View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11990_low_1 (Length: 1056)

Name: NF11990_low_1
Description: NF11990
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11990_low_1
NF11990_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-1044)||(40831816-40832841)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1014; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1014; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 40832841 - 40831816
Alignment:
Q  19 gacacagcatcaacatcgagtgtttgttcatctaaggatatgctgggagcagcgcaagtaacaatcgagttacttcatggtgaggtgaagatgtgggaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832841 gacacagcatcaacatcgagtgtttgttcatctaaggatatgctgggagcagcgcaagtaacaatcgagttacttcatggtgaggtgaagatgtgggaag 40832742  T
Q  119 aaggttctagaaagctgatgactgacgtggacagactgcggaaggagctacagaagaagtcaaagcataaaaaagatcttgaaatggagctatcagcatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832741 aaggttctagaaagctgatgactgacgtggacagactgcggaaggagctacagaagaagtcaaagcataaaaaagatcttgaaatggagctatcagcatc 40832642  T
Q  219 gcgcaaagagagcagtgatctgaaggaagaaattcaacggctaaccgctatggtgaaacaaaatggcagcagaaatcacaggcttcagattgaagagatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832641 gcgcaaagagagcagtgatctgaaggaagaaattcaacggctaaccgctatggtgaaacaaaatggcagcagaaatcacaggcttcagattgaagagatg 40832542  T
Q  319 gataatatcataaaggagttgaaagatgagatcaattatcagaaaggtcttaatcatgacttggaagtgaagctaaataaaacacaggagtcaaacattg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832541 gataatatcataaaggagttgaaagatgagatcaattatcagaaaggtcttaatcatgacttggaagtgaagctaaataaaacacaggagtcaaacattg 40832442  T
Q  419 atattgtttccattttccggaattttgaaaagaaagtagaaaagcagaaaatggagattgctcgtctatcaaggatcagtattcagtttcaagatgctga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40832441 atattgtttccattttccggaattttgaaaagaaagtagaaaagcagaaaatggagattgctcgtctatcaaggattagtattcagtttcaagatgctga 40832342  T
Q  519 aaataatagtcgcgggatcgaagacagtgaggaagaggacttcagtttgagcatagaagctatgccacagataacgagaaaggagttctgtcattcaggt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832341 aaataatagtcgcgggatcgaagacagtgaggaagaggacttcagtttgagcatagaagctatgccacagataacgagaaaggagttctgtcattcaggt 40832242  T
Q  619 tttgatttcagtactaatgaaaatgcaataagatgccttcatgaaggaattgaactacaagaattcaggaacatggagacagaacgccaagtcatgcgag 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832241 tttgatttcagtactaatgaaaatgcaataagatgccttcatgaaggaattgaactgcaagaatttaggaacatggagacagaacgccaagtcatgcgag 40832142  T
Q  719 agaaacaaaaaagcatgcaaagcactatccagtttctggagaaaactctggatgagaaagatcaaaagatgcaaactgcaacaagacattttatggctca 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832141 agaaacaaaaaagcatgcaaagcactatccagtttctggagaaaactctggatgagaaagatcaaaagatgcaaactgcaacaagacattttatggctca 40832042  T
Q  819 aacgcttgaagaaaatgaagcaaaatggagaaatagactgtttgagaaagagaaacaaatcgcaaacttcgaaaagaagttatatggcagtgttaatgct 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40832041 aacgcttgaagaaaatgaagcaaaatggagaaatagactgtttgagaaagagaaacaaatcgcaaacttcgaaaagaagttatatggcagtgttaatgct 40831942  T
Q  919 ttcagcaatgaaatattagctttaacacaaaaggtgcaagatcttgaagcagaatttcgcaagaggcatggagagtccaaagaggatcttgtcgtttctg 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40831941 ttcagcaatgaaatattagctttaacacaaaaggtgcaagatcttgaagcagaatttcgcaagaggcatggagagtccaaagaggatcttgtcgtttctg 40831842  T
Q  1019 gttcctttccttcgaactctctgctc 1044  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  40831841 gttcctttccttcgaactctctgctc 40831816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University