View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1199_high_70 (Length: 417)

Name: NF1199_high_70
Description: NF1199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1199_high_70
NF1199_high_70
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (31-401)||(454260-454630)
chr8 (55-391)||(10685610-10685947)
chr8 (55-391)||(18867016-18867353)
chr8 (55-391)||(35743793-35744130)
chr8 (144-391)||(26299843-26300091)
chr8 (161-391)||(18856621-18856852)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (36-393)||(49090073-49090431)
chr7 (55-391)||(16883331-16883668)
chr7 (55-391)||(18412062-18412399)
chr7 (55-391)||(21644441-21644778)
chr7 (55-391)||(24262669-24263006)
chr7 (55-339)||(9186543-9186828)
chr7 (31-391)||(21987300-21987661)
chr7 (213-329)||(5818593-5818710)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (55-391)||(1309275-1309612)
chr3 (55-391)||(8515498-8515835)
chr3 (55-391)||(16262766-16263103)
chr3 (55-391)||(32478744-32479081)
chr3 (55-391)||(2673566-2673903)
chr3 (55-391)||(3324882-3325221)
chr3 (144-339)||(28490571-28490767)
chr3 (255-339)||(9603245-9603330)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (55-391)||(19347682-19348019)
chr2 (55-339)||(25394290-25394575)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (144-391)||(37557970-37558218)
chr5 (93-391)||(28836734-28837033)
chr5 (55-391)||(31398338-31398675)
chr5 (55-391)||(24556930-24557267)
chr5 (55-391)||(24597962-24598299)
chr5 (144-391)||(27448315-27448563)
chr5 (144-339)||(43595614-43595810)
chr5 (144-339)||(43628408-43628604)
chr5 (31-229)||(33789736-33789934)
chr5 (299-391)||(33789964-33790056)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (55-339)||(16625391-16625676)
chr4 (144-391)||(9225750-9225998)
chr4 (55-229)||(18860176-18860350)
chr4 (89-348)||(5146346-5146602)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (55-391)||(15655-15992)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (55-401)||(47100154-47100501)
chr1 (55-391)||(41396643-41396980)
chr1 (144-392)||(9025143-9025392)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (55-390)||(912-1247)
scaffold0006 (55-339)||(9068-9352)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (93-391)||(33332422-33332721)
chr6 (55-391)||(14738918-14739255)
chr6 (144-391)||(24432667-24432915)
chr6 (254-391)||(29485190-29485328)
chr6 (36-339)||(24077310-24077619)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (55-339)||(35414-35699)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 31 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 454630 - 454260
Alignment:
Q  31 tttgtctagtatgtaatgattgctaaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgaca 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  454630 tttgtctagtatgcaatgattgcgaaattctagcttatccaaattttctcttcctaaaaaaccttgtttggctagttctactaaacctctttcactaaca 454531  T
Q  131 tgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaat 230  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  454530 tgttgtcaccttaaatgccacaattcaaatttattatgagatgctgcactagctaacgatacatgatcaattacaataaaaccatctaaaatgtataaat 454431  T
Q  231 caaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaatttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgcta 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  454430 caaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaatttacacatctcatatacaattttagtgcaataacttagattatcaaacatgtta 454331  T
Q  331 atggaaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcacagtgatcaaa 401  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  454330 atgggaattgcattttgcataggttcaggatcatatgtcacatgccttaaaaggaactcacagtgatcaaa 454260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 10685947 - 10685610
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  10685947 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 10685848  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  10685847 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 10685748  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  10685747 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 10685648  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  10685647 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 10685610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 18867353 - 18867016
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||     ||||  |||||||||||    
T  18867353 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctttcactaacatgccccaacctcaaatgccacaat 18867254  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  ||||||||||||| |||||| ||  |||  || | |  ||||  |    
T  18867253 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatatataaaccattcattctagaccccttaaccg 18867154  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||  || || |    
T  18867153 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaag 18867054  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  18867053 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 18867016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 35743793 - 35744130
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    ||||||||||||||| || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  35743793 aaattctagcttatccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 35743892  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  |||| |||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  ||||  |    
T  35743893 tcagaattattatgagatgcaacacttgctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaatcg 35743992  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  35743993 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 35744092  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  35744093 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 35744130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 144 - 391
Target Start/End: Original strand, 26299843 - 26300091
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| | |  | ||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| |    
T  26299843 aatgccacaattcagaattattatgaggtacaacgctagctatcgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttaga 26299942  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     |  ||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||  |    
T  26299943 ccccttaaccgtaatcaatgcaccatacgaaattttacaaaccccatgttcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatggttatggaaattaaa 26300042  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||  || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  26300043 ttacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 26300091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 18856852 - 18856621
Alignment:
Q  161 ttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagagtaatta 260  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  ||||||||||||| |||||| ||  |||  || | |  ||||  ||||| |    
