View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11993_low_2 (Length: 704)

Name: NF11993_low_2
Description: NF11993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11993_low_2
NF11993_low_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (21-688)||(37842441-37843110)
chr5 (67-390)||(37836868-37837193)
chr5 (21-373)||(37831118-37831472)
chr5 (128-393)||(28089418-28089684)
chr5 (70-248)||(37850250-37850428)
chr5 (535-653)||(37837332-37837450)
chr5 (525-653)||(37844814-37844942)
chr5 (538-653)||(28089823-28089938)
chr5 (520-655)||(37850657-37850792)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (21-393)||(36865569-36865943)
chr7 (520-581)||(36866019-36866080)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (594-666)||(52048-52120)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (594-666)||(31634245-31634317)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (594-666)||(12629877-12629949)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (545-596)||(45561900-45561951)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 688
Target Start/End: Original strand, 37842441 - 37843110
Alignment:
Q  21 aatggattgacaggtggcattcctgtagaaattcagaaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcac 120  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37842441 aatggattgataggtggcattcctgtagaaattcagaaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcac 37842540  T
Q  121 ttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37842541 ttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatc 37842640  T
Q  221 atcattcatgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgcattaaaactagttatgtaaatccatgt--ctccaaatcaaccgatcacaaaggt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37842641 atcattcatgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgcattaaaactagttatgtaaatccatgtgtctccaaatcaaccgatcacaaaggt 37842740  T
Q  319 atcagtaatgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatattgatttctgttgtgctggtaataataattagaaggcgtttccttagaaaggaat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  37842741 atcagtaatgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatattgatttctgttgtgctggtaataataattcaaaggcgtttccttagaaaggaat 37842840  T
Q  419 cagatacggaagatctaaagcaatggtatattggtaggggagctggattgattggaaccagatatgcttacgaattcaacgtatcaggtgaagataaacc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37842841 cagatacggaagatctaaagcaatggtatattggtaggggagctggattgattggaaccagatatgcttacgaattcaacgtatcaggtgaagataaacc 37842940  T
Q  519 acctgaccttcagaaactagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgctt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37842941 acctgaccttcagaaactagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgctt 37843040  T
Q  619 ggtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattcacaagcaacagggtaaagcggctacgtatgatgt 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37843041 ggtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattcacaagcaacagggtaaagcggctacgtatgatgt 37843110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 67 - 390
Target Start/End: Original strand, 37836868 - 37837193
Alignment:
Q  67 tgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcacttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatct 166  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37836868 tgctgcaaagtctagatatatccttaaacaatttaacaggaagcatagatgctcttggaggtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctttcaatct 37836967  T
Q  167 cttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatcatcattcatgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgc 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| | ||||    
T  37836968 cttcaatggatctgtaccaacaggtctaatgaggttattgaattcctcaccatcatcattcatgggtaatcctttcctatgtgtaagttgtttgaattgc 37837067  T
Q  267 attaaaactagttatgtaaatcca--tgtctccaaatcaaccgatcacaaaggtatcagtaatgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatat 364  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| | | |||||||||| ||||    
T  37837068 attataactagtaatgtaaatccatgtgtctacaaatcaactgatcataaaggtatcagttatgttcaaattgtaatgatagtacttggatcctcaatat 37837167  T
Q  365 tgatttctgttgtgctggtaataata 390  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||    
T  37837168 tgatttctgctgtgatggtgataata 37837193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 21 - 373
Target Start/End: Original strand, 37831118 - 37831472
Alignment:
Q  21 aatggattgacaggtggcattcctgtagaaattcagaaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcac 120  Q
    |||||||| |||||  ||||||||  |||||||  ||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |    
T  37831118 aatggattaacaggcagcattccttcagaaattgggaagctaggactgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttaacaggaagcatatatgctc 37831217  T
Q  121 ttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatc 220  Q
    ||| |||||||||||| |||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37831218 ttgaaagtcttgtttcgttaactgatatcaatgtttcttacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttactgaattcctcaccatc 37831317  T
Q  221 atcattcatgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgcattaaaactagttatgtaaatcca--tgtctccaaatcaaccgatcacaaaggt 318  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  37831318 atcattcatgggtagtcctctcctatgtgttagttgtttgagttgcattgaaactagttatgtaaatccatgtgtctacaagtcaactgatcacaaaggt 37831417  T
Q  319 atcagtaatgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatattgatttctg 373  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  37831418 atcggtaatgttcaaattgtgttgatagaacttggatcctcaatatttatttctg 37831472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 128 - 393
Target Start/End: Original strand, 28089418 - 28089684
Alignment:
Q  128 tcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatcatcattc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  28089418 tcttgtttcattaattgaggtcaatatttcttacaatctcttcaatggttttgtaccattagctctaatgagtttattgaattcctcaccatcatcattc 28089517  T
Q  228 atgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgcattaaaactagttatgtaaatcca--tgtctccaaatcaaccgatcacaaaggtatcagta 325  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  28089518 atgggcaatcctctcatatgttttagttgttgaa-ttgcattaaaactagttatgtaaatccatgtgtctacaaatcaaccgatcataaagttatcggta 28089616  T
Q  326 atgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatattgatttctgttgtgctggtaataataatt 393  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  28089617 atgttcaaattgtgatgatagaacttggatcctcaatattgatttctgatgtgctggtgataataatt 28089684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 248
Target Start/End: Original strand, 37850250 - 37850428
Alignment:
Q  70 tgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcacttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctctt 169  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37850250 tgcaaagtctagatatatccttgaacaatttaacaggaagcatagatgcccttggtggtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctttcaatctctt 37850349  T
Q  170 caatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatcatcattcatgggtaatcctctcatatgt 248  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37850350 ccatggttctgtaccaaaaggtctaatgaatttattgaattcctcaccatcatcattcatgggtaatcctctcctatgt 37850428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 535 - 653
Target Start/End: Original strand, 37837332 - 37837450
Alignment:
Q  535 ctagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaacaggtttatg 634  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||  | | |||| || ||    
T  37837332 ctagttttggaggctacagagaacctaaatgatcagtatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagccataattaatgagcaggcttgtg 37837431  T
Q  635 ctgtaaagaagtttgaatt 653  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37837432 ctgtaaagaagtttgaatt 37837450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 525 - 653
Target Start/End: Original strand, 37844814 - 37844942
Alignment:
Q  525 ccttcagaaactagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaa 624  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||| | | |||||||||    
T  37844814 ccttcaggacctagttttggaggctacagagaacctaaatgatcactatattattggcaggggagcacattgtagtgtgtacaaagttatacttggtcaa 37844913  T
Q  625 caggtttatgctgtaaagaagtttgaatt 653  Q
    || | || |||| ||||||||||||||||    
T  37844914 caagcttttgctttaaagaagtttgaatt 37844942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 538 - 653
Target Start/End: Original strand, 28089823 - 28089938
Alignment:
Q  538 gtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaacaggtttatgctg 637  Q
    |||||| | |||||||||||||||| ||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||    
T  28089823 gtgttggaagctacagagaacctaaatgattggtatattgttggcagaggagcacatggtattgtgtacaaagccatgattggtcaacaggtttgtgctg 28089922  T
Q  638 taaagaagtttgaatt 653  Q
    |||||||  |||||||    
T  28089923 taaagaaagttgaatt 28089938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 520 - 655
Target Start/End: Original strand, 37850657 - 37850792
Alignment:
Q  520 cctgaccttcagaaactagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatggtattgtgtacaaagctttgcttg 619  Q
    ||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  37850657 cctgaccttcataagcaagtgttggaggctactgagaacctaaatgatcggtatattattggtggaggagcacatggtattgtgtacaaagctataattt 37850756  T
Q  620 gtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattca 655  Q
    || ||   |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37850757 gtgaaactgtttgtgctgtaaagaaggttgaattca 37850792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 393
Target Start/End: Original strand, 36865569 - 36865943
Alignment:
Q  21 aatggattgacaggtggcattcctgtagaaattcagaaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagacgcac 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||  |||  | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  36865569 aatggattgacaggtggtattccttcagaaattgggatgctaggactgctgcaaagcttggatatatccttgaacaatttgacaggaagcatagatgctc 36865668  T
Q  121 ttggaagtcttgtttcattaattgaggtcaatatttctcacaatctcttcaatggttctgtaccaacaggtctaatgaagttattgaattcctcaccatc 220  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  36865669 ttgaaggtcttgtttcattaattgaggtcaatatttattacaatcttttcaatggttctgtaccaacacgtctaattaggttattgaattcctcaccgtc 36865768  T
Q  221 atcattcatgggtaatcctctcatatgtgtcagttgtttaagttgcattaaaactagttatgtaaatccatg--tctccaaatcaaccgatcacaaaggt 318  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | |||| |||||||||||| | ||||||||||  ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  36865769 atcgttcatgggtaatcctctcctatgtgttagatgtttgaattgctttaaaactagttttataaatccatgtatctacaaaccaactgatcacaaaggt 36865868  T
Q  319 atcagtaatgttcaaattgtgatgattgaaattggatcctctatattgatttctgttgtgctggtaataataatt 393  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||  |||||| ||||  ||| |||||||||    
T  36865869 atcattaatgttcaaattgtgatgatagaacttggaccctcaatatttgtttctggtgtggcggtgataataatt 36865943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 520 - 581
Target Start/End: Original strand, 36866019 - 36866080
Alignment:
Q  520 cctgaccttcagaaactagtgttgcaggctacagagaacctaagtgatcaatatattattgg 581  Q
    |||||||||||  | | ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36866019 cctgaccttcatgatcaagtgttggaagctacagagaacctaaatgatcaatatattattgg 36866080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 594 - 666
Target Start/End: Original strand, 52048 - 52120
Alignment:
Q  594 tggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattcacaagcaacagg 666  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  52048 tggtattgtgtacaaagttttacttggtcaacaggtttttgctgtgaggaactttgatttcacaaggaacagg 52120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 594 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 31634317 - 31634245
Alignment:
Q  594 tggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattcacaagcaacagg 666  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  31634317 tggtattgtgtacaaagttttacttggtcaataggtttttgctgtgaggaactttgatttcacaaggaacagg 31634245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 594 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 12629949 - 12629877
Alignment:
Q  594 tggtattgtgtacaaagctttgcttggtcaacaggtttatgctgtaaagaagtttgaattcacaagcaacagg 666  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  12629949 tggtattgtttacaaagttttacttggtcaacaggtttttgctgtgaggaactttgatttcacaaggaacagg 12629877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 596
Target Start/End: Original strand, 45561900 - 45561951
Alignment:
Q  545 aggctacagagaacctaagtgatcaatatattattggaagaggagcacatgg 596  Q
    ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  45561900 aggctacatcgaacctaagtgatcggtatattattggaagaggagcccatgg 45561951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University