View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1199_low_78 (Length: 427)

Name: NF1199_low_78
Description: NF1199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1199_low_78
NF1199_low_78
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (74-405)||(15019745-15020076)
chr2 (87-421)||(14528755-14529095)
chr2 (87-421)||(14542981-14543321)
chr2 (88-421)||(14512305-14512644)
chr2 (83-421)||(14533989-14534324)
chr2 (86-417)||(15007831-15008162)
chr2 (84-421)||(31969154-31969491)
chr2 (86-417)||(14567381-14567712)
chr2 (83-417)||(15003869-15004202)
chr2 (87-417)||(14850329-14850659)
chr2 (85-417)||(15013241-15013570)
chr2 (85-417)||(14547132-14547464)
chr2 (87-417)||(14520149-14520479)
chr2 (86-417)||(15023768-15024099)
chr2 (97-417)||(14552342-14552662)
chr2 (145-223)||(14847677-14847755)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 74 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 15020076 - 15019745
Alignment:
Q  74 ccaaaggccgtcgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagca 173  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020076 ccaaaagcggtcgttgaaggtttaaaccctaaacccttaatttcctccaataacttaatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagca 15019977  T
Q  174 atctagcaatggtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcg 273  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15019976 atctagcaatggtagaatcagaaaatccaaaatcaaccatcaaattgatattagacacaatacggtcatggggattagtagaaaatgcagtccaatatcg 15019877  T
Q  274 aattaagcaaacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaa 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |    
T  15019876 aattaagcaaacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaataattcaaaaaaagggattattcgtctctccaagctaccttgtaaaattcta 15019777  T
Q  374 gggtttgtagttaacaatggaacaatatcaga 405  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  15019776 gggtgtgcagttaacaatggaataatatcaga 15019745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 87 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14529095 - 14528755
Alignment:
Q  87 ttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggt 186  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||||       
T  14529095 ttgaaggatgaaaccctaaatccttaacttcctccaatgacttaatcaaatcctttgaaccaaatatagacggccttgactgaagcaaactaccaataac 14528996  T
Q  187 agaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaaca 286  Q
    |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  14528995 attatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaaga 14528896  T
Q  287 atgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaa------gctactttgtaaaatgtaagggtttg 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||      ||||||| |||||||   ||||||||    
T  14528895 atgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttg 14528796  T
Q  381 tagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  14528795 tagttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattg 14528755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 87 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14543321 - 14542981
Alignment:
Q  87 ttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggt 186  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||||       
T  14543321 ttgaaggatgaaaccctaaatccttaacttcctccaatgacttaatcaaatcctttgaaccaaatatagacggccttgactgaagcaaactaccaataac 14543222  T
Q  187 agaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaaca 286  Q
    |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  14543221 attatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaaga 14543122  T
Q  287 atgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaa------gctactttgtaaaatgtaagggtttg 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||      ||||||| |||||||   ||||||||    
T  14543121 atgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttg 14543022  T
Q  381 tagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  14543021 tagttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattg 14542981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 88 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14512644 - 14512305
Alignment:
Q  88 tgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggta 187  Q
    |||||| | |||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||||   |    
T  14512644 tgaaggatgaaaccctaaatccttaacttcctctaatgacttaatcaaatcctttgaaccaaatatagacggccttgactgaagcaaactaccaataaca 14512545  T
Q  188 gaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaacaa 287  Q
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  14512544 ttatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaa 14512445  T
Q  288 tgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctc------tccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgt 381  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||      |||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  14512444 tgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaagctacttcgtaaaattctagggtttgt 14512345  T
Q  382 agttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  14512344 agttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattg 14512305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 83 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14534324 - 14533989
Alignment:
Q  83 gtcgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaa 182  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||| || || | |||| || | ||||| |||||||||||    
T  14534324 gtcgttgaaggatcaaaccctaaacccttaatttcctccaatgaattaatcaaatcctttgaacaaattaaaaatggtctagatcgaatcaatctagcaa 14534225  T
Q  183 tggtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagca 282  Q
    ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   || | ||| ||||| || ||||| |   ||||||||    
T  14534224 tgacagaatgaggaattccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata---ataaatagtaaatgtagtccaatgttttattaagca 14534128  T
Q  283 aacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgta 382  Q
    || ||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||   ||||||||||    
T  14534127 aataatggcatccctgttggtttttaagcacctacttaataattgaaaaagagggattatttgtttctccaagctacttcgtaaaattcgagggtttgta 14534028  T
