View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11980_low_28 (Length: 500)

Name: NF11980_low_28
Description: NF11980
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11980_low_28
NF11980_low_28
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (19-488)||(11859966-11860435)
chr5 (19-488)||(11827831-11828300)
chr5 (86-481)||(12038801-12039193)
chr5 (31-469)||(11902141-11902573)
chr5 (113-471)||(11731708-11732063)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Original strand, 11859966 - 11860435
Alignment:
Q  19 gaacaactacttatatagaatgaatcggttgatgcataaactcgcaacgcaagaaatcactggtaacgaaaacatcaccatggatgtgatgcgggaaaga 118  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  11859966 gaacaactgcttgtatagaatgaatccgttgatgcataaactcgcaaggcaagaaatcgctggtaacgaaaacatcaccgtggatgtgatgggggaaagg 11860065  T
Q  119 gttcaagatggaatgctacgagtttcattcgattttgctttagatcttacatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggacca 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11860066 gttcaagatggaatgctgcgagtttcgttcgattttgctttagatctttcatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggacct 11860165  T
Q  219 ttcttttgccatacaacattaacaaccctcagcttccgcatgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgaaaagatcttcgacaccttcaagtgctcgct 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11860166 ttcttttgccatacaacattaacaaccctcggcttccgtacgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgataagatcttcgacaccttcaagtgctcgct 11860265  T
Q  319 acgcgtgttggatctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11860266 acgcgtgttggatctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacata 11860365  T
Q  419 gagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaactgtctcaatgtgatgtcc 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11860366 gagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaactgtctcaatgtcatgtcc 11860435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Original strand, 11827831 - 11828300
Alignment:
Q  19 gaacaactacttatatagaatgaatcggttgatgcataaactcgcaacgcaagaaatcactggtaacgaaaacatcaccatggatgtgatgcgggaaaga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  11827831 gaacaactacttatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaagacaagaaattgctggtgacgaaaacatcaccgtggatgtgatgggggagaga 11827930  T
Q  119 gttcaagatggaatgctacgagtttcattcgattttgctttagatcttacatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggacca 218  Q
    ||||  |  || | ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11827931 gttcgtggcgggacgctgcgagtttcgttcaattttgctttagatctttcatgtgagatccctgattcggtgtttcagacagcaaagaaactaaggacca 11828030  T
Q  219 ttcttttgccatacaacattaacaaccctcagcttccgcatgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgaaaagatcttcgacaccttcaagtgctcgct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11828031 ttcttttgccatacaacattaacaaccctcgtcttccgcacgaggtaaagatgacaacgtcaacttgtgataagatcttcgacaccttcaagtactcgct 11828130  T
Q  319 acgcgtgttggatctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11828131 acgcgtgttggatctacatgacttggggatcaagacagttccaagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcacataacaacatg 11828230  T
Q  419 gagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaactgtctcaatgtgatgtcc 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  11828231 gagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacgttgaaactgtctcgatgtcatgtcc 11828300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 86 - 481
Target Start/End: Original strand, 12038801 - 12039193
Alignment:
Q  86 gaaaacatcaccatggatgtgatgcgggaaagagttcaagatggaatgctacgagtttcattcgattttgctttagatcttacatgtgagatccctgatt 185  Q
    |||||||||||| |||||  |||| ||||  | ||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |    |||| |||||| ||||    
T  12038801 gaaaacatcaccgtggattcgatgggggagggtgttcacgatggaatgctacgagtttcgtttgattatgctttagatttgttgtgtgggatcccagatt 12038900  T
Q  186 tggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggaccattcttttgccatacaacattaacaaccctcagcttccgcatgaggtaaaggtgacaacatcaacttg 285  Q
      |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  | |||||| || ||||||||||||| ||    
T  12038901 gtgtgtttgagaaagctaaaaaactgaggaccattcttttgccatacaacactgacaaccctcggcttcctgacgaggtacagatgacaacatcaacctg 12039000  T
Q  286 tgaaaagatcttcgacaccttcaagtgctcgctacgcgtgttggatctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtac 385  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||  |||   | |||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  12039001 tgataagatctttaacaccttcaaa-gcta--tgcgcgtgttagatatgcatgacttggggatcaagacgattccgagctctattgaagaggtgaagtac 12039097  T
Q  386 ttgaggtatctagatctttcccataacaacatggagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaactgtctcaatgt 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  12039098 ttgaggtatctagatctttctcataacaacatagagaagcttcctagttgcatcacaactcttatccacttgcaaacgttgaaactttctcaatgt 12039193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 11902573 - 11902141
Alignment:
Q  31 atatagaatgaatcggttgatgcataaactcgcaacgcaagaaatcactggtaacgaaaacatcaccatggatgtgatgcgggaaagagttcaagatgga 130  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||   ||||  || | |||||||| ||  || ||  |||| |||| | |||| ||| ||||    
T  11902573 atatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctag---tcacctgtgaagaaaacatgactgtgaattcgatgggggataaagttaaaggtgga 11902477  T
Q  131 atgctacgagtttcattcgattttgctttagatcttacatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggaccattcttttgccat 230  Q
    ||| | |||| |||||| ||||||||||| |||||  |||||| |||||| || ||| ||||  | |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  11902476 atgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagacttgttgttcgataaagcaaagaaactgagaaccattcttttgccgt 11902377  T
Q  231 acaacattaacaaccctcagcttccgcatgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgaaaagatcttcgacaccttcaagtgctcgctacgcgtgttgga 330  Q
    ||| || |||||||||||  ||||| || ||||| ||| ||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||| |   ||||| ||| ||||    
T  11902376 acagcactaacaaccctcgccttccacacgaggtgaagatgacaacatcaacatgcgataagatcttcaacaccttcaagtcc---ctacgtgtgctgga 11902280  T
Q  331 tctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatggagaagcttcct 430  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||    
T  11902279 tctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctagatctttctcataacaacatagaaaagctacct 11902180  T
Q  431 agttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaa 469  Q
    |||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  11902179 agttccatcactaagcttatccacttgcaaacattgaaa 11902141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 113 - 471
Target Start/End: Original strand, 11731708 - 11732063
Alignment:
Q  113 gaaagagttcaagatggaatgctacgagtttcattcgattttgctttagatcttacatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaa 212  Q
    |||| |||| |||| |||||||| |||| ||| || ||||||| ||| |||||| | |||| ||| || |||| | |||||   | |||||||||||| |    
T  11731708 gaaaaagttgaagaaggaatgctgcgagcttcgtttgattttggtttggatctttcgtgtgggattccagattcgatgttt---atagcaaagaaactga 11731804  T
Q  213 ggaccattcttttgccatacaa---cattaacaaccctcagcttccgcatgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgaaaagatcttcgacaccttcaa 309  Q
    |||||||| | |||||||||||   |||||||||||||| |||||| || ||||| ||| |||| ||  |||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11731805 ggaccattttattgccatacaaaaacattaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacgacgccaacctgtgataagatcttcaacaccttcaa 11731904  T
Q  310 gtgctcgctacgcgtgttggatctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccat 409  Q
    || |  ||    |||||||||||||||||| |||||||||||||  || || | ||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| |||||     
T  11731905 gtccatgca---cgtgttggatctacatgacttggggatcaagattgtaccaacctctattgaggagatgaaatacttgaggtttctagatctatcccac 11732001  T
Q  410 aacaacatggagaagcttcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaact 471  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  11732002 aacaacatagagaagcttcctagttgcatcacaaagcttatccatttgcaaaccttgaaact 11732063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University