View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11995_low_1 (Length: 464)

Name: NF11995_low_1
Description: NF11995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11995_low_1
NF11995_low_1
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (14-446)||(46520311-46520743)
chr7 (14-379)||(46524444-46524809)
chr7 (14-446)||(46531930-46532362)
chr7 (14-396)||(46326455-46326837)
chr7 (14-378)||(46490151-46490515)
chr7 (8-446)||(46322744-46323182)
chr7 (14-367)||(46478960-46479313)
chr7 (8-417)||(46516699-46517108)
chr7 (8-375)||(46494452-46494819)
chr7 (234-373)||(46464829-46464966)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (113-446)||(7475308-7475641)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (239-381)||(88266-88408)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (239-381)||(37151822-37151964)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 14 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 46520743 - 46520311
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  46520743 agaacggtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggtatt 46520644  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    ||||||||||||||||||   ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  46520643 catggcgccaccagattgctgctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataag 46520544  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
    ||||||| |    || ||| | || ||||| ||| |||||||||||||||  || || || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||     
T  46520543 cagctacacaatcttccacttggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatg 46520444  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagcctattg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520443 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagcctattg 46520344  T
Q  414 atggtaggcgtgctgcttatggagacgattatt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520343 atggtaggcgtgctgcttatggagacgattatt 46520311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 14 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 46524809 - 46524444
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  46524809 agaagagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtatt 46524710  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||| ||||  ||||    
T  46524709 catggcgccaccagattgtagctctcagctccctcggctaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacaccgatgctccgtcttcagttag 46524610  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
     |||||| | |  |||||||||||||||||  |  |||| || || || || || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524609 tagctacacaggttttcacatagtaggtgatcttgttgcacttatagattttctgggtgttgatcaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 46524510  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttcca 379  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  46524509 attggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgttcca 46524444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 14 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 46532362 - 46531930
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  46532362 agaacagtggaggtgaatggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtatt 46532263  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||  |||||||| | ||||| || |||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||  |||| || ||    
T  46532262 catggcgccaccaaattgtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacaccgaggctccatcttcaataag 46532163  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
    ||||||| | |  |||||||| ||||||||| |  |||| || || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46532162 cagctacactggttttcacattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatc 46532063  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagcctattg 413  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |   || ||||||||||| | | ||| |  |||    
T  46532062 attggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgttccactactccgtagaaaccccaaaatcaagaccgttg 46531963  T
Q  414 atggtaggcgtgctgcttatggagacgattatt 446  Q
    |||  | |||||||||||||||||| |||||||    
T  46531962 atgccatgcgtgctgcttatggagatgattatt 46531930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 14 - 396
Target Start/End: Original strand, 46326455 - 46326837
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  46326455 agaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggtact 46326554  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    | ||||||||||||||||   ||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || |||| |||| ||||||||||    
T  46326555 cttggcgccaccagattgcggctctcggatccctcggttaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacacagatgttccgtcttccattag 46326654  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
    ||||||| |    |||||| |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  |||||| |||    
T  46326655 cagctacacatgttttcacgtagttggtgacattgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatc 46326754  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccc 396  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||  |||| |||||||    
T  46326755 attggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctcagtgttccatttctccatcgaaaccc 46326837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 46490515 - 46490151
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  46490515 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacccgttgtcctgttccttcatggcttccctgaactctggtatt 46490416  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    |||||||||||||||||    ||||  |||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  46490415 catggcgccaccagatttctgctcttggctccctcggttaccgcgctgttgctccagatctccgtggttatggcgacaccgatgctccggcctccattag 46490316  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
     |||||| |    || ||  | || ||||||||| |||||||||||||||  ||||| || || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  46490315 tagctacacaatcttccatttggttggtgacatcgttgctctcatcgactcacttggcgttgaccgagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatc 46490216  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttcc 378  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  46490215 attggttggtatctttgtttgtttcgccctgaaagaatcaaagcctacgtgtgtctgagtgttcc 46490151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 446
Target Start/End: Original strand, 46322744 - 46323182
Alignment:
Q  8 gagcagagaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactct 107  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  46322744 gagcacagaagagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 46322843  T
Q  108 ggtattcatggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttc 207  Q
    |||| || ||||||||||||||||   ||||| |||| ||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||| || || || || |||||  ||||    
T  46322844 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctctctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 46322943  T
Q  208 cattagcagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggt 307  Q
     || ||||||||| | |  |||||||| ||||||||  |  |||| || || || |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46322944 aataagcagctacacaggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 46323043  T
