View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11991_high_2 (Length: 727)

Name: NF11991_high_2
Description: NF11991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11991_high_2
NF11991_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-727)||(3568272-3568998)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 3568998 - 3568272
Alignment:
Q  1 ctataatttcactttgcggacctgtgttactataatgaactatatcatctgccaaaaaatcaggttgaaccgcaagcatgctactatcttcagacatgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3568998 ctataatttcactttgcggacctgtgttactattatgaactatatcatctgccaaaaaaccaggttgaaccgcaagcatgctactatcttcagacatgac 3568899  T
Q  101 ggtacctgaattaccaacaagttccatgtcatgttggatgttaggatgtatatccttgttagaaccaatctcatgaatgttactgttgcttaaagatttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3568898 ggtacctgaattaccaacaagttccatgtcatgttggatgttaggatatatatccttgttagaaccaatctcatgaatgttactgttgcttaaagatttg 3568799  T
Q  201 ccatagagatatctgaatgggcagcatcctcacgtgcaaccagctgttgctccccactgtgcacgccctcataatctaaatgtgctatgttggccgagtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3568798 ccatagagatatctgaatgggcagcatcctcacgtgcaaccagctgttgctcctcactgtgcacgccctcataatccaaatgtgctatgttggccgagtt 3568699  T
Q  301 agcaagatcattctgctgatgcgccaatgtgggtgaggagccagaagggcgtattccttcaatcgtgtggtctatgcacacttcctcttgggagaaatgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3568698 agcaagatcattctgctgatgcgccaatgtgggtgaggagccagaagggcgtattccttcaatcatgtggtctatgcacacttcctcttgggagaaatgt 3568599  T
Q  401 tggaccagcaaaggagattgctctctagcagaaaccaaatcagtagaagccaaatcatcatgcacttcaacgtgctctacaaaacttgaaaccgacgcag 500  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3568598 tggaccagcaaaggagattcctctctagcagaaaccaaatcagtagaagccaaatcatcatgcacttcaacgtgctctacaaaacttgaaacggacgcag 3568499  T
Q  501 ctgtaaccgaaaaaggaacatgcaagttcgtgttttctggctgcgtttgctccatttgaagaacttgcatgtcatcttgctcaacatcagtggccaactc 600  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3568498 ctgcaaccgaaaaaggaacatgcgagttcgtgttttctggctgcgtttgctccatttgaagaacttgcatgtcatcttgctcaacatcagtggccaactc 3568399  T
Q  601 caaaacatggatatcaggacgaggaagtctaccttgaggaatatgatccgacacattcttcaaggtgaagctaaaggagttggcggaaatatccttggaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3568398 caaaacatggatatcaggacgaggaagtctaccttgaggaatatgatccgacacattcttcaaggtgaagctaaaggagttggcggaaatatccttggaa 3568299  T
Q  701 ggaacatcagacgaagaacatttttct 727  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  3568298 ggaacatcagacgaagaagatttttct 3568272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University