T  18856852 ttattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatatataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatca 18856753  T
Q  261 atgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcataggttcagg 359  Q
    ||||||||| | |||||| ||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||  |||  || || |||| ||    
T  18856752 atgcaccatgcaaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacatacatagggaaattaaattacgcttaagttcggg 18856653  T
Q  360 atcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    | || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  18856652 aacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 18856621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 36 - 393
Target Start/End: Original strand, 49090073 - 49090431
Alignment:
Q  36 ctagtatgtaatgattgctaaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttg 135  Q
    |||||||| |||| || | |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |     
T  49090073 ctagtatgcaatgcttacaaaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagttagttcaactaaacctctttcactaacatgctc 49090172  T
Q  136 tcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaac 235  Q
      | ||  |||||||||||||| | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |    
T  49090173 caatctcaaatgccacaattcagaattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattc 49090272  T
Q  236 atcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatgg 334  Q
    || ||| | | |||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | |||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||    
T  49090273 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttaagg 49090372  T
Q  335 aaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcacag 393  Q
    |||||  |||| || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||||    
T  49090373 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacag 49090431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 16883331 - 16883668
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    ||||||||||||||| || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  16883331 aaattctagcttatccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 16883430  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  16883431 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 16883530  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  16883531 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 16883630  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  16883631 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 16883668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 18412062 - 18412399
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     ||||  |||||||||||    
T  18412062 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaacctcaaatgccacaat 18412161  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | |  ||||  |    
T  18412162 tcagaattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccccttaaccg 18412261  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||  |||| || || |    
T  18412262 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagaccatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaag 18412361  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  18412362 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 18412399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 21644441 - 21644778
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||     ||||  |||||||||||    
T  21644441 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaatcttgtttagctagttcaactaaatctctttcactaacatgccccaacctcaaatgccacaat 21644540  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  || |||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | |  | ||  |    
T  21644541 tcagaattattatgagatgcaacattagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagacccctcaaccg 21644640  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||| || || |    
T  21644641 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaag 21644740  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  21644741 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 21644778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24263006 - 24262669
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  24263006 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 24262907  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  24262906 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 24262807  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  24262806 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 24262707  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  24262706 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 24262669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 9186828 - 9186543
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| || ||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  9186828 aaattctagcttgtccaatttatcttttactagaaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaaactcaaatgccacaat 9186729  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  ||||||| |||||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  9186728 tcagaattattatgaggtacaacactagcaaacgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccg 9186629  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaa-tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||    
T  9186628 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctatactatcaaacatgcttagggaaatt 9186543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 391
Target Start/End: Original strand, 21987300 - 21987661
Alignment:
Q  31 tttgtctagtatgtaatgattgctaaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgaca 130  Q
    |||| |||||||| |||| || | |||||||||||| || ||  | ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  21987300 tttgcctagtatgcaatgcttacaaaattctagcttgtccaatgtatcttttcctagcaaaccttgtttagctagtttaactaaacctctttcactaaca 21987399  T
Q  131 tgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaat 230  Q
    ||     | ||  |||||||||||||| | |||||||||| |    ||||||| | |||| ||| | |||||||  |  ||||||||||||||||||||     
T  21987400 tgccccaatctcaaatgccacaattcagaattattatgaggtataacactagccaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaac 21987499  T
Q  231 caaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgct 329  Q
    ||  ||| ||| | | |||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  21987500 cattcattttagatcctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacattct 21987599  T
Q  330 aatggaaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
     | |||||||  |||| |  || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  21987600 tagggaaattaaatttcgtttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 21987661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5818710 - 5818593
Alignment:
