttaaacttatttgattatgatgtttaagaataattattagaagttttataaaaacaataatttagttgacaataaaca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  63078 aatgacatgttcataaattattttaaacttatttgattatgatgtttaagaatacttattagaagttatataaaaacaataatttagttgacaataaaca 62979  T
Q  109 nnnnnnnnaaaacgtatatataa--gaatttgaattatattctctatttggttatacaatatttttatacaagtacttatgataaagcacacgatattct 206  Q
            |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62978 ttttttttaaaacgtatatataaaagaatttgaattatattctctatttggttatacaatattttta--caagtacttatgataaagcacacgatattct 62881  T
Q  207 gcatgtaattattcatattcatacctctctttgtagtgaataaagaagtttctaccatgaagtcaaaagtaaaggcatttacatctaactgtgacaaaag 306  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62880 gcatgtaattattcatat----acctctctttgtagtgaataaagaagtttctacca---agtcaaaagtaaaggcatttacatctaactgtgacaaaag 62788  T
Q  307 aaaatgcattaatcatcccatattcctatgtttttagatcttctcatttatgttaccaaaacctagatgtagttcaatctcggatatgacatggatatta 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62787 aaaatgcattaatcatcccatattcctatgtttgtagatcttctcatttatgttaccaaaacctagatgtagttcaatctcggatatgacatggatatta 62688  T
Q  407 taaagtactactagtactataccacaaattaattagttacattgtgtgtgccctaacccttttaattttttcattggataaagtgctatctagatttaat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62687 taaagtactactagtactataccacaaattaattagttacattgtgtgtgccctaacccttttaattttttcattggataaagtgctatctagatttaat 62588  T
Q  507 tatttgattggagaaacaaatgtaatgtgagtgagatatcactaaaacatgcaacttcaccgcttactagctaatagtatagtgtcacatgcattgccca 606  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62587 tatttgatttgagaaacaaatgtaatgtgagtgagatatcactaaaacatgcaacttcaccgcttactagctaatagtatagtgtcacatgcattgccca 62488  T
Q  607 tacatagaggatatgtaacacacttctaccacattaattacttaggtatactaaagtgggtcctctcattaccaaattaaagacatagtaataaatattt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62487 tacatagaggatatgtaacacacttctcccacattaattacttaggtatactaaagtgggtcctctcattaccaaattaaagacatagtaataaatattt 62388  T
Q  707 ctcatgcatataatatggtctctcatggtttttgatgt 744  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62387 ctcatgcatataatatggtctctcatggtttttgatgt 62350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University