View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11982A_low_480 (Length: 227)
Name: NF11982A_low_480
Description: NF11982A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11982A_low_480 |
 | |
|
| [»] scaffold0129 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0009 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 9314105 - 9314275
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
9314105 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
9314204 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9314205 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
9314275 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 35216088 - 35215918
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
35216088 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
35215989 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35215988 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
35215918 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 38222842 - 38222672
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38222842 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
38222743 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38222742 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
38222672 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 16727661 - 16727829
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
16727661 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
16727760 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
169 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16727761 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
16727829 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 4 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12773413 - 12773246
Alignment:
| Q |
4 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtc |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12773413 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaaatcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattgagtc |
12773314 |
T |
|
| Q |
104 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12773313 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
12773246 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 23717783 - 23717953
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
23717783 |
tacattgaacatttcacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
23717882 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23717883 |
gtctcaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
23717953 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 32742762 - 32742932
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
32742762 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaaatcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttgttaatttacattga |
32742861 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32742862 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
32742932 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 171
Target Start/End: Original strand, 44501763 - 44501802
Alignment:
| Q |
132 |
agacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44501763 |
agacatagactaatttgtctttttgtttggtatgtacagt |
44501802 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 17195921 - 17196091
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
17195921 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
17196020 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17196021 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
17196091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10485126 - 10484956
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
10485126 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatattttcaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
10485027 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10485026 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
10484956 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 21395379 - 21395209
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
21395379 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
21395280 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21395279 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgtctttttgtttggtatgtacagt |
21395209 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 49550638 - 49550808
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
49550638 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
49550737 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49550738 |
gtctcaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
49550808 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 1086136 - 1086304
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
1086136 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
1086235 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
169 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1086236 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacataaactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
1086304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 5926230 - 5926060
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5926230 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
5926131 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5926130 |
gtctcaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcttttttgtttggtatgtacagt |
5926060 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 14676812 - 14676642
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14676812 |
tacattgaacattccagttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
14676713 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
14676712 |
gtcccaagatttggtgcaacataattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatctacagt |
14676642 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 45117886 - 45117716
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45117886 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatgaatatgaatacaatatttattaatttacattga |
45117787 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45117786 |
gtcccaagatttggtgcaatgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttgatatgtacagt |
45117716 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 27182893 - 27183064
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
27182893 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
27182992 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttg-cctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27182993 |
gtctcaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgtcttttttgtttggtatgtacagt |
27183064 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 45106571 - 45106516
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtca |
56 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45106571 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtca |
45106516 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 44553844 - 44554014
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44553844 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
44553943 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44553944 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
44554014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 27644942 - 27645112
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
27644942 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
27645041 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27645042 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattccaagagacgtagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
27645112 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 38518706 - 38518876
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38518706 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
38518805 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38518806 |
gtcacaagatttagtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
38518876 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 20394562 - 20394392
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
20394562 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
20394463 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20394462 |
gtcccaagatctggtgcaatgtaattctaagggacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
20394392 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 34945246 - 34945077
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
34945246 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatataaatataatatttattaatttacattga |
34945147 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34945146 |
gt-ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcccttttgtttggtatgtacagt |
34945077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 3863601 - 3863510
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatt |
92 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
3863601 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatataatatttattaatt |
3863510 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 3863327 - 3863242
Alignment:
| Q |
84 |
ttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
169 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3863327 |
ttattaatttacattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtaca |
3863242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 58 - 171
Target Start/End: Original strand, 28392857 - 28392970
Alignment:
| Q |
58 |
atttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28392857 |
atttccaatgaatatgaacacagtagttactaatttacgttgagccccaagattcgctgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
28392956 |
T |
|
| Q |
158 |
ttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
28392957 |
ttggtatgtacagt |
28392970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 49529720 - 49529612
Alignment:
| Q |
58 |
atttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
157 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||| || ||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49529720 |
attttcaatgcatataaacacactagttactaatttacgttgagtcccaagattcgctgcaacgtaattctaagaggcatagactaatttgcctttttgg |
49529621 |
T |
|
| Q |
158 |
ttggtatgt |
166 |
Q |
| |
|
|||| |||| |
|
|
| T |
49529620 |
ttggcatgt |
49529612 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 124 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10542297 - 10542250
Alignment:
| Q |
124 |
attctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10542297 |
attctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
10542250 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 30112293 - 30112463
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
30112293 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
30112392 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30112393 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
30112463 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 30123580 - 30123750
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
30123580 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
30123679 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30123680 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
30123750 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 7357057 - 7357227
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
7357057 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
7357156 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7357157 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacattgactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
7357227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12532631 - 12532461
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12532631 |
tacattgaacattcgacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