Q  213 catctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacc 311  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| | | |||||  ||||| |||||| ||| | |||||| ||| |   ||||| |||||||||||||||||||    
T  5818710 catctaaaatgtataaaccattcatcttagaccctttaactgtaatgaatgcatcatgcaaaatttgacaaactccatgctcaattttagtgcaataacc 5818611  T
Q  312 tagattatcaaacatgct 329  Q
    || | |||| ||||||||    
T  5818610 tatactatctaacatgct 5818593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 1309275 - 1309612
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     ||||  |||||||||||    
T  1309275 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgcctcaacctcaaatgccacaat 1309374  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | |  ||||  |    
T  1309375 tcagaattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagatcccttaaccg 1309474  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||  |||  || || |    
T  1309475 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaatcccatgctcaattctagtgcaataacctaggctatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaag 1309574  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  1309575 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 1309612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 8515498 - 8515835
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  8515498 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 8515597  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  8515598 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 8515697  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  8515698 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 8515797  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  8515798 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 8515835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 16262766 - 16263103
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || | | |||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  16262766 aaattctagcttgtccaatttattttttcctagaaaaccttgtttggctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 16262865  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| |  ||||||||| | |  |||||||||  ||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  16262866 tcagaactattatgaggtacaacactagctactgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaatcg 16262965  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||| | | |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||| || || |    
T  16262966 ttatcaatgcaccattcgaaattttacaaaccccatgccaaattttagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaag 16263065  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  16263066 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 16263103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 32478744 - 32479081
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  32478744 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 32478843  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  32478844 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 32478943  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  32478944 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 32479043  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  32479044 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 32479081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 2673903 - 2673566
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  2673903 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 2673804  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  2673803 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 2673704  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  2673703 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 2673604  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| |||  | | | ||||| |||||||||||||||||    
T  2673603 ttcgggaaaaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 2673566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 3325221 - 3324882
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctacta--aacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccaca 152  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||    
T  3325221 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctaacaaatcttgtttagctagttcaactataaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccaca 3325122  T
Q  153 attcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaag 252  Q
    ||| | | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  || |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||     
T  3325121 atttagaattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaac 3325022  T
Q  253 agtaattaatgcaccattcga-aatttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcata 351  Q
     ||||| ||||||||||  || | |||||| | | ||||| ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||| | |||||||  |||| || ||    
T  3325021 cgtaatcaatgcaccatgtgagattttacaaaccccatgctcaattctagtacaataacctatactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgctta 3324922  T
Q  352 ggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
     |||| ||| || | | ||||| | |||||||||||||||    
T  3324921 agttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcac 3324882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 144 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 28490767 - 28490571
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||     |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  28490767 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactaaggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctaga 28490668  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
     |  ||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  28490667 ccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaatt 28490571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 255 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 9603330 - 9603245
Alignment:
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  9603330 taatcaatgcaccatgtgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaatt 9603245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 19347682 - 19348019
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    ||||||||||||||| || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  19347682 aaattctagcttatccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 19347781  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  ||||  |    
T  19347782 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaatcg 19347881  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  19347882 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 19347981  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  19347982 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 19348019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 55 - 339
Target Start/End: Original strand, 25394290 - 25394575