Q  383 gttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14534027 gttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 14533989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 86 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 15008162 - 15007831
Alignment:
Q  86 gttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatgg 185  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||    
T  15008162 gttgaaggatgaaaccctaaacgcttaacttcctctaatgacttaatcaaatcagttgaaccaaatatagatggccttttctgaagcaatttagcaatgg 15008063  T
Q  186 tagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaac 285  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||  ||| |      ||| ||||| |||||||||    
T  15008062 tagaatcagaaactccaaaaccagttatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgggctaataataaacgacattgaatgtcgaagtaagcaaac 15007963  T
Q  286 aatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagtt 385  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||   |||||||| ||||    
T  15007962 aatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtagggtttgcagtt 15007863  T
Q  386 aacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  15007862 aacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacc 15007831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 84 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 31969491 - 31969154
Alignment:
Q  84 tcgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaat 183  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  31969491 tcgttgaagggtcaaaccctaaacccttaacgtcctccaatgacttaatcaaatcatttgaacaagatatagatttcctagttcgaagcaatctagcaat 31969392  T
Q  184 ggtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaa 283  Q
    || |||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | | | ||||| |  ||||| |  |  ||| |      ||| |||||||||| ||    
T  31969391 ggcagaatcataaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggttaaggggataaacaataaacgaccttgaatgtcgaattaagtaa 31969292  T
Q  284 acaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtag 383  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  31969291 acaatagtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttgtccaagctactttgtaaaatgtgagggtttgcag 31969192  T
Q  384 ttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31969191 ttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattg 31969154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 86 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 14567712 - 14567381
Alignment:
Q  86 gttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatgg 185  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||     
T  14567712 gttgaaggatcaaaccctaaactcttaacttcctccaatgacttaatcaattcctttgaaccaactatagatggccttgactgaagcaaactagcaatga 14567613  T
Q  186 tagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaac 285  Q
     |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||||||||| |||  ||||||||||||   |||  |||||||||||||     
T  14567612 cattatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgacattatccataataaggtgataggaattcatagaaaatgcagttgaatgccgaattaagcaaat 14567513  T
Q  286 aatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagtt 385  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | || |||||   |||||||| ||||    
T  14567512 aatgatatctttgttggttttcaagaacttacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttctccaaactaatatgcaaaattatagggtttgaagtt 14567413  T
Q  386 aacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    ||||||| |||||| |||||  ||||||||||    
T  14567412 aacaatgaaacaatctcagaggaagaagcacc 14567381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 83 - 417
Target Start/End: Original strand, 15003869 - 15004202
Alignment:
Q  83 gtcgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaa 182  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  15003869 gtcgttgaagcgtcaaaccctaaacacttaacttcctccaatgacataatcaaatcctttgaaccaaatatagatggccttttttgaagcaatctagcaa 15003968  T
Q  183 tggtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagca 282  Q
    |||||||||||| |||  |||||||   ||||||||||||||||| | | | || ||||||||||| |  || ||| |      |||||||||||||||     
T  15003969 tggtagaatcagaaacatcaaaatccaccatcaaattgatattagcctctagaaagtgatagggataaaaagtaaacgatcttgaatatcgaattaagcc 15004068  T
Q  283 aacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgta 382  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||   |||||||| |    
T  15004069 aacaatggtatccttgttgg-tttcgaaaacctatttaacaattcaaaaagagggattattcgattctccaagctactttgtaaaattcgagggtttgaa 15004167  T
Q  383 gttaacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  15004168 gttaacaatgaaacaatatcagaggaagaagcacc 15004202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 87 - 417
Target Start/End: Original strand, 14850329 - 14850659
Alignment:
Q  87 ttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggt 186  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||   ||||||  |||||||||      
T  14850329 ttgaaggatcaaaccctaaacacttaacttcctccaatgacttaatcaaatcctttgaaccaaatacagatggccatgactgaagcatactagcaatgac 14850428  T
Q  187 agaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaaca 286  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||  ||| ||||||||   || ||||||||||||| | |    
T  14850429 attatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataatgcgatagggatttatagtaaatgcagtggaacatcgaattaagcagaga 14850528  T
Q  287 atgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagtta 386  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || ||||||  ||||||||| | |||||||| |||||    
T  14850529 atggtatccttgctggatttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattattcgtttgtctaagctatattgtaaaatttgagggtttgaagtta 14850628  T
Q  387 acaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    |||||| || ||||| |||  ||||||||||    
T  14850629 acaatgaaataatatgagaggaagaagcacc 14850659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 85 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 15013570 - 15013241
Alignment:
Q  85 cgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatg 184  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  15013570 cgttgaagggtcaaaccctaaacccttaacgtcctccaatgacttaatcaaatcatttgaacaatatatagatttcctagttcgaagcaatctagcaatg 15013471  T
Q  185 gtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaa 284  Q
    | |||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | | | |||||||  |||| |  || |  |    |   ||| | |||||||| |||    
T  15013470 gcagaatcacaaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggtgaaggggagttataaacgaccttg---aatttagaattaagtaaa 15013374  T
Q  285 caatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagt 384  Q
    ||||  |||||||||||||||||||  ||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  15013373 caatagtatccttgttggttttcaaaaacctatttaataattgaaaaagagggattatccgtttgtccaagctactttgtaaaatgtgagggtttgcagt 15013274  T
Q  385 taacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15013273 taacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 15013241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 85 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 14547464 - 14547132
Alignment:
Q  85 cgttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatg 184  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  14547464 cgttgaaggatcaaaccctaaacacttaacttcctccaatgacttaatcaaatcagtcgaaccaaatatagatggccttttttgaagcaagctagcaatg 14547365  T
Q  185 gtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaa 284  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||  || ||    || | ||| ||||| ||||||||    
T  14547364 acagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagcggcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaa 14547265  T
Q  285 caatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagt 384  Q
     ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||   |||||||   ||    
T  14547264 gaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgtttctccaagctacttcgcaaaattcgagggttttctgt 14547165  T
Q  385 taacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    ||  |||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  14547164 tatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacc 14547132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 87 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 14520479 - 14520149
Alignment:
Q  87 ttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggt 186  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14520479 ttgaaggatgaaaccctaaacacttaacttcctctaatgacttaatcaaatcagttgaaccaaatatagatgaccttgtttgaagcaatctagcaatgtt 14520380  T
Q  187 agaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaaca 286  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| | | | ||  |||||||||| | ||  ||| |      ||| ||||||||||||||||    
T  14520379 agaatcagaaactccaaattcaatcatcaaattgatattagcctctagaacatgatagggataaataataaacgatagtgaatttcgaattaagcaaaca 14520280  T
Q  287 atgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagtta 386  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||| |||| |||||    
T  14520279 atggtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttctccaaactactttgtaaaattttaggatttgcagtta 14520180  T
Q  387 acaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    |||   ||| |||||||||  ||||||||||    
T  14520179 acaggcgaataatatcagaggaagaagcacc 14520149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 86 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 15024099 - 15023768
Alignment:
Q  86 gttgaagggttaaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatgg 185  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||     
T  15024099 gttgaaggatcaaaccctaaactcttaacttcctccaatgacttaatcaaatcctttgaaccaaatatagatggcttattttgaagcaatctagcaatga 15024000  T
Q  186 tagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaac 285  Q
     |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||       | ||| | |||||||||||||    
T  15023999 cagaatcagaaactccaaaatcagaaatcagattgatactagccacaataaggtgatggggatgactagtaacccatttcgaatgttgaattaagcaaac 15023900  T
Q  286 aatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagtt 385  Q
    |||  |||||||||| ||||| ||| ||||  ||| ||||| |||| |||||||||||||  |||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||    
T  15023899 aatagtatccttgttagttttaaagaaccttgttagcaatttaaaaagagggattattcgattctcaaagctagtttgtaaaatttgagggtatgtagtt 15023800  T
Q  386 aacaatggaacaatatcagataaagaagcacc 417  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  15023799 aacaatgaaacaatatgagatgaagaagcacc 15023768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 97 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 14552662 - 14552342
Alignment:
Q  97 aaaccctaaacccttaatttcctccaatgacttcatcatatcatttgaaccaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggtagaatcagga 196  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |  || |||||||||||||||||  ||||| ||      
T  14552662 aaaccctaaacctttaacttcctccaatgacttaatcaaatcctttgaacaaaatatagatggtttaatttgaagcaatctagcaatgacagaatgagac 14552563  T
Q  197 actccaaaatcagtcatcaaattgatattaggcacaataaggtgatagggattagtagaaaatgcagcccaatatcgaattaagcaaacaatgatatcct 296  Q
    || |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||       | ||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  14552562 acgccaaaatcagacatcagattaatattagccacaataaggtgatggggataactagcaacccatttcgaatgtcgaattaagcaaacaattgtatcct 14552463  T
Q  297 tgttggttttcaagtacctacttaacaattcaaaaggagggattattcgtctctccaagctactttgtaaaatgtaagggtttgtagttaacaatggaac 396  Q
    |||| ||||| ||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||     
T  14552462 tgttagttttaaagaacattcttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgtccaggctactttgtaaaatttgagggtttgaagttaacaatgaaat 14552363  T
Q  397 aatatcagataaagaagcacc 417  Q
    ||||| |||| ||||||||||    
T  14552362 aatatgagatgaagaagcacc 14552342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 223
Target Start/End: Original strand, 14847677 - 14847755
Alignment:
Q  145 accaaatatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggtagaatcaggaactccaaaatcagtcatcaaattgata 223  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| | |||||||||    
T  14847677 accaaatatagatgaccttttttgaagcaatctatcaatggtagaatcgcaaactccaaaatcagtcctaaaattgata 14847755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University