View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11991_high_1 (Length: 1121)

Name: NF11991_high_1
Description: NF11991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11991_high_1
NF11991_high_1
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-1105)||(7520160-7521264)
chr4 (1-1105)||(7482091-7483210)
chr4 (1-1105)||(7127928-7129047)
chr4 (4-1032)||(7721291-7722318)
chr4 (4-1105)||(7494496-7495606)
chr4 (1-1032)||(7528210-7529238)
chr4 (881-1032)||(7717459-7717610)
chr4 (1-112)||(7713922-7714033)
chr4 (1060-1105)||(7721203-7721248)
chr4 (1054-1105)||(7529278-7529329)
chr4 (626-664)||(18046566-18046604)
chr4 (1064-1105)||(7717371-7717412)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (181-801)||(16749525-16750148)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (4-84)||(10126928-10127008)
chr3 (4-84)||(10363787-10363867)
chr3 (4-84)||(10663526-10663606)
chr3 (626-664)||(4398722-4398760)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1105
Target Start/End: Original strand, 7520160 - 7521264
Alignment:
Q  1 gcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattg 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  7520160 gcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattg 7520259  T
Q  101 ctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttgga 200  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||  || | ||||  ||||||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7520260 ctgcaaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttcaattggaactccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttgga 7520359  T
Q  201 tgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgag 300  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7520360 tgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgag 7520459  T
Q  301 aaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatc 400  Q
    | ||||||||||||||||||| | ||||  | | |   |||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  7520460 atggttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgtttttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatg 7520559  T
Q  401 acaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaat 500  Q
    | |   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7520560 agagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaat 7520659  T
Q  501 gcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaacta 600  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||    
T  7520660 gtattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgat---aaaattttacagcttatcaaacta 7520756  T
Q  601 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgacttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||    
T  7520757 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttcattcataaaacaacattgattcgacttt 7520856  T
Q  701 ggattgcacaagggtttgttcag---tctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520857 ggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctt 7520956  T
Q  798 tcaaaaaatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactat 897  Q
    |||||| |||||||||| |  | ||| | |||| || |  |  |  ||||||||||||||  |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||    
T  7520957 tcaaaatatcaccaaacatgttttctatggtgagaatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactat 7521056  T
Q  898 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7521057 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaacctcgtcatgtctcttttggctttcaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 7521156  T
Q  998 taaaagcttgcaaattaaggacatttctattaccaaggaattattatgatgaaggctcaatagaattgtctgcttgtaattccatcctgtcaagttctag 1097  Q
    | || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7521157 tcaatgcttacaaattaaggacatttctattaccaatgaataattatcatgaaggttcaatagaattgtctgcttgtaattccatcctggcaagttctag 7521256  T
Q  1098 gcgatttc 1105  Q
     |||||||    
T  7521257 acgatttc 7521264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1105
Target Start/End: Original strand, 7482091 - 7483210
Alignment:
Q  1 gcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  7482091 gcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttcagttgaaaaagtgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattg 7482190  T
Q  101 ctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttgga 200  Q
    |  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||  || ||||||  || |||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7482191 catcaaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggataaagtgcaattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttgga 7482290  T
Q  201 tgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgag 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7482291 tgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgag 7482390  T
Q  301 aaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  7482391 aaggttgccaaggcaagtggtacatcttctatcttcaatttaaagggtctggatgaaaaacaatcttggagattatttagtcaattagcttttgagaatg 7482490  T
Q  401 acaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaat 500  Q
    ||||  |||  |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482491 acaaagaacaggagaatgaggaatttgtgtcagttggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccattagaagcattggaagcttaat 7482590  T
Q  501 gcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaacta 600  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7482591 ctattccatgcggaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaatttttcagcttatcaaacta 7482690  T
Q  601 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgacttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   |||| | |||||||||||||||    
T  7482691 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactttttaatttgtaaaataacattgattcgacttt 7482790  T
Q  701 ggattgcacaagggtttgttcag---tctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482791 ggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctt 7482890  T
Q  798 tcaaaaaatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactat 897  Q
    |||||| |||||| || | |  || ||   || ||  ||||| |  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | |    
T  7482891 tcaaaatatcaccgaa-gataactatt--atggcagtgtgagttgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgt 7482987  T
Q  898 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482988 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgataaacaacctcgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 7483087  T
Q  998 taaaagcttgcaaattaaggacatttctattacca------aggaa---------ttattatgatgaaggctcaatagaattgtctgcttgtaattccat 1082  Q
    | || |||| |||||||||||||||||| ||||||       ||||         |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7483088 tcaatgcttacaaattaaggacatttctgttaccacaacttgggaatccattgacttattatggtgaaggttcaatagaattgtctgcctgtaattccat 7483187  T
Q  1083 cctgtcaagttctaggcgatttc 1105  Q
    | ||||||||||||| |||||||    
T  7483188 catgtcaagttctagacgatttc 7483210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1105
Target Start/End: Complemental strand, 7129047 - 7127928
Alignment:
Q  1 gcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  7129047 gcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattg 7128948  T
Q  101 ctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttgga 200  Q
    ||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||||  |||||||| ||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  7128947 ctgcaaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggataaaatgcaatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttgga 7128848  T
Q  201 tgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgag 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128847 tgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacattgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgag 7128748  T
Q  301 aaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||| ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  7128747 aaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttaaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatg 7128648  T
Q  401 acaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaat 500  Q
    |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7128647 acagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaat 7128548  T
Q  501 gcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaacta 600  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  7128547 gtattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaacta 7128448  T
Q  601 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgacttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| |||    
T  7128447 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgttcccaaaagactatttaattcctaaaacaacattgattcgagttt 7128348  T
Q  701 ggattgcacaagggtttgttcag---tctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128347 ggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctt 7128248  T
Q  798 tcaaaaaatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactat 897  Q
    |||||| |||||||||| |  | ||| | | || || |  |  |  ||||||||||||||  |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||    
T  7128247 tcaaaatatcaccaaacatgttttctatggcgagaatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactat 7128148  T
Q  898 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 997  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128147 cttttagttaataaaaaggagcagaatattgacgaacaaacccgccatgtctcttttggctttatattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 7128048  T
Q  998 taaaagcttgcaaattaaggacatttctattacc----aag-------gaatta-ttatgatgaaggctcaatagaattgtctgcttgtaattccatcct 1085  Q
    | || |||  ||||||||||||||||||||||||     ||       |||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7128047 tcaatgctcacaaattaaggacatttctattaccgctacagtggattcgaataacttatcatgaaggttcaatagaattatctgctagtaattccatcct 7127948  T
Q  1086 gtcaagttctaggcgatttc 1105  Q
    | |||||||||| |||||||    
T  7127947 ggcaagttctagacgatttc 7127928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 1032
Target Start/End: Complemental strand, 7722318 - 7721291
Alignment:
Q  4 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctg 103  Q
    ||||||||||||||||||   |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||     
T  7722318 cttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctt 7722219  T
Q  104 caaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatga 203  Q
    ||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||  || |||||||   ||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  7722218 caaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgataaagtgcaatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtcttggatga 7722119  T
Q  204 caattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaag 303  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7722118 caattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacactgctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaag 7722019  T
Q  304 gttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcaca 403  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||  ||    
T  7722018 gttgccaaggcaagtggtccatcttctatcttcaatttaaagggactcgatgaaaaagaatcttggagattatatagtcagttaacttttgagaatttca 7721919  T
Q  404 acaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgca 503  Q
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  7721918 gagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttccgctcgccattagaagcattggaagcttgatgta 7721819  T
Q  504 ttccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagt 603  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  7721818 ttccatgccgaagaaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagt 7721719  T
Q  604 tatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttgga 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||    
T  7721718 tatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttaatt-ccaaaacaacattgattcgactttgga 7721620  T
Q  704 ttgcacaagggtttgttcagtctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaa 803  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721619 ttgcacaagggtttgttcagtcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaa 7721520  T
Q  804 aatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactatctttta 903  Q
     |||||| ||  |||| || ||   |||  |||||  |  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  7721519 tatcaccgaatattctttcattcacgacttcgtgactttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatctttta 7721420  T
Q  904 gttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttctaaaag 1003  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  7721419 gttaataaaaaggggcagcatattgataaacaaccccgtcatgtctcttttggctttgaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttctcaatg 7721320  T
Q  1004 cttgcaaattaaggacatttctattacca 1032  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  7721319 cttacaatttaaggacatttctattacca 7721291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 1105
Target Start/End: Original strand, 7494496 - 7495606
Alignment:
Q  4 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctg 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7494496 cttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctg 7494595  T
Q  104 caaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatga 203  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||  ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494596 caaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgcaattggaactccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatga 7494695  T
Q  204 caattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaag 303  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  7494696 caattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatg 7494795  T
Q  304 gttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcaca 403  Q
    |||||||||||||||||| | ||||  | | |    ||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| | |    
T  7494796 gttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgttcttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatgaga 7494895  T
Q  404 acaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgca 503  Q
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7494896 gagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgta 7494995  T
Q  504 ttccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagt 603  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||| ||||||||||||||||||    
T  7494996 ttccatgcagaaggaggattggtcatcattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaagt 7495092  T
Q  604 tatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttgga 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  7495093 tatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttaattgataaaacaaaattgattcgactttgga 7495192  T
Q  704 ttgcacaagggtttgttcagtctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaa 803  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495193 ttgcacaagggtttgttcagtcatctgatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaa 7495292  T
Q  804 aatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactatctttta 903  Q
     |||||  ||  |    |||||  || ||  |||||||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  7495293 tatcactgaagataacttcttttatggcagtgtgagctgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatctttta 7495392  T
Q  904 gttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttctaaaag 1003  Q
    |||||  |||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  7495393 gttaaagaaaaggggcaacatattgacagacaacctcgtcatgtctcttttggctttgaattggattcttcctggcaagctccaacttctcttctcaatg 7495492  T
Q  1004 cttgcaaattaaggacatttctattacc-----aaggaatta-------ttatgatgaaggctcaatagaattgtctgcttgtaattccatcctgtcaag 1091  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||     |  | |||        ||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7495493 ctcacaaattaaagacatttctattaccgctacactggattccaataacttattttaaaggttcaatagaattgtctgcttgtaattccatcctggcaag 7495592  T
Q  1092 ttctaggcgatttc 1105  Q
    |||||| |||||||    
T  7495593 ttctagacgatttc 7495606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1032
Target Start/End: Original strand, 7528210 - 7529238
Alignment:
Q  1 gcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattg 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  7528210 gcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattg 7528309  T
Q  101 ctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttgga 200  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||| || ||| ||||||  ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528310 ctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgcaattggaactccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttgga 7528409  T
Q  201 tgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgag 300  Q
    |||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7528410 tgacaattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatactgctgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgag 7528509  T
Q  301 aaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatc 400  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||  ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  7528510 atggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttgaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatg 7528609  T
Q  401 acaacaaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaat 500  Q
    |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7528610 acagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaat 7528709  T
Q  501 gcattccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaacta 600  Q
    | ||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||    
T  7528710 gtatttcaaggagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgat---aaaattttacagcttatcaaacta 7528806  T
Q  601 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgacttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||   |||||| |||||||||||||||    
T  7528807 agttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttt 7528906  T
Q  701 ggattgcacaagggtttgttcagtcttta---gatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatggatttagttcataaatctttctt 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7528907 ggattgcacaagggtttgttcagtcatcagatgatgaaagtacaagtttagaagatattggtcatatgtacttcatggatttagtttataaatctttctt 7529006  T
Q  798 tcaaaaaatcaccaaacgttctctctttagtgacaacgtgagctatcaaatgcatgatatcatgcatgatctcgcaagttctgtttcaagaaatgactat 897  Q
    |||||| |||||| || | |  || |||| ||  |  |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | |    
T  7529007 tcaaaatatcaccgaa-gataact-ttta-tggtagtgtgagctgccaaatgcatgatattatgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgt 7529103  T
Q  898 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggcaagttccaacttctcttc 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  7529104 cttttagttaataaaaaggggcagcatattgataaacaacctcgtcatgtctcttttggttttcaattgaatcattcctggcaagttccaacttctcttc 7529203  T
Q  998 taaaagcttgcaaattaaggacatttctattacca 1032  Q
    | || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7529204 tcaatgcttacaaattaaggacatttctattacca 7529238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 881 - 1032
Target Start/End: Complemental strand, 7717610 - 7717459
Alignment:
Q  881 tttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaaatccgtcatgtctcttttggctttaaattggattcttcctggca 980  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||    
T  7717610 tttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaacctcatcatgtctcttttggctttcaattgaatcattcctggca 7717511  T
Q  981 agttccaacttctcttctaaaagcttgcaaattaaggacatttctattacca 1032  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7717510 agttccaacttctcttctcaatgcttacaaattaaggacatttctattacca 7717459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 7714033 - 7713922
Alignment:
Q  1 gcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  7714033 gcacttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattg 7713934  T
Q  101 ctgcaaagatca 112  Q
    ||||||||||||    
T  7713933 ctgcaaagatca 7713922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1060 - 1105
Target Start/End: Complemental strand, 7721248 - 7721203
Alignment:
Q  1060 gaattgtctgcttgtaattccatcctgtcaagttctaggcgatttc 1105  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7721248 gaattgtctgcttgtaattccattctgtcaagttctaggcgatttc 7721203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1054 - 1105
Target Start/End: Original strand, 7529278 - 7529329
Alignment:
Q  1054 tcaatagaattgtctgcttgtaattccatcctgtcaagttctaggcgatttc 1105  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  7529278 tcaatagaattgtgtgcttgtaattccatcctggcaagttctagacgatttc 7529329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 626 - 664
Target Start/End: Original strand, 18046566 - 18046604
Alignment:
Q  626 tgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaag 664  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18046566 tgaaaaagtgctttgcctattgttcactgtttccaaaag 18046604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1064 - 1105
Target Start/End: Complemental strand, 7717412 - 7717371
Alignment:
Q  1064 tgtctgcttgtaattccatcctgtcaagttctaggcgatttc 1105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7717412 tgtctgcgtgtaattccatcctgtcaagttcgagacgatttc 7717371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 181 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 16750148 - 16749525
Alignment:
Q  181 agatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataa 280  Q
    |||||||||||  | || |||||||  ||||||||||| | |||   ||||||| | ||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||      
T  16750148 agatatttgctcattttagatgacatgtggaatgaggagcgtgaaaattggcttcagttgatgacactgttgagggatggagcaaaaggaagtaaaattg 16750049  T
Q  281 ttatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttag 380  Q
    | || || ||||| || |||| ||| ||||||  |||||| ||||||||   | ||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |  || || ||    
T  16750048 tcataactacaaggagcgagacggtggccaagataagtggaacatcttccctcttctctttaaagggtcttgatgaaaaacaatcttggaatttgttcag 16749949  T
Q  381 tcgattagcttttgagaatcacaacaaactagagaatgaggaattggg-gtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccat 479  Q
    || |||||||||||||||||  ||  ||  |||||||    | ||||| |||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||| ||       
T  16749948 tcaattagcttttgagaatcgaaaagaatcagagaatcca-atttgggtgtcaattggcaaggaaatttcaaaaaaatgttcaggggtacctcttgctca 16749850  T
Q  480 tagaagcattggaagcttaatgcattccatgccga---aggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataag 576  Q
    || ||| |||||||| ||||||  ||| |||   |   || |||||||||  |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || | ||  ||     
T  16749849 taaaagtattggaagtttaatgttttctatggaaactgagaaggattggttgaacttcaagaacaaagatcttatcaaaattgatgagcagggtggcaat 16749750  T
Q  577 aaaatttttcagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattg 676  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  |||||    
T  16749749 aaaatttttcaacttatcaaactaagttatgatcatctacccttttatctgaaaaagtgctttgcattttgctctttgtttccaaaagactatcgaattg 16749650  T
Q  677 agaaaacatcattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtctttagatgaaagtacaagtttagaagatactggttatttgtacttcatgga 776  Q
    |||| | |   ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || |  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| ||      
T  16749649 agaagaaaaagttgattcgactttggattgcacaaggtctcgttcattcatccgatgaaagtacaaatttagaagataatggtgataagtacttcttgac 16749550  T
Q  777 tttagttcataaatctttctttcaa 801  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||    
T  16749549 tttacttcatagatctatctttcaa 16749525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000007; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 84
Target Start/End: Original strand, 10126928 - 10127008
Alignment:
Q  4 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 84  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10126928 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 10363867 - 10363787
Alignment:
Q  4 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 84  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10363867 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtctctgaggatttt 10363787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 84
Target Start/End: Original strand, 10663526 - 10663606
Alignment:
Q  4 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 84  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10663526 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10663606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 626 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 4398760 - 4398722
Alignment:
Q  626 tgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaag 664  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  4398760 tgaaaaagtgctttgcctattgttcactgtttccaaaag 4398722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University