View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11977_low_1 (Length: 893)

Name: NF11977_low_1
Description: NF11977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11977_low_1
NF11977_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-875)||(42444842-42445698)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 875
Target Start/End: Original strand, 42444842 - 42445698
Alignment:
Q  19 catccttcgtttagtgacgcaggaataccaccaccaccgtcgaaatggaaagggagatgcgaacttaatggtacagtttgtaacaacaaattaattggag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444842 catccttcgtttagtgacgcaggaataccaccaccaccgtcgaaatggaaagggagatgcaaacttaatggtacagtttgtaacaacaaattaattggag 42444941  T
Q  119 caagatccttcaacaatgcagcagtaaaaggagagaaagctgaagcaccaattgatgaggatggacacgggactcacacagcaagtacagcggctggtgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444942 caagatccttcaacaatgcagcagtaaaaggagagaaagctgaagcaccaattgatgaggatggacacgggactcacacagcaagtacagcggctggtgc 42445041  T
Q  219 ttttgtcgacaatgcagaagtgctaggaaatgctaaaggtacggcagcagggatggctcctcatgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaa 318  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445042 ttttgtcgaaaatgcagaagtgctaggaaatgctaaaggtacggcagcagggatggctcctcatgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaa 42445141  T
Q  319 gactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagatgcagctgtggaggatggtgtggatgtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445142 gactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagatgcagctgtggaggatggtgtggatgtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccat 42445241  T
Q  419 ttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcagcaattcagaagggaatctttgtaagtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctcctt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445242 ttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcagcaattcagaagggaatctttgtaagtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctcctt 42445341  T
Q  519 ggttaatggagccccatggatgctcacagttggagcaagcactattgacagaaccattgtggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445342 ggttaatggagccccatggatgctcacagttggagcaagcactattgacagaaccattgtggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggc 42445441  T
Q  619 gaatctgttttccagccttccgatttctctccaacactgttgcccttagcatatgcaggaataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggat 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445442 gaatctgttttccagccttccgatttctctccaacactgttgcccttagcatatgcaggaataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggat 42445541  T
Q  719 ccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttttgtgtgagaggggagggggtataggaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtgg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445542 ccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttttgtgtgagaggggagggggtataggaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtgg 42445641  T
Q  819 tgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatggtttcagtctctcagctgatgt 875  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445642 tgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatggtttcagtctctcagctgatgt 42445698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University