12532532 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12532531 |
gtcctaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
12532461 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 3534571 - 3534401
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3534571 |
tacattgaacattccatttgtttacatttactatatacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
3534472 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3534471 |
atcccaagatttggtgcaacttaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
3534401 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2272257 - 2272092
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2272257 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacactttaaaaggcaaaagtcatatttccaatggatatgaata-----tttattaatttacattga |
2272163 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
2272162 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttgatatgtacagt |
2272092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 4 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 43487742 - 43487575
Alignment:
| Q |
4 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtc |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
43487742 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattgagtc |
43487643 |
T |
|
| Q |
104 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43487642 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
43487575 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2026352 - 2026182
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2026352 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
2026253 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2026252 |
gtcccaagatttggtgcaatgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
2026182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 37828240 - 37828410
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
37828240 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaattcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
37828339 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37828340 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
37828410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 3614961 - 3614795
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3614961 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
3614862 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgta |
167 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3614861 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgtctttttgtttggtatgta |
3614795 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 23415338 - 23415168
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
23415338 |
tacattgaactttccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
23415239 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23415238 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcttttttgtttggtatgtacagt |
23415168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 37039303 - 37039473
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
37039303 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
37039402 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
37039403 |
gtcataagatttagtgcaacgtaattctaagagacatagattaatttgcctttttatttggtatgtacagt |
37039473 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 58 - 171
Target Start/End: Original strand, 18003617 - 18003730
Alignment:
| Q |
58 |
atttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18003617 |
atttccaatgcatatgaacacagtaattactaatttacgttgagtcccaaggttcgttgcaacgtaattctaagaggcatatactaatttgcctttttgt |
18003716 |
T |
|
| Q |
158 |
ttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |
|
|
| T |
18003717 |
ttgatatgtacagt |
18003730 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 33336180 - 33336067
Alignment:
| Q |
58 |
atttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| |||||||| ||| || | || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33336180 |
atttccaatgcatatgaacacagtaattactaatttacgttgagtcctaaggttcgctgtaacgtaattctaagaggcatagactaatttacctttttgt |
33336081 |
T |
|
| Q |
158 |
ttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| |
|
|
| T |
33336080 |
ttggtatggacagt |
33336067 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 3522344 - 3522174
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3522344 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
3522245 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3522244 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgtctttttgtttggtatgtacagt |
3522174 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10902228 - 10902058
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
10902228 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
10902129 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10902128 |
gtctcaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
10902058 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 10269751 - 10269921
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
10269751 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
10269850 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10269851 |
atcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagatatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
10269921 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 335233 - 335074
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
335233 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
335134 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttg |
160 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
335133 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttg |
335074 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 171
Target Start/End: Original strand, 43314788 - 43314940
Alignment:
| Q |
19 |
tgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43314788 |
tgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattgagtcccaagatttggtgca |
43314887 |
T |
|
| Q |
119 |
acgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43314888 |
acgtaattctaagagatatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
43314940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 104 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 13618835 - 13618768
Alignment:
| Q |
104 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13618835 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcttttttgtttggtatgtacagt |
13618768 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 106 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 32591969 - 32591904
Alignment:
| Q |
106 |
aagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32591969 |
aagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcatttttgtttggtatgtacagt |
32591904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 30704648 - 30704818
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
30704648 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttgttaatttacattga |
30704747 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30704748 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
30704818 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 4 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 14218640 - 14218473
Alignment:
| Q |
4 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtc |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14218640 |
attgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattgagtc |
14218541 |
T |
|
| Q |
104 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
14218540 |
ccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttagtatgtacagt |
14218473 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 167
Target Start/End: Original strand, 21351344 - 21351453
Alignment:
| Q |
58 |
atttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgt |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||| |||| |||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
21351344 |
atttccaatgcatatgaacacaatagttactaatttacgttgaaccccaaggttcgctgcaacgtaattctaagaggcatagactaatttgcctttttat |
21351443 |
T |
|
| Q |
158 |
ttggtatgta |
167 |
Q |
| |
|
|| ||||||| |
|
|
| T |
21351444 |
tttgtatgta |
21351453 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 16642368 - 16642538
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
16642368 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
16642467 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16642468 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagattaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
16642538 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 41773585 - 41773415
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
41773585 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatgaatatgaatacaatatttattaatttacattga |
41773486 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41773485 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
41773415 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 29649984 - 29649867
Alignment:
| Q |
54 |
tcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgccttt |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
29649984 |
tcatatttccaatgaatatgaatacaatatttattaatttacattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatatactaatttgccttt |
29649885 |
T |
|
| Q |
154 |
ttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
29649884 |
ttatttggtatgtacagt |
29649867 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 57 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 29658383 - 29658272
Alignment:
| Q |
57 |
tatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattgagtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttg |
156 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
29658383 |
tatttccgatggatatgaatacaatatttattaatttacattgagttccaagatttggtgcaacgtaattc---gagacatagactaatttgccattttg |
29658287 |
T |
|
| Q |
157 |
tttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
29658286 |
tttggtatgtacagt |
29658272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 109 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 8363016 - 8362954
Alignment:
| Q |
109 |
atttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8363016 |
atttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
8362954 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 171
Target Start/End: Original strand, 22146981 - 22147021
Alignment:
| Q |
131 |
gagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22146981 |
gagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
22147021 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0129 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:
Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 39613 - 39783
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
39613 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatattttcaatggatatgaatacaatatttattaatttacattga |
39712 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39713 |
gtccgaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
39783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0009 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:
Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 15787 - 15957
Alignment:
| Q |
1 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcatatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15787 |
tacattgaacattccacttgtttacatttactatacacttcaaaagtcaaaagtcacatttccaatggatatgaatacaatatttattaatttatattga |
15886 |
T |
|
| Q |
101 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaatttgcctttttgtttggtatgtacagt |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
15887 |
gtcccaagatttggtgcaacgtaattctaagagacatagactaattttcctttttgtttggtatatacagt |
15957 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University