View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12009_high_29 (Length: 317)

Name: NF12009_high_29
Description: NF12009
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12009_high_29
NF12009_high_29
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (22-317)||(22767368-22767663)
chr5 (45-317)||(15988883-15989155)
chr5 (45-317)||(20204736-20205008)
chr5 (94-304)||(41940920-41941130)
chr5 (45-317)||(8387867-8388139)
chr5 (97-317)||(30222985-30223205)
chr5 (45-203)||(12660211-12660369)
chr5 (91-317)||(27533086-27533313)
chr5 (46-317)||(4267892-4268151)
chr5 (45-238)||(26597591-26597784)
chr5 (46-228)||(27292304-27292486)
chr5 (45-218)||(25730688-25730861)
chr5 (45-194)||(11375647-11375796)
chr5 (155-237)||(16074597-16074679)
chr5 (183-317)||(34653864-34653997)
chr5 (45-195)||(37448028-37448178)
chr5 (235-313)||(12660129-12660207)
chr5 (213-251)||(37447990-37448028)
chr5 (100-165)||(34652442-34652507)
chr5 (283-316)||(25730623-25730656)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (22-317)||(9328713-9329007)
chr7 (45-314)||(16731717-16731986)
chr7 (45-314)||(17709851-17710120)
chr7 (45-317)||(22289022-22289294)
chr7 (93-317)||(1581396-1581620)
chr7 (44-261)||(17877245-17877462)
chr7 (46-203)||(16098385-16098542)
chr7 (56-317)||(29201100-29201355)
chr7 (93-254)||(30493791-30493952)
chr7 (239-317)||(16098264-16098342)
chr7 (70-171)||(34578437-34578538)
chr7 (105-200)||(30824668-30824763)
chr7 (223-317)||(11745953-11746047)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (22-317)||(32577159-32577452)
chr4 (22-317)||(49119511-49119793)
chr4 (22-317)||(28425976-28426259)
chr4 (45-314)||(49951097-49951366)
chr4 (29-317)||(37245970-37246262)
chr4 (45-317)||(21321308-21321580)
chr4 (45-317)||(29655800-29656071)
chr4 (45-316)||(18442279-18442549)
chr4 (45-317)||(28537921-28538191)
chr4 (45-317)||(2064634-2064906)
chr4 (45-317)||(55734790-55735062)
chr4 (22-309)||(51735082-51735370)
chr4 (45-317)||(51259663-51259936)
chr4 (45-317)||(56065410-56065682)
chr4 (60-254)||(43840456-43840650)
chr4 (45-226)||(41835445-41835626)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (45-317)||(88340-88612)
chr2 (46-316)||(12130773-12131043)
chr2 (21-317)||(34696014-34696308)
chr2 (21-317)||(34718426-34718720)
chr2 (45-316)||(18345621-18345879)
chr2 (60-251)||(44017467-44017658)
chr2 (49-317)||(26198472-26198742)
chr2 (45-117)||(9709910-9709982)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (22-317)||(7127004-7127299)
chr8 (45-317)||(478190-478462)
chr8 (22-314)||(8451234-8451526)
chr8 (45-317)||(40588864-40589121)
chr8 (46-316)||(23853726-23853984)
chr8 (45-208)||(13414913-13415076)
chr8 (22-164)||(185702-185842)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (22-317)||(36733474-36733772)
chr1 (45-317)||(25682432-25682704)
chr1 (45-317)||(51113096-51113368)
chr1 (45-302)||(48949858-48950115)
chr1 (45-317)||(4394940-4395211)
chr1 (100-317)||(5609120-5609337)
chr1 (64-317)||(24538290-24538544)
chr1 (46-228)||(44527123-44527305)
chr1 (45-228)||(52109324-52109507)
chr1 (45-186)||(48166149-48166290)
chr1 (45-220)||(16816934-16817108)
chr1 (200-248)||(17507308-17507356)
chr1 (285-317)||(44527046-44527078)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (45-317)||(14679940-14680215)
chr6 (46-317)||(28106920-28107191)
chr6 (23-237)||(15606106-15606320)
chr6 (147-251)||(11731885-11731989)
chr6 (150-317)||(30802209-30802376)
chr6 (45-182)||(15053309-15053446)
chr6 (182-317)||(19364217-19364351)
chr6 (240-317)||(29368365-29368442)
chr6 (46-119)||(30802126-30802199)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (45-317)||(42340411-42340682)
chr3 (46-228)||(53496902-53497084)
chr3 (46-251)||(46007148-46007354)
chr3 (45-251)||(55199358-55199564)
chr3 (151-261)||(1070850-1070960)
chr3 (45-250)||(2615341-2615546)
chr3 (96-203)||(48227308-48227415)
chr3 (213-309)||(36310798-36310894)
chr3 (45-185)||(647345-647485)
chr3 (46-178)||(27941129-27941261)
chr3 (285-317)||(53496825-53496857)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (45-261)||(23-239)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 22767368 - 22767663
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22767368 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 22767467  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767468 cccgggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatgattactgtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 22767567  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767568 ccaaactgagttgttaccttgcactctattttggccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 22767663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 15988883 - 15989155
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||  |  |  | ||||| ||| ||||     
T  15988883 gagtaaggttactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgctcgcgaaagtctctgacataacac 15988982  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15988983 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccatatttcacttcaacaacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 15989082  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||  |||||  |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15989083 ctctattatgctcgtgttgcacaaccgctagtgaaggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 15989155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 20205008 - 20204736
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||  ||  |||| |||||| ||||| ||    
T  20205008 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcctggataaatttcccgcgggagtctctagcacaaaat 20204909  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  20204908 gtaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcatttggtttctcccaaactgagttattaccttaca 20204809  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| ||   ||||  ||||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20204808 ctctattttgcttgtgttgcacaaccaagggtgagggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 20204736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 304
Target Start/End: Original strand, 41940920 - 41941130
Alignment:
Q  94 catttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41940920 catttcgtttgagctcgaataaatttcccacgggagtctttaacactacacacaaaagatgtaagatagttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 41941019  T
Q  194 acttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaac 293  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||| || | || || |||||||||||    
T  41941020 acttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaattgggttgataccttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggcgagggttgtttatgaac 41941119  T
Q  294 ctcttgccatt 304  Q
    |||||||||||    
T  41941120 ctcttgccatt 41941130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 8388139 - 8387867
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||  | || ||||||||||||||     
T  8388139 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacac 8388040  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8388039 gcgaaagatgtaatattttaacggtcatgaaacgcggcatccacattgtacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccagactgagttgttagcttgca 8387940  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  8387939 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatc 8387867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 97 - 317
Target Start/End: Original strand, 30222985 - 30223205
Alignment:
Q  97 ttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcact 196  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||||    
T  30222985 ttcgtttgagcccgaataaattgcccatggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcgacgtccatgttgcact 30223084  T
Q  197 tcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctc 296  Q
    |  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||   | |||| || ||||||||||||||    
T  30223085 ttgaccacgtctcgcacggtttctcccaaacagagttgttaccttgcactctattctgcccgtgttgcacaactgttggtgagggctgtttatgaacctc 30223184  T
