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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11986_low_1 (Length: 909)
Name: NF11986_low_1
Description: NF11986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11986_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 30731480 - 30730581
Alignment:
| Q |
1 |
aaacatcctcttcaactcctgaacacaannnnnnngtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact |
100 |
Q |
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| T |
30731480 |
aaacatcctcttcaactcttgaacccaacccaaccgtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact |
30731381 |
T |
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| Q |
101 |
aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata |
200 |
Q |
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|
| T |
30731380 |
aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata |
30731281 |
T |
|
| Q |
201 |
tctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct |
300 |
Q |
| |
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| T |
30731280 |
tctcaataattgaaattcactaaaacatattataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct |
30731181 |
T |
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| Q |
301 |
aaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca |
400 |
Q |
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|
| T |
30731180 |
aaatttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca |
30731081 |
T |
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| Q |
401 |
atttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta |
498 |
Q |
| |
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|
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| T |
30731080 |
atttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta |
30730981 |
T |
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| Q |
499 |
gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcac |
598 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
30730980 |
gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactataaaaccttgtttagagaatccatattcac |
30730881 |
T |
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| Q |
599 |
tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca |
698 |
Q |
| |
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|
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| T |
30730880 |
tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccgcaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca |
30730781 |
T |
|
| Q |
699 |
tcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttag-------tttagtcctaaaatattcag |
791 |
Q |
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| T |
30730780 |
tcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagttagaaatttagtcctaaaatattctg |
30730681 |
T |
|
| Q |
792 |
gatcaacatagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaagaataggaccctttttcgatatgccaaaatcagcaacttttggcac |
891 |
Q |
| |
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|
| T |
30730680 |
gatcaacttagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaagaataggaccctttttcgatatgccaaaatcagaaacttttggcac |
30730581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 888
Target Start/End: Original strand, 14670344 - 14671236
Alignment:
| Q |
1 |
aaacatcctcttcaactcctgaacacaannnnnnngtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact |
100 |
Q |
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|
|
| T |
14670344 |
aaacatcctcttcaactcctgaacacaacccccc-gtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacaatctgataatctcccgccaaact |
14670442 |
T |
|
| Q |
101 |
aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14670443 |
aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctacttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata |
14670542 |
T |
|
| Q |
201 |
tctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14670543 |
tctcaagaattgaaattcactaaaacatattataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct |
14670642 |
T |
|
| Q |
301 |
aaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca |
400 |
Q |
| |
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|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
14670643 |
aattttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttgaattaggaggctatggtt---aacaacatcttca |
14670739 |
T |
|
| Q |
401 |
atttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta |
498 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14670740 |
atttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta |
14670839 |
T |
|
| Q |
499 |
gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcac |
598 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14670840 |
gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactctaaaaccttgtttagagaatccatattcac |
14670939 |
T |
|
| Q |
599 |
tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca |
698 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14670940 |
tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca |
14671039 |
T |
|
| Q |
699 |
tcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagt-------ttagtcctaaaatattcag |
791 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14671040 |
tcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagttagaaacttagtcctaaaatattcag |
14671139 |
T |
|
| Q |
792 |
gatcaacatagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaagaataggaccctttttcgatatgccaaaatcagcaacttttgg |
888 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14671140 |
gatcaacatagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaagaataggaccctttttcgatatgccaaaatcagcaacttttgg |
14671236 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 14705584 - 14704889
Alignment:
| Q |
77 |
actctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatat |
176 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14705584 |