Q  308 gctatcattggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagc 407  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| | | | |       
T  46323044 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaa 46323143  T
Q  408 ctattgatggtaggcgtgctgcttatggagacgattatt 446  Q
    || ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  46323144 ctgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattatt 46323182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 46479313 - 46478960
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactctggtatt 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  46479313 agaacggtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggtatt 46479214  T
Q  114 catggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccattag 213  Q
    ||||||||||||||||||   ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  46479213 catggcgccaccagattgctgctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataag 46479114  T
Q  214 cagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatc 313  Q
    ||||||| |    || ||| | || ||||| ||| |||||||||||||||  || || || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||     
T  46479113 cagctacacaatcttccacttggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatg 46479014  T
Q  314 attggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgt 367  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  46479013 attggttggtatctttgtttatttcgccctgaaaaaatcaaagcttatgtttgt 46478960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 8 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 46517108 - 46516699
Alignment:
Q  8 gagcagagaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactct 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  46517108 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatgtcgcagagaaaggaaaagaaggaccaatagtattgttccttcatggttttcctgaaatct 46517009  T
Q  108 ggtattcatggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttc 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||  | || |||||||||||  |||||||||| || || ||||||||  ||||    
T  46517008 ggtactcatggcgccaccagattgttgctctcagctcccttggctaccgcaccgtggctccagatctctgtggctacggtgacactgatgctcccacttc 46516909  T
Q  208 cattagcagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggt 307  Q
      |||| |||||| |    || ||  | || ||||| ||| ||||||| || ||||  || |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  46516908 agttagtagctacacaattttacatttggttggtgatatcgttgctctaattgactcactgggtgtggaccaagttttccttgtggctcatgattggggt 46516809  T
Q  308 gctatcattggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatt-taaccatagaaaccccacagtgaag 406  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| | | |||| || |||||||| || ||||||||||| | |||| |||||||||| ||| ||     
T  46516808 gctatcattggttggtatctttgtttgtttcgtcctgagaaagtcaaggcttatgtttgcctcagtgttccattgttacca-agaaaccccaaagtaaaa 46516710  T
Q  407 cctattgatgg 417  Q
    ||| |||||||    
T  46516709 cctgttgatgg 46516699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 46494819 - 46494452
Alignment:
Q  8 gagcagagaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggtccagtggtcttgttccttcatggctttcccgaactct 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||| || || || |||||||    
T  46494819 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcctgttccttcacggattccctgaactct 46494720  T
Q  108 ggtattcatggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttc 207  Q
    |||| || ||||||||||||||||   ||||| |||| ||| | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||  ||   |||    
T  46494719 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctctctcggttaccgggctgtggctcccgatcttcgtggttatggcgatactgatgtccccagttc 46494620  T
Q  208 cattagcagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggt 307  Q
      | | ||| ||  |    || ||| | || ||||||||  |||| |||||||||| |||||| || || ||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  46494619 ggtaaacagttatacaatcttccacttggttggtgacattgttgcgctcatcgactcgcttggggttgatcaagtcttccttgtggctcatgattggggt 46494520  T
Q  308 gctatcattggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgt 375  Q
    || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| |||||    
T  46494519 gccatcgttggttggtatctttgcttgtttcgccctgagagagttaaagcctatgtgtgtctcagtgt 46494452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 46464966 - 46464829
Alignment:
Q  234 tagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgcat 333  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||  ||  |    
T  46464966 tagttggtgacatcgttgctctcatagactcacttggggttgatcaagtcttttttgttgctcatgattggggtgccttaactggttggtatc--tgttt 46464869  T
Q  334 gtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagt 373  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46464868 gtttcgtcctgaaagagtcaaagcctatgtttgtcttagt 46464829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 113 - 446
Target Start/End: Original strand, 7475308 - 7475641
Alignment:
Q  113 tcatggcgccaccagattgtaactctcagctccctctgctaccgtgctgttgctccagatctacgtggctacggcgataccgatgctccggcttccatta 212  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||  || ||| | ||||| |||||||| || || |||||| ||||  |||| || |    
T  7475308 tcatggcgccaccagattatagctctcagctccctcggctaccatgtcgtggctactgatctccgtggctatggtgacaccgattctccatcttcaataa 7475407  T
Q  213 gcagctactcggcgtttcacatagtaggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctat 312  Q
    |||||||| | | |||||| || || |||||| |  |||| || || || || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  7475408 gcagctacacagggtttcatatggttggtgaccttgttgcacttatagattttcttggtgttgatcaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgccat 7475507  T
Q  313 cattggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagcctatt 412  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||  |||||||| | | ||||| |  ||    
T  7475508 cattggttggtacctttgcacgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttcccttgcaccgaagaaaccctaaactgaagacagtt 7475607  T
Q  413 gatggtaggcgtgctgcttatggagacgattatt 446  Q
    ||||| | || ||||||||||||||| |||||||    
T  7475608 gatggcatgcatgctgcttatggagatgattatt 7475641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 381
Target Start/End: Original strand, 88266 - 88408
Alignment:
Q  239 ggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgcatgtttc 338  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  || || |||||  ||||||  ||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  88266 ggtgatatcattgcactcattgactctctaggggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttcc 88365  T
Q  339 gccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatt 381  Q
    | || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  88366 gaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgttccatt 88408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 37151964 - 37151822
Alignment:
Q  239 ggtgacatcattgctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgcatgtttc 338  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  || || |||||  ||||||  ||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  37151964 ggtgatatcattgcactcattgactctctaggggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttcc 37151865  T
Q  339 gccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatt 381  Q
    | || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37151864 gaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgttccatt 37151822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University