Q  297 ttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||| ||||| || ||||||||    
T  30223185 ttgtcattgttgtcatgcatc 30223205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 12660369 - 12660211
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||     
T  12660369 gagtaagactactgcctcccgctctaacactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgtccatgaaagtctctaacacaacac 12660270  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12660269 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 12660211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 91 - 317
Target Start/End: Original strand, 27533086 - 27533313
Alignment:
Q  91 taccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaa-gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccaca 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  27533086 taccatttcgtttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaaagatgtaaactggttacgatcatggaacgcgacatccaca 27533185  T
Q  190 ttgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttat 289  Q
    || |||||||  |  ||||||| || ||||||||||||| |  | |||||||||||| |||| || | ||||  ||||||| || |||| ||||||||||    
T  27533186 ttacacttcagtcgcgtctcgcgcgatttctcccaaactaaactattaccttgcactatattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggatgtttat 27533285  T
Q  290 gaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  27533286 gaacctcttgtcattgttgccatgcatc 27533313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4268151 - 4267892
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  | || |||||||||||||| |    
T  4268151 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcctgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacacg 4268052  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 245  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  4268051 caaaagatgtaatatggttacaatcaagaaacgcggcgtccacgttgcactttaaccatgactcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 4267964  T
Q  246 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||| || ||||||  |||||||  | ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4267963 tctattctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 4267892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Original strand, 26597591 - 26597784
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||     
T  26597591 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaattgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgtccacgggagtctctaacacaacac 26597690  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttac 238  Q
    || |||||||||| ||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||||||| ||||||||    
T  26597691 gcgaaagatgtaatatgttgatgatcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtcttacacgatttctcccaaactgtgttgttac 26597784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27292486 - 27292304
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||| |  ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||    
T  27292486 agtaaggctattgcctcccccttcaaaacaataatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacatg 27292387  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 228  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  27292386 caaaatatgtaatatggttactatcatggaacgtgacatccacattgcacttcaaccatgactcgttcggtttctcccaaact 27292304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25730861 - 25730688
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||  ||  | ||  |||||||||||||     
T  25730861 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagctcgaataaatttcccgcgtgagactctaacacaacac 25730762  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggttt 218  Q
    |  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25730761 gtgaaaattgtaatatggttacggtcatggaacgcggaatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggttt 25730688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 194
Target Start/End: Original strand, 11375647 - 11375796
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||   |   | || |||||||||||||||    
T  11375647 gagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttactcgctgccatttcgtttgagtccgaataaatcacctgcgagagtctctaacacaacat 11375746  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgca 194  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11375747 gcaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacgcagcatccacattgca 11375796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16074679 - 16074597
Alignment:
Q  155 taagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgtta 237  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16074679 taagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcactttgaccacgtctcgcacggtttctcctaaactaagttgtta 16074597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 317
Target Start/End: Original strand, 34653864 - 34653997
Alignment:
Q  183 atccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgga 282  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||  |||||  ||||||  ||  ||| ||     
T  34653864 atccacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaacttagttgttgcc-tgcactctattctgcacgtgttgcacaactggtgttgagggt 34653962  T
Q  283 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  34653963 tgtttatgaatcttttgccattgttgccatgcatc 34653997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 37448178 - 37448028
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  || || ||| | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |||||||  | || |||||||||||||||    
T  37448178 gagtaaggctaccgcctcccctttcaacactgtcatgtttgcacgctgccattttgtttgagtccgaatacattgtccacgagagtctctaacacaacat 37448079  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 195  Q
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  37448078 ataaacgatgtaagatggttatggtcatggaacacgacatccacatcgcac 37448028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 12660207 - 12660129
Alignment:
Q  235 ttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatg 313  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  ||||||| || || |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12660207 ttaccttgcactctattatgtccatgttgcacaaccggtggtaatgcctgtttatgaatctcttgccattactgccatg 12660129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 37448028 - 37447990
Alignment:
Q  213 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 251  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37448028 cggtttctcccaaactgagctgttaccttgcactctatt 37447990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 165
Target Start/End: Original strand, 34652442 - 34652507
Alignment:
Q  100 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtta 165  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  34652442 gtttgagaccggataaattgcccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggtta 34652507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 25730656 - 25730623
Alignment:
Q  283 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25730656 tgtttatgaacctcttggcattgctgccatgcat 25730623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 9328713 - 9329007
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9328713 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatattttcccgttgccatttcgtttgagctcgaataaattgtc 9328812  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328813 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaatgatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 9328911  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9328912 ccaaactgagttgttaccttgcactctattctagccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacatcttgccattgctgccatgcatc 9329007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 45 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 16731986 - 16731717
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  16731986 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 16731887  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16731886 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 16731787  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 314  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16731786 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 16731717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 45 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 17710120 - 17709851
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  17710120 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 17710021  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17710020 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 17709921  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 314  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17709920 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 17709851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 22289294 - 22289022
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||     
T  22289294 gagtaaggcaaccacctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtctgagtccgaatgaattgcccacgggaatctctaacacaacac 22289195  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22289194 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttaaaccacgtctcacgcggcttctcccaaactgagttgttagcttgca 22289095  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  |  ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  22289094 ctctattctgcccgtgttgcacaaccgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatc 22289022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 93 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 1581620 - 1581396
Alignment:
Q  93 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 192  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||   ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1581620 ccatttcgtttgagcccggataaactatccgctggagtctctagcacaacacgcaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcagcatccacattg 1581521  T
Q  193 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaa 292  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||  |||||   ||||||  | |||| |||||||||||||    
T  1581520 cacttcaaccacatctcgctcagtttctcccaaactgagttgttacgttgcactatactttgttcgtgttgtacaaccgatggtgagggatgtttatgaa 1581421  T
Q  293 cctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||    
T  1581420 cctcttgccattgttgccaagcatc 1581396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 17877462 - 17877245
Alignment:
Q  44 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 143  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | | ||||||||||||| ||||| || |  || ||||| ||| |||| | |||    
T  17877462 tgagtaaggctacttcctccccctccaatactgtcatatttccccgctgcgatttcgtttgagcacgaatgaacttcccatgggagtctataacgccaca 17877363  T
Q  144 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 243  Q
     |||| | |||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17877362 cgcaacaaatgtaatatggttacaatcatggaacgcgacatccacattgcatttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaattgagttgttaccttgc 17877263  T
Q  244 actctattatggccgtgt 261  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  17877262 actcgattatgcccgtgt 17877245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 16098542 - 16098385
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |    
T  16098542 agtaaggctactacctctccctccaaaattgtcatatttgttcgtttccatttcgtttgagcccgaataaattgcctatgggagtctctaacacaacacg 16098443  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 203  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  16098442 caaaagaagtaatatggttacggtcatggaacgatgcgtccacattgcacttcaacca 16098385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 317
Target Start/End: Original strand, 29201100 - 29201355
Alignment:
Q  56 ctacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgg--gaatctctaacacaacatgcaaaagat 153  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||||||||||| || ||      || ||||||| ||||||||||||||||    
T  29201100 ctacctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgtcatttcgtttgagcccgaataaactggccacacatgagtctctaatacaacatgcaaaagat 29201199  T
Q  154 gtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattat 253  Q
     ||| ||||        |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |    
T  29201200 ataatatgg--------atggaaagcggcatcaacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaactgagctattaccttgcactgtatttt 29201291  T
Q  254 ggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    | ||||||  |||||||  | |||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  29201292 gtccgtgttgcacaaccgatggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgctgtcatgcatc 29201355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 93 - 254
Target Start/End: Original strand, 30493791 - 30493952
Alignment:
Q  93 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 192  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  30493791 ccatttcgtttgagcctgagtaaattgcccatgagaatttctaacacaacacgcaaaatatgtaagttggttacagtcatggaatgcgacatccatattg 30493890  T
Q  193 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 254  Q
    ||||| ||||| || ||| ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30493891 cactttaaccacgtttcgttcgatttcttccaaactgtgttgttatcttgcactttattatg 30493952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16098342 - 16098264
Alignment:
Q  239 cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  16098342 cttgcactctattatgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttaggaacctcttgccattgatgccatgcatc 16098264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 171
Target Start/End: Original strand, 34578437 - 34578538
Alignment:
Q  70 aaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggt 169  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||    
T  34578437 aaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtctgagcccgaataaattgcccacgggaatttcgaacacaacacgcaaaagatgtaatatgttaacggt 34578536  T
Q  170 ca 171  Q
    ||    
T  34578537 ca 34578538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 200
Target Start/End: Original strand, 30824668 - 30824763
Alignment:
Q  105 agcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaa 200  Q
    |||||||||||||| | |  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  30824668 agcccgaataaattattcgcggcagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatgactacagtcatgaaatgtagcatccacattgcacttcaa 30824763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 317
Target Start/End: Original strand, 11745953 - 11746047
Alignment:
Q  223 caaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||  ||||||| || |||| || |||||||| |||| ||||||||  || ||||||||    
T  11745953 caaactgagttgttactttgcactctattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggttgtttatgcacctgttgccattattgtcatgcatc 11746047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 32577159 - 32577452
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32577159 acatcagcaaagtaaatagcagcgagtaaggctagtacctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 32577258  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32577259 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggttaaggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctc-ctcggtttctc 32577356  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32577357 ccaaactgagttgttaccttgcactatattctggccgtgttgcacaaacggtagtgacggatgtttatgaacctcttgccattgccgccatgcatc 32577452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 49119511 - 49119793
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  49119511 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 49119601  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  49119602 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 49119697  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49119698 ccaaactgggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 49119793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 28426259 - 28425976
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  28426259 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 28426169  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  28426168 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 28426073  T
Q  222 ccaaact-gagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28426072 ccaaactggggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 28425976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 45 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 49951366 - 49951097
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||    
T  49951366 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattggccgcgagaatctctaacacagcat 49951267  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49951266 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccaaaactgagttgttaccttgca 49951167  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 314  Q
    |||||||||| | ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49951166 ctctattatgcctgtgttgcacaactggtggtgagcgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 49951097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 29 - 317
Target Start/End: Original strand, 37245970 - 37246262
Alignment:
Q  29 caaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct-ggg 127  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  37245970 caaagtgaatagcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgtgcccgaataaatt-tccctcggg 37246068  T
Q  128 aatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 227  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37246069 agtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacgattacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 37246168  T
Q  228 tgagttgttac----cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    | |||||||||    ||||||| |||||  || | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37246169 taagttgttacgtaccttgcaccctattccggtcatgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 37246262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 21321580 - 21321308
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  | || ||||||| |||||||    
T  21321580 gagtaaggctattgtctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaatttcccgcgagagtctctaatacaacat 21321481  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  21321480 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcaacatccacattgcacttcaaccacgtttcgctcgatttctcccaaactgtgttgttgccttgca 21321381  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21321380 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgctgccaagcatc 21321308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 29655800 - 29656071
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||     
T  29655800 gagtaaggctactgcctctccctccaaaacagtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgggagcctctaacacaacaa 29655899  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
     |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  29655900 -caaaagatgtaagagggttacgatcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcactcggtttcttccaaactgagatattaccttgca 29655998  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
     ||||||||| || |||  |||| || || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29655999 ttctattatgcccatgttgcacacccggtggtgatgaatgtttatgaacctctttccattgctgccatgcatc 29656071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 316
Target Start/End: Original strand, 18442279 - 18442549
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  18442279 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgcttccatttcgtttgagcccgaataaattgcccatgggagtctctaacacaacac 18442378  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18442379 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccgcattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaacagagttgttaccttgca 18442478  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 316  Q
    ||||||| || | || |  ||||||| ||  ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  18442479 ctctattttgtctgtattgcacaaccggtgatga-ggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatgcat 18442549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 28537921 - 28538191
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||  || ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  28537921 gagtaaggctactgcctccccctc--aaactatcatattttcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgtgggagtctctaacacaacac 28538018  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28538019 gcaaaatatgtaatatggttacgatcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaactgaattgttaccttgca 28538118  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||| | || ||||||   |||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  28538119 ctctactgtgcccgtgttgtacaatcggtggtgagtggtgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatc 28538191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 2064906 - 2064634
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||  || || ||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||     
T  2064906 gagtaaggctactgcctcccccttcaatactgtcatatttgcccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattatccgcgggagtctctaacacaacac 2064807  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064806 gcagaggatgtaatatggttacggtcatggaacgtggcgtccacattgcacttcaaccacgactcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgca 2064707  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  | |||| || |||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  2064706 ctctattttgtccgtgttgcacaaccgatggtgaaggttgtttacgaacctcttgccattgttgtcatgcatc 2064634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 55735062 - 55734790
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||     
T  55735062 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgctcgcttccatttcgtttgagcccgaacaaattgctcatgggagtctctaacacaacac 55734963  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55734962 gcaaaagatgtaatatggttgagatcatggagcgcgacatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaaccgagttgttaccttgca 55734863  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || | || |  |||||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  55734862 ctctattttgtctgtattgcacaaccgatgatgatggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatacatc 55734790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 309
Target Start/End: Original strand, 51735082 - 51735370
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  51735082 acatcagcaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcacgctgtcatttcgtttaagcccgaataaattgtc 51735181  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
       || | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  51735182 aacggaagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacaatcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcgctcggtttcgc 51735281  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaa-ccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 309  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||| || |  |||  ||||| | |   | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51735282 ccaaactgagatgttacattgcaccctattctgcctatgttgcacaatcgatgggggagggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 51735370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 51259663 - 51259936
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccc-tctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||||||||||    
T  51259663 gagtaaggcaactgcctcccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaaca 51259762  T
Q  144 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 243  Q
    | | |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51259763 tacgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcagttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgc 51259862  T
Q  244 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||| || ||||||  | ||| |  |  ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51259863 actctattctgcccgtgttgcgcaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatc 51259936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 56065682 - 56065410
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  56065682 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 56065583  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56065582 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 56065483  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |   || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  56065482 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgacgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatc 56065410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 60 - 254
Target Start/End: Original strand, 43840456 - 43840650
Alignment:
Q  60 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 159  Q
    ||||||||| || || ||| ||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  43840456 ctccccctccaacactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgaccccgaataaattgtccacgggagtctctaacacaaaacgcaaaagatgtaaga 43840555  T
Q  160 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 254  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43840556 tggttatgctcatagaacgcggcatccacgttgaacttcaaccacgtctcgtgcggtctctcccaaactaagttgttgtcttgcactctattatg 43840650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 226
Target Start/End: Original strand, 41835445 - 41835626
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||  | |  ||||| ||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||     
T  41835445 gagtaaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgccagctgtcattttgtttgagcccgaataaattgtctgcgagagtctctaacacaacac 41835544  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaa 226  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  41835545 gcaaaagttgtaatatggttacgttcaaggaacgtggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaa 41835626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 88612 - 88340
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||    
T  88612 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccattgccatttcatttgagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacat 88513  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  88512 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgtgttgttgccttgca 88413  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  88412 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgttgtcatgcatc 88340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 316
Target Start/End: Original strand, 12130773 - 12131043
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||||| || |  |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||      
T  12130773 agtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttgctcgctgtcatttcgtttgagcccgaataatttgcccgcgggagtctctaacacaacacc 12130872  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 245  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12130873 caaaagatagaatatggttacggtcatggaacggggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaattgagttgttaccttgcac 12130972  T
Q  246 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 316  Q
    ||| ||    ||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12130973 tctgtttgtcccgtgttgcacaaccggtggtgatggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 12131043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Original strand, 34696014 - 34696308
Alignment:
Q  21 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 120  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34696014 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34696111  T
Q  121 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 220  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34696112 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34696211  T
Q  221 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34696212 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 34696308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Original strand, 34718426 - 34718720
Alignment:
Q  21 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 120  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34718426 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34718523  T
Q  121 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 220  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34718524 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34718623  T
Q  221 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34718624 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 34718720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 316
Target Start/End: Original strand, 18345621 - 18345879
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||  || | ||||||||||||||     
T  18345621 gagtaaggctactgcctccccctc-aaaactgtcatatttgtccgttaccatttcgtttgagttcaaataaattacccacggaagtctctaacacaacac 18345719  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||            ||||||    
T  18345720 gcaaaagaagtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcgttcggtttcttccaaa------------cttgca 18345807  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 316  Q
    ||||||| || ||||||  ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18345808 ctctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttatgaacctcttgccattactgccatgcat 18345879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 251
Target Start/End: Original strand, 44017467 - 44017658
Alignment:
Q  60 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 159  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  44017467 ctccccctccaaaactgtcatatttgcacggtgtcattttatttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaaga 44017566  T
Q  160 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 251  Q
    |||| | | |||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  44017567 tggtcatgatcacagaacgcggaattcgcattgcacttcaaccatgtctcgctcggcttcttcaaaacttagctgttaccttgcactttatt 44017658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 26198742 - 26198472
Alignment:
Q  49 aaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaa 148  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||  || ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||    || ||||||||||| ||  |||    
T  26198742 aaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgttcgctaccattttatttgagctcgaataaattgcccacatgagtctctaacacagcacacaa 26198643  T
Q  149 aagatgtaagatggttacggtcatg------gaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttg 242  Q
    |||||| || ||| ||| ||| |||      ||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| || |||||| |||    
T  26198642 aagatgcaatatgattatggtaatgaaaatggaacgcgacatccacaatacacttcaaccacgtctcgtgcaatttctcccgaactaagctgttactttg 26198543  T
Q  243 cactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    || |||||| ||  |||||  |||| ||||| |||| |||   |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  26198542 cattctattctgttcgtgttgcacacccagtggtga-gga---ttatgaacctcttgtcattgatgtcatgcatc 26198472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 9709982 - 9709910
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaat 117  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9709982 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaataaat 9709910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 7127299 - 7127004
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||  |    
T  7127299 acatcagcaaagtgaatagcatcgagtaaggctactacctccccctccaaaactttcatatttgcccgtttccatttcatttgtgcacgaataaatttcc 7127200  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
    || | || |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7127199 cccgagagtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacggttacgttcatggaacgcggcatccacattccacttcaaccatgtctcgctcggcttctc 7127100  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7127099 ccaaactaagttgttaccttgccccctattctggctgtgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 7127004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 478190 - 478462
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||     
T  478190 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccattttgtttgagcccggataaattgaccatggaaatctctaacacaacac 478289  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
     |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  478290 acaaaagatgttagatggttgtggtcatggaacgttgcatccacattacacttcaaccacatctcgcttggtttctcccaaattgagatgttaccttgga 478389  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || | ||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  478390 ctctattttgcctgtgttgcacaaccactggtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 478462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 314
Target Start/End: Original strand, 8451234 - 8451526
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| | |||||||| |||  |||||| |||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  8451234 acatcagcgaagtgaatggaatcgagtaaagctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgcttcctttttgtttgagcccgaataaattgtc 8451333  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 221  Q
    |    || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8451334 cacaagagtctctaacacaacatccaaaagatgtaaaatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccacgtctcgcacggtttctc 8451433  T
Q  222 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 314  Q
    ||||| |||  | | ||||||||||||||| ||   ||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8451434 ccaaattgaactatgaccttgcactctattttgctggtgttgcacaacctgtggtgatggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 8451526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 40588864 - 40589121
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||             | |||     
T  40588864 gagtacggctactgcctccccctccaaaactgttatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattg--cctg-------------ctacaa 40588948  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40588949 gcaaaagttgttatatggttacgttcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcactcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 40589048  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||| ||||| ||||||  ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40589049 ctctgttatgcccgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 40589121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 23853984 - 23853726
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||   || |  |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||| |    
T  23853984 agtaaggctactgcctcaccctccaaaactgtcatatttttccgctgtcatttcgtttgaacccgaataaattgcccacgggagtctctaacataacacg 23853885  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 245  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||            |||||||    
T  23853884 caaaagatgtaatatagttacggtcatggaacgcggcgtccacatcgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 23853797  T
Q  246 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 316  Q
    ||||||||| | ||||  ||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23853796 tctattatgcctgtgttgcacaacctgtggtgaataatgtttatgaacctcttgccattgttgtcatgcat 23853726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 45 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 13415076 - 13414913
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |  | ||||||| | ||||     
T  13415076 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgaaagtctctaaaaaaacac 13414977  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtct 208  Q
     |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  13414976 acaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtct 13414913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 164
Target Start/End: Original strand, 185702 - 185842
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  185702 acatcaacaaagtgaatagtatcgagtaaggctacttcctcccc-tccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgagcccagataaatt-tc 185799  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtt 164  Q
    ||| ||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  185800 cctcggagtctcttacacaacgtgcagaagatgtaagacggtt 185842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36733772 - 36733474
Alignment:
Q  22 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 121  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||| ||||| | | ||||| | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36733772 acatcagcaaagtgaataacattgagtaagactactgcctccccctccaaaactgccatatttacccgttgtcattttgtttgagcccgaataaattgtc 36733673  T
Q  122 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccac--attgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 219  Q
    |  | || ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733672 cacgagagtctctaacacaacacacaaaaggtgtaagatggttatagtcatgaaacgcggcatccacatattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 36733573  T
Q  220 tcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtga-tggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733572 tccgaaactcagttattaccttgcattctattttggccttgttgcacaaccggtagtgaggggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 36733474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 25682704 - 25682432
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  25682704 gagtaaggctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccagataaattgcccacgggagtctctaacacaacac 25682605  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  25682604 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatgaaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcacacggtttctcccaaattgagttcttgccttgca 25682505  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| |  || |||  ||||| | |   | | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25682504 ctctattctacccatgttgcacaatcggcgataagggttgtttatgaatctcttgccattgctgccatgcatc 25682432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 51113368 - 51113096
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  51113368 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaacggttatatttgctcgttgccatttcgtttgagtccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 51113269  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51113268 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacggcatccacattgcactttaaccacgtctcacacgatttctcccaaactgagttgttagcttgca 51113169  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51113168 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatc 51113096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 302
Target Start/End: Original strand, 48949858 - 48950115
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |   |||| ||||||||||||||     
T  48949858 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactttcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgccaacgggagtctctaacacaacac 48949957  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48949958 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaatctgagttgttagcttgca 48950057  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgcca 302  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||    
T  48950058 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgcca 48950115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4395211 - 4394940
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||||  || ||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| |||    
T  4395211 gagtaaggctagtgcctccccttc-aaaactctcatatttgcccgctgccatttcgattgagcccggataaattgcccacgagagtctctaacacagcat 4395113  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  4395112 gcaaaagttgtgatatggttacggtcatggaacgcggcttccacattgcacttcagccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgtcttgca 4395013  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||| |||||   ||||  ||  ||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  4395012 ctctgttatgcatgtgttgcattaccggtagcgagggatgtttataaacctcttgccattgttgtcatgcatc 4394940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 100 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 5609337 - 5609120
Alignment:
Q  100 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttca 199  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || |||||| |||| || || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5609337 gtttgagcccgaataaattgctcgtgtgagtctctagcacagcacgcgaaagttgtaatatggttacagtcatggaacgcgacatccacattgcacttca 5609238  T
Q  200 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttg 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  |||  |||||  ||  ||||||||||||||||    
T  5609237 accacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgccttgcactctattatgcctgtgttgtattaccgatagtggaggccgtttatgaacctcttg 5609138  T
Q  300 ccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||| |||||||||    
T  5609137 ccattgctaccatgcatc 5609120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 64 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24538544 - 24538290
Alignment:
Q  64 ccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggt 163  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||  |||||||| |||  ||||    
T  24538544 ccctccaaaactgtcgtatttgcctgctgccaattcgtttgagcccgaataaattatccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatctaacttggt 24538445  T
Q  164 tacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtga 263  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |  |||      
T  24538444 tacggttatagaacgcggcatccacattgcatttcgaccaggtctcacttggtttctctcaaactgagatgttaccttgcactctattctgcctatgttg 24538345  T
Q  264 cacaaccagtagtgatggatgtttatg-aacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  24538344 cacaactggtggtgagggatgtttatgaaacctcttgccattgttgtcatgcatc 24538290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 44527305 - 44527123
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  44527305 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 44527206  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 228  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44527205 caaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaact 44527123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 45 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 52109507 - 52109324
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||   || ||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  52109507 gagtaaggctactgcatccccctccaaaatgatcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacaggagtctctaacacaacat 52109408  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 228  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||    
T  52109407 gcaaaagatataagatgattacggtcatggaacacaacgtccacattacacttcaaccacgtctttgtcggtttctcccaaact 52109324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 48166290 - 48166149
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  48166290 gagtaaggctattgtctcccactccaaaactgtcatatttgctcgctgccatttcatttgagcccgaataaattgaccacgggagtctctaacacaacac 48166191  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatcc 186  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48166190 acaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgtggcatcc 48166149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 45 - 220
Target Start/End: Original strand, 16816934 - 16817108
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||||| |  | |||||| | |||||| |||||||||||  |  | || ||||||| |||| |     
T  16816934 gagtaaggctactgcctcccc-tccaaaattgtcatatttgcccactgccattttgattgagctcgaataaattgcacgcgagagtctctaaaacaatac 16817032  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 220  Q
     |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  16817033 acaaaagatgtaatatggttacagacatggaacgcggcgtccgcattgcacttcaaccacatctcactcggtttct 16817108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17507356 - 17507308
Alignment:
Q  200 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17507356 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagatattaccttgcactct 17507308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 285 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 44527078 - 44527046
Alignment:
Q  285 tttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44527078 tttatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 44527046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 14680215 - 14679940
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct---gggaatctctaacacaa 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||| ||||||||  ||||||||| ||     |||| ||||||||||||    
T  14680215 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgctgccatttcatttgagccataataaattgcccgccgcgggagtctctaacacaa 14680116  T
Q  142 catgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 241  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14680115 catgcaaaagatgtaatgtggttgcggtcatggaacgcggtatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 14680016  T
Q  242 gcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  14680015 gcactctattatgctcgtgttgcacaactagtggtgagagttgtttatgaacctctttccattgtggccatgcatc 14679940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 46 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 28107191 - 28106920
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||  || | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||      
T  28107191 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatctgtccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacgggagtctctaacacaacaca 28107092  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 245  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28107091 cgaaagatgtaagatggttacgatcatggaacgtggcttcctcgttgcacttcaaccacgtctcgtttggtttctcccaaactgagatgttaccttgcac 28106992  T
Q  246 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||| ||   ||||  |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28106991 tctattttgcatgtgttgcacaaccaatggtgaaagatgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatc 28106920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Original strand, 15606106 - 15606320
Alignment:
Q  23 catcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtcc 122  Q
    ||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||| | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  15606106 catcaacaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatgttttcccgctgccattttgtttgagcccgaataagttgccc 15606205  T
Q  123 ctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcc 222  Q
     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15606206 atgggagtctctaacacaacacgaaaaagatgtaatatggttacgatcgtgaaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgtgcggtttctcc 15606305  T
Q  223 caaactgagttgtta 237  Q
    |||||||||||||||    
T  15606306 caaactgagttgtta 15606320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 251
Target Start/End: Original strand, 11731885 - 11731989
Alignment:
Q  147 aaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcact 246  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11731885 aaaagatgtaatattgttacagtcatggaatgcgtcatctacattgcacttccaccacgtctcgctcagtttctcccaagctgagttgttaccttgcact 11731984  T
Q  247 ctatt 251  Q
     ||||    
T  11731985 atatt 11731989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 317
Target Start/End: Original strand, 30802209 - 30802376
Alignment:
Q  150 agatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcta 249  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30802209 agatgtaagatggttacattcattgaatgcggcatccacaatgcactttaactacctctcgcttagtttttcccaaactgagttggtaccttgcactcta 30802308  T
Q  250 ttatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    || || | ||||  |||||||  | |||| || ||||||||||  |||| |||||| || ||||||||    
T  30802309 ttctgcctgtgttccacaaccgttggtgagggctgtttatgaatgtcttaccattgttgtcatgcatc 30802376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 182
Target Start/End: Original strand, 15053309 - 15053446
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||| | || |  ||| | |||||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||||     
T  15053309 gagtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttacccgctgtcatcttgtttgagcccgaataaattgtccactgaagtctctaacacaacac 15053408  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggc 182  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  15053409 gcaaaagatgtaagatggttaccgacatgaaacgcggc 15053446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 182 - 317
Target Start/End: Original strand, 19364217 - 19364351
Alignment:
Q  182 catccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgg 281  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||  ||||  |  | |||| ||    
T  19364217 catccacaatgcactttaaccac-tctcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcgattttgctcgtgttgcacatgcgttggtgaggg 19364315  T
Q  282 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  19364316 ttgtttatgaacctctcgccattgttgtcatgcatc 19364351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 317
Target Start/End: Original strand, 29368365 - 29368442
Alignment:
Q  240 ttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    |||||||||||| ||  ||||| ||||||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29368365 ttgcactctattgtgctcgtgttacacaaccgataatgaatgatgtttatgaacctcttgccattgctgtcatgcatc 29368442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 119
Target Start/End: Original strand, 30802126 - 30802199
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattg 119  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||| ||| ||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||    
T  30802126 agtaaggctactgcctcccccaccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttaagcccgaataaattg 30802199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 42340411 - 42340682
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| || || ||| ||| ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||     
T  42340411 gagtagggctattgcctccccctccaacactgtcatatctgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacac 42340510  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||| |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  |    
T  42340511 gcaaaagatgtaagatggttgccgacatagaac-caacatccacattgcacttcaaccacgtctcgcacggtttctctcaaactgagttgttgccttaga 42340609  T
Q  245 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||| ||  |||||  ||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  42340610 ctctattctgcacgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaatctcttgccattgttgtcatgcatc 42340682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 53497084 - 53496902
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||  || |  ||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  53497084 agtaaggctactgcctccccctcaaaaactgtcacatttgtccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 53496985  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  53496984 caaaagatgtaatatggttacggtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaact 53496902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 46007354 - 46007148
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaa-cacaacat 144  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||| || ||||     
T  46007354 agtaaggctactgtctccccctaaaaaattgtcgtatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattttccacgagagtctctaaacaaaacac 46007255  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  46007254 gcaaaagatataagatggttacaataatggaacacggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctttgtttttcccaaactgagttgttatcctgca 46007155  T
Q  245 ctctatt 251  Q
    || ||||    
T  46007154 ctttatt 46007148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 45 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 55199564 - 55199358
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| |||||    | |  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  55199564 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttatcagctgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 55199465  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55199464 gcgaaagatgtaatatattgacggtcatgaaacgtggcatccacattgcacgtcaaccacatctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgca 55199365  T
Q  245 ctctatt 251  Q
    || ||||    
T  55199364 ctttatt 55199358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 1070960 - 1070850
Alignment:
Q  151 gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctat 250  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  1070960 gatgtaagatggttacgatcatggaaggcaacatccacattgcagttcaaccatgtctcgcgcggtttctcctaaactgaggttttaccttgctctctat 1070861  T
Q  251 tatggccgtgt 261  Q
    |||| ||||||    
T  1070860 tatgtccgtgt 1070850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 2615546 - 2615341
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||     |  ||||||||||||      
T  2615546 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgcccgctgccaattcgtttgagcccgaatgaattgcccacaaaagcctctaacacaacgc 2615447  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
     ||||| |||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||||||||||   ||||| |||||    
T  2615446 acaaaaaatgtaatatggttatgatcatgaaacgcggtatccacattgcatttcaaccacgtcttgcacgatttctcccaaactgaaccgttactttgca 2615347  T
Q  245 ctctat 250  Q
    ||||||    
T  2615346 ctctat 2615341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 48227415 - 48227308
Alignment:
Q  96 tttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 195  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||    
T  48227415 tttcgtttaagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaacatggttacggtaatgaaatgcggcatccacattgtac 48227316  T
Q  196 ttcaacca 203  Q
    ||||||||    
T  48227315 ttcaacca 48227308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 309
Target Start/End: Original strand, 36310798 - 36310894
Alignment:
Q  213 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 309  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  36310798 cggtttctttcaaactgaattgtcaccttgcactctattatggccgtgttgcacaatcagttgtgagggttgtttatgaacctcttgccattgctgc 36310894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 45 - 185
Target Start/End: Original strand, 647345 - 647485
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaa-tctctaacacaaca 143  Q
    |||||||||| || |||||||||| | ||| ||| |||| || || | |||||||||||||||||| | |||||| ||  | ||| ||||||||||||||    
T  647345 gagtaaggctgctgcctccccctccataactgtcatattagcccgctgccatttcgtttgagcccggaaaaattg-cctagagaagtctctaacacaaca 647443  T
Q  144 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatc 185  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  647444 cgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgcggcatc 647485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 178
Target Start/End: Original strand, 27941129 - 27941261
Alignment:
Q  46 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||  || | |||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| |||||| |    
T  27941129 agtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgtccgctgccattttgtttgagtccgaataaattgtcctcgagaatctctaatacaacacg 27941228  T
Q  146 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacg 178  Q
    ||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||    
T  27941229 caaaaaatataatatggttacgatcatgaaacg 27941261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 285 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 53496857 - 53496825
Alignment:
Q  285 tttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53496857 tttatgaacctcttgtcattgctgccatgcatc 53496825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 239 - 23
Alignment:
Q  45 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 144  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  239 gagtaaggcaactgcctccccctcccaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 140  T
Q  145 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 244  Q
    || ||||||   | ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  139 gcgaaagatngtatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 40  T
Q  245 ctctattatggccgtgt 261  Q
     ||| || || ||||||    
T  39 gtctgttctgcccgtgt 23  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University