actctgataatctcccgccaaactaaggaaa-tacat--cccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttccactttagacaaattcactaatat |
14705488 |
T |
|
| Q |
177 |
cccatctctatcagtaatcacatatctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgtt |
276 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14705487 |
cccatctctatcagtaatcacatacctcaagaattgaaattcactaaaacatattataaatagatttactcaaaaaacttttagaaaactatgctttgtt |
14705388 |
T |
|
| Q |
277 |
gaattaagaaactatattgactctaaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg |
376 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14705387 |
gaattaagaaactatattgactctaaatttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg |
14705288 |
T |
|
| Q |
377 |
ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca |
474 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14705287 |
ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca |
14705188 |
T |
|
| Q |
475 |
actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagc |
574 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |
|
|
| T |
14705187 |
actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactctaaaac |
14705088 |
T |
|
| Q |
575 |
cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa |
674 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14705087 |
cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa |
14704988 |
T |
|
| Q |
675 |
ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagtt |
773 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14704987 |
ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccataagagaaaacatctgatttcttagtt |
14704889 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 78 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 14685883 - 14685074
Alignment:
| Q |
78 |
ctctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatc |
177 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
14685883 |
ctctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccaacaaatgtcttagggatttcctacttctgctttgactttagacaaattcacca----- |
14685789 |
T |
|
| Q |
178 |
ccatctctatcagtaatcacatatctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttg |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14685788 |
---------tcagtaatcacatgtcccaagaattgaaattcactaaaacatattataaatagatttacttgaattttttttagaaaactatggtttgttg |
14685698 |
T |
|
| Q |
278 |
aattaagaaactatattgactctaaannnnnnn-caataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg |
376 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14685697 |
aattaagaaactacattgactctattttttttttcaataaatacaattatgataccactaaaataaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg |
14685598 |
T |
|
| Q |
377 |
ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca |
474 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14685597 |
ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccataaatccacttcatacactggagcgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca |
14685498 |
T |
|
| Q |
475 |
actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagc |
574 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
14685497 |
actcaagatggagagcctcttctagttgacataacacataccccattgatggtctgttctccggacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaaac |
14685398 |
T |
|
| Q |
575 |
cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa |
674 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14685397 |
cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaaaatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacattgccaaa |
14685298 |
T |
|
| Q |
675 |
ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagtt- |
773 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14685297 |
ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaaaacatctgatttcttagtta |
14685198 |
T |
|
| Q |
774 |
------tagtcctaaaatattcaggatcaacatagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaagaataggaccctttttcgatat |
867 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14685197 |
gaaatgtagtcctaaaatattcaggatcaacatagccaaaactaccctttacattcgttgtaacgtgactcttatcaagaattggaccctttttcgatat |
14685098 |
T |
|
| Q |
868 |
gccaaaatcagcaacttttggcac |
891 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14685097 |
gccaaaatcagcaacttttggcac |
14685074 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 455 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 24059229 - 24058786
Alignment:
| Q |
455 |
attcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcac |
554 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24059229 |
attcaaaacatctgatgccaactcaagatggagagcctcttctagttgacataatatgtaccccattgatggtctgttcactcgacgctcctccaagcac |
24059130 |
T |
|
| Q |
555 |
ttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaac |
654 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| | |
|
|
| T |
24059129 |
ttccaagccagctctaaaaccttgtttacagactccatattcactttgccagtcaaataagggtccatcatttcatgaaaagtgccctttttatggcagc |
24059030 |
T |
|
| Q |
655 |
ttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatataacttcaatcaacaccactccaaaagagaa |
754 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| || || ||| | |
|
|
| T |
24059029 |
ttaatgcccaaaatgccaaattcatctgctgcgttggaagggcatcatctagagcaggcttcccacatataacttcaagcaacaccaccccgaacgagta |
24058930 |
T |
|
| Q |
755 |
aacatctgatttcttag-------tttagtcctaaaatattcaggatcaacatagccaaaactaccctttacattagttgtaacgtgactcttatcaaga |
847 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
24058929 |
aacatctgatttcttagtaagaaatttagtcctaaaatattctggatcaagatagccgaagctaccctttacatgggttgtaacgtggctcttatcaaga |
24058830 |
T |
|
| Q |
848 |
ataggaccctttttcgatatgccaaaatcagcaacttttggcac |
891 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24058829 |
agaggacccttttttgatatgccaaaatcagcaacttttggcac |
24058786 |
T |
|
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