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  25394290 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 25394389  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  |||||| || |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| | | | |  ||||  |    
T  25394390 tcagaattattatgaggtacaacactagttaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcatttaagaccccttaaccg 25394489  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaa-tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    |||| |||||||||| | ||| |||||| | | | ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  25394490 taatcaatgcaccatgcaaaattttacaaaccccgtgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaatt 25394575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 144 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37558218 - 37557970
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  37558218 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctaga 37558119  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     |  |||| |||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |    
T  37558118 ccccttaatagtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaa 37558019  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  37558018 tttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 37557970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 391
Target Start/End: Original strand, 28836734 - 28837033
Alignment:
Q  93 cttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatac 192  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |   | ||  |||||||||||||| | |||||||||| | |  ||||||||| || | |    
T  28836734 cttgtttaactagttcaactaaacctctttcactaacatgctccaatctcaaatgccacaattcagaattattatgaggtacaacactagctaccggtgc 28836833  T
Q  193 atgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgc 291  Q
    || | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | |||||||    
T  28836834 attaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaacctcatgc 28836933  T
Q  292 acaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||| || || |||| ||| || ||| ||||| | |||||||||||||||    
T  28836934 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaatctcacatcctttaaaaggaattcac 28837033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 31398675 - 31398338
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  31398675 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 31398576  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  || |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  31398575 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 31398476  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  31398475 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctactgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 31398376  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  31398375 ttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcac 31398338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24557267 - 24556930
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  24557267 aaattctagcttgtctaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaatctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 24557168  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||| ||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  24557167 tcataattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctgaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccg 24557068  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||  |||| || || |    
T  24557067 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatgctaagggaaattaaatttcgcttaag 24556968  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| | |||||||||||||||    
T  24556967 ttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcac 24556930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24598299 - 24597962
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  24598299 aaattctagcttgtctaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaatctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 24598200  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||| ||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  24598199 tcataattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctgaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccg 24598100  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||  |||| || || |    
T  24598099 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatgctaagggaaattaaatttcgcttaag 24598000  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| | |||||||||||||||    
T  24597999 ttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcac 24597962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 391
Target Start/End: Original strand, 27448315 - 27448563
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  27448315 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctata 27448414  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     |  ||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |    
T  27448415 ccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaa 27448514  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||  || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  27448515 ttacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 27448563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 144 - 339
Target Start/End: Original strand, 43595614 - 43595810
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  43595614 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctaga 43595713  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaa-tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
     |  ||||  ||||| | |||||||| ||||| |||||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  43595714 ccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaatt 43595810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 144 - 339
Target Start/End: Original strand, 43628408 - 43628604
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  43628408 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctaga 43628507  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaa-tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
     |  ||||  ||||| | |||||||| ||||| |||||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  43628508 ccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaatt 43628604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 229
Target Start/End: Original strand, 33789736 - 33789934
Alignment:
Q  31 tttgtctagtatgtaatgattgctaaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgaca 130  Q
    |||| |||||||| |||| || | ||||||||||||||| || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||    
T  33789736 tttgcctagtatgcaatgtttacaaaattctagcttatccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaaca 33789835  T
Q  131 tgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaa 229  Q
    ||     | ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  ||||||||||||||||||||    
T  33789836 tgccccaatctcaaatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaa 33789934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 299 - 391
Target Start/End: Original strand, 33789964 - 33790056
Alignment:
Q  299 tagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  33789964 tagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 33790056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 16625676 - 16625391
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||| |||||||||||    
T  16625676 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatcttaaatgccacaat 16625577  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||||| |||||||||| | |  ||||||||| || | ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||| | ||  ||| ||| |   |||||  |    
T  16625576 tcaaaattattatgaggtacaacactagctaccgttgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtatagaccattcattttagactctttaatcg 16625477  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaa-tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  16625476 taatcaatgcaccatgcgaaactttacaaacctcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaatt 16625391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 9225998 - 9225750
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || |    
T  9225998 aatgccacaattcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctaga 9225899  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     |  ||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |    
T  9225898 ccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaa 9225799  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||  || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  9225798 ttacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 9225750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Original strand, 18860176 - 18860350
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    ||||||||| ||||| || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  18860176 aaattctagtttatccaatttatctttccctagcaaaccttgtttggctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 18860275  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaa 229  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  ||||||||||||||||||||    
T  18860276 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaa 18860350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 348
Target Start/End: Original strand, 5146346 - 5146602
Alignment:
Q  89 aaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacg 188  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||||| | |||||  ||||| |  ||||||| | ||    
T  5146346 aaatcttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaattcagaattatt--gagatacaacactagccaccg 5146443  T
Q  189 atacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctc 287  Q
    || ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |  ||  ||||| |||||| ||| |  ||||| ||| | | |    
T  5146444 atgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccct--aaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaacccc 5146541  T
Q  288 atgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgc 348  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||||||    
T  5146542 atgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgc 5146602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 15992 - 15655
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  15992 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 15893  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  15892 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 15793  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  15792 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 15693  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  15692 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 15655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 47100501 - 47100154
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  47100501 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 47100402  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    | | | |||||||||| | |  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  47100401 ttagaattattatgaggtacaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaatcg 47100302  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| ||| |||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||| || || |    
T  47100301 taatcaatacaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaag 47100202  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcacagtgatcaaa 401  Q
    ||| ||| || | | ||||| | |||| |||||||||| || ||||||    
T  47100201 ttcgggaacaaacctcacatcctttaataggaattcacggtcatcaaa 47100154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Original strand, 41396643 - 41396980
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  41396643 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 41396742  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| |   |||  || | |  || |  |    
T  41396743 tcagaattattatgagatgcaacactagctatcgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccgttcattctagacccctttaccg 41396842  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||| || || |    
T  41396843 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattgtcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaag 41396942  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  41396943 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 41396980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9025392 - 9025143
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    ||||||| |||||| | |||||||||| | || ||||||||  |||||||| | |||||||  || |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| |    
T  9025392 aatgccataattcagaattattatgaggtactacactagctgccgatacattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattttaga 9025293  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | | | | |||   ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| | | |||||||  |    
T  9025292 ccctttaagagtaattaaagcaccatgcgaaatttcataaaccccatattcaattctaatgcaataatctagactatcaaacatgtttagggaaattaaa 9025193  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcaca 392  Q
    ||| ||||| |||| ||| || | | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  9025192 tttcgcataagttcgggaacaaacctcacataccttagaaggaattcaca 9025143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 390
Target Start/End: Original strand, 912 - 1247
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  912 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccctgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 1011  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| | |  | ||||| | |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  1012 tcagaattattatgaggtacaacgctagccaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccg 1111  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  |||| || || |    
T  1112 taatcaatgcaccatgcgaaattttaca-accgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaag 1210  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattca 390  Q
    ||| ||| || | | ||||| ||||||||||||||||    
T  1211 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattca 1247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 339
Target Start/End: Original strand, 9068 - 9352
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  9068 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccctgtttagctagttcaactaaacctctttcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 9167  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | |||||||||| |    | ||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  ||| ||| | | |||||  |    
T  9168 tcagaattattatgagttttaactctagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccg 9267  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  9268 taatcaatgcaccatgcgaaattttaca-accgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaatt 9352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 93 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33332721 - 33332422
Alignment:
Q  93 cttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatac 192  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     ||||  |||||||||||||| | ||||||||| ||||  |||| |||| |||| |    
T  33332721 cttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaacctcaaatgccacaattcagaattattatgatatgcaacactggctaccgatgc 33332622  T
Q  193 atgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgc 291  Q
    || | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | |||||    
T  33332621 attaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgc 33332522  T
Q  292 acaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
     | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  33332521 tctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 33332422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 14739255 - 14738918
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||     | ||  |||||||||||    
T  14739255 aaattctagcttgtccaatttatctttccctagcaaaccttgtttagctagttcaactaaacccctctcactaacatgccccaatctcaaatgccacaat 14739156  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||  |||  || | |  || |  |    
T  14739155 tcagaattattatgagatgcaacactagctaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccg 14739056  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatagg 353  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||  || || |    
T  14739055 taatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaag 14738956  T
Q  354 ttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  14738955 ttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 14738918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 144 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24432915 - 24432667
Alignment:
Q  144 aatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaa 243  Q
    ||||||||||||   | |||||||||| | || |||||||||  ||| ||| | |||||||  |  |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |    
T  24432915 aatgccacaatttggaattattatgaggtactacactagctactgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccaatcattttaga 24432816  T
Q  244 acatttaagagtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgca 342  Q
     | |||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  |    
T  24432815 ccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtacaataacctagactatcaaatatgcttatggaaattaaa 24432716  T
Q  343 ttttgcataggttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    ||| || || |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  24432715 tttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 24432667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 254 - 391
Target Start/End: Original strand, 29485190 - 29485328
Alignment:
Q  254 gtaattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaattgcattttgcatag 352  Q
    ||||| |||||||| | |||||||| ||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||| || ||     
T  29485190 gtaatcaatgcaccctgcgaaattttacaaacctcatgctcaattctagtgcaataacctagactattaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaa 29485289  T
Q  353 gttcaggatcatatcacacatgccttaaaaggaattcac 391  Q
    |||| ||| || | | ||||| |||||||||||||||||    
T  29485290 gttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcac 29485328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 339
Target Start/End: Original strand, 24077310 - 24077619
Alignment:
Q  36 ctagtatgtaatgattgctaaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttg 135  Q
    |||||||| ||||||  | |||||||| |||||| || || ||| |||||   ||| ||||||| |||  || || |||||||| ||||| |||||        
T  24077310 ctagtatgcaatgatcacaaaattctaacttatccaatttatcttttccttgcaaaccttgtttagctcattatattaaacctcgttcaccgacattccc 24077409  T
Q  136 tcaccttgaatgccacaattcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaac 235  Q
    | ||||| |||||||||||| | | ||  |||| |||||| || ||| ||| ||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||  |    
T  24077410 taaccttaaatgccacaatttagaatttgtatgtgatgctacagtagttaatgatgcatgaccaattacaatggaaccatctaaaatgtataaaccattc 24077509  T
Q  236 atcttaaaacatttaagag----taattaatgcaccattcgaaa--tttacacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgct 329  Q
    |||||| | | ||||  |     ||||||||| ||||| | |||  |||||| | ||||||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  24077510 atcttagaccttttacaataacctaattaatgtaccatgcaaaaaatttacaaacctcatgctcaatcctagtacaataacctagactatcaaacatgct 24077609  T
Q  330 aatggaaatt 339  Q
     |||||||||    
T  24077610 tatggaaatt 24077619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 339
Target Start/End: Original strand, 35414 - 35699
Alignment:
Q  55 aaattctagcttatctaaattttctcttcctaaaaaatcttgttttgctagttctactaaacctctttcactgacatgttgtcaccttgaatgccacaat 154  Q
    |||||||||||| || || || ||| ||||||  ||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||| |    | ||  |||||||||||    
T  35414 aaattctagcttgtccaatttatcttttcctagcaaaccgtgtttagcttgttcaactaaacctctttcactaacatttcccaatctcaaatgccacaat 35513  T
Q  155 tcaaatttattatgagatgcttcactagctaacgatacatgatcaattacagtaaaaccatctaaaatgtataaatcaaacatcttaaaacatttaagag 254  Q
    ||| | ||||||| || |||| ||||| ||| |||| ||| | |||||||  |  |||||| |||||| |||||| ||   || ||| | | | |||  |    
T  35514 tcataattattataaggtgctacactacctaccgatgcattaccaattactatggaaccatttaaaatatataaaccattaattttagaccttataactg 35613  T
Q  255 taattaatgcaccattcgaaattt-acacatctcatgcacaattttagtgcaataacctagattatcaaacatgctaatggaaatt 339  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||  ||||||||    
T  35614 taattaatgcaccatgcaaaattttacaaaccccatgctcaattatagtgcaataacctagcctataaaacatgcttctggaaatt 35699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University