View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11984_high_9 (Length: 360)

Name: NF11984_high_9
Description: NF11984
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11984_high_9
NF11984_high_9
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-360)||(5118608-5118967)
chr2 (9-359)||(5101057-5101407)
chr2 (1-356)||(5080573-5080937)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-318)||(14412925-14413242)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-315)||(16885321-16885638)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (60-208)||(3468-3616)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (93-294)||(25311890-25312091)
chr8 (93-294)||(25341871-25342072)
chr8 (62-262)||(25453905-25454105)
chr8 (62-262)||(25696283-25696483)
chr8 (61-223)||(25476623-25476785)
chr8 (24-265)||(25570803-25571044)
chr8 (62-293)||(25605529-25605760)
chr8 (120-262)||(25323579-25323721)
chr8 (61-262)||(25716116-25716317)
chr8 (93-265)||(22899778-22899950)
chr8 (34-208)||(24874373-24874547)
chr8 (129-265)||(23259109-23259245)
chr8 (163-262)||(25801201-25801300)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (9-230)||(15928-16149)
scaffold0070 (60-208)||(49500-49648)
[»] scaffold1415 (1 HSPs)
scaffold1415 (73-208)||(13-148)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (92-230)||(10324799-10324937)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 5118608 - 5118967
Alignment:
Q  1 tcttgacaactttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggactt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5118608 tcttgacaactttagaaactttttccttagcatataacaaattgaaagggcctatcccgacatcacttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggactt 5118707  T
Q  101 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5118708 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaaatacgttaacttttcatacaatagattgcaaggagagatt 5118807  T
Q  201 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5118808 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 5118907  T
Q  301 ataggaaaaagtcaaagatgttattaaccatattgatatcatccataattgttgtgctag 360  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5118908 ataggaaaaaatcaaagatgttattaatcatattgatatcatccataattgctgtgctag 5118967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 359
Target Start/End: Original strand, 5101057 - 5101407
Alignment:
Q  9 actttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaa 108  Q
    |||||||||||| | ||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5101057 actttagaaactctctccttggcagctaacaaattgagtgggcctatcccaacatcacttggtgaaatgttaagcttgagtttcttggacttgtctcaaa 5101156  T
Q  109 atcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5101157 atcttcttactggtgcgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaaatacattaacttttcatacaatagattgcaaggagagattcctaatgg 5101256  T
Q  209 agggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaacataggaaa 308  Q
    ||| || |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5101257 aggacctttcaaaaaattcacatctcaatctttcatgcataatgaagcactttgtggcagttctcacttacaagtacctccatgtgataaacataggaaa 5101356  T
Q  309 aagtcaaagatgttattaaccatattgatatcatccataattgttgtgcta 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5101357 aagtcaaagatgttattaatcatattgatatcatccataattgttgtgcta 5101407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 5080937 - 5080573
Alignment:
Q  1 tcttgacaactttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggactt 100  Q
    |||||| ||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||| ||||||  || |||  |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  5080937 tcttgagaactttagaaactctgtccttggcagataacaaattgaaagggctaattccagaatcacttggtgaaatggtaggcttgagtttcttggactt 5080838  T
Q  101 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5080837 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaaatacattaacttttcatacaatagattgcaaggagagatt 5080738  T
Q  201 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5080737 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 5080638  T
Q  301 a---taggaaaaagt------caaagatgttattaaccatattgatatcatccataattgttgtg 356  Q
    |   ||||||||| |      |||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||    
T  5080637 aaattaggaaaaaatccaaaacaaagatgttattaattgtatgcatatcatccataattgttgtg 5080573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 14413242 - 14412925
Alignment:
Q  1 tcttgacaactttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggactt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| | ||  |||| |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14413242 tcttgacaactttagaatctttttctttagcatctaacaaattgaatggatctattccaaaatcacttggtgaaatgttaagcttaagtttcttggactt 14413143  T
Q  101 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagatt 200  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| || || |||||||||  ||||||||||||||||    
T  14413142 gtctcaaaatcttttaaccggtgtgatcccaaaatccttagagctactttctgatcttaaatacataaatttgtcatacaatatattgcaaggagagatt 14413043  T
Q  201 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 300  Q
    ||| ||||||| || ||||||| |||| ||  | | ||||||||| ||||||||||  | |||||  ||| ||  ||| ||||||||||||||||| |||    
T  14413042 cctgatggaggacctttcaaaagattcgcagctcagtctttcatgcataatgaagccttgtgtggctgtcatcgcttaaaagtacctccatgtgatcaac 14412943  T
Q  301 ataggaaaaagtcaaaga 318  Q
    ||||||||||||||||||    
T  14412942 ataggaaaaagtcaaaga 14412925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 16885321 - 16885638
Alignment:
Q  1 tcttgacaactttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggactt 100  Q
    |||||| ||||||||||| | | ||||| | || ||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | | ||||||||||||    
T  16885321 tcttgaaaactttagaaattctctccttggaatctaacaaattgatagggactatcccaacttcaattggtgaaatgttaagcctcaatttcttggactt 16885420  T
Q  101 gtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagatt 200  Q
    |||||||||| || | ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||    
T  16885421 gtctcaaaattttataactggtgtgattccagaatccttagtgtcactttcttatcttaagtacatgaatttgtcatacaatagattgcaaggagagatt 16885520  T
Q  201 cctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatgtgataaac 300  Q
    ||| ||||||| || ||||| ||||| |||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  16885521 cctgatggaggacctttcaacaaatttacagctcaatctttcatgcataatgaagcactttgtggaagtgctaggttagaagtgcctccatgtgataaac 16885620  T
Q  301 a---taggaaaaagtcaa 315  Q
    |   ||||||||||||||    
T  16885621 aaagtaggaaaaagtcaa 16885638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 60 - 208
Target Start/End: Original strand, 3468 - 3616
Alignment:
Q  60 acatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatctta 159  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||| | || |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| |||     
T  3468 acatcacttgatgaaatggtaagcttgatctccttggacttgtctcaaaatatgctaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttc 3567  T
Q  160 aatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
    || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  3568 aaaacatcaacttctcatacaatagattgcaaggagagattccttatgg 3616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 25312091 - 25311890
Alignment:
Q  93 ttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaag 192  Q
    |||||||||||||||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| ||| || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  25312091 ttggacttgtctcaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaag 25311992  T
Q  193 gagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatg 292  Q
    |||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||  | |||| || ||| |||||||||||||||| |||  ||||||  | ||||||||| ||||    
T  25311991 gagagattcctaatggtggacatttcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgaagcactttgcggtgatcctcaccttcaagtacctacatg 25311892  T
Q  293 tg 294  Q
    ||    
T  25311891 tg 25311890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 25342072 - 25341871
Alignment:
Q  93 ttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaag 192  Q
    |||||||||||||||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| ||| || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  25342072 ttggacttgtctcaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaag 25341973  T
Q  193 gagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtggtagtcctcagttacaagtacctccatg 292  Q
    |||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||  | |||| || ||| |||||||||||||||| |||  ||||||  | ||||||||| ||||    
T  25341972 gagagattcctaatggtggacatttcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgaagcactttgcggtgatcctcaccttcaagtacctacatg 25341873  T
Q  293 tg 294  Q
    ||    
T  25341872 tg 25341871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25454105 - 25453905
Alignment:
Q  62 atcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaa 161  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  |  ||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  25454105 atcacttggtcaaatggtaagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaa 25454006  T
Q  162 tacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcacttt 261  Q
     |||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||| || | ||||||||| ||||||  | |||| || ||| ||||||| |||||||    
T  25454005 aacatcaacttctcatataatagattacaaggagagaatcctaatggtggacaattcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgatgcacttt 25453906  T
Q  262 g 262  Q
    |    
T  25453905 g 25453905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25696483 - 25696283
Alignment:
Q  62 atcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaa 161  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |  ||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  25696483 atcacttggtgaaatggtaagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaa 25696384  T
Q  162 tacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcacttt 261  Q
     |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| || |  |||||||| ||||||  | |||| || ||| ||||||| |||||||    
T  25696383 aacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtggacggttcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgatgcacttt 25696284  T
Q  262 g 262  Q
    |    
T  25696283 g 25696283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 25476785 - 25476623
Alignment:
Q  61 catcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaa 160  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||  | |||||||||||| |||||| | || || ||| | || |||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  25476785 catcacttggtgaaatggtgagcttgacctccttggacttgtcccaaaatatgctaaccggtattattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttga 25476686  T
Q  161 atacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaa 223  Q
    | |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  25476685 aaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgggcctttcaaaaa 25476623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 25571044 - 25570803
Alignment:
Q  24 tccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtg 123  Q
    ||||||||  ||||||||||| | ||| | || || |||||| ||||||||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||| | ||  ||||||    
T  25571044 tccttagctcataacaaattgaatgggtcaattcccacatcacttggtgaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgctagctggtg 25570945  T
Q  124 tgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaa 223  Q
    | || ||||| || ||||| ||||||| ||| ||| |  |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||    
T  25570944 ttattccaaagtcattagaatcacttttgtaccttcagaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtggacctttcaagaa 25570845  T
Q  224 attcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtgg 265  Q
     | ||||  | ||||||| ||| |||||| | ||||||||||    
T  25570844 ctgcacaactcaatcttttatgcataatggaccactttgtgg 25570803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 25605760 - 25605529
Alignment:
Q  62 atcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaa 161  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  |  ||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||  ||    
T  25605760 atcacttggtcaaatgataagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttgtgtatctccaa 25605661  T
Q  162 tacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcacttt 261  Q
     |||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||  || |  |||||||| ||||||  | |||| || ||| ||||||| |||||||    
T  25605660 aacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctaatgatggacatttcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgatgcacttt 25605561  T
Q  262 gtggtagtcctcagttacaagtacctccatgt 293  Q
    | ||   |||||| || ||||||||| |||||    
T  25605560 gcggagatcctcacttccaagtacctacatgt 25605529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 120 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25323721 - 25323579
Alignment:
Q  120 ggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattca 219  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| || |  ||||    
T  25323721 ggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtggacatttca 25323622  T
Q  220 aaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttg 262  Q
    |||| ||||||  | |||| || ||| ||||||||||||||||    
T  25323621 aaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgaagcactttg 25323579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25716317 - 25716116
Alignment:
Q  61 catcagttggtgaaatgctaagcttgagtttctt-ggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatctta 159  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| || |||| ||||||||| |||||| | ||   |||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| |||     
T  25716317 catcacttagtgaaatggtaagcttg-gtctctttggacttgtcccaaaatatgctagatggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttc 25716219  T
Q  160 aatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcact 259  Q
    || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| || |  |||||||| ||||||  | |||| |||||| ||||||| |||||    
T  25716218 aaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtggacatttcaaaaacttcacagctcaatcattcatgcataatgatgcact 25716119  T
Q  260 ttg 262  Q
    |||    
T  25716118 ttg 25716116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 265
Target Start/End: Original strand, 22899778 - 22899950
Alignment:
Q  93 ttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaag 192  Q
    ||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||  || |||| |||||||  | |||| || || ||||| ||| || | ||||    
T  22899778 ttggacttgtcccaaaatatgataactggtgttattccaaaatccttagcatcgcttttgtatcttcgaaacatcaatttatcatataatagactacaag 22899877  T
Q  193 gagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtgg 265  Q
    ||||||||||| |||| || || |||||||| ||||||  |||||| |   || |||||||||||||||||||    
T  22899878 gagagattcctgatggtggacctttcaaaaatttcacagctgaatcatatttgcataatgaagcactttgtgg 22899950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 24874373 - 24874547
Alignment:
Q  34 ataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtg-tgatcccaa 132  Q
    |||| |||||| | ||||| || || |||||| ||||| ||||| ||||||| |  | |||||||||||| |||||| | || || |||| || ||||||    
T  24874373 ataataaattgaatgggccaattcccacatcacttggtaaaatgataagcttaatctccttggacttgtcccaaaatatgctaacaggtgctgttcccaa 24874472  T
Q  133 aatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
    | |||||||| ||||||  ||||||| || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  24874473 a-tccttagaatcacttgtgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 24874547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 23259245 - 23259109
Alignment:
Q  129 ccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattca 228  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||| ||| || |||||||||| || || ||| |||| ||||||||||||||| |||| || || || |  || ||||    
T  23259245 ccaaaatcattagaatcacttttgtaccttcaaaacattaacttatcgtataatagattacaaggagagattcctgatggcggaccttttaggaatttca 23259146  T
Q  229 catttgaatctttcatgaataatgaagcactttgtgg 265  Q
    ||  | ||||||| ||| |||||| || |||||||||    
T  23259145 cagctcaatcttttatgcataatggagaactttgtgg 23259109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25801300 - 25801201
Alignment:
Q  163 acattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcacatttgaatctttcatgaataatgaagcactttg 262  Q
    |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| || |  |||||||| ||||||  | |||| || ||| ||||||||||||||||    
T  25801300 acatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtggacatttcaaaaatttcacagctcaatcatttatgcataatgaagcactttg 25801201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 230
Target Start/End: Original strand, 15928 - 16149
Alignment:
Q  9 actttagaaactttttccttagcatataacaaattggaagggcctatcccaacatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaa 108  Q
    |||||||||||| | ||||||||| |||||||| || | |   | || ||| ||||| ||||||||||| | |||||||  | ||||||||||||||| |    
T  15928 actttagaaactctctccttagcaaataacaaactgaatgaatcaattccatcatcacttggtgaaatgttgagcttgacctccttggacttgtctcaga 16027  T
Q  109 atcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
    || |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  16028 atatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 16127  T
Q  209 agggccattcaaaaaattcaca 230  Q
     || |  |||||||| ||||||    
T  16128 tggacatttcaaaaacttcaca 16149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 60 - 208
Target Start/End: Original strand, 49500 - 49648
Alignment:
Q  60 acatcagttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatctta 159  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||   | |||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||     
T  49500 acatcacttggtgaaatggtaagcttggtctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttc 49599  T
Q  160 aatacattaacttttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
    || |||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||| ||||    
T  49600 aaaacattaacttctcatataatagattaaaaggagagattcctgatgg 49648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1415 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold1415
Description:

Target: scaffold1415; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 73 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 148 - 13
Alignment:
Q  73 aaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaactt 172  Q
    ||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| |||||    
T  148 aaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaactt 49  T
Q  173 ttcatacaatcgattgcaaggagagattcctaatgg 208  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  48 ctcatataatagattacaaggagagattcctaatgg 13  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10324937 - 10324799
Alignment:
Q  92 cttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcgtatcttaaatacattaacttttcatacaatcgattgcaa 191  Q
    |||||||||||| |||||| |  | ||| |||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||| ||||| ||| ||||  ||    
T  10324937 cttggacttgtcccaaaatatgttaactagtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttgaaaacatcaacttatcatataatagattagaa 10324838  T
Q  192 ggagagattcctaatggagggccattcaaaaaattcaca 230  Q
    |||||||||||| |||| ||  | ||||| |||||||||    
T  10324837 ggagagattcctgatggtggatctttcaagaaattcaca 